cours 2 microbiologie / grands groupes des microorganismes

Question 1

Quelle est la hiérarchie taxonomique?

Answer 1

Domaine –> règne –> embranchement –> classe –> ordre –> famille –> genre –> espèce

souche pour les bactéries retrouvés dans une culture pure ne contenant qu’une même espèce mais qui ne sont pas complètement identiques

Question 2

Quelles sont les différences entre une cellule procaryote et eucaryote?

Answer 2

procaryote: cellule simple sans membrane nucléaire, sans noyau, un seul chromosome libre dans le cytoplasme, ex: bactéries
eucaryote: cellule complexe avec un noyau contenant plusieurs chromosomes (eucaryotes peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires)

Question 3

Quels sont les différents domaines?

Answer 3

bacteria: procaryotes pathogènes, non-pathogènes et ceux capables de photosynth;se (cyanobactéries)
archaea: procaryotes dont la paroi cellulaire ne contient pas de peptidoglycane, vivent dans des conditions extrêmes (produit du méthane, milieu salé, milieu chaud, sulfureux et acide)
eucarya: cellules eucaryotes plus complexes que les cellules procaryotes

Question 4

Quels sont les différents règnes des eucaryotes?

Answer 4

protistes (unicellulaires), mycènes, plantes et animaux

pas de règnes pour les procaryotes

Question 5

Qu’est ce qu’un critère génotypique?

Answer 5

pour désigner les caractères génétiques des microbes (différence dans la séquence nucléotidique)

Question 6

Qu’est ce qu’un critère phénotypique?

Answer 6

attributs qui découlent des critères génotypiques, qu’ils soient de nature morphologique, biochimique, physiologique ou autre

Question 7

Qu’est ce qu’une microorganisme?

Answer 7

regroupe bactéries, virus, mycètes et protozoaires

organismes de très petite taille, omniprésence et abondance dans la nature, unicellulaire, niveau d’organisation relativement simple, inclut procaryotes et eucaryotes, disposent d’un potentiel métabolique (sauf virus), capables de se reproduire de façon autonomes (sauf virus)

Question 8

Où se situent les virus parmi les microbes?

Answer 8

ils n’appartiennent à aucun des 3 domaines ni des règnes

ce sont des agents infectieux acellulaires, considérés non vivants

même chose pour les viroïdes (ARN infectieux pour les plantes) et les prions (protéines anormales affectant le système nerveux des animaux et de l’homme)

Question 9

Comment est-ce que les microorganismes font pour se procurer de l’énergie?

Answer 9

respiration, fermentation, photosynthèse ou en dégradant des produits organiques comme substrat énergétique et source de carbone, en présence ou absence d’oxygène

Question 10

Quelles sont les caractéristiques des bactéries?

Answer 10

• procaryote
• pas de noyau
• constitué d’un seul chromosome qui est libre dans le cytoplasme
• pas d’organelles
• possèdent de l’ADN et de l’ARN
• se répliquent de façon autonome, par division binaire
• visible en microscopie optique
• peuvent vivre à l’extérieur ou à l’intérieur des cellules de l’hôte qu’elles infectent
• certaines manques de métabolites essentiels qu’elles n’arrivent pas à synthétiser, en sorte qu’elles agissent comme des parasites intracellulaires obligatoires

Question 11

Quelles sont les caractéristiques des virus?

Answer 11

• trop petits pour être visualisés en microscopie optique (donc microscopie électronique)
• non-vivants
• ne peuvent se répliquer de façon autonome
• ne peuvent se développer qu’au moment où il existe une cellule-hôte qu’ils peuvent infecter
• génome est composé soit d’ADN ou d’ARN
• possède une structure protéique (capside) qui entoure le matériel génétique

Question 12

Quelles sont les caractéristiques des mycètes?

