Cours 05 - Virus respiratoires émergents Flashcards
Quel virus ne fait pas partie des virus respiratoires les + fréquents ?
A) Influenza A et B
B)Corona Virus communs
C) Varicelle
D) Asthme commun
E) Virus respiratoire syncytial A et B
D) Asthme commun
V ou F :
1) Virus de grippe = Vaccin annuel (ex: oseltamivir)
2) VR syncytial A et B = Palivizumab
3)Cov SARS-2 = paxlovid, remdésivir, mAbs
4) Métapneumovirus humain = paxlovid
5) V influenza, Corona virus communs, rhinovirus etc., adénovirus = vaccin de la polio
6) Oreillons, rougeole, rubéole, varicelle = presque rien
1) V
2) V
3) V
4) F (rien ou presque)
5) rien ou presque, sauf rhinovirus et etc = vaccin polio
6) Vaccin RORV
V ou F = la plus grosse explosion de rougeole depuis l’éradication en 2002 a eu lieue en 2011 au Qc
V
Quelle cause pour ce syndrome ?
1) Bronchiolite :
2) Rhume banal :
3) Laryngite striduleuse :
4) Syndrome pseudo-grippal :
5) Pneumonie :
A) VRS
B)Influenza, VRS, Adénovirus
C) Rhino, Corona
D) Para-influenza
E) Influenza
1) A)
2) C)
3) D)
4) E)
5) B)
Quel virus respiratoire ?
Transmission : gouttelettes, contacts directs/indirects, aérosols
Incubation 1-3 jrs, contagion 1-7 jrs
La grippe
Quel virus respiratoire ?
Agent éthiologique de la grippe
Orthomyxo, enveloppé, pléomorphe, ARN - en 8 segments types A et B, ou 7 segments (C et D)
Influenza
Quel type (A, B, C-D)?
- Infection humains, porcs, bovins, chiens:
- Infection plsrs animaux, oiseaux sauvages = réservoirs, poulets, baleines, cochons, chevaux, phoques, humains :
-Infection humains et phoques, 2 lignées humaines (Yamagata et Victoria), reconnu depuis 1970 :
- C-D
-A
-B
Influenza: sérotypes des Ag de surface
- Hémagglutinine :
- Neuraminidase :
- H1-H18, H1 à H3 humains
- N1 - N11, N1-N2 humains
Influenza : Sous types transmissibles
- Humain-porc :
- Oiseaux - humains :
- H1N1, H3N2, H1N2, H2N2
- H5NX, H9N2, H7N7, H7N2, H7N3, H7N9
Drift ou shift ?
1) Changements majeurs/remplacement complets de gènes codants HA/NA. Abrupte, peu fréq, imprévisible, pandémie, cassure/saut antigénique.
2) Erreurs dans processus réplication (mut ponctuelles), changements graduels gènes HA/NA, respo de réinfections du mm ss-type dans vie, épidémies annuelles
1) Shift
2) Drift
V ou F : Le virus de l’Influenza (Drift) se promène d’hémisphère, se transporte, et vient même à disparaître et réapparaître.
F : il ne disparaît jamais vraiment, fait juste se déplacer
La grippe A: mettre en ordre.
1) Grippe russe H1N1
2) H2N2
3) Grippe espagnole (H1N1)
4) Grippe asiatique (H3N2)
5) Grippe A (H1N1) pdm2009
3)
2)
4)
1)
5)
Recette d’une pandémie de ___:
-Émergence d’un nv variant Agénique distinct pour humain
-Réplication virus chez humain, créant maladie grave
- Transmission interhumaine
Grippe
Types d’échantillons : Influenza
1- Échantillons ___:
(Écouvillon nasal, sécrétions nasopharyngées, aspiration nasopharyngée, etc.)
