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Bactériologie 2 > Cours 2 > Flashcards

Cours 2 Flashcards

1
Q 
Quelles sont les étapes de l'expression génique et quelles sont leurs protéines associées?
A) La traduction
B) L'élongation
C) La terminaison
D) La transcrption
E) La terminaison
A

D) La transcription: Arn polymérase

A) La traduction: Ribosome et Arnt

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2
Q

Quelles sont les sous unités des ribosomes, les arnR et les protéines?

A 
50S: 
- arnR 23S et 5S
- 32 protéines (L1 -L32)
30S:
- arnR: 16S
- 21 protéines: (S1 - S21)
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3
Q

Quels sont les éléments du gène permettant son expression (6) et leurs fonctions?

A
  1. Promoteur: Interaction avec l’arn pol (-35 à -10)
  2. Site d’initiation de la transcription: début arnm, +1
  3. RBS: site d’attachement du ribo à l’arnm
  4. Codon intiateur: ATG, début de la traduction
  5. Codon d’arrêt
  6. Site de terminaison de la transcription (fin arnm)
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4
Q

Quelles sont les structures secondaires de l’Arn?

A

Hairpin et pseudoknot

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5
Q

Quelles sont les différences entre l’appariement GU et GT?

A

GU: pas de lien H, est toléré mais ne contribue pas à la stabilité de l’Arn
GT: trop de distorsion, déstabilise la structure 2D

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6
Q

Quelles sont les 5 sous unités de l’arn pol et leurs rôles?

A

1&2. alpha: intéraction avec des séquences en amont du promoteur ou d’autres facteurs d’activation, active via N-term et C-term

  1. beta: activité catalytique et fixation sur l’adn
  2. beta’: idem
  3. w: réponse stringente, activité catalytique, peut reconnaître un promoteur
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7
Q

Que contient de plus l’holoenzyme (en plus de l’arn pol)?

A

Le facteur sigma, qui permet de reconnaître le promoteur et débute la transcription.

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8
Q

Si la polymérisation se fait dans le sens
A) 3’ vers 5’
B) 5’ vers 3’
Le déplacement de l’arn pol se fait dans le sens
C) 3’ vers 5’
D) 5’ vers 3’

A

A & C

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9
Q

Vrai ou Faux. L’incorporation du NTP se fait via le pairage avec le nucléotide du brin codant.

A

Faux, avec le brin matrice

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10
Q 
Concernant le promoteur:
A) Quel facteur le reconnait?
B) quelles sont les séquences consensus?
C) La transcription débute avec...?
D) Le spacer a combbien de nucléotides?
A

A) sigma70 (gène rpoD, poids moléculaire de 70kDa)
B) -35: TTGACA & -10: TATAAT
C) Une purine
D) environ 17

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11
Q

Vrai ou Faux. La transcription commenc au RBS et prend fin au terminateur de transcription.

A

Faux, il commence à un promoteur.

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12
Q

Vrai ou Faux. L’arn pol coeur doit intéragir avec un facteur sigma pour reconnaître un promoteur.

A

Vrai

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13
Q

Vrai ou Faux. La traduction commence lorsque les brins d’adn sont séparés au promoteur et les 1er NTP, généralement GTP ou ATP entre dans le site actif.

A

Faux, La transcription.

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14
Q

Vrai ou Faux. L’arn pol forme une bulle de transcription incluant un hybride adn-adn, d’environ 8 nucléotides pour la stabiliser.

A

Faux. Adn-arn

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15
Q

Vrai ou Faux. le facteur sigma quitte l’arn pol lorsque la transcription est terminée.

A

Faux, lorsquel’arn pol quitte le promoteur

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16
Q

Mettre les étapes dans l’ordre:

  1. évasion de l’arn pol du promoteur
  2. un facteur sigma intéragit avec l’enzyme coeur pour former un holoenzyme
  3. initiation et cycle de transcription abortives
  4. relâche du facteur sigma et passage à la phase d’élongation
  5. intéraction de l’arn pol avec le promoteur: formation d’un complexe fermé
  6. Isomérisation et formation d’un complexe ouvert
  7. terminaison de la transcription, relâche de l’arn et et de l’arn pol coeur
A

2-5-6-3-1-4-7

  1. un facteur sigma intéragit avec l’enzyme coeur pour former un holoenzyme
  2. intéraction de l’arn pol avec le promoteur: formation d’un complexe fermé
  3. Isomérisation et formation d’un complexe ouvert
  4. initiation et cycle de transcription abortives
  5. évasion de l’arn pol du promoteur
  6. relâche du facteur sigma et passage à la phase d’élongation
  7. terminaison de la transcription, relâche de l’arn et et de l’arn pol coeur
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17
Q

Quelles sont les “sous-unités” du facteur sigma et que reconnaissent-elles?