Answer 12

• plus grande taille que les bactéries
• structure cellulaire plus complexe
• tirent des substances qui leur sont nécessaires de matières organiques en décomposition
• ne sont pas nécessairement pathogènes
• se divisent en levures (unicellulaires, se reproduisent par bourgeonnement, alimentaire, peuvent causer infections) et moisissures (multicellulaires, sous forme filamenteuse ou dimorphe, industrie alimentaire ou pharmaceutique, peuvent libérer des toxines et s’avérer invasifs en cas de blessures)

Question 13

Quelles sont les caractéristiques des protozoaires?

Answer 13

• eucaryotes unicellulaires causant des infections
• vivent sans l’eau, les sols humides ou à l’intérieur d’un organisme
• peuvent agir comme entités autonomes ou parasitaires

Question 14

Quelle est la différence entre une infestation et une infection?

Answer 14

infestation: se réfère aux parasitaires macroscopiques (vers, poux)
infection: pathologies induites par des microorganismes invisibles à l’oeil

Question 15

Quelles sont les composantes structurales des bactéries?

Answer 15

enveloppes (constituées de la capsule / glycocalyx, de la paroi et de la membrane cytoplasmique), cytoplasme, ribosomes, matériel génétique, appendices externes (flagelles et pili)

Question 16

Qu’est ce que la capsule d’une bactérie?

Answer 16

enveloppe visqueuse d’épaisseur variable produite à la surface de certaines bactéries, on peut la voir en mélangeant la suspension bactérienne avec de l’encre de chine et non en microscopie optique, empêche la bactérie d’être phagocytée et favorise l’adhérence des bactéries aux cellules épithéliales de l’hôte

est en général composé de polysaccharides variés permetttant la classification par sérotypes

la capsule est appelée ANTIGÈNE K et on utilise “sérotypes” pour désigner les diverses souches

Question 17

Qu’est ce que le glycocalyx?

Answer 17

feutrage extracellulaire de fibres polysaccharidiques présentes à la surface de certaines bactéries dans leur milieu naturel, c’est un équivalent de la capsule mais établit des interconnections entres bactéries, favorise l’adhésion de la bactérie à des matériaux comme les prothèses, les tuyaux, etc

Question 18

Quand est-ce qu’on utilise le terme “capsule” et quand utilise-t-on le terme “glycocalyx”?

Answer 18

capsule: quand polysaccharides demeurent confinés à des bactéries individuelles
glycocalyx: quand bactéries sont reliées entre elles dans cette matrice extracellulaire

Question 19

Qu’est ce que la paroi d’une bactérie?

Answer 19

enveloppe semi-rigide donnant sa forme à la bactérie (sphère, bâtonnet, spirale)

Gram positif: épais peptidoglycan

Gram négatif: couche de peptidoglycan très mince mais recouverte d’une seconde couche appelée enveloppe externe qui contient des lipopolysaccharides appelés endotoxine (ANTIGÈNE O) et des canaux appelés porines par lesquels des substances nutritives peuvent pénétrer la cellule

Question 20

Comment diffère l’action de la péniciline sur les bactéries Gram positif et Gram négatif?

Answer 20

Sur les Gram négatif, l’enveloppe supplémentaire rend difficile l’accès au peptidoglycan par la péniciline, donc la péniciline est plus efficace contre les Gram+

la péniciline interfère avec la synthèse du peptidoglycan en se liant à des protéines nommées “protéines liant la péniciline”

Question 21

Qu’est ce que la membrane cytoplasmique d’une bactérie?

Answer 21

une structure mice, à la fois souple et résistante, qui s’étend sous la paroi cellulaire et qui enveloppe et retient le cytoplasme de la cellule, faite de protéines mobiles au milieu d’une bicouche de phospholipides, laquelle forme une barrière osmotique régulant les concentrations d’ions et de substances nutritives intracellulaires versus extracellulaires

Question 22

Qu’est ce que le cytoplasme des bactéries?

