Cours 1 - Structure ADN ARN Flashcards
Qui a commencer avec la pengénèse et c’Est quoi?
Les Grecs: Mini particule de fragment corporel sont transmis lors de la reproduction et forment l’embryon
Il a découvert quoi Mendel ?
Notion de dominance et de résistivité
Est-ce que Mendel à découvert les gênes
Non, il a découvert leurs caractères
Le mot gène est une dérivé de quoi?
Pengène (organite intracellulaire présente dans toute les cellules)
Darwin à découvert quoi?
La sélection naturelle
avantages sélectifs seront + transmis
dépend capacité de reproduction espèce
Darwin à publié quel ouvrage ?
L’origine des espèces
Les victoriens paniquaient. Pourquoi?
Vertus et vice viennent de famille, les classes inférieurs se reproduisaient + vite, donc les humains allaient devenir de + en + dépravés. = humain condamné à sa perte.
Galton, concierge scientifique, à fait quoi?
créé mouvement eugenisme (de bonne naissance -> aller vers un idéal)
Produire une race supérieur comme animaux
Davenport, il a fait quoi?
créé centre d’étude eugénisme USA
Recueille donnée de l’épilepsie à la criminalité
Grant, il a fait quoi?
Milite en faveur de l’eugénisme raciste.
Il publie: le déclin de la grande race.
Quel ouvrage Hitler utilisait comme bible
« Le déclin de la grande race » de Grant
Hitler publie quoi?
Mon combat.
Gens ayant maladie héréditaire devait être stérilisé
C’est quoi l’apogée de l’eugénisme
Holocauste
Watson. il a découvert quoi ?
- établie que ADN = 4 bases
Quel ouvrage a inspiré Watson ?
’’ Qu’est-ce que la vie’’
la vie = stockage + transmission d’info génétique
Avant, les scientifiques pensaient que l’info génétique était fait d’ARN
Faux, les protéines.
Wilkins, il. a fait quoi?
Analyse cristaux par rayon X
Analyse ADN par diffraction rayon X
pensait 3 brins
après avoir voler Franklin, conclu que 2 brins
A-T et C-G
Crick, il a fait quoi?
Modelisateur de l’ADN
Quelle erreur Crick et Watson ont fait à la base ?
Pensaient que les bases azotées étaient à l’extérieur.
Pensaient 3 brins
Pensaient que la Forme A était la ‘‘normal’’
Franklin elle a fait quoi?
- Base azoté sont à l’intérieur
- à trouvé la forme B
l’ADN est constitué de chaine…
polynucléotidique
Le petit et grand sillon font combien de nm ?
petit: 1.2 nm
Grand: 2.2 nm
C’est quoi les sorte de bases ?
Adénine
Thymine
Guanine
Cytosine
C’est quoi un nucléoside ?
Base + sucre (H si ADN)
Base + sucre (OH si ARN)
C’est quoi la différence entre un nucléoside et un nucléotide?
nucléosine: base +sucre
Nucléotide: base + sucre + phosphate
c’est quoi le nom complet d’un nucléotide d’anénine ?
2’-désoxyadénosine-5’phosphate
Pour former les nucléotides, comment se nomme la réaction de liaison?
La condensation
Comment se nomme le lien entre le sucre et la base ?
Lien glycosyle
Comment se nomme le lien entre le sucre et le phosphate ?
Lien phosphoester
Il y a combien de réaction de condensation ?
2 réactions de condensation
Que libère les 2 condensations ?
2 H20
Entre base complémentaire, c’est quoi leur lien ?
Pont H
Entre phosphate de 2 nucléotides différents, c’est quoi le lien ?
phosphodiester
C’est quoi les deux purines ? Bicyclique ou monocyclique ?
Adénine, Guanine
Bicyclique
C’est quoi les deux pyrimidines ? bicyclique ou monocyclique ?
Thymine et cytosine
Monocyclique
Qui est en conformation Amino et ils ont combien d’accepteur vs donneur?
Adénine et cytosine
2 accepteurs et 1 donneurs
Quoi est en conformation Céto et ils ont combien d’accepteur/donneur ?
Guanine et thymine
2 donneur et 1 accepteur
Pk une cytosine peut pas être avec une adénine ?
Parce que 2 accepteur et 1 donneur les 2 = pas stable
Donner vis a vis = se repousse
Parmis les bases complémentaire, lesquels ont un lien plus fort et est plus stable et pk?
