Cours 10 - ADN

Question 1

Cause pour une réparation de l’ADN simple***

Answer 1

Dimère de thymine (UV)

=> Empêche la réplication

Question 2

BER (Aka, Cause, corrige)***

Answer 2

Aka: - Réparation par excision de base

Cause*: - Cytosine —> Uracile (Désamination hydrolytique)
=> Uracil se lie à l’ADN glycosylases

Corrige: - Les lésions les plus FRÉQUENTES de l’ADN

Question 3

NER (Aka, Causes, Corrige)***

Answer 3

Aka: - Réparation par excision de nucléotide

Causes:

- Lumière UV
- Oxydation (Radicaux libres)

Corrige: - La 2e lésion la plus FRÉQUENTES de l’ADN

Question 4

HR (Aka, Requiert, Corrige)*

Answer 4

Aka: - Recombinaison homologue
Corrige: - Les cassures doubles-brins
Requiert:
	1) Une molécule d’ADN HOMOLOGUE
	2) Des protéines de recombinaison liant l’ADN simple brin
			- RecA (E.Coli)
			- Rad51 (Humain)

Question 5

Mécanisme de HR*

Answer 5

1) EXONUCLÉASE coupe le bout 5’
2) Un bout 3’ libre ATTAQUE l’ADN homologue
3) ADN pol.
4) Séparation des 2 brins

• • Moins propice aux erreurs **
• • Mutation de BRCA1/2 => Mutation => Cancer **

Question 6

Enzyme pour une réparation de l’ADN simple***

Answer 6

PAS chez l’HUMAIN

1) Enzyme de photo-réactivation (ADN photolyase)
- Se fixe sur l’ADN en face du dimère de thymine
- Activée par la lumière
=> Inverse la dimérisation

Question 7

Mécanisme pour BER***

Answer 7

1) ADN glycosylases
=> Hydrolyse la liaison N-glycosidique

2) Recrute l’enzyme ENDONUCLÉASE AP
=> Coupe liaison PHOSPHODIESTER 5’

3) ADN pol.
4) ADN ligase

Question 8

Mécanisme de NER***

Answer 8

1) HÉLICASE
=> Ouvre la double hélice)

2) ENDONUCLÉASE
=> Retire le nucléotide endommagé + ~30 de ses voisins

3) ADN pol.
4) ADN ligase

Question 9

NHEJ (Aka, Causes, Corrige)**

Answer 9

Aka: - Non-homologues end-joining
Causes:
	1) Radiations
	2) Radicaux libres
	=> Cassure des doubles brins

** Propice aux erreurs **

Question 10

Enzymes pour NHEJ**

Answer 10

Ku recrute:

1) Des EXONUCLÉASES
2) Des POLYMÉRASES

3) ADN ligase

Question 11

Ku (Quoi, rôle) **

Answer 11

Quoi: - Protéine dimérique

Rôle: - RECRUTE des EXONUCLÉASES et des POLYMÉRASES

Question 12

Site de terminaison (Qui, structure)***

Answer 12

Qui: - E. Coli

Structure:

1) Séquences de liaison à des protéines tus
2) Séquences INDISPENSABLES à la SÉPARATION des chromosomes fils

Question 13

Protéine tus (Aka, Rôles)

Answer 13

Aka: - Protéine de fixation aux terminateurs

Rôles:

1) INHIBE l’activité HÉLICASE du réplicateur
2) EMPÊCHE la fourche de dépasser le site de TERMINAISON

Question 14

Niveaux de chromatine eucaryote**

Answer 14

1) Nucléosome (10X)
- Collier de perle
2) Chromatine (4X)
- Stabilisé par histone H1
3) Boucles (200X)
- Chromosome

Question 15

Effet la chromatine **

Answer 15

Ralentie le glissement de la fourche de réplication

- FIXATION d’histone à l’ADN
- EMPAQUETAGE en nucléosome

** La réplication des chromosomes eucaryotes s’accompagne d’une synthèse CONCOMITANTE d’histones EN ARRIÈRE de la fourche de réplication **

Question 16

Ribonucléase (Aka, Rôle, Structure)

Answer 16

Aka: - RNAse H

Rôle: - DÉGRADER les amorces d’ARN

Structure:

1) Un domaine HBD (Hybrid Binding Domain)
2) Un domaine catalytique (H-domaine)

Question 17

Mécanisme des ribonucléases

Answer 17

1) Hydrolyse le brin d’ARN (ARN-ADN)
2) Libère des extrémités 5’-phosphate et 3’-OH
* * HYDROLYSE PAS l’ARN simple/double brin **

