Cours 10 - ADN Flashcards
Cause pour une réparation de l’ADN simple***
Dimère de thymine (UV)
=> Empêche la réplication
BER (Aka, Cause, corrige)***
Aka: - Réparation par excision de base
Cause*: - Cytosine —> Uracile (Désamination hydrolytique)
=> Uracil se lie à l’ADN glycosylases
Corrige: - Les lésions les plus FRÉQUENTES de l’ADN
NER (Aka, Causes, Corrige)***
Aka: - Réparation par excision de nucléotide
Causes:
- Lumière UV - Oxydation (Radicaux libres)
Corrige: - La 2e lésion la plus FRÉQUENTES de l’ADN
HR (Aka, Requiert, Corrige)*
Aka: - Recombinaison homologue Corrige: - Les cassures doubles-brins Requiert: 1) Une molécule d’ADN HOMOLOGUE 2) Des protéines de recombinaison liant l’ADN simple brin - RecA (E.Coli) - Rad51 (Humain)
Mécanisme de HR*
1) EXONUCLÉASE coupe le bout 5’
2) Un bout 3’ libre ATTAQUE l’ADN homologue
3) ADN pol.
4) Séparation des 2 brins
- Moins propice aux erreurs **
- Mutation de BRCA1/2 => Mutation => Cancer **
Enzyme pour une réparation de l’ADN simple***
PAS chez l’HUMAIN
1) Enzyme de photo-réactivation (ADN photolyase)
- Se fixe sur l’ADN en face du dimère de thymine
- Activée par la lumière
=> Inverse la dimérisation
Mécanisme pour BER***
1) ADN glycosylases
=> Hydrolyse la liaison N-glycosidique
2) Recrute l’enzyme ENDONUCLÉASE AP
=> Coupe liaison PHOSPHODIESTER 5’
3) ADN pol.
4) ADN ligase
Mécanisme de NER***
1) HÉLICASE
=> Ouvre la double hélice)
2) ENDONUCLÉASE
=> Retire le nucléotide endommagé + ~30 de ses voisins
3) ADN pol.
4) ADN ligase
NHEJ (Aka, Causes, Corrige)**
Aka: - Non-homologues end-joining Causes: 1) Radiations 2) Radicaux libres => Cassure des doubles brins
** Propice aux erreurs **
Enzymes pour NHEJ**
Ku recrute:
1) Des EXONUCLÉASES 2) Des POLYMÉRASES
3) ADN ligase
Ku (Quoi, rôle) **
Quoi: - Protéine dimérique
Rôle: - RECRUTE des EXONUCLÉASES et des POLYMÉRASES
Site de terminaison (Qui, structure)***
Qui: - E. Coli
Structure:
1) Séquences de liaison à des protéines tus 2) Séquences INDISPENSABLES à la SÉPARATION des chromosomes fils
Protéine tus (Aka, Rôles)
Aka: - Protéine de fixation aux terminateurs
Rôles:
1) INHIBE l’activité HÉLICASE du réplicateur 2) EMPÊCHE la fourche de dépasser le site de TERMINAISON
Niveaux de chromatine eucaryote**
1) Nucléosome (10X)
- Collier de perle
2) Chromatine (4X)
- Stabilisé par histone H1
3) Boucles (200X)
- Chromosome
Effet la chromatine **
Ralentie le glissement de la fourche de réplication
- FIXATION d’histone à l’ADN - EMPAQUETAGE en nucléosome
** La réplication des chromosomes eucaryotes s’accompagne d’une synthèse CONCOMITANTE d’histones EN ARRIÈRE de la fourche de réplication **
Ribonucléase (Aka, Rôle, Structure)
Aka: - RNAse H
Rôle: - DÉGRADER les amorces d’ARN
Structure:
1) Un domaine HBD (Hybrid Binding Domain) 2) Un domaine catalytique (H-domaine)
Mécanisme des ribonucléases
1) Hydrolyse le brin d’ARN (ARN-ADN)
2) Libère des extrémités 5’-phosphate et 3’-OH
* * HYDROLYSE PAS l’ARN simple/double brin **
Synthèse du brin retardé
