Chapitre 7 - Échantillonnage, enrichissement et isolement des bactéries Flashcards
Quel est le mot qui défini la population à échantillonner?
Population cible
Qui suis-je: sous-ensemble de la population cible totale
Échantillon
De quoi dépend la puissance des résultats obtenus dans un échantillon?
- Plan d’échantillonnage
- Robustesse statistique
Qu’est-ce qu’un échantillon représentatif?
Résultats dont la moyenne. l’écart-type, la distribution des données de la diversité de l’espèce, etc. sont similaires à ce qui serait obtenu si tout l’environnement était analysé.
Vrai ou faux: l’estimation non biaisée et la représentativité statistique sont garanties si les échantillons sont pris de façon aléatoire.
Vrai
Les méthodes d’échantillonnage et de conservation de l’échantillon avant l’analyse ne devraient pas altérer le _______ et la _______ des microorganismes.
- Nombre
- Viabilité
Vrai ou faux : il est important de développer sa stratégie d’échantillonnage en collaboration avec des statisticiens.
Vrai
Qui suis-je? « Planification de l’échantillonnage, de la préservation, du transport, de l’entreposage et du développement d’une méthode d’archivage de tous les paramètres ».
Les procédures d’échantillonnage
Fill the blanks:
Toutes les méthodes d’échantillonnage de l’eau sont relativement simples et consistent essentiellement à la récolte d’un ______ ______ à une ______ ______ à l’aide d’un ______ ______ en verre ou en plastique.
- Volume connu
- Profondeur connue
- Contenant stérile
Échantillonneur d’eau le plus complexe?
Échantillonneur Niskin en rosette
Échantillonneur d’eau le moins complexe?
Bouteille
Que doit-on ajouter à l’eau si y on soupçonne la présence de chlore?
Du thiosulfate
Vrai ou faux: on doit ajouter du sel de sodium d’EDTA aux échantillons d’eau contenant des concentrations élevées de zinc et de cuivre.
vrai
Vrai ou faux : Il n’y a pas de délai à respecter entre l’échantillonnage de l’eau et son analyse.
Faux. Il ne devrait pas se passer plus de 24 heures entre les deux.
Vrai ou faux: L’échantillon est conservé à la température de l’eau où il a été prélevé.
Faux. L’échantillon devrait être conservé à un température de 10°C pendant le transport et l’entreposage.
Vrai ou faux: l’analyse du sol est très standardisée.
Faux. Il n’y a aucune norme pour le sol.
Qui suis-je? Je conserve l’intégrité de l’échantillon de terre que je prélève (échantillon homogène)
Carottier
Vrai ou faux: il existe des carottiers de grosseurs différentes, pour les sédiments ainsi que pour la glace.
Vrai
Vrai ou faux: les analyses d’échantillons de sols doivent être effectuées dans les 24 heures suivant les prélèvements.
Faux. Le délai acceptable est de 48h à 72h.
Vrai ou faux: c’est legit d’échantillonner de la terre avec une spatule ou une cuillère.
Vrai
Qui suis-je? Échantillon pour lequel l’intégrité n’est pas nécessaire/pertinente.
Échantillon hétérogène
Quoi faire avec un échantillon de sol si on veut en faire l’analyse des acides nucléiques?
Congélation rapide à très basse température.
Vrai ou faux: les échantillons de sols doivent être concentrés si on veut en faire l’énumération des bactéries sur milieu solide.
Faux. Ils doivent être dilués.
Vrai ou faux: il est possible d’enfouir des lames de microscope ou des grilles de microscope électronique dans le sol et les retirer après quelques jours pour en faire l’analyse directe.
Vrai
L’air est un environnement où les microorganismes sont généralement en ___________. Ils doivent donc être _______ avant de pouvoir les détecter.
- Faible concentration
- Concentrés
Quelles sont les quatre grandes approches de l’échantillonnage de l’air?
- Échantillonneur par impaction inertielle/impacteurs
- Les barboteurs
- impacteurs par centrifugation
- Filtration
Qui suis-je? Mes étages séparent les particules selon leur diamètre aérodynamique et ma surface de collection peut être soit un pétri, un ruban adhésif ou une lame de microscope.
Impacteur Anderson à 6 étages
Qui suis-je? J’accélère les particules à la vitesse du son (337 m/s), j’ai un orifice en col de cygne et ma surface de collection est un liquide.
Impacteur AGI (All glass impinger)
Qui suis-je? Je suis un imposteur qui permet de se débarrasser des grosses particules qui s’impactent contre mes parois internes qui peuvent être mouillées ou sèches. On m’appelle aussi « cyclone ».
Impacteur par centrifugation (Dry cyclone et Wet cyclone)
Qui suis-je? J’ai été été conçu en 1980 pour récolter la fraction inhalable des bioaérosols. Je suis portatif.
Filtration (Cassette IOM 25mm)
Vrai ou faux: on devrait toujours faire un échantillonnage contrôle et un blanc lorsqu’on échantillonne l’air.
