Chapitre 8 - Identification bactérienne

Question 1

Quelles sont les deux conditions requises pour l’identification bactérienne selon les méthodes classiques?

Answer 1

1. Culture pure

2. Morphologie cellulaire et gram

Question 2

Qui suis-je? Lorsque la croissance sur milieux sélectifs, différentiels ou d’enrichissement, propriétés hémolytiques, métaboliques et de fermentation sont toujours les mêmes pour une espèce donnée.

Answer 2

Empreinte digitale biochimique.

Question 3

Vrai ou faux: avant l’invention des galeries API, une identification biochimique se faisait tube par tube et pétri par pétri.

Answer 3

Vrai. (jusqu’en 1970)

Question 4

Quels sont les avantages du VITEK

Answer 4

• Supprime manipulation répétitives car aucun réactif à ajouter
• Réponses rapides
• Ne prend pas de place (taille d’une carte de crédit)
• Manipulable sans risque de contamination une fois inoculée

Question 5

Quel est le plus gros biais de l’identification par VITEK

Answer 5

Reconnaît surtout les espèces d’importance clinique (donc pas de résultats pour espèces environnementales ben souvent)

Question 6

Qui suis-je? Méthode d’identification « classique »qui n’a pas besoin de connaître le gram du microorganisme et qui peut identifier rapidement plus de 2500 espèces de microorganismes.

Answer 6

Système biolog microbial ID

Question 7

Vrai ou faux: Le système biolog est basé sur les réactions d’oxydo-réduction de 71 sources de carbones et en fonction de la sensibilité ou la résistance 23 agents chimiques.

Answer 7

Vrai

Question 8

Quels sont les 4 grands défauts de la méthode de BIOLOG

Answer 8

1. Biais pour les bactéries à intérêt médical
2. Fucking cher
3. Limité aux organismes cultivables (déjà identifiés)
4. Nécessite culture pure

Question 9

Qui suis-je? Méthode d’identification particulièrement utilisée avec les actinomycètes.

Answer 9

Identification à l’aide de la morphologie et des structures (acides gras membranaires)

Question 10

Vrai ou faux: Il existe un logiciel d’analyse et de bases de données destinés à interpréter les données en acide gras membranaires (AGM) chez les bactéries.

Answer 10

Vrai

Question 11

Vrai ou faux: La composition en AGM est influencée par le gain ou la perte d’un plasmide et par des mutations génomiques.

Answer 11

Faux!! c’est tout le contraire, rien ne l’influence, très stable.

Question 12

Avantages AGM

Answer 12

• analyse très rapide

- chromatographie en phase gazeuse

Question 13

Désavantages AGM

Answer 13

-doit être effectuée dans des conditions rigoureusement stables et selon un protocole défini et standardisé en fonction de la base de données choisie.

Question 14

Vrai ou faux: L’analyse des AGM permet de différencier entre des souches, contrairement aux tests génétiques qui ne permettent souvent que de confirmer au niveau de l’espèce.

Answer 14

vrai

Question 15

Vrai ou faux: Plusieurs espèces environnementales sont présentes dans les bases de données AGM.

Answer 15

vrai!

Question 16

Qui suis-je? Méthode rapide permettant d’identifier des molécules ou des bactérie en fonction de leur masse (Da) à l’aide de spectres.

Answer 16

Spectrométrie de masse (MALDI-TOF)

Question 17

Quels sont les principaux désavantages du MALDI-TOF?

Answer 17

1. Appareil couteux
2. Bonne standardisation de la méthode nécessaire
3. Nécessite base de données fiables et représentatives

Question 18

Nommez les 3 principaux avantages qu’apporte l’identification par les méthodes moléculaires.

Answer 18

1. gain de temps
2. gain de spécificité
3. gain de sensibilité

Question 19

Vrai ou faux: La contamination de l’échantillon par de l’ADN étranger reste une problématique omniprésente dans les méthodes moléculaires.

Answer 19

vrai

Question 20

Dans mon tube pour réaction PCR dans un thermocycleur il y a:

Answer 20

• ADN à amplifier (max 1500 pb)
• Amorces (2)
• Mélanges de 4 dNTP en large excès
• ADN pol Taq
• Tampon

Question 21

vrai ou faux: La quantité finale de produits d’amplification PCR est directement proportionnelle au nombre de cycles réalisés.

Answer 21

vrai car l’accumulation des copie dans le tube se fait de façon linéaire.

Question 22

Vrai ou faux: on est capable d’identifier à quelle souche appartient une espèce en séquençant de l’ADNr 16s.

Answer 22

Faux, n’identifie pas au delà de l’espèce.

Question 23

Nommez les 2 méthodes classiques de typages.

Answer 23

1. Typage par bactériophages

2. Sérotypage

Question 24

Quelle est la méthode de typage la plus utilisée chez les bactéries?

Answer 24

Sérotypage

Question 25

Vrai ou faux: Un test de sérotypage implique que l’identité de l’espèce bactérienne soit déjà connue.

Answer 25

vrai

Question 26

Qui suis-je? Je repose sur l’utilisation d’anticorps (immunologiques) pour la détection de molécules de surfaces particulières et spécifiques à certaine souches bactériennes appelées antigènes.

Answer 26

Sérotypage

Question 27

Quels sont les désavantages au sérotypage?

Answer 27

• Production d’anticorps spécifique est très long

- Nécessite expertise et infrastructure spécialisées

Question 28

Qui suis-je? Comparaison de sensibilité à certains phages entre diverses souches permettant d’établir la clonalité (parenté) de ces souches.

Answer 28

Phagotypages (typage par bactériophage)

Question 29

Qui suis-je? Méthodes moléculaires de typage pouvant caractériser des souches au-delà de l’espèce et pouvant être appliquées à n’importe lequel isolat, peu importe l’espèce.

Answer 29

Génotypage.

Question 30

Vrai ou faux: Il existe une très grande variété de méthode de génotypage.

Answer 30

Vrai

Question 31

Nommez les 7 méthodes de génotypage présentées dans le cours.

Answer 31

1. Électrophorèse en champ pulsé (PFGE)
2. Typage génomique multi-locus (MLST)
3. Analyse multi-locus du nombre variable de répétitions en tandem (MLVA)
4. Ribotypage
5. Amplifications PCR de séquences répétées (Rep-PCR)
6. Puces à ADN
7. Patrons de digestion aux enzymes de restriction (RFLP)