Cours 01 - Épidémiologie moléculaire Flashcards
Comment détecter une éclosion?
Nombre de cas d’infection est anormal dans un temps défini.
Comment fait-on pour savoir si les génotypes de deux isolats sont suffisamment similaires pour qu’ils représentent la même souche, ou suff. différents pour conclure qu’ils sont différents?
En utilisant une technique moléculaire bien caractérisée.
Les isolats reliés épidémiologiquement sont présumés provenir d’un _____ commun, et donc représenter un ____.
Précurseur
Clone
____: culture pure d’une bactérie (par sous-culture d’une colonie isolée à partir de gélose primaire, vient d’un seul organisme).
Isolat
____: Isolat ou groupe d’isolat (on peut identifier encore plus, genre caractéristiques phénotypiques et génotypiques), mais dépend de la méthode de typage moléculaire
Souche
V ou F : pour comparer des isolats et ainsi regrouper en souches, on doit utiliser la même méthode de typage moléculaire ?
V
V ou F: Des personnes qui ont soupé dans le même restaurant, ou qui ont été en voyage au même pays, sont des isolats reliés génétiquement ?
F : NE PAS CONFONDRE. Ici, ce serait des isolats reliés épidémiologiquement. Souvent dans le cadre d’une investigation épidémiologique
- 2 isolats qui donnent le même résultats par une méthode de typage:
- 2 isolats qui donnent des résultats très différents par une méthode de typage:
- zone grise entre les 2 autres résultats de typage:
- Non différenciables
-Différents
- Similaires
____ : Augmentation de l’incidence d’une maladie infectieuse dans un endroit spécifique durant une prériode donnée (supérieur à d’habitude).
Éclosion / épidémie
____: Isolats de la même espèce qui sont reliés, génétiquement ET épidémiologiquement.
Souches épidémiques
Rôle du ________ : Démontrer en laboratoire que des isolats reliés épidémiologiquement sont aussi reliés génétiquement, qu’ils représentent la même souche.
Typage moléculaire
V ou F : Le typage complète, et même peut dans certains cas remplacer l’investigation épidémiologique et clinique de base afin de tirer des conclusions valides et utiles.
F : Il faut intégrer les données cliniques épidémiologiques et moléculaires. Ne peut donc pas remplacer l’investigation épidémiologique.
Les marqueurs sont pertinents pour étudier la divergence d’espèce dans l’____ phylogénétique.
arbre
Qu’est-ce qui est étudié comme marqueur de divergence initiale, car c’est assez stable?
ARN16s
Les 3 domaines de l’arbre phylogénétique ?
1) Bactéries
2) Archées
3) Eucaryotes
V ou F : lorsqu’on étudie l’ARN16s, on s’arrête au genre et à l’espèce
V
Critères d’évaluation des ___________:
1) Résultat non ambigu pour chq isolat
2) Reproductibilité
3) Pouvoir de discrimination
4) Facilité d’interprétation
5) Facilité de technique
6) Étendue de l’utilisation
7) Coûts
*Présentement aucune méthode ne couvre tous les 7 critères
méthodes de typage moléculaire
Quelle méthode de typage?
Détectent les caractéristiques exprimées par les microorganismes en réponse au substrat, antibios ou autres inhibiteurs
Ex: biotypage, antibiogramme, typage des phages, sérotypage
Méthodes phénotypiques
Quelle méthode de typage?
Peu de discrimination possible entre souches de mm espèce, peu de reproductibilité, tests de dépistages.
Biotypages et antibiogrammes
Quelle méthode de typage?
Utilisée pour investiguer l’épidémiologie de S. aureus, ou salmonella, dans l’ancien temps. Problèmes: peu discriminantes, plsrs souches non typables, diff de conserver les stocks.
Typage de phages
Quelle méthode de typage?
Surtout utilisé pour étudier l’épidémiologie de salmonella et autres, Problèmes: peu discriminantes, plsrs souches non typables, diff de conserver les stocks.
sérotypage
Quelle méthode de typage?
Se divise en 2 groupes:
1) Méthodes basées sur patrons ADN
2) Méthodes basées sur séquençage d’ADN
Quelle technique?
Caractérisation moléculaire, compare le matériel génétique d’une même espèce, +++ utilisée à LSPQ pour typage moléculaire.
Confirmer une éclosion potentielle, complémentaire à l’enquête épidémiologique.
EGCP
Électrophorèse sur gel en champs pulsé
Avec quelle technique peut-on typer ces microorganismes?
Salmonella, Shigella, campylobacter, etc. ?
EGCP
Quelle technique?
-Incorporation dans carotte d’agarose
-Lyse bactérienne
-Lavage
-Digestion ADN avec enzyme de restriction
-Électrophorèse à champ pulsé
-Coloration UV des gels
EGCP
EGCP principes:
Digestion de l’___ bactérien avec une enzyme de restriction qui coupe ___ fréquemment.
