Chapitre 6 - Isolement et culture des bactériophages et des amibes

Question 1

Les bactériophages sont des _____ _____ omniprésents sur la planète ayant une population de _____, ce qui en fait l’entité biologique la _____ _____ sur la terre

Answer 1

virus bactériens, 10^31, plus abondante

Question 2

Pourquoi dit-on entité biologique et non microorganisme?

Answer 2

Puisque la majorité des scientifiques s’accordent pour affirmer que les virus ne sont pas des organismes vivants.

Question 3

Nommer quelques raisons publiées dans la revue Nature pour exclure les virus des êtres vivants.

Answer 3

1. Ne possèdent qu’1/2 des types d’acides nucléiques
2. Ne possèdent pas la machinerie enzymatique pour permettre de générer de l’énergie
3. Incapables de se diviser seuls
4. Évolution impossible sans les cellules hôtes (parasites obligatoires)
5. Polyphylétiques (plusieurs origines évolutionnaires)

Question 4

Quelles sont les deux grandes approches dans l’isolement des bactériophages?

Answer 4

1. Approche physique

2. Approche biologique

Question 5

L’approche physique est:

Answer 5

Une approche sans enrichissement qui utilise la filtration tangentielle pour obtenir une suspension concentrée de virus à partir d’un échantillon environnemental.

Question 6

L’approche biologique est:

Answer 6

Une approche mettant à profit la possibilité d’enrichir une population de phages en présence de leur bactérie hôte.

Question 7

Quelles sont les trois grandes étapes de l’approche biologique?

Answer 7

1. Collecte des échantillons
2. Enrichissement physique
3. Enrichissement biologique et mise en évidence

Question 8

La méthode standard d’échantillonnage exige quel poids d’échantillon solide?

Answer 8

Quelques grammes

Question 9

Pour un échantillon liquide, quel volume est à prélevé?

Answer 9

1L (1000ml)

Question 10

Pourquoi doit-on être prudent lors du prélèvement des échantillons?

Answer 10

Pour ne pas contaminer l’extérieur des contenants (possibilité de bactéries pathogènes).

Question 11

Suite à l’échantillonnage (solide), quelles sont les étapes?

Answer 11

1. Mise en suspension dans un tampon liquide (1h min.)
2. Centrifugation (10 000g)
3. Filtration du surnageant (0,2 microns)

Question 12

Quelle est la différence principale pour un échantillon liquide?

Answer 12

Ne doit pas être remise en suspension, elle est déjà en suspension.

Question 13

Suite à l’enrichissement physique, _____ des phages peut être effectuée si le phage est en _____ assez importante.

Answer 13

L’énumération, concentration

Question 14

Pourquoi doit-on “nettoyer” les échantillons?

Answer 14

Parce que sinon la croissance va masquer les plages de lyse.

Question 15

Comment est enrichie biologiquement l’enrichissement physique?

Answer 15

Elle est mélangée avec la bactérie hôte dans un milieu permettant sa croissance additionnée de CaCl2.

Question 16

Que fait le CaCl2 dans le milieu d’enrichissement?

Answer 16

C’est un composé qui favorise la fixation du phage sur sa cellule cible.

Question 17

En quoi consiste la méthode de mise en évidence du phage?

Answer 17

1. Ensemencer la souche hôte à confluence sur gélose additionnée de CaCl2 et laisser sécher
2. Déposer 5ul du surnageant
3. Incuber pendant 18-24
4. Observer la présence de plages de lyse

Question 18

Vrai ou faux: la méthode de mise en évidence ne permet que de vérifier 1 surnageant à la fois.

Answer 18

Faux - on peut utiliser cette méthode pour vérifier plusieurs surnageants sur une même gélose.

Question 19

L’enrichissement biologique de phages dans leur environnement naturel est appelé: _____.

Answer 19

Enrichissement biologique in situ

Question 20

Expliquer le principe d’enrichissement biologique in situ.

Answer 20

1. Cultiver en grande quantité la bactérie d’intérêt en labo
2. Verser cette culture à l’endroit d’étude (sol, composte)
3. Échantillonner le sol quelques jours après inoculation
4. Approches d’enrichissement en labo

Question 21

Après enrichissement, comment fait-on pour assurer qu’il n’y a qu’un seul phage isolé?

Answer 21

Purification du phage

Question 22

Quelles sont les deux approches de purification des phages?

Answer 22

1. Approche par striation

2. Approche par dilution

Question 23

Décrire brièvement l’approche par striation.

Answer 23

Striation des phages sur un Pétri sur lequel est étalé la souche hôte, observation de plages de lyse.

Question 24

Décrire brièvement l’approche par dilution.

Answer 24

Suspension de phages est diluée de façon décimale, dilutions plus élevée choisies, volume prélevé et mélangé avec la bactérie hôte dans une gélose molle, étalée à la surface d’une gélose, incubation, observation de plage de lyse, procédure répétée 2X à partir d’une plage de lyse isolée.

Question 25

La préparation d’un _____ est la première étape nécessaire à la caractérisation d’un phage.

Answer 25

Lysat de phages

Question 26

La concentration de phages dans un lysat peut être déterminé par _____ _____ ou par _____ _____.

Answer 26

Méthodes classiques (titre de phages infectieux), méthode moléculaire (copies de génome).