Cours 16

Question 1

What is the protein and function of protein in this study?

Answer 1

OS9, it recognises Man3-4’-B of a misfolded glycoprotein to signal it for ERAD

Question 2

Where is OS9 located? What type of domain it has?

Answer 2

Elle se retrouve dans le lumen du RE et elle possède un domaine MRH (mannose-6-phosphate receptor homology).

Question 3

Crystallisation of OS9-MRH found a secondary structure of?

Answer 3

Flattened B-barrel structure

Question 4

Pourquoi elle est considérée d’etre dans la famille P-lectine?

Answer 4

L’ion Ca est pour juste stabiliser la structure.

Le S-S et feuillet beta N-terminal est caractéristique.

Question 5

Comment ManB et Man4` agit avec le crystal? (quels sont les interactions avec MRH)

Answer 5

ManB fait liaisons H avec QNREY
ManB fait hydrophobe avec L
Man 4 fait li. hydrophobe avec W118

Question 6

Quel est le triade?

Answer 6

W117, W118 et H132

118 sur le coté, 117 par dessus 132

Question 7

NMR HSQC des tryptophanes?

Le nom et comment?

Answer 7

Heteronuclear single quantum coherence

H N et H C des tryptophanes labeled avec 13N ou 15C

Question 8

Qu’est-ce que NOESY détermine?

Answer 8

Changements de la structure tertiaire en absence ou présence de asMan3

Question 9

Pourquoi on fait NMR?

Answer 9

C’est pour montrer les intéractions avec Man3-Man4-ManB

Question 10

Qu’est-ce que l’empreinte digitale de NMR?

Answer 10

Cela nous montre la composition des groupes fonctionnelles de carbone.
Une protéine plie nous monter une graphique dispersé.

Question 11

Qu’est-ce que le spectre NMR nous montre?

Answer 11

Seulement les tryptophanes W117 et W118 ont des pertubations spectrales

Question 12

Comment Man3 interagit avec le triade?

Answer 12

Man3 a genre une interaction pi pi avec W117

Question 13

Comment on fait le ffluorescent flow cytometry?

Answer 13

Cellules Lec 1 avec des N-glycans sur sa surface

Protéines OS9-MRH avec des mutations W117 et W118

Question 14

Plus de fluorescence de flow cytometry veut dire?

Answer 14

Plus de liaison

Question 15

Quest-ce que les résultats de flow cytometry nous a donné?

Answer 15

W117A produit moins de liaison, W118A produit aucune liaison, ce qui montre leur importance

Question 16

Qu’est-ce que AT et ATNHK

Answer 16

Ce sont des substrats pour ERAD avec des sucres. ATNHK possède des mannoses mais pas de liaison a1-2

Question 17

Qu’est-ce que la précipitation de AT ou ATNHK signifie?

Answer 17

Il y a de la liaison entre AT et le OS9-ATMRH

Question 18

Pour la précipiation, que veut dire la précipitation de OS9-FLAG en présence de ANTI-FLAG?

Answer 18

OS9 est présent

Question 19

Les mutants de OS9 possèdent plus ou moins de liaison avec ATNHK? (W, W R)

Answer 19

Moins

R est ainsi un résidu canonique

Question 20

Qu’est-ce que ATNHKQQQQ possède?

Answer 20

Pas de sucres

Question 21

Comment ATNHKQQQ intéragit avec OS9?

Answer 21

Il y a toujours des intéractions meme s’il y a des mutations à OS9.
Cela sinifie une site de liaison de polypeptide.

Question 22

Qu:’eest-ce que SEL1L?

Answer 22

C’est une protéine dans ERAD

Question 23

Que donne l’intéraction de Sel1L aec OS9?

Answer 23

L’intéraction entre OS9 et Sel1 semvle d’etre dépendante des glycanes (sites W W)

Question 24

Comment OS9 intéragit avec les substrats de ERAD? (discussion)

Answer 24

Le mannose D3 doit etre trimée comme la strcture acec un D3 aurait soit:

• une basse affinité si dans la position du ManB
• une empechement stérique si ManB est dans sa position normale