Cours 5 - Régulation de la transcription Procaryote Flashcards
La transcription de l’ADN en ARN est fait par quoi et est initié ou? (procaryote)
– Par l’ARN polymérase
– Initiée au niveau du promoteur
la liaison de l’ARN pol au promoteur forme un complexe ouvert ou fermé?
fermé
L’Ouverture du complexe provoque quoi?
Dénaturation ADN
Vrai ou faux, l’expression des gènes peut être contrôlée par des signaux extracellulaires
Vrai
peut être le stess, environnement, nutriment
Comment nommes-t-on les régulateurs Positifs
et les régulateurs Négatifs
Activateur et represseur
C’est quoi des régulateurs ?
Protéines qui reconnaissent des sites situés près (ou dans)
des gènes et s’y lient pour contrôler leur expression (souvent très proche du gènes)
Quelle est le principale niveau de régulation ?
Niveau de l’initiation de la transcription
Pourquoi c’est plus facile de réguler à l’initiation ?
- Plus facile à l’initiation parce que un seul promoteur à réguler sinon faudrait le faire sur chaque ARN formé = plus compliqué
- limite le coût en énergie, en temps et en ressource
Pourquoi la régulation ne se fait pas seulement au niveau de l’initiation?
- Sauver du temps
- Répondre à une agression
Sans les protéines régulatrices, l’ARN pol
se lie sur les promoteurs avec une faible ou une grande affinité ?
Une faible affinité
c’est quoi le niveau basal ?
niveau transcription sans activateur
C’est quoi ‘‘l’encombrement’’ ?
Manière la plus commune de faire la répression de la transcription
encombre le site actif
Comment fonctionne l’encombrement ?
Un répresseur (ayant une meilleure affinité que l’ARN pol) se lie sur un site recouvrant en partie le promoteur
Comment se nomme le site où se lie le répresseur sur l’ADN
l’opérateur
C’est quoi le ‘‘recrutement’’ ?
Forme d’activation de la transcription (la plus commune) ou l’activateur aide l’ARN pol à se fixer au promoteur. (liaison coopérative)
C’est quoi l’activation par allostérie ?
Change la structure de la protéine après liaison d’un ligand sur un site régulateur
Complexe fermé + activateur + E = change structure = complexe ouvert
l’activation par allostérie fonctionne juste sur l’ARN pol
Faux. ADN pol aussi
Vrai ou faux : Allostérie peut également se faire sur le régulateur
Vrai
c’est quoi les deux conformations du régulateur ?
2 conformations du régulateur
* 1 liant l’ADN – actif
* 1 ne pouvant pas lier l’ADN - inactif
La majorité de l’activation de la transcription se fait par…
allostérie et recrutement
Quelles sont les autres moyen de régulation autre que l’allostérie, le recrutement et l’encombrement ?
Régulation négative : inhibition de la formation du complexe ouvert ou l’échappement du promoteur
Régulation positive: Activateur qui permet l’échappement efficace vers l’étape d’élongation
Vrai ou faux : Certains régulateurs ont
leurs sites de liaison distants du promoteur
Vrai
peut être vraiment loin (et former des boucles) ou vraiment proche
Lorsque les régulateurs sont loins du promoteur, quelle protéine peut venir aider ?
La Protéine de liaison à l’ADN peut venir courber l’ADN pour aider la liaison
c’est quoi la régulation coopérative ?
Mécanisme complexe ou 2 ou + régulateurs interagissent:
* Entre eux – liaison protéine/protéine
* Avec l’ADN – liaison ADN/protéine
Certains gènes sont actifs lorsque plusieurs régulateurs sont présents simultanément
La régulation de la transcription s’effectue
- à quel niveau ?
- par l’action de quoi?
– Principalement au niveau de l’initiation
– Par l’action de régulateurs positifs (activateurs) et négatifs (répresseurs)
l’activation ou l’inactivation de l’ARN pol déjà lié est quelle mécanisme ?
allostérie
C’est quoi la source primaire d’énergie chez E coli?
glucose
si manque de glucose, E coli prend quoi comme énergie ?