2- ___ ou ___ :
1- respiratoires
2 - sérum ou plasma
Techniques de diagnostic:
1) Directe:
-Culture ___:
-Détection d’___: (IF ou test rapide)
-Détection d’___(TAAN)
2) Indirecte:
-Séro___ (surtout chez enfant)
1) virale, Ag, d’acides nucléiques
2) sérodiagnostic
Quelle technique diagnostic des infections respiratoires ?
Gold standard = infectiosité, réponse en 2-15jrs, pas possible pour tous les virus, confirmation par ECP.
Tech directe
+: caractérisation antigénique et sensibilité aux antiviraux
- : long, NC3 (pour v émergents).
Culture virale
Quelle technique diagnostic des infections respiratoires ?
V à intérieur des cellules présentes dans l’échantillon respi, temps rép environ 2h.
Tech directe
+: rapide, éval qualité du spécimen
-: moins sensible, recquiert expérience
Détection d’Ag par IF
Quelle technique diagnostic des infections respiratoires ?
Ag du virus dans le lysat préparé (à partir d’échantillon clinique), temps environ 20-30 min
+: rapide, simple
-: sensibilité et spé très variables (pas constant). Ex: ____ pour Influenza sont +/- sensibles mais ++ spécifiques.
Détection d’Ag par tests rapides
Détection d’Ag par tests rapides, V ou F:
Lors de tests rapides VPP et VPN, plus la prévalence est élevée, plus il y a de chances que le test soit un faux positif.
V
Quelle technique diagnostic des infections respiratoires ?
Temps 1-5h, VPN et VPP : très élevées
+: très sensibles et spé, identification de sous-types
-: équipement + spécialisation
Ex: PCR. Les autres techniques inventées pour contourner brevet de PCR…
Détection d’acides nucléiques (TAAN)
Quelles sont les 2 méthodes de caractérisation Ag des souches circulantes ?
- Phénotypique par ____
(super précis, gold standard, NC3, 7j) - Génotypique par ____
(2-3j, super spé, pas équivalent à IH)
-Inhibition de l’hémagglutination
-Séquençage
Quel est ce test ?
Components Interaction Microtiter result
RBC None No reaction : pas d’HG
(car tout descend au fond)
Virus + RBC Oui HG
Virus + RBC
+ Ag spé None (virus
coating, empêche
l’interaction) Inhibition de HG
Test d’inhibition d’hémagglutination
V ou F en série : Surveillance de l’Influenza
1) Des vaccins et des traitements sont disponibles
2) On informe les respos de la sélection des souches vaccinales à l’INSPQ
3) Informer le succès du programme de vaccination, mais pas sur ses coûts-efficacité
4) On surveille et on répond aux virus émergents/pandémiques
1) V
2) F : à l’OMS
3) F : on informe sur coûts et efficacité
4) V
Replacer dans l’ordre la diffusion de données:
A- Labo de microbio
B- OMS
C- BSV et ASPC (agence santé publique du CAN)
D- INSPQ
A, D, C, B
V ou F : Il est possible de prétester l’efficacité d’une nouvelle formulation annuelle du vaccin trivalent ?
F : on ne peut pas
V ou F : C’est en novembre que les composantes A/H1, A/H3, et B sont recommandées par l’OMS pour la formulation du vaccin l’année suivante, en février ?
F : c’est en février, pour l’année suivante en novembre.
L’efficacité vaccinale:
Dépend: mesure la réduction des ___ généraux, sans considérer les composantes spécifiques du vaccin ___.
Dépend du degré d’identité de chaque composante par rapport aux souches circulantes, et de la proportion relatives aux ____.
Varie entre __ et __ % annuellement.
symptômes d’allure grippale, trivalent
différents sous-types (matchs)
0, 95 %
Le programme VE (vax grippe) : on compare quoi avec quoi ?
nb cas influenza vaccinés vs non vaccinés
V ou F, vaccin de la grippe :
Il n’y a pas d’effet délétère à la vaccination répétée. S’il y en avait, ce serait trop pour que le vaccin vaille la peine, et on ne vaccinerait pas.