A

sigma 4: reconnaît -35 alors qu’il est encore double brin
sigma 2: intéragit avec -10 (riche en AT), encore double brin, intéragit avec beta’
sigma 3: intéragit avec beta, au niveau du spacer

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18
Q

Quelles sont les différence d’intéraction de sigma s’il n’y a pas de -35, mais une séquence -10 étendue?

A

sigma 3 intéragit alors avec la section étendue de -10

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19
Q

Quelles sont les différence d’intéraction de sigma s’il y a un élément UP?

A

Élément est alors reconnu par la portion C-terminal des sous unités alpha

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20
Q

Quel partie de sigma sépare les brins et pourquoi?

A

Sigma 2, car elle se lie à la région -10 qui est riche en AT, donc plus facile à séparer.

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21
Q

Dans le processus d’initiation, un NTP, soit AAA ou BBB, entre dans le CCC et intéragit avec le nucléotide +D du brin matrice

A

AAA: ATP
BBB: GTP
CCC: Canal secondaire ou canal du site actif
D: +1

22
Q

Quel est l’effet de la rifampicine?

A

Intéragit avec la sous-unité beta dans le canal du site actif. L’arn d’une longueur de 2-3 nucléotides la rencontre et la synthèse est alors bloquée. L’arn pol reste trappé dans le complexe ouvert.

23
Q

Qu’est ce que la transcription abortive?

A

Rencontre de sigma 3.2 après une dizaine de nucléotides qui bloque le canal de sortie de l’arn. Quelque fois l’arn est expulsé et la pol revient à l’étape de complexe ouvert.

24
Q

Quelle est l’étape ou l’arn pol doit demeurer sur l’adn matrice sans quoi la transcription est irréversiblement intterompue? Comment s’appelle ce phénomène?

A

Élongation, ce phénomène se nomme “transcription processive obligatoire”

25
Q

Qu’est ce qui aide la stabilité du complexe d’élongation?

A

Présence d’un hybride arn:adn de 8-9 nucléotides dans la bulle de transcription

26
Q 
Pause de l'arn pol dans l'élongation:
A) quelle est la vitesse de la pol?
B) Durée de la pause?
C) Site de pause conventionnel?
D) Stabilité?
A

A) 50 nucléotides / secondes
B) 1 seconde à quelques minutes
C) Suite de 7 T ou plus dans le brin codant, précédé d’une épingle à cheveux dans l’arn
D) Exceptionnellement, un couplage UA est moins stable que TA

27
Q

Qu’est ce que la terminaison rho-dépendante?

A

La structure en épingle englobe les 1er nucléotides de l’hybride adn-arn dans la bulle de transcription. La pause permet à la protéine rho de rattraper l’arn et se lie à une région (rut) riche en C (dans l’épingle). L’activité hélicase permet la séparation des hybrides adn-arn ce qui fait que la polymérase quitte et termine la transcription.

28
Q

Que font les boucles D et U de l’arnt?

A

Stabilisation

29
Q

Que fait l’aminoacyl arnt synthétase?

A

aa + trna+ ATP -> aminoacyl-arnt + amp + pp

30
Q

Quelles sont les étapes de l’initiation de la tranduction (4)?

A
  1. Reconnaissance du RBS par l’arn 16S de la sous unité 30S du ribo
  2. entrée du 1e arnt initiateur spécifique (N-formyl-met) et s’apparie avec AUG
  3. Protéines IF1, IF2, IF3: formation correcte du complexe de démarrage arnm-30S-arnt initiateur
  4. Ajout sous unité 50S
31
Q

Lors de l’élongation de la traduction, quels sont les 3 sites de fixations des arnt chargés et leurs rôle?

A

A: site d’entrée des arnt chargés
P: Site ou se trouve les peptidyl-arnt (protéines naissante)
E: site de sortie de l’arnt libéré de son aa

32
Q

Quelles sont les 3 étapes de l’élongation de la traduction?

A
  1. Entrée du arnt chargé au site A. Aide de Ef-tu-GTP et hydrolyse en GDP
  2. Catalyse de la liaison peptidique arn 23S: ribozymes. Transfert du F-met du arnt initiateur au site P sur l’aa de l’arnt du site A
  3. Translocation: arnt du site A vers le site P. L’arnt du site P vers le site E ou il perd son interaction avec le codon et est relâché
33
Q

Qu’est ce qu’un:
A) codon sens
B) codon non-sens

A

A) un aa

B) un signal de terminaison

34
Q

Quels sont les facteurs de terminaison de la traduction et que font-ils?