Vrai
Vrai ou faux: il est possible d’évaluer le temps d’échantillonnage de l’air si on connais le débit d’air de l’échantillonneur et la concentration approximative de bioaérosols d’un environnement donné.
Vrai
Nommer le plus grand défaut des échantillonneurs de surfaces.
Données quantitatives TRÈS variables : dépendent de la pression exercée par l’échantillonneur lors du prélèvement.
Vrai ou faux: il n’y a pas de limite en ce qui concerne la grosseur de la surface qu’un écouvillon peut échantillonner.
Faux. Ne devrait pas échantillonner des surfaces plus grandes que 100 cm carré.
À quoi sert le tampon, contenant un agent surfactant, dans lequel l’écouvillon est trempé avant d’échantillonner?
À améliorer le décrochage des microorganismes de la surface.
Vrai ou faux: on peut échantillonner des surfaces avec une éponge ou un tissus.
Vrai.
Qui suis-je? Gélose coulée dans des pétris de 60mm où la gélose dépasse de quelques millimètres du rebord du pétri?
Gélose RODAC
Vrai ou faux: la gélose RODAC permet d’obtenir un compte direct des microorganismes présents sur la surface étudiée.
Vrai.
Qui suis-je? Nouvelle méthode d’échantillonnage mesurant l’efficacité des procédures de lavage des mains en milieu hospitalier.
Glove juice
Est-il vrai qu’on considère que la méthode « globe juice» est plus efficace que les empreintes sur géloses ou d’écouvillonnage?
Ben oui
Quels sont les domaines d’échantillonnage qui sont standardisés par le gouvernement?
- Échantillonnage de l’eau
- Échantillonnage des aliments.
Pourquoi le secteur alimentaire est-il celui qui est le plus régulé?
À cause des impacts potentiels sur la santé humaine.
Vrai ou faux: L’échantillonnage alimentaire est utilisé seulement pour certifier l’innocuité des aliments pour l’exportation.
Faux. C’est aussi pour permettre la vente et la distribution des aliments importés.
Quelles sont les deux façon d’approcher l’analyse microbiologique des aliments?
- Plan d’échantillonnage à 2 classes
- Plan d’échantillonnage à 3 classes
Quel est le plan d’échantillonnage le plus souvent utilisé en analyse microbiologique alimentaire?
3 classes
Qui suis-je? On m’utilise lorsque la seule présence d’un type de microorganisme dans un aliment est en soi une raison suffisante pour ne pas le mettre sur le marché.
2 classes (présence/absence)
Qui suis-je? Quantité finie ou unité de production qui peut être identifiée par le même code.
Lot
S’il n’y a pas d’identification par code, un lot peut être considéré comme:
- La quantité de produits fabriqués dans des conditions identiques, dans le même établissement et pendant un période totale d’une journée.
- La quantité du même type de produit fabriqué par le même fabriquant et qui peut faire l’objet d’un échantillonnage à un endroit donné.
Qui suis-je? Représente le nombre d’unités d’échantillonnage qui est normalement prélevé au hasard dans un lot.
n
Qui suis-je? Dans un plan à 2 classes, je distingues les produits acceptables des médiocres. Dans un plan à 3 classes, je représente des concentrations acceptables de microorganismes (g ou ml).
m
Qui suis-je? Je suis retrouvé seulement dans le plan à 3 classes.
M
Qui suis-je? Je représente le nombre maximal d’unités médiocres permis dans le lot échantillonné.
c
Vrai ou faux: Si un seul échantillon dépasse la valeur M, c’est une raison valable de jeter le lot au complet.
Vrai
Quels sont les 3 facteurs qui peuvent influencer le nombre d’unités d’échantillonnage prélevées au hasard dans un lot?
- Risque
- Nombre d’unités disponibles
- La grosseur des lots selon le plan d’échantillonnage utilisé.
Quand avons-nous besoin d’enrichir une culture?
Quand la bactérie qu’on veut isoler est minoritaire.
Que favorise un enrichissement?
Croissance et séparation physique du microorganisme recherché.
Conditions utilisées pour un enrichissement biophysiques?
- Températures d’incubation
- Traitement à la chaleur
- Irradiation aux rayons UV
Quelles sont les deux méthodes d’enrichissement mettant à profit la motilité d’un microorganisme?
- Chimiotactisme
- Tropisme lumineux
Vrai ou faux: la filtration d’un échantillon permet peut permettre d’enrichir une population de microorganisme d’un intervalle de taille déterminé.
vrai
Nommez les trois autres possibilités d’enrichissements biophysiques divers.
- Densité cellulaire
- Radiations X ou UV sur espèces résistantes
- Ajouter un aimant au dessus de sédiments (magétotactisme)
Quelles sont les conditions utilisées pour enrichissements biochimiques?
- pH
- Utilisation de produits toxiques/inhibiteurs
- Milieux pauvres en nutriments
- Incorporation de substrats particuliers
vrai ou faux: le tellurite de potassium permet d’enrichir les streptocoques buccaux.
Vrai
Quelle est la composition du milieu pauvre en nutriments utilisé pour l’isolement de Caulobacter comparativement milieu normal?