Lactose
ou autre sucre présent
C’est quoi l’opéron Lac ?
une série de 3 gènes sur le génome d’E coli (lacZ, lacY et lacA)
lacZ, lacY et lacA utilise le même promoteur
Vrai
La transcription de l’operon Lac donne combien de ARNm?
un seul, mais avec 3 gènes = traduit en 3 protéines
Que veux dire ‘‘Polycistronique’’ ?
ARNm ayant plusieurs gènes
le gènes lacZ fait quoi?
Code pour la β-galactosidase
–> Enzyme qui coupe le lactose en galactose et
en glucose (galactose trop grosse pour entrer dans la bactérie = doit être dégrader en mono)
Le gènes LacY fait quoi?
Code pour la lactose perméase
– >Protéine transmembranaire qui importe le lactose dans la cellule
Le gènes LacA fait quoi?
Code pour la thiogalactoside transacétylase
–> Débarrasse la cellules des thiogalactoside toxiques qui sont importés avec le lactose par la lactose perméase
Dans quelles conditions la cellule a-t-elle
besoin de produire les gènes lac?
- absence de glucose
- présence de lactose
** question d’examen
Quelles sont les 2 protéines régulatrices impliquées dans les protéines Lac ?
CAP (activateur)
réprésseur Lac
Que fait le régulateur CAP ?
Se lie sur le site CAP (activateur)
* Transmet le signal qui manque de glucose
Que fait le réprésseur lac ?
Codé par lacI
* Se lie sur l’opérateur
* Transmet le signal qui a pas de lactose
= inhibe lacY, lacA et lacZ
c’est quoi le niveau basal au niveau de l’opéron lac ?
présence de lactose ET glucose =
AUCUN represseur ou activateur
= mini peu gènes transcrit
Que se passe-t-il s’il y a du lactose, mais pas de glucose ?
CAP sur CAP site et pas de réprésseur lac
Que se passe-t-il s’il y a du glucose, mais pas de lactose ?
operon lac inhiber par represseur lac, pas de CAP
En absence de CAP, est-ce que ARN pol peut se lier sur le promoteur Lac ?
Oui, mais faiblement
-Région -35 du promoteur non optimale
CAP fait de la liaison coopérative ?
Vrai
-> Recrute l’ARN pol sur le promoteur
Le domaine CTD de la sous-unité alpha de l’ARN pol se lie à quoi?
Élément UP du promoteur
(ou cap si lactose)
L’élément UP est présent dans le promoteur LAC
Faux. L’élément UP est ‘‘remplacer’’ par le site CAP
Donc le domaine CTD se lie au CAP sur le site CAP au lieu de se lier à l’élement UP
Quelle est une irrégularité de CAP comme régulateur ?
CAP induit une torsion de l’ADN qui s’enveloppe autours
d’elle
(Normalement, la liaison d’un régulateur à l’ADN ne change pas la structure de l’ADN)
Quelles sont les effets de l’AMPc ?
Cap a besoin de l’AMPc pour que sa conformation soit adéquate (effet allostérique sur CAP)
S’il y a pas de glucose, quelles sont les effets sur l’AMPc et CAP?
pas de glucose =
augmente la présence de AMPc =
Augmente [CAP] ayant eu un changement de conformation =
CAP se lie et active les gènes Lac
Quelles sont les caractéristiques de l’opérateur lac ?
- deux demi-site symétrique
Comment l’operateur lac réprime-t-il la transcription
Il Recouvre une partie du promoteur =
Empêche physiquement l’ARN pol d’interagir avec le promoteur
Les régulateurs bactérien se lie sous quelle forme ?
Monodimère
Chaque monomère se lie à quoi?
demi-site
La reconnaissance des séquences spécifiques d’ADN se fait par une structure secondaire, laquelle ?
hélice-coude-hélice