Cours 3

Question 1

Quels gènes contient l’opéron fab?

Answer 1

Gènes pour la biosynthèse des acides gras

Question 2

FadR est …? Comment fonctionne t il avec et sans molécule effectrice

Answer 2

Un activateur comme AraC.
Sans molécule effectrice il se fixe au site d’activation de l’opéron fab.
Avec une molécule eff. (ac.gras), l’empêche de se fixer au site activateur.

Question 3

Pour FadR que représente l’acide gras?

Answer 3

c’est la molécule effectrice, c’est un co-represseur

Question 4

Dans quel genre de système s’inscrit FadR?

Answer 4

Un système répressif, contrairement à ara et mal qui sont des inducteur

Question 5

Que peut on dire du lien entre le promoteur et l’affinité pour l’arn polymérase?

Answer 5

• Les promoteur qui dépendent d’un activateur, ont une faible affinité pour la polymérase
• séquence éloignée du consensus
• faible intéraction entre s4 et -35

Question 6

Vrai ou faux. Les activateurs peuvent aussi agir comme répresseur.

Answer 6

Vrai. lorsque le promoteur à une forte affinité pour l’arn pol.

Question 7

Comment les activateurs agissent ils (7)?

Answer 7

1. compensation du faible contact s4 et -35
2. intéragissent avec le domaine alpha c-term (ex: protéine CAP)
3. Médiation par la séquence UP
4. Augmentent l’affinité de l’arn polymérase pour le promoteur (ex de P4)
5. Peuvent agir comme répresseur (ex: P4)
6. Interaction avec l’adn pol piégée dans un complexe fermé
7. Rapprochement des séquences -35 et -10 pour faciliter l’attachement de l’arn pol (déformation de l’adn)

Question 8

Quel est l’élément de régulation durant l’élongation? Des exemples?

Answer 8

L’atténuation, l’arn pol a donc déjà quitté le promoteur

• opéron trp de e.coli (séquence codante régulatrice)
• opéron trp de b. subtilis (protéine intéragissant avec l’arn)
• opéron bgl de e.coli (protéine intéragissant avec l’arn)

Question 9

Quel st l’alternative proposée pour comprendre le niveau additionnel de régulation de l’opéron trp (excepté le trpR)?

Answer 9

Un rôle de l’arnt-trp incluant:
- une mutation dans le gène structural ou impliquant un produit modifié ou dans l’aminoacyl synthétase
Ce qui causerait une diminution de son expression.
-> atténuation

Question 10

qu’est ce qu’un terminateur et un anti-terminateur?

Answer 10

Terminateur: structure secondaire de l’arn, précédant une suite de U
Anti-terminateur: structure secondaire qui prévient la présence du terminateur. Cette séquence srait autrement dans l’anti-terminateur.

Question 11

Quels éléments indiquent que la régulation de l’opéron trp pourrait se faire également par l’arnt-trp?

Answer 11

1. Au niveau de TrpL (gène précédent le début des gènes cibles)
2. Des délétions dans la région élimine cette régulation
3. des doubles mutants TrpR- et TrpL- étaient constitutifs
4. Les mutations TrpL- agissent en cis
5. terminaison de la transcription lorsqu’il y a un excès d’arnt-trp

Question 12

Quelles sont les possibilité de structures secondaires de l’arn de trpL ?

Answer 12

1: 2: pause, couplage transcription, traduction
3: 4: terminaison prématurée
2: 3: anti-terminaison

Question 13

Quelles sont les similarités et les différences entre les opérons de B.subtilis et E.coli?

Answer 13

Similarité:
- Structure terminaison et anti-terminaison
- Régulation par arnt-trp
Différence
- Pas de régulation par les ribosomes mais par protéine TRAP

Question 14

A) Comment fonctionne Trap avec tryptophane?

B) Sans tryptophane

Answer 14

A)
- les 11 sous-unités se lient au trp
- intéragit avec arn leader (GAG ou UAG)
- prévient la structure antiterminaison
- peuvent inhiber la traduction en incluant RBS dans la structure secondaire
B) Trap et arn leader n’intéragissent pas -> structure anti-terminaison

Question 15

Qu’est ce qui régule TRAP

Answer 15

Protéine Ant-Trap: se lie à Trap et l’empêche de se lier à l’arn leader

Question 16

Les riboswitch contrôlent les régions codantes:
A) en amont
B) en aval

Answer 16

A) en amont

Question 17

Concernant la régulation des riboswitch par un métabolite, quels exemple de métabolites peut on donner?