Answer 22

fluide qui contient plus de 95% d’eau et dans lequel on retrouve un grand nombre de substances dissoutes, contient des ribosomes

Question 23

Qu’est ce que les ribosomes des bactéries?

Answer 23

responsables de la traduction des ARNm en protéines

les ribosomes bactériens possèdent les sous-unités 50s et 30s (indice de sédimentation), une divergence d’avec les ribosomes humains, constituant ainsi une caractéristique exploitable par l’antibiothérapie

Question 24

Qu’est ce que le matériel génétique d’une bactérie?

Answer 24

on peut mettre en évidence le chromosome bactérien par microscopie optique ou électronique et l’ADN va apparaitre comme une forme pelotonnée

plusieurs bactéries possèdent en plus de petites molécules d’ADN circulaire douées de réplication autonome, transférable d’un microbe à l’autre, appelées plasmides (les plasmides peuvent porter des gènes de résistance aux antibiotiques)

Question 25

Qu’est ce que les flagelles?

Answer 25

assurent la mobilité de la bactérie, ne sont visibles qu’en utilisant une coloration spéciale, sont antigéniques et appelés ANTIGÈNE H

Question 26

Qu’est ce qu’un monotriche?

Answer 26

un seul flagelle à une extrémité de la cellule

Question 27

Qu’est ce qu’un lophotriche?

Answer 27

plusieurs flagelles à une extrémité de la cellule

Question 28

Qu’est ce que l’amphitriche?

Answer 28

une ou plusieurs flagelles aux 2 extrémités de la cellule

Question 29

Qu’est ce qu’un péritriche?

Answer 29

des flagelles répartis sur toute la surface de la cellule

Question 30

Qu’est ce que les pili?

Answer 30

beaucoup de bactéries à Gram négatif possèdent des genres de poils nommés pili (pilus au singulier), sert à fixer les bactéries

il y a des pili sexuels, servant au transfert unilatéral de matériel génétique d’une bactérie à l’autre (phénomène appelé conjugaison), ceci contribue à la dissémination de gènes de résistance par le transfert de plasmides

pili sexuels sont peu nombreux, et les pili réguliers sont aussi appelés fimbriae

Question 31

Qu’est ce qu’un endospore?

Answer 31

un spore intracellulaire dans lequel elles stockent leurs éléments vitaux dans les situations de survie, en se débarrassant du reste, sous cette forme, les bactéries peuvent résister de longues années sans eau ni nourriture, aux températures extrêmes, et deviennent insensibles à l’action de composés chimiques tels les antibiotiques (processus de sporulation quand conditions sont défavorables)

bacille à Gram+ ont cette capacité

Question 32

Qu’est ce que la germination d’une bactérie?

Answer 32

inverse de la sporulation, lorsque les conditions environnementales deviennent favorables, la bactérie reprend sa forme “végétative” active

Question 33

Généralement de quelle manière est contractée la bactérie dans l’environnement?

Answer 33

sous sa forme sporulée

Question 34

Quelle est la morphologie d’une bactérie?

Answer 34

forme en bâtonnets, sphères, un entre-deux, des virgules ou spirales ou de forme variable

arrangement spaciale est soit celui de bactéries isolées, de paires, de chainettes, de paquets organisés en cubes ou d’amas désorganisés

Question 35

Quelle est la morphologie coloniale des bactéries?

Answer 35

la morphologie des colonies qu’elles produisent est classée selon la forme (circulaire, irrégulière, filamenteuse, rhizoïde), l’élévation (élevée, convexe, plate, pointue, cratériforme), la bordure (entière, ondulée, filiforme, frisée, lobée), la surface (lisse, luisante, crémeuse, rugueuse, mate), opacité (transparente, opaque, translucide, iridescente), la pigmentation (diverses couleurs)

Question 36

Qu’est ce que la coloration simple?