F : Il y a des effets délétères, mais pas assez pour vax ne vaille pas la peine.
V ou F : Le vaccin H3N2 s’est adapté aux oeufs. Les oeufs avaient une mutation qui les a rendus adaptés au vaccin. Le vaccin ne fonctionnait donc pas du tout.
V
Le diagnostic de la grippe A(H1N1) en 2009 s’est faite à l’aide de quel moyen ?
- Culture virale
- DFA
- POC tests rapides
- TAAN
TAAN : sensibles et facilement adaptables
Lors de la saison épidémique d’influenza en 2009 au Canada, qu’est-il arrivé de bizarre, et dont on a encore trouvé aucune cause ou explication ?
Épidémie d’Influenza A, mais aucun cas d’Influenza B.
Quel virus respiratoire ?
- Identifié chez porc en 2010.
- Protéine Matrice de (H1N1)pdm2009
-Pas beaucoup de transmission H-H - Relié avec exposition soutenue avec porcs infectés
- Les enfants sont + à risques
Virus de la grippe porcine A(H3N2)v
La grippe A(H5N1)hp a un taux de létalité de 53%, et affecte BCP de pays dans le monde. Ça peut être aussi la grippe A(H7N9), qui ne se transmet pas H-H et qui est létale à 39%.
Quel est le 2e nom de cette grippe ?
La grippe aviaire
Le SRAS de 2003 : Le Canada fait partie des pays les + touchés, avec les pays asiatiques. V ou F ?
V (17% de décès)
V ou F : SRAS de 2003 : le plan épidémiologique peut être qualifié de lent ?
F : plan épidémio rapide
Par quel moyen a-t-on étudié les spécimens cliniques du SARS CoV?
RT-PCR
V ou F, le SRAS CoV après la flambée de 2003 : les infections sont surtout issues d’infections avec contacts directs avec des porcs infectés (ferme, alimentation, etc.)
F : issues de mauvaises pratiques de laboratoire en Asie, 2003-2004.
Quelle forme de SARS CoV a ces symptômes ?
-1ers cas humains en 2012
-Péninsule arabique
-+27 pays
-H-H en grappe
- Zoonose chameaux
- Virus distincts des autres SARS CoV
- Infectés = +++ adultes
- bad chez immunosupprimés
- Ressemble au SRAS
- Létalité : 35%
MERS CoV
Quelle forme de SARS CoV a ces symptômes ?
- Émergente (janvier 2020)
- Séq complète grâce à GISAID
- 1ers protocoles calqués sur SARS-CoV1
- Protocoles en temps réel + diffusés et adoptés universellement rapidement
- Patho GR3 : NC2 comme si NC3
- Zoonose ou labo
Sars-CoV2
Criblage vs Séquençage du génome
Laquelle la + abordable ?
Laquelle la + rapide ?
Abordable = Criblage (TAAN)
Rapide = Séquençage génome
SARS-COV2: Sur quel gène les mutations changent l’Ac et font que les vaccins ne fonctionnent plus?
Dans quel région de ce gène plus précisément ?
Gène S
S1 (NTD et RBD)
Limites du criblage des variants:
- Sensibilité analytique parfois (PLUS ou MOINS) que le TAAN détection ?
- Courbes atypiques si (MONO ou POLY MORPHISME) près de la mutation ciblée
- MOINS
-POLYMORPHISME
V ou F : 50-60% des échantillons soumis à un séquençage du génome entier ont un échec au séquençage (faible charge virale) ?
F : 20-30% ont un échec au séquençage
Méthodes analytiques permettant de mesurer l’infectiosité/contagiosité d’un virus respiratoire ?
Culture ___ et études ___
virale
épidémiologiques
V ou F : L’infectiosité/contagiosité d’un virus respiratoire doit corréler avec la charge virale, qui elle-même est modulée par multiples facteurs (ex: immunité vaccination, tropisme, etc.)
V
