Cours 3 Flashcards
Savoir interpréter une phylogénie (représentation visuelle).
Savoir interpréter une phylogénie (représentation visuelle).
Définir les concepts de groupe monophylétique, paraphylétique, et polyphylétique.
monophylétique : qui contient tous les descendants d’un même ancêtre commun
paraphylétique : qui n’inclus pas tous les descendants provenant du même ancêtre commun
polyphylétique : contient un certain nombre de taxons, mais ne contient pas l’ancêtre commun à tous. Le groupe dérive de deux ou plusieurs espèces ancestrales. Repose sur des homoplasies, plutôt que des homologies.
Expliquer la notion de polarité des caractères (état plésiomorphe vs apomorphe, ou ancestral vs dérivé).
Plésiomorphe (ancestrale): état primitif d’un caractère
Apomorphe (dérivé): état dérivé d’un caractère
Définir ce qu’est une synapomorphie.
homologie dérivée partagée, obligatoires pour avoir groupes monophylétiques
Comprendre le principe de la reconstruction phylogénétique par parcimonie.
le plus probable du point de vue évolutif, est qu’il y ait le moins d’étape pour arriver a une évolution.
Identifier les particularités de la méthode de reconstruction phylogénétique par vraisemblance, reconnaître quand ils peuvent être utilisés (traits génétiques vs morphologiques).
ce modèle précise des choses comme la proportion de chaque nucléotide dans les séquences et le taux de mutation pour chaque substitution possible (transitions VS transversions)
*Permet d’estimer les longueurs des branches
*Permet de calculer le taux de mutation à travers une séquence (distribution gamma est souvent utilisée)
*Limite les problème d’homoplasie
Donner des exemples des paramètres trouvés dans un modèle d’évolution
- Type de mutation (transversion ou transition)
- Distribution des mutations dans le génome
Discerner la notion d’homoplasie dans le contexte de données génétiques, phénomène de saturation des mutations, variation du taux de substitution entre positions des codons.
homoplasie dans le contexte de données génétiques : risque d’être des gènes différents
phénomène de saturation des mutations : à moment donné on a testé toutes les mutation possibles
variation du taux de substitution entre positions des codons : selon le code
Expliquer pourquoi le taux de mutation diffère entre transitions et transversions.
En raison des propriétés biochimiques des nucléotides, une transition est beaucoup plus probable qu’une transversion (requière moins de modifications). Donc de purines à purines plus probable.