Answer 17

B12, B1, G, A, flavine, mononucléotides, SAM, Mg

Question 18

Concernant la régulation des riboswitch par un métabolite, quel est la structure secondaire supplémentaire?

Answer 18

antianti-terminaison

Question 19

Qu’est ce que la terminaison processive?

Answer 19

Arn polymérase modifiée pour augmenter sa rapidité.

Question 20

Le niveau d’expression des gènes dépend de 2 facteurs, lesquels?

Answer 20

1. niveau d’expression d’arnm

2. Stabilité de l’arnm

Question 21

Comment la demi vie des arnm peut être modulée?

Answer 21

1. Masquer le site de clivage des rnases

2. Masquer site attachement au ribosome

Question 22

La modulation des vies des arnm est modulée par quoi?

Answer 22

• protéines

- petits arn régulateurs

Question 23

Vrai ou Faux. La régulation de la traduction se fait plus souvent au niveau de l’élongation.

Answer 23

Faux, au niveau de l’initiation. L’élongation est:

1. Hautement processive
2. Insensible aux structures secondaires de l’arn

Question 24

La régulation au niveau de la traduction se fait grâce à quelles protéins/structures (4)?

Answer 24

1. Protéines intéragissant avec TIR
2. Petits arn régulateurs
3. ARN thermosenseur
4. Riboswitch

Question 25

Qu’est ce qu’est Hfq?

Answer 25

Une protéine qui aide le petit arn régulateur agissant avec TIR pour inhiber la traduction et dégrader l’arnm

Question 26

Concernant les arn thermosenseurs, quelle est la température à partir de laquelle le gène doit être exprimé?

Answer 26

La température qui déstabilise la structure secondaire pour permettre la traduction

Question 27

Qu’est ce que la réponse heat shock pour e.coli?

Answer 27

arnm codant pour le facteur s32 (rpoh) est exprimé partir de 42 degré.

Question 28

Comment un riboswitch agit au niveau de la traduction?

Answer 28

La structure secondaire emprisonne la séquence SD, contrée par la structure anti-terminale qui séquestre la séquence ASD.

Question 29

Quelles sont les étapes (4) pour déterminer le nombre de protéines actives dans la cellule?

Answer 29

1. Repliment de la protéine adéquat
2. La protéine est modifiée chimiquement pour être active
3. Le niveau de la protéine dans la ellule dépend de sa stabilité
4. L’activité peut être affectée par un interaction avec de petites molécules

Question 30

Quelles sont les modifiations chimiques de la protéine qui peuvent être faites pour activer ou stabiliser la protéine?

Answer 30

Phosphorylation, acétylation, méthylation

Question 31

La stabilité des protéines dépend de quelles conditions (2)?

Answer 31

1. dépend de ses propriétés intrinsèques (susceptibilité aux protéases)
2. modification en réponses aux stress environnementaux

Question 32

Que fat l’adaptateur et l’anti-adaptateur?

Answer 32

Adaptateur: dirige la protéine vers la protéolyse régulée

Anti-adaptateur: inhibe l’adapt et stabilise la protéine

Question 33

Vrai ou faux. Les adapt/anti-adapt sont très spécifiques pour les protéines qu’ils régulent seulement.

Answer 33

Faux. également pour les protéases

Question 34

A) À quoi sert le facteur sS
B) quel est son adaptateur
C) anti-adaptateur?

Answer 34

A) l’expression des gènes pour une réponse générale au stress
B) Rss, emène sS vers la dégradation par ClpXP
C) ira

Question 35

En quoi consiste la rétro-inhibition?

Answer 35

Le produit final d’une voie métabolique s’inhibe elle même en intéragissant avec la 1e enzyme

Question 36

Dans la rétro-inhibition du trp, avec quoi agit-il?

Answer 36

l’anthranilate synthétase (TrpE)

Question 37

S’il y a une haute concentration de 5-méthyl-trp, que pourrait-il pousser dans un milieu sans trp?

Answer 37

le 5-machin intéragit avec TrpE ce qui diminue l’activité de la quantité de trp (rétro-inhibition). Les seuls qui poussent sont les mutants missens (mutants dans la rétro-inhibiton, qui empêche 5-machin et trp de se lier sur TrpE)