Question 18

Synthèse du brin retardé

Answer 18

1) Synthétisé de façon discontinue en petits fragments 5’ -> 3’
- Dans le sens OPPOSÉ au déplacement de la fourche
2) Fragments d’Okazaki réunis

Question 19

Transfert d’un groupement nucléotyle

Answer 19

Le 3’-OH de la chaine en élongation est REQUIS

Question 20

Qu’est-ce qui explique l’activité directionnelle de la polymérase

Answer 20

TOUJOURS de 5’ -> 3’

C’est le concept de liaison PHOSPHODIESTER entre les carbones 5’ et 3’ des 2 riboses qui explique l’activité directionnelle de la polymérase

Question 21

Forme de l’ADN (3)

Answer 21

1) ADN-B:
- Hélice DROITE
- MAJORITÉ de l’ADN

2) ADN-A:
- Hélice DROITE
- Plus COMPACTE
- Sillons ÉGAUX
- DÉSHYDRATÉ

3) ADN-Z:
- Hélice GAUCHE
- PAS de sillon
- BEAUCOUP de G-C

Question 22

Structure 3D de l’ADN (Qui, Quand, Comment, Quoi)

Answer 22

Qui: - Watson et Crick

Quand: - 1953

Comment:

1) Analyse de patron de diffusion de rayon X (Franklin et Wilkins 1952)
2) Règles de Chargaff

Quoi: - 2 brins antiparallèles formant une DOUBLE HÉLICE

Question 23

Forces de l’ADN (4)

Answer 23

1) Effet hydrophobe (Paire de base)
2) Force de Van der Waals (Empilement)
3) Pont-H (A-T, C-G)
4) Ponts salins (Groupement phosphodiester - et Mg2+)

*Tm (T°C de fusion) = 50/50 simple/double brin

Question 24

Quel est le dogme central de la biologie moléculaire?

Answer 24

L’ADN est le porteur de l’information génétique

Question 25

Avantages des amorces d’ARN (3)

Answer 25

1) Ajoutées SANS contrôle-qualité
2) Facilement RECONNU comme non-ADN => dégradé
3) Conservation de l’ADN seulement => AUGMENTE la fidélité

Question 26

Mécanisme des topoisomérases

Answer 26

Pour DIMINUER la force de tension:

1) Coupure
2) Déroulement
3) Réparation

Question 27

Fonction de l’ADN (2)

Answer 27

1) STABILITÉ de l’information génétique
- Mécanisme de réparation efficaces

2) TRANSMISSION de l’information génétique
- Réplication fidèle

Question 28

Réplication semi-conservative (Qui, quand, hypothèse, Confirmation)

Answer 28

Qui: - Watson et Crick

Quand: - 1953

Hypothèse: - Les 2 brins se détrordent pour que chacun puissent servir de gabarit/matrice pour la synthèse d’un brin

Confirmation:
Qui: - Meselson-Stahl
Quand: - 1958

Question 29

2 types d’origines de réplication

Answer 29

Régions RICHES en A-T

Types:

1) ORC: - EUCARYOTES
2) OriC: - PROCARYOTES

Question 30

ORC (Aka, Qui, Structure, #)

Answer 30

Aka: - Origine Recognition Complex

Qui: - EUCARYOTES

	- Levure: ~ procaryote en plus long
	- Eucaryotes supérieurs
		- Variables
		- Dépend de la chromatine

Structure: - Complexe protéique de 6 sous-unités

# d’Ori: - PLUSIEURS origines de réplication 
			=>PLUSIEURS bulles de réplication

Question 31

ORC (Rôles, vitesse)

Answer 31

Rôles:

1) Lie les Ori de réplication
2) S’associe aux MCM pour RECRUTER l’hélicase

Vitesse: - 50 à 100 nucléotides/secondes

Question 32

OriC (Qui, Rôle, #, vitesse)

Answer 32

Qui: - Procaryotes

Rôle: - DÉCLENCHE le déroulement de l’ADN par l’hélicase

d’Ori: - 1 SEULE origine de réplication

Vitesse: - 500 à 1000 nucléotides/seconde

Question 33

2 types d’ADN polymérases

Answer 33

Possèdent une activité 3’ -> 5’ exonucléase (Recule, retire puis reprend)

Types:

1) ADN polymérase E. Coli (3)
2) ADN polymérase des mammifères (Beaucoup mais minimum 4)

Question 34

Quelle ADN polymérase est un composant clef du réplicateur et assure l’élongation chez E. Coli?

Answer 34

ADN polymérase III