Answer 36

but: faire ressortir les cellules en entier

on emploie une solution aqueuse ou alcoolisée d’un seul colorant basique + parfois un agent chimique pour intensifier la coloration

colorants souvent utilisés: bleu de méthylène, fuschine basique, violet de cristal et la safranine

Question 37

Qu’est ce que la coloration différentielle?

Answer 37

coloration de Gram

pour diviser en 2 catégories: Gram positif et Gram négatif

utiles pour la sélection des antibiotiques

certaines bactéries (mycobactéries) réagissent mal à cette coloration, donc il faut utiliser la coloration de Ziehl-Neelsen

Question 38

Qu’est ce que la coloration de structures spécifiques?

Answer 38

• mettre en évidence la capsule (avec de l’encre de Chine): la capsule apparait translucide autour de bactéries noires
• endospore (bactéries sporulées apparaissent roses avec une spore verte)
• fuschine est utilisée pour rendre visible les flagelles

Question 39

Quels sont les différents types de microscopie optique?

Answer 39

microscopie à fond clair, microscopie à fond noire, microscopie à contraste de phase, microscopie à inversion, microscopie à fluorescence

Question 40

Qu’est ce que la microscopie à fond clair?

Answer 40

utilisée de façon courante en laboratoire, spécimen apparait foncé sur un fond lumineux brillant

Question 41

Qu’est ce que la microscopie à fond noir?

Answer 41

certains microbes peuvent être difficilement colorés, spécimen apparait non coloré apparait clair sur un fond noire sans lumière (seule la lumière qui traverse le microbe peut pénétrer l’objectif), permet aussi d’observer des microbes vivants en suspension

Question 42

Qu’est ce que la microscopie à contraste de phase?

Answer 42

permet d’augmenter le contraste entre des structures d’épaisseurs variées qui ne sont pas visibles avec un microscope à fond clair

les composantes du microscope convertissent les différences d’indice de réfraction des structures cellulaires en différences d’intensité lumineuse

très utile car permet d’examiner en détail les structures internes de microorganismes vivants dans les déformer

Question 43

Qu’est ce que la microscopie à inversion?

Answer 43

la culture cellulaire permet d’étudier le comportement des cellules face à divers stimuli, leur croissance se fait en microplaques ou en bouteilles contenant les nutriments appropriés

l’observation des cellules adhérées aux parois se fait à l’aide de microscopes inversés, c’est-à-dire dont les objectifs approchent le spécimen par en-dessous, alors que la source lumineuse l’éclaire par le haut

Question 44

Qu’est ce que la microscopie à flurorescence?

Answer 44

exploite la capacité de certaines substances d’absorber la lumière à des longueurs d’onde courtes (lumière ultra-violette) et à émettre de la lumière à des longueurs d’onde longues (lumière visible), c’est la fluorescence

fait usage de colorants (marqueurs fluorochromes) qui s’attachent aux composantes structurales que l’on veut détecter, le marqueur est souvent couplé à un anticorps qui reconnait spécifiquement la structure recherchée (immunofluorescence)

Question 45

Quels sont les différents types de microscopie?

Answer 45

microscopie optique (met en évidence les structures autrement difficilement visibles), microscopie confocale, microscopie électronique, microscopie à force anatomique et à sonde à effet tunnel

Question 46

Qu’est ce que la microscopie confocale?

Answer 46

fait usage de fluorochromes ainsi que de lasers qui traversent par plans successifs très étroits les échantillons à observer

le microscope est couplé à un ordinateur qui reconstitue en 3D l’ensemble du spécimen observé pour analyser sous différents angles les composantes internes

des plaques de cultures cellulaires vivantes peuvent être filmées sur plusieurs jours pour suivre l’évolution d’une phénomène + cellules pertinentes peuvent aussi être récupérées à l’aide d’une micro-aiguille puis transférées dans une autre plaque de culture

Question 47

Qu’est ce que la microscopie électronique?