Milieu pauvre : 0,05% de peptone
Milieu normal: 0,5% peptone + 0,3% d’extrait de levure
Qui suis-je? Type d’enrichissement qui fait appel à des propriétés particulières comme le parasitisme ou la symbiose?
Enrichissement biologique.
Quels sont les 3 types de bactéries parasites?
- Bactérie vs bactéries
- Bactéries vs plantes
- Bactéries vs animaux
Qui suis-je? Je suis un parasite bactérien.
Bdellovibrio
Qui suis-je? Je permet aux bactéries viables mais non cultivables (VBNC) de retourner à l’état cultivable.
Réssuscitation dans liquide non sélectif
Vrai ou faux: Il est possible de quantifier la quantité de microorganismes présents au départ lorsque qu’on fait un enrichissement.
Faux. Puisque la bactérie est minoritaire avant enrichissement, on ne peut pas la compter parce que elle ne pousserait pas. Après enrichissement, on a aucune idée la quantité qui était présente au départ.
Vrai ou faux: il existe relativement peu de méthodes pour l’isolement de bactéries en cultures pures.
Vrai
Vrai ou faux: l’obtention de colonies isolées sur milieu solide n’est pas nécessairement un indice certain de pureté.
Vrai.
Des colonies isolées peuvent autant provenir d’agrégats de cellules quelconques que de colonies isolées.
Quelle est l’étape la plus importante dans la procédure d’isolement d’un microorganisme en culture pure?
Le passage sur un milieu de culture non-sélectif pour révéler les contaminants (s’il y a lieu)
Qui suis-je? Méthode de striation qui assure l’obtention de colonies isolées quelque soit la densité cellulaire de l’inoculum de départ?
Striation en 3 étapes
Vrai ou faux: Les méthodes d’étalement sur milieu non sélectif et de dilution-agitation permettront seulement l’isolement de la bactérie majoritaire dans l’échantillon.
Vrai.
Quels sont les 3 trois désavantages de la méthode d’isolement anaérobie par dilution-agitation?
- Les bactéries doivent être capables de supporter des températures supérieures à 45°C
- Les colonies sont généralement situées à l’intérieur de la gélose et doivent être prélevées à l’aide d’une pipette pasteur effilée stérile.
- Il faut être prudent dans le choix du gaz utilisé pour le barbotage.
Vrai ou faux: Le CO2 possède la propriété de faire changer le pH d’un milieu dilution-agitation.
Vrai.
Quelle est la condition principale pour utiliser la méthode de dilution limite en milieu liquide pour isoler une espèce de microorganisme?
La bactérie doit absolument être majoritaire.
Vrai ou faux: la méthode de dilution limite en milieu liquide est utilisée souvent.
Faux
De quelle façon a-t-on réussi à isoler la bactérie géante Epulopiscium fishelsoni pour la première fois?
Par isolement physique des cellules à l’aide de micromanipulateurs.
Quels sont les 3 objectifs de la conservation des cultures bactériennes?
Maintenir les souches : en vie, sans contamination et sans mutations/variations
Quels sont les deux facteurs expliquant la différence entre 2 souches?
- Documentation inadéquate
2. Mauvaise identification
Qui suis-je? Méthode traditionnelle de conservation des cultures bactériennes via le repiquage périodique de la bactérie à un nouveau milieu.
Sous-culture
Quels sont les désavantages de la méthode de conservation par sous-culture?
- Risques de perdre la souche
- Risques de contamination
- Risques de sélection de variants ou de mutants
- Espace requis
À quelle température et pendant combien de temps sont conservées les sous-cultures d’une espèce bactérienne?
5-8°C pendant 3 à 5 mois.
Qui suis-je? Méthode de conservation produisant des résultats variables selon les espèces et généralement peu recommandée à cause de la formation de cristaux à l’intérieur de la cellule.
Congélation ordinaire (-20)
Qui suis-je? Méthode de séchage à froid permettant d’enlever l’eau d’une suspension bactérienne congelée par sublimation sous vide.
Lyophilisation
Vrai ou faux: la lyophilisation permet de conserver des bactéries pendant plus de 20 ans.
Vrai. Il s’agit d’une des méthodes les plus efficaces.
Quels sont les 2 désavantages de la lyophilisation?
- Procédé complexe
2. Nécessite appareil dispendieux
Quelle est la méthode de conservation à préconiser pour la conservation à long terme d’espèces bactériennes qui ne peuvent pas être lyophylisées?
Congélation à ultra-basse température (-196)
Nommez deux exemples d’agent cryo-protecteurs
Glycérol et diméthyl sulfoxide
Il existe 3 types de collections bactériennes, quelles sont-elles?
- Petites : construites par un chercheur ou équipe, sert aux besoins internes
- Intermédiaires ou de référence : faites en collaboration avec scientifiques, industries, agences gouvernementales et requièrent des travailleurs à temps plein
- Spécialisées : limitées à un groupe de microorganismes (ex: collection de phages de Félix D’Hérelle de l’ULaval)
Qui a été le premier microbiologiste à faire de l’art microbien?
Alexander Fleming
