Chapitre 8 - Identification bactérienne Flashcards
Quelles sont les deux conditions requises pour l’identification bactérienne selon les méthodes classiques?
- Culture pure
2. Morphologie cellulaire et gram
Qui suis-je? Lorsque la croissance sur milieux sélectifs, différentiels ou d’enrichissement, propriétés hémolytiques, métaboliques et de fermentation sont toujours les mêmes pour une espèce donnée.
Empreinte digitale biochimique.
Vrai ou faux: avant l’invention des galeries API, une identification biochimique se faisait tube par tube et pétri par pétri.
Vrai. (jusqu’en 1970)
Quels sont les avantages du VITEK
- Supprime manipulation répétitives car aucun réactif à ajouter
- Réponses rapides
- Ne prend pas de place (taille d’une carte de crédit)
- Manipulable sans risque de contamination une fois inoculée
Quel est le plus gros biais de l’identification par VITEK
Reconnaît surtout les espèces d’importance clinique (donc pas de résultats pour espèces environnementales ben souvent)
Qui suis-je? Méthode d’identification « classique »qui n’a pas besoin de connaître le gram du microorganisme et qui peut identifier rapidement plus de 2500 espèces de microorganismes.
Système biolog microbial ID
Vrai ou faux: Le système biolog est basé sur les réactions d’oxydo-réduction de 71 sources de carbones et en fonction de la sensibilité ou la résistance 23 agents chimiques.
Vrai
Quels sont les 4 grands défauts de la méthode de BIOLOG
- Biais pour les bactéries à intérêt médical
- Fucking cher
- Limité aux organismes cultivables (déjà identifiés)
- Nécessite culture pure
Qui suis-je? Méthode d’identification particulièrement utilisée avec les actinomycètes.
Identification à l’aide de la morphologie et des structures (acides gras membranaires)
Vrai ou faux: Il existe un logiciel d’analyse et de bases de données destinés à interpréter les données en acide gras membranaires (AGM) chez les bactéries.
Vrai
Vrai ou faux: La composition en AGM est influencée par le gain ou la perte d’un plasmide et par des mutations génomiques.
Faux!! c’est tout le contraire, rien ne l’influence, très stable.
Avantages AGM
- analyse très rapide
- chromatographie en phase gazeuse
Désavantages AGM
-doit être effectuée dans des conditions rigoureusement stables et selon un protocole défini et standardisé en fonction de la base de données choisie.
Vrai ou faux: L’analyse des AGM permet de différencier entre des souches, contrairement aux tests génétiques qui ne permettent souvent que de confirmer au niveau de l’espèce.
vrai
Vrai ou faux: Plusieurs espèces environnementales sont présentes dans les bases de données AGM.
vrai!
Qui suis-je? Méthode rapide permettant d’identifier des molécules ou des bactérie en fonction de leur masse (Da) à l’aide de spectres.
Spectrométrie de masse (MALDI-TOF)
Quels sont les principaux désavantages du MALDI-TOF?
- Appareil couteux
- Bonne standardisation de la méthode nécessaire
- Nécessite base de données fiables et représentatives
Nommez les 3 principaux avantages qu’apporte l’identification par les méthodes moléculaires.
- gain de temps
- gain de spécificité
- gain de sensibilité
Vrai ou faux: La contamination de l’échantillon par de l’ADN étranger reste une problématique omniprésente dans les méthodes moléculaires.
vrai
Dans mon tube pour réaction PCR dans un thermocycleur il y a:
- ADN à amplifier (max 1500 pb)
- Amorces (2)
- Mélanges de 4 dNTP en large excès
- ADN pol Taq
- Tampon
vrai ou faux: La quantité finale de produits d’amplification PCR est directement proportionnelle au nombre de cycles réalisés.
vrai car l’accumulation des copie dans le tube se fait de façon linéaire.
Vrai ou faux: on est capable d’identifier à quelle souche appartient une espèce en séquençant de l’ADNr 16s.
Faux, n’identifie pas au delà de l’espèce.
Nommez les 2 méthodes classiques de typages.
- Typage par bactériophages
2. Sérotypage
Quelle est la méthode de typage la plus utilisée chez les bactéries?
Sérotypage
Vrai ou faux: Un test de sérotypage implique que l’identité de l’espèce bactérienne soit déjà connue.
vrai
Qui suis-je? Je repose sur l’utilisation d’anticorps (immunologiques) pour la détection de molécules de surfaces particulières et spécifiques à certaine souches bactériennes appelées antigènes.
Sérotypage
Quels sont les désavantages au sérotypage?
- Production d’anticorps spécifique est très long
- Nécessite expertise et infrastructure spécialisées
Qui suis-je? Comparaison de sensibilité à certains phages entre diverses souches permettant d’établir la clonalité (parenté) de ces souches.
Phagotypages (typage par bactériophage)
Qui suis-je? Méthodes moléculaires de typage pouvant caractériser des souches au-delà de l’espèce et pouvant être appliquées à n’importe lequel isolat, peu importe l’espèce.
Génotypage.
Vrai ou faux: Il existe une très grande variété de méthode de génotypage.
Vrai
Nommez les 7 méthodes de génotypage présentées dans le cours.
- Électrophorèse en champ pulsé (PFGE)
- Typage génomique multi-locus (MLST)
- Analyse multi-locus du nombre variable de répétitions en tandem (MLVA)
- Ribotypage
- Amplifications PCR de séquences répétées (Rep-PCR)
- Puces à ADN
- Patrons de digestion aux enzymes de restriction (RFLP)
