Cours 3 Flashcards
A quoi correspond une représentation de Lineweaver-Burk ?
En gros on essaye de représenter MM sous forme de fonction affine, en utilisant un passage à l’inverse : Du coup on a 1/V0 = 1/Vmax + Km/Vmax * 1/S
Qu’est-ce que une représentation de Eadie Hofstee ?
V0 = Vmax -Km (V0/S)
La pente est de -km.
Qu’est-ce que une représentation de Eadie Scatchard ?
V0/S = Vmax/Km - V0/Km
La pente est de -1/Km
Quelle est la fonction la plus utilisée, mais quel inconvénient ?
Lineweaver est la plus utilisée mais donne trop de poids aux valeurs faibles de V0.
Quel pb avec les fonction Eadie ? Quelle fonction surtout utilisée pour les interactions ligands prots ?
La vitesse est en abcisse et ordonnées, amplifiant les erreurs. Mais Scatchar utilisée bcp pour ligand prot.
Qu’est-ce que le Katal ?
1 katal est la quantité d’enzyme qui transforme une mole de substrat par seconde.
Quel problème pour l’utilisation du katal ?
L’unité est d’un ordre de grandeur beaucoup trop grand pour l’utiliser dans la pratique.
A quoi correspond une U d’enzyme ?
C’est la quantité d’enzyme transformant une micromole d’enzyme par minute.
Quelle différence entre activité enzymatique et activité spécifique ?
L’activité enzymatique se base uniquement par rapport aux enzymes présentes tandis que l’activité spécifique s’exprime en fonction de la totalité de protéines.
Qu’est-ce que l’enrichissement ?
Il s’agit de la proportion de contaminants par rapport à l’enzyme.
Qu’est-ce que le rendement ?
Il s’agit de la proportion d’enzyme perdue lors de l’enrichissement.
Comment calcule-t-on le rendement ?
Il s’agit du nombre d’unités enzymatiques ans l’échantillon final par rapport au nombre d’unités enymatiques dans l’échantillon initial.
Comment calcule-t-on l’enrichissement ?
Activité spécifique Finale / activité spécifique initiale.
Dans le cas d’une réaction enzymatique avec deux substrats limitants comment se passe la fixation des substrat en réactions séquencielles ?
Tous les substrats se fixent à l’enzyme avant que le produit soit libéré, formant un complexe ternaire. Les substrat peuvent se fixer indépendamment l’un de l’autre ou dans un ordre défini.
Dans le cas d’une réaction enzymatique avec deux substrats limitants comment se passe la fixation des substrat en réactions à double déplacement ?
Un ou plusieurs produits sont libérés AVANT que tous les substrats soient fixés à l’enzyme.
Quels sont les deux facteurs affectant la vitesse initiale d’une réaction ?
La température et le pH.
Si on augmente la température, plus d’energie fournie –> accélération de la réaction..
pH : augmente jusqu’au pH optimum puis diminue.
Comment le pH affecte la vitesse d’une réaction ?
Modifient l’enzyme en ionisant, modifiant la structure 3d ou changer les caracs du site actif.
Modifie le substrat en modifiant son degré d’ionisation.
Dans l’exemple de la RNase A, quels sont les trois aa constituant son site actif ?
His12, Lys41, His119.
Comment fonctionne l’inhibition irréversible ?
L’inhibiteur se fixe très fortement à son enzyme et se dissocie très lentement.
Donner un exemple d’inhibiteur irréversible.
La péniciline : inhibe la croissance bactérienne de manière irréversible en inhibant la transpeptidase, intervenant dans la formation de certaines des liaisons peptidiques.
Comment contrer les bactéries résistantes à la péniciline exprimant des beta lactamases ?
On développe des composés dits inhibiteurs suicides (inhibent la protéine de résistance), associés à l’antibiotique.
Comment fonctionne l’inhibition réversible ?
Peut être compétitive, non compet ou incompétitive: se dissocie rapidement.
Qu’est-ce qu’un inhibiteur compétitif ?
L’enzyme peut se fixer au substrat ou à cet inhibiteur, mais pas les deux en même temps : site de fixation est le même.
Donner deux exemples d’inhibiteur compétitif.
Méthotrexate, inhibnt la DHFR et ibuprofène.
Comment est-ce que les inhibiteurs compétitifs influent la cinétique?
Réduit le nombre de molécules E pouvant fixer les substrats : par conséquent, la vitesse de réaction est affectée.
Qu’est-ce que Ki ?
C’est la constante de dissociation de l’inhibiteur, et Ki= [E][I]/[EI]
Qu’est-ce qu’un inhibiteur noncompétitif ?
Ne se fixe pas au même enroit que le substrat mais sa fixation engendre un changement de conformation dusite actif.
Exemple d’inhibiteur non compétitif.
Cyanure dans la respiration.
Qu’est-ce qui est conservé entre pas d’inhibiteur et inhibiteur non compétitif ?
-1/Km (intersection abcisse)
Qu’est-ce qu’un inhibiteur incompétitif ?
Se lie uniquement au complexe ES.
exemple d’un inhibiteur incompétitif ?
Herbicide Glyphosphate.
Quels paramètres sont affectés par un inhibiteur incompétitif ?
Km et Vmax, mais la pente ne change pas.
Qu’est-ce qu’un agoniste ?
Il s’agit d’une molécule qui a les mêmes propriétés que le ligand donc déclenche en plus ou moins fort la même réaction que le substrat normal.
Qu’est-ce qu’un antagoniste ?
Molécule dont l’action s’oppose aux effets du ligand similaire à l’inhibiteur compétitif d’une enzyme.