G-C et parce que 3 pont H
Appariement de bases entre elles impose quoi? orientation antiparalle ou parallele
orientation antiparalle
C’est quoi les 3 mécanismes stabilisateurs de l’ADN
- L’entropie (H20 si séparé)
- Empilement de base (Van Der Waals -> aimant)
- influences hydrophile/phobe (basephobe) = pression
Les pont H assurent quoi? (2)
- Stabilité thermodynamique hélice
- spécificité d’appariement
c’est quoi le pivotement des bases ?
Protéine (enzyme) retourne base une à une pour faire des réactions
Une base retourné devient le ligand des enzyme. Pour faire quoi ?
- Methylation des bases
- Recombinaison homologue
- Réparer l’ADN
Que fait l’enzyme de restriction Haelll ?
Methyltransférase
L’ADN normal est à gauche ou a droite
Droite (sens horaire)
Quelle est l’angle du petit et grand sillon
des bases ?
120 degré petit sillon
240 degré grand sillon
Pourquoi les bases ont des petit et grand sillon
Du orientation de sucre
Les protéines reconnaissent les paires de base de quelle facon ?
Par le code de paire de base électrochimique (grand sillon)
Vrai ou faux: Protéine ne reconnait pas les pb dans les petits sillons, mais grand sillon oui
Vrai
Quelle forme ADN a 11pb/tour et est condensé ?
Forme A
Quelle forme ADN a 12 pb/tour et est lousse
Forme Z
Forme ADN avec beaucoup trop de sel ?
Frome A
forme A de l’ADN possible physiologiquement?
Non. In vitro
Quelle est une condition qui fait en sorte que forme Z?
répétition d’une suite purine-pyrimidine
Comment appel t-on le profil typique montré par Franklin
Croix de Malte
c’est quoi la périodicité de l’ADN normal ?
3,4 nm (1.2+2.2)
Vrai ou faux: l’ADN est statique ?
Faux. flexible.
c’est quoi un arrangement en hélice d’avion ?
-Modifier localement nb pb/tour
-Grands et petits sillons de largeurs différentes
-> vrillage d’une région
condition pour que l’ADN ait un pas à gauche ?
- ADN contenant des résidus purines et pyrimidines répétés -> permet 2 config (gauche ou droite)
- lien glycosyle en configuration anti pour les résidus pyrimidiques (T/C)
- en configuration syn pour les résidus puriques (A/G)
Alternance anti-syn-anti-syn - Beaucoup d’ion positif
ADN forme B et A est anti ou syn
lien glycosyle toujours anti
c’est quoi la configuration Anti ou Syn
Configuration lien glycosyle entre la base et le sucre
Comment l’ADN aurait un pas à gauche en solution ?
bcp d’ion positif (+) se lie au phosphate négatif
Comment s’appel la réaction lorsque l’ADN se sépare et se recolle ?
Dénaturation et hybdridation
Comment appel t-on un segment non apparié après l’hybridation d’un ADN dénaturé ?
Segment ‘a’
Comment pouvons-nous dénaturer un ADN
augmenter la température et le pH
Vrai ou faux: l’ADN absorbe plus de UV en double brin
Faux, en simple brin.
Comment appel t-on le processus que l’absorbance UV augmente avec la température ?
Hyperchromicité
La température de fusion (Tm) correspond à quoi?
Dénaturation de l’ADN (double -> simple)
Le Tm est caractéristique à chaque ADN, pourquoi?
- dépend longueur
- dépend quantité de G-C
- dépend force ionique en solution
Pourquoi la force ionique fait augmenter le Tm?
Parce que les ions (+) vont se coller sur les phosphates négatif de l’ADN (-) donc, rend neutre = dure à séparer
Sans ions, le phosphate se repousse lui-meme
Par quel lien l’ADN peut se refermer par lui même pour former ADNccc
Covalent
Vrai ou faux: Les chromosomes humains sont linéaire, mais surrenroulé ?
vrai
C’est quoi LK ?
Le nombre d’enlacement (nombre de fois qu’un brin passe dans l’autre)
Lk= Tw + Wr
c’est quoi Tw?
Nombre de torsion : nombre de tour d’hélice autour de l’autre
C’est quoi Wr ?
Nombre de supertours nombre de fois que l’hélice s’entrecroise sur lui-même
c’est quoi les deux formes de supertours dans l’ADN ?
Plectonémique
Toroidaux
c’est quoi la forme supertours plectonémique ?
Brin ADN s’enroule sur lui-même
C’Est quoi forme supertours toroidaux
ADN s’enroule autour d’un tube imaginaire
c’est quoi Lk° ?
nombre de supertours en état relâcher = nombre de paire de base = 11
Si ADN déserré = surenroulement négatif ou positif
Surenroulement négatif
Vrai ou faux: ADN relaxé est rare
vrai
Que fait le Dnasel en condition douce?
