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Génétique moléculaire > Chapitre 6 > Flashcards

Chapitre 6 Flashcards

1
Q

Transcription chez eucaryotes
Actions activateurs et répresseurs est complexifiées par 2 caractéristiques additionnelles
Nommer les

A
  1. Nucléosomes et leurs modifications

2. + régulateurs et + grandes séquences régulatrices

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Q

Définir enhancers

A

Plusieurs sites activateurs regroupés en une seule unité

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Q

Problème de l’activation à distance

A

Activateur lié à enhancer peut contrôler plusieurs gènes à sa portée plutôt qu’un seul

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4
Q

Solution du problème de l’activation à distance

A

Séquences régulatrices -> isolateurs

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5
Q

Entre quoi et quoi sont situés les isolateurs

A

Entre enhancers et promoteurs

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6
Q

Rôle isolateurs

A

Bloquent activation du promoteur induite par activateurs liés à enhancer -> garantissent que activateurs fonctionnement uniquement sur gènes que enhancer doivent régulés

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7
Q

Définir domaine de liaison à l’ADN (DLA)

A

Partie de protéine (activateur) qui sert uniquement à reconnaitre ADN et s’y accrocher

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8
Q

Gal4 se lie sous forme

a) monomère
b) dimère
c) tétramère

A

b) dimère

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9
Q

Nommer l’activateur eucaryote le + étudié

A

Gal4

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10
Q

Gal4 (activateur) active la transcription de quel gène

A

S.cerevisiae

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11
Q

Nommer le site initiation de transcription du gène GAL4

A

GAL1

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12
Q

Que se passe t’il avec Gal4 en présence de galactose

A

Gal4 se lie à SAAg et active transcription GAL1

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13
Q

Définir homéodomaine

A

Classe de DLA de type hélice-coude-hélice

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14
Q

Nommer les 4 DLA

A

Homéodomaine
Domaine en doigt de zinc
Fermeture à glissière de leucines lie l’ADN
Motif hélice-boucle-hélice

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15
Q

Nommer le plus commun des DLA

A

Domaine en doigt de zinc

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16
Q

Où le domaine en doigt de zinc a été initialement identifié

A

TFIIA

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17
Q

Domaine en doigts à zinc sont constitué d’environ 30 a.a parmi lesquels se retrouvent 2 résidus de … et 2 résidus de …

A

Cystéine

Histidine

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18
Q

Que se passe t’il s’il n’y a pas de zinc dans le domaine en doigt à zinc

A

Pas bonne structure pour s’insérer dans ADN

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19
Q

Présence de résidus acides/basiques et résidus hydrophiles/hydrophobes dans domaine en doigt à zinc

A

Basiques

Hydrophobes

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20
Q

Structure de 30 a.a du domaine en doigt à zinc se replie pour former quoi

A

2 barreaux B antiparallèle suivis d’une hélice alpha

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21
Q

Activateur Sp1 est quoi

domaine de liaison en doigt à zinc

A

3 structures en doigts de Zn consécutives

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22
Q

Rôle activateur Sp1

A

Permet reconnaitre 9 nucléotides (très GC riche)

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23
Q

1 chaine doigt permet de reconnaitre combien de nucléotides (domaine liaison doigt zinc)

A

3 nucléotides

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24
Q

Rôle activateur

A

Stimule transcription en liant ADN par une surface (DLA) et interagit avec ARN pol par une autre face

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25
Q

Activateur recrute ARN pol
a) directement
b) indirectement
À l’aide de qui?

A

b) indirectement

Grâce protéines régulatrices (médiateur avec composants (TFIID))

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26
Q

Les activateurs recrutent qui

A
  • Modificateurs du nucléosome (aident à initiation)

- Facteurs nécessaires à initiation ou élongation par polymérase

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27
Q

Vrai ou faux

Plupart des caractéristiques régulation génique sont mêmes chez tous eucaryotes

A

Vrai

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28
Q

Plupart régulateurs bactériens lient ADN sous forme

a) monomère
b) dimère
c) tétramère

A

b) dimère

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29
Q

Quel motif a été le premier DLA a être caractérisé

A

HCH hélice coude hélice

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30
Q

Plusieurs régulateurs eucaryotes (ceux forme HCH) lient sous forme

a) monomère
b) dimère
c) hétérodimère

A

a) monomère

c) hétérodimère

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31
Q

DLA fermeture à glissière de leucines forment

a) homodimère
b) hétérodimère

A

a) homodimère

b) hétérodimère

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32
Q

Définir domaine d’activation

A

Recruteur de protéine (comme aimant) les amène près complexe initiation transcription

33
Q

Qui a une structure définie entre DLA et régions activatrices (domaine activation)

A

DLA

34
Q

Nommer structure que les régions activatrices (domaine activation) forment à l’occasion

A

Structures en hélice probablement induites par liaison ADN

35
Q

Avantage du fait que les domaines d’activation n’ont pas de structure définie

A

Surfaces adhérentes -> capable d’interagir avec plusieurs surfaces protéiques

36
Q

Comment appelle t’on région activatrice Gal4 et particularité (fortes)