ADN
peu
EGCP principes: ADN
- Charge:
- Se déplace continuellement vers les bornes :
- séparés en ___
- Vitesse de migration selon :
- Négative
- positives
- petits fragments
- la taille des fragments
EGCP principes:
- Électrophorèse en gel où le courant électrique change périodiquement de _____ et/ou d’______
- Séparent un nombre limité (<___) de petits fragments (entre 10 et ___ kB)
- Pourquoi l’électropho unidirectionnelle ne peut pas séparer des molécules d’ADN plus grandes que 50 kB?
- direction, d’intensité
- 30, 800
- Piégeage moléculaire au sein du gel
Pourquoi avoir des souches de reproductibilité dans un gel EGCP?
Agissent comme témoins.
Assure que procédure complète est appropriée, puis de comparer les critères d’optimisation et de tolérance de la procédure en comparant profils des souches entre elles.
Nomenclature: E. coli O157:H7
Que veut dire le # 157 ?
C’est l’ascendant assigné à chaque profil, sans lien avec l’épidémiologie.
Quelles technique a ces avantages/inconvénients ?
+ :
Très discriminant entre les souches, nombreux protocoles standardisés.
- :
Besoin culture pure, $$$, équipement spécialisé, , comparaison entre labo difficile!
EGCP
Quelle méthode ?
VNTR, bactéries à courtes séquences d’ADN répétées en head-to-tail, méthode basée sur l’amplification des régions répétées.
MLVA
Quelle méthode ?
+ : Rapide, Peu $, RÉsultats peu ambigus très discriminants, énorme base données
- : pas pour épidémiologie à long terme, pas stable dans l’évolution
MLVA
Quelle méthode ?
Analyse de populations bactériennes, étude de la variation génétique neutre de multiples loci chromosomiques (7 à 9 gènes), basé sur les gènes métabolliques (puisque sont présents chez TOUTES les bactéries).
Appropriée pour épidémiologie globale (long terme).
MLST
Quelle est la différence entre MLVA et MLST ?
MLVA = pas de séquençage
MLST = OUI séquançage
MLVA ou MLST ?
1) amplification
2) séquençage
3) comparaison
4) assigner (profil allélique)
5) comparer dans base de données
MLST
V ou F : MLST donne des infos, mais ne veulent rien dire. Valent seulement pour modifications, mais pas pour les éclosions. Aident à trouver des façon de réduire la probabilité d’assignation, genre réduire la chance qu’il y ait collobacter dans poulet…
V
Quelle méthode ?
+: Très reproductible, résultats comparables entre labos, taux discrimination TRÈS précis, matériel pour ST facilement transportable
- : pas de détection de variabilité des isolats proches, $$$ et long
MLST
Quelles définitions?
1- Totalité de l’info génétique d’un organisme, incluant gènes et régions non codantes (ds chromosome et plasmides) :
2- Déterminer l’ordre des nucléotides ATGC qui constituent ADN :
3- Isoler le génome (ADN), briser en petits fragments, les séquencer, puis reconstituer en bon ordre :
4- Petites séquences obtenues avant assemblage :
5- Assemblage de reads, chevauchantes:
6- Génome complet de la meilleure qualité possible, guide d’assemblage :
7- Assemblage de reads sans génome de référence :
1- Génome
2- Séquençage du génome
3- Méthode séquençage génome
4- Lectures (Reads)
5- Contig
6- Génome de référence
7- Assemblage de novo
V ou F : la méthode SNVPhyl, qui est basée sur la méthode SNP, prends en considération les mutations.
F : Ne prends PAS en considération les mutations.
V ou F : la méthode SNVPhyl, qui est basée sur la méthode SNP, détermine la parentalité verticalement (cellules filles). La parentalité horizontale (plasmides ou prophage) représente de la pollution d’analyse. On ne regarde donc pas les événements ponctuels.
V
Gène, locus, allèle ?
1) Élément du chromosome, qui porte un caractère héréditaire précis dont assure la transmission :
2) Chaque variation génétique possible d’un même gène :
3) Gène complet ou portion d’un gène :
1) Gène
2) Allèle
3) Locus
Principaux avantages du _________ comme outil de surveillance:
- Très discriminant
- Bonne identification des toxi-infection
- Améliore les connaissance sur l’attribution de sources
- Fourni l’espèce, le sérotype, gènes de virulence, gènes de résistance, et tous les marqueurs génétiques
Séquençage génomique
Principaux défis du _______:
- Identification en fonction du degré pathogène
- Nomenclature requise pour long terme
- Taux mut naturelles impact
- problème lorsque souches trop proches génétiquement mais pas épidémiologiquement
- $$$
- grande demande informatique
Séquençage génomique
V ou F : Il y a des méthodes de génotypage meilleures que d’autres.
F : NON, dépendant de ce que l’on veut …
V ou F : Il faut connaître la conclusion de recherche pour choisir la méthode de génotypage appropriée.
F: connaître l’hypothèse.
V ou F : Les données de génotypage moléculaire sont un COMPLÉMENT à l’enquête épidémiologique.
V