A

RF1 et RF2: transfert le peptide porté par l’arnt du site P sur une molécule d’eau
RFE: relargue arnm, 50S, 30S

35
Q

Quel est le principe de trans-traduction tmrna?

A
  • l’arnm est parfois dégradé durant la traduction et les ribo restent coincés (car pas de signal de terminaison).
  • Un tmrna (hybride arnm-arnt) chargé d’une ala se fixe au site A
  • Le ribo traduit la partie arnm du tmrna (queue de 10aa)
  • cette queue inclut un site de reconnaissance pour la protéine ClpXP qui dégrade la protéine
  • Recyclage du ribo et dégradation la protéine tronquée
36
Q

Dans le phénomène de polarité, quelle protéine entraîne la terminaison prématurée de la transcritption?

A

Protéine rho

37
Q

Que veut dire régulation négative

A) la protéine régulatrice, dans son état inactif, inhibe l’expression de l’opéron
B) la protéine régulatrice, dans son état actif, active l’expression de l’opéron
C) la protéine régulatrice, dans son état actif, inhibe l’expression de l’opéron
D) la protéine régulatrice, dans son état inactif, active l’expression de l’opéron

A

C) la protéine régulatrice, dans son état actif, inhibe l’expression de l’opéron

Wild guess: D) la protéine régulatrice, dans son état inactif, active l’expression de l’opéron devrait être vrai aussi ?

38
Q

Qu’est ce qu’un mutant constitutif?

A

Synthétise le produit sans nécessairement la présence de l’inducteur.

39
Q

Le mutant constitutif est plus difficile à faire en régulation positive ou négative?

A

Régulation positive. La protéine doit être indépendante de son inducteur pour son activité. Tandis que la régulation négative, il faut simplement muter la protéine pour l’inactiver.

40
Q 
Exemples 
A) d'inducteur négatifs?
B) de répresseurs négatifs?
C) inducteurs positifs?
D) Répresseur positifs?
A

A) lac opéron: LacI
B) opéron trp: TrpR
C) ara operon: AraC
D) tab operon, FadR

41
Q

Dans l’opéron lac, quand est ce que les mutations m1 et m2 ne se complémentent pas (2) ?

A
  1. si elles sont dans le même gène

2. une mutation affecte un site de régulation ou est polaire

42
Q

Qu’arrive t il en présence d’une mutation lacP

A

Aucun gène lac (par exemple, F’) ne peuvent être exprimés. Les mutations sur le chromosomes ne pourront être complémentés

43
Q

Vrai ou Faux. LacP, la majorité sont des mutations de promoteurs.

A

Faux. la majorité sont des mutations polaire. Non pas avec le promoteur comme ils le pensaient avant.

44
Q

Plus de chance d’obtenir des mutants avec un phénotype constitutif?
A) LacI
B) LacO

A

A) LacI car beaucoup plus long

45
Q

LacI lient quelles sections de l’opéron?

A

O1 et O3 (contiennent entre eux -35 et -10)

46
Q

Opéron gal, quelles sont les utilisations du galactose? (3)

A
  1. source de carbone
  2. précurseur de lps
  3. précurseur de capsule
47
Q

Avec un GalRs, quelles sont les deux mutations possibles pour rendre la souche Gal+?

A
  1. Mutation dans GalRs

2. Mutation dans l’opérateur O1

48
Q

Que se passe t il s’il y a un multiple de 10 ou 15 nucléos insérés entre les opérateur O1 et OE de l’opéron Gal?

A

10: les répresseurs peuvent lier les opérateur du même côté, la région est conservée
15: L’adn doit twister et les répresseurs se retrouvent des deux cotés de l’hélice, la régulation de l’opéron est abolit.

49
Q

Que produit une mutation de AraC?

A

Une super-répression

50
Q

Que fait D-fucose?

A

Analogue du L-arabinose, peut intéragir avec AraC pour donner un complexe incapable d’activer l’opéron arabinose

51
Q

Dans un milieur avec D-fucose et L-arabinose, quelles sont les colonies qui peuvent pousser?

A

Celles qui ont une mutation dans AraC la rendant indépendante du L-arabinose pour activer l’expression de l’opéron L-ara

52
Q

Que se passe t’il si AraC se lie à:
A) I1 et O2
B) I1 et I2
C) araO

A

A) En stade P1. Lie l’adn l’empêchant de faire l’expression de l’opéron
B) En stade P2. Lie l’adn afin d’activer la transcription
C) Trop d’arabinose, répression de la transcription à partir de son propre promoteur

Bactériologie 2 (12 decks)

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