1) Synthétisé de façon discontinue en petits fragments 5’ -> 3’
- Dans le sens OPPOSÉ au déplacement de la fourche
2) Fragments d’Okazaki réunis
Transfert d’un groupement nucléotyle
Le 3’-OH de la chaine en élongation est REQUIS
Qu’est-ce qui explique l’activité directionnelle de la polymérase
TOUJOURS de 5’ -> 3’
C’est le concept de liaison PHOSPHODIESTER entre les carbones 5’ et 3’ des 2 riboses qui explique l’activité directionnelle de la polymérase
Forme de l’ADN (3)
1) ADN-B:
- Hélice DROITE
- MAJORITÉ de l’ADN
2) ADN-A:
- Hélice DROITE
- Plus COMPACTE
- Sillons ÉGAUX
- DÉSHYDRATÉ
3) ADN-Z:
- Hélice GAUCHE
- PAS de sillon
- BEAUCOUP de G-C
Structure 3D de l’ADN (Qui, Quand, Comment, Quoi)
Qui: - Watson et Crick
Quand: - 1953
Comment:
1) Analyse de patron de diffusion de rayon X (Franklin et Wilkins 1952) 2) Règles de Chargaff
Quoi: - 2 brins antiparallèles formant une DOUBLE HÉLICE
Forces de l’ADN (4)
1) Effet hydrophobe (Paire de base)
2) Force de Van der Waals (Empilement)
3) Pont-H (A-T, C-G)
4) Ponts salins (Groupement phosphodiester - et Mg2+)
*Tm (T°C de fusion) = 50/50 simple/double brin
Quel est le dogme central de la biologie moléculaire?
L’ADN est le porteur de l’information génétique
Avantages des amorces d’ARN (3)
1) Ajoutées SANS contrôle-qualité
2) Facilement RECONNU comme non-ADN => dégradé
3) Conservation de l’ADN seulement => AUGMENTE la fidélité
Mécanisme des topoisomérases
Pour DIMINUER la force de tension:
1) Coupure 2) Déroulement 3) Réparation
Fonction de l’ADN (2)
1) STABILITÉ de l’information génétique
- Mécanisme de réparation efficaces
2) TRANSMISSION de l’information génétique
- Réplication fidèle
Réplication semi-conservative (Qui, quand, hypothèse, Confirmation)
Qui: - Watson et Crick
Quand: - 1953
Hypothèse: - Les 2 brins se détrordent pour que chacun puissent servir de gabarit/matrice pour la synthèse d’un brin
Confirmation:
Qui: - Meselson-Stahl
Quand: - 1958
2 types d’origines de réplication
Régions RICHES en A-T
Types:
1) ORC: - EUCARYOTES 2) OriC: - PROCARYOTES
ORC (Aka, Qui, Structure, #)
Aka: - Origine Recognition Complex
Qui: - EUCARYOTES
- Levure: ~ procaryote en plus long - Eucaryotes supérieurs - Variables - Dépend de la chromatine
Structure: - Complexe protéique de 6 sous-unités
# d’Ori: - PLUSIEURS origines de réplication =>PLUSIEURS bulles de réplication
ORC (Rôles, vitesse)
Rôles:
1) Lie les Ori de réplication 2) S’associe aux MCM pour RECRUTER l’hélicase
Vitesse: - 50 à 100 nucléotides/secondes
OriC (Qui, Rôle, #, vitesse)
Qui: - Procaryotes
Rôle: - DÉCLENCHE le déroulement de l’ADN par l’hélicase
d’Ori: - 1 SEULE origine de réplication
Vitesse: - 500 à 1000 nucléotides/seconde
2 types d’ADN polymérases
Possèdent une activité 3’ -> 5’ exonucléase (Recule, retire puis reprend)
Types:
1) ADN polymérase E. Coli (3) 2) ADN polymérase des mammifères (Beaucoup mais minimum 4)
Quelle ADN polymérase est un composant clef du réplicateur et assure l’élongation chez E. Coli?
ADN polymérase III