Answer 47

faire traverser l’échantillon à observer par un faisceau d’électrons libres, émis par un canon à électrons qui se déplacent sous la forme d’ondes lesquelles sont focalisées au moyen d’aimants électromagnétiques servant de “lentilles”

l’échantillon doit être très mince puisque les électrons sont peu pénétrants (coupés avec un ultramicrotome), images formées sont en 2D ou 3D

avantage de cette technique est de pouvoir grossir beaucoup le spécimen à observer (utiles pour les virus)

Question 48

Qu’est ce que le microscope à force anatomique?

Answer 48

microscope à sonde locale permettant de visualiser la topographie de la surface d’un échantillon

permet de travailler dans des environnements particuliers comme les milieux sous vides, liquides ou ambiants

permet de visualiser avec une résolution nanométrique la morphologie tridimensionnelle de la surface d’un matériau et de cartographier certaines de ses propriétés

Question 49

Qu’est ce que le microscope à effet tunnel?

Answer 49

microscope en champ proche qui utilise un phénomène quantique, l’effet tunnel, pour déterminer la morphologie et la densité d’états électroniques de surface conductrices ou semi-conductrices avec une résolution spatiale pouvant être égale ou inférieure à la taille des atomes

c’est un pas décisif dans le développement des nanotechnologies

Question 50

Qu’est ce que les tests biochimiques?

Answer 50

sont utilisés pour identifier les bactéries une fois leur croissance obtenue en culture pure

système API: languettes multi-puits dans lesquels des substrats déshydratés sont déjà incorporés, ajout de bactéries dans les puits + incubation permet aux enzymes bactériens de réagir, en sorte de produire des couleurs finales caractéristiques d’une espèce particulière

technologie Micro-Scan: tests dans des microplaques de 96 puits contenant divers réactifs colorimétriques dont l’analyse automatisée est accomplie par ordinateur, un pointage est attribué selon la réponse positive ou négative, un résultat final à 8 chiffre correspond à une seule espèce

Question 51

Qu’est ce que le test d’agglutination sur lame avec antisérum?

Answer 51

test sérologique qui consiste à incorporer des échantillons d’une bactérie inconnue dans des gouttes de solution saline placées sur différentes lames, ajout de l’antisérum, les bactéries vont s’agglutiner et former des grumeaux lorsqu’elles correspondent aux anticorps d’un antisérum particulier, plus précis que les tests biochimiques

Question 52

Qu’est ce que la méthode ELISA?

Answer 52

test sérologique d’identification utilisant des anticorps spécifiques

permet soit de rechercher des anticorps qui ont été formés contre cet antigène ou de rechercher un antigène microbien dans un échantillon clinique, le but est de former un complexe antigène-anticorps

Question 53

Quelles sont les approches génotypiques?

Answer 53

séquençage de l’ADN (identifier des sections d’ADN qui sont caractéristiques au microbe afin de développer des sondes spécifiques), diagnostic moléculaire (sondes génétiques qui sont des courts segments d’ADN complémentaires à la séquence présente chez le microbe, pour détecter une espèce en particulier)

Question 54

Quelles sont les composantes obligatoires vs facultatives d’une bactérie?

Answer 54

obligatoires: paroi cellulaire, membrane plasmique, cytoplasme, chromosome, ribosome
facultatives: capsule, endotoxine, plasmide, flagelle, pili, spore

Question 55

Quelles sont les structures d’un virus?

Answer 55

capside hélicoïdale ou icosaédrique ou mixte

possibilité d’une enveloppe supplémentaire

Question 56

Quelles sont les enzymes des rétrovirus tels le VIH?

Answer 56

transcriptase inverse: rétro-transcrit l’ARN viral en ADN

intégrase: intègre l’ADN viral au chromosome de l’hôte

protéase: favorise la maturation des protéines virales

Question 57

Quel est l’enzyme des virus Influenza (grippe)?

Answer 57

neuramidase: contribue au relargage des virus hors des cellules