Relaxe l’ADN en cassant 1 brin (POINT PIVOT)
quel surenroulement demande plus d’énergie ?
Surenroulement positif (serrer)
Vrai ou faux: Il est plus difficile de séparer ADN surenroulement négatif
FAUX (facile à défaire)
L’ADN physiologique est surenroulé de quelle facon et son surenroulement est de quel coté ?
négativement et gauche (nucléosome)
c’est quoi un nucléosome
ADN enroulé 2x (146 pb) autour d’un histone
Topoisomérase fait quoi?
Relaxe l’ADN
Topoisomérase est utile pour de nombreux processus biologique, lesquels?
- Réplication
- Transcription
- séparation chromosomes (chromatides soeurs) en anaphase
- détend les noeud
Topoisomérase 1 fait quoi
** à savoir
change surenroulement de facteur 1, elle peut juste couper et passer brin intact dans la fente
UTILISE PAS ATP
Topoisomérase 2 fait quoi
**à savoir
ATP ou non?
Change facteur 2 surenroulement
coupe 2 brin et referme lien phosphodiester
utilise ATP
c’est quoi la caténation?
Accrocher 2 ADNccc ensemble
c’est quoi la décaténation?
Déccrocher 2 anneaux pris ensemble ( ADNccc)
Comment fonctionne la topoisomérase
prend une branche dans les deux mains, la casse, l’écarte, change de place les brins et le recolle
Vrai ou faux: Les ADNccc migre + vite dans l’electroporese
faux
Quelle est la liste des type ADN qui migre du - au + vite dans l’electroporese ?
- ADNccc
- Linéaire
- surenroulement Wr= 2
- surenroulement Wr= 3
l’ion éthidium, il fait quoi? et c’est quoi son caractère unique ?
- Diminue l’enroulement de l’ADN (déroule)
et relâche les ADNccc - Fluo aux UV
c’est quoi le mécanisme d’action de l’ion étidium?
détord localement de 26 degrés
passe rotation de 36 degré à 10
= devient 36 pb /helice
-> Linéaire: il déroule
-> ADNccc : le relâche ( enlacement ne change pas)
ARN est différent de l’ADN de 3 facons:
- Ribose
- Uracile au lieu de thymine
- monocaténaire (mais peut se replier pour faire double ou triple brin)
c’est quoi les différents types d’ARN
ARNm
ARNt
ARNr
Micro-ARN (super régulateur important)
ARN enzymatique
c’est quoi une structure secondaire de l’ARN?
comment se nomment les structure secondaire de l’ARN (3)
Repliement de l’ARN
- tige boucle (tete d’épingle)
- hernie
- simple boucle
La séquence UUCG est stable et permet de faire une tétra-boucle, par quelle type d’intéraction?
interraction empilement (comme empilement de base)
c’est quoi l’auto-appariement
Capacité ARN de relié U et G parce que sont correspondant = se replie sur lui même
c’est quoi un pseudo noeud ?
capacité former triplet
tige-bouge entre 2 séquence proche
+ triplet hélice avec séquence plus loin
Les ribozymes ont 3 critères qui sont spécifique aux enzymes, lesquels ?
- site actif
- site fixation substrat
- site fixation cofacteur
c’est quoi le 1er ribozyme ARN découvert ?
Rnase P
c’est quoi les 3 structure dans un ribozyme
- proteine (non réactif, facilite association neutralise - phosphate)
- ARN (Catalyseur)
- précurseur ARNt
c’est quoi un viroide ?
ca se retrouve ou?
Agent subviral qui existe dans les cellules en tant que particules d’ARN uniquement qui s’auto-clive (pas de capside ni enveloppe)
CHEZ LES PLANTES
Comment fonctionne le viroide ?
c’est une longue copie ARN qui fait une longue copie répété de lui meme et s’autoclive sous l’action de ribozyme (tête de marteau)
chaque copie viruoide mature possède une séquence ribozyme à tête de marteau et lui coupe les copies
= tue énergétiquement la cellule, car passe trop de temps à couper
Pourquoi l’ADN Z a une forme de zigzag ?
Alternance anti et syn donne allure en zigzag au squelette d’ADN
Adénine et cytosine son imino ou amino?
Amino
Guanine et thymine sont céto ou énol?
Céto
c’est quoi qui retourne les base dans l’ADN?
Protéine / enzyme
Il y a plus d’information dans le grand ou petit sillon ?
Plus riche dans le grand sillon
parce que dans le petit sillon, ne distingue pas si A
la présence de sel dans l’ADN change quoi?
La thermostabilité de l’ADN