A

Région activatrice acide en raison prépondance aa acides

37
Q

Nommer activateur de la région activatrice riche en glutamine (faible)

A

Sp1

38
Q

Nommer activateur de la région activatrice riche en proline (faible)

A

CTF1

39
Q

Un des composants de TFII… contient bromodomaines

A

TFIID (TAF1/TAF250)

40
Q

Nommer les 3 composants avec qui Gal4 interagit

A

Médiateur
SAGA
TFIID

41
Q

Rôle SAGA

A

Activité acétylation et capable interagir machinerie transcriptionnelle

42
Q

Comme TFIID, SAGA contient … qui sont nécessaire pour certains promoteurs en remplacement de TFIID -> permet SAGA de s’accrocher à …

A

TAFs

TATA

43
Q

Par quoi est activé le gène HSP70 de drosophile

A

Choc thermique

44
Q

Par quoi est contrôlé le gène HSP70 de drosophile (nom de 2 activateurs)

A

GAF-1

HSF

45
Q

Est-ce qu’un isolateur agit comme un répresseur

A

Non, car pas recruteur de protéine

46
Q

Enhancer agit

a) amont
b) aval

A

a) amont

b) aval

47
Q

Nommer le mécanisme (chez bactéries) qui aide communication entre protéines liées à distance des promoteurs (les rapprochent)

A

Protéine architecturale IHF

48
Q

Rôle IHF

A

Lie sites ADN en courbant l’ADN

Aide activateur lié à ADN à atteindre (rapproche) ARN pol sur promoteur

49
Q

Nommer la protéine chez drosophiles qui aide la communication entre enhancer et gène (forme miniboucles pour rapprocher enhancer et promoteur)

A

Chip/Ldb1

50
Q

Qui contrôlent les actions des activateurs

A

Isolateurs

51
Q

Rôle isolateur

A

Inhibe activation du gène induite par activation, mais inhibe pas activation gène régulé par autre enhancer placé en aval ou amont du promoteur

52
Q

Vrai ou faux

Les isolateurs répriment les promoteurs et les activateurs

A

Faux

Bloquent la communication

53
Q

Où sont exprimés les gènes Apo

A

Foie et intestin

54
Q

À quoi servent gènes Apo

A

Essentiels métabolisme + redistribution lipoprotéines et lipides

55
Q

APOA1, APOA4 et APOA5 sont des constituants prédominants de…

A

HDL (high density lipoproteins)

56
Q

Comment isolateur affecte seulement gènes précis et pas d’autres gènes collés

A

Protéine CTCF

57
Q

Mode action protéine CTCF

A

CTCF + cohésine (Rad21/Scc1) se lie isolateurs AC2 et AC3
Forme boucles qui rapproche enhancer des promoteurs
Bloque fonction enhancer
Peut réprimer transcription

58
Q

Définir loci LCR

A

Long segment ADN avec bcp site liaison

Région contrôle locus

59
Q

Définir intégration du signal

A

Nombreux signaux nécessaires à expression gène

Signal transmis au gène par régulateur distinct (activateur/répresseur)

60
Q

Effet de 2 activateurs agissant ensemble (synergie) est… que somme de chacun agissant seul

a) égale
b) plus grand
c) plus petit

A

b) plus grand

61
Q

Synergie peut résulter de… (3)

A
  1. Multiples activateurs recrutant 1 composant machinerie transcriptionnelle
  2. Multiples activateurs recrutant chacun un composant différent
  3. Multiples activateurs s’entraidant pour lier sites à proximité du gène qu’ils contrôlent
62
Q

Donner exemple de multiples activateurs recrutant 1 composant machinerie transcriptionnelle

A

Médiateur recruté par plusieurs activateurs différents en touchant différentes parties

63
Q

Donner exemple multiples activateurs recrutant chacun un composant différent

A

1 activateur recrute FTIID et un autre recrute médiateur

64
Q

Multiples activateurs s’entraidant pour lier sites à proximité du gène qu’ils contrôlent
La liaison de l’un dépend de la liaison de l’autre
On appelle cela un phénomène de…

A

Coopérativité

65
Q

Donner un exemple de coopérativité (Multiples activateurs s’entraidant pour lier sites à proximité du gène qu’ils contrôlent)

A

Répresseur lambda

66
Q

Liaison d’une protéine à son site ADN peut faciliter la liaison d’une autre protéine à proximité de 4 façons directes ou indirectes -> coopérative
Nommer les

A

Directe
1. Interaction directe entre 2 protéines (individuellement pas reconnu)
2. 2 protéines peuvent en recruter une 3e
Indirecte: liaison A aide B à se lier
3. Modificateur recruté par A rend accessible B
4. Liaison A permet décompaction pour donner accès à B

67
Q

Gène HO (levure) est exprimé

a) cellules mères
b) cellules pères
c) les deux cellules
c) à tout moment
b) certains moments

A

a) cellules mères

b) certains moments

68
Q

Les deux conditions de l’exprimation du gène HO (levure) sont communiqués par qui
(Nom des 2 activateurs)

A

Swi5 et SBF

69
Q

Mode d’action de la transcription gène HO (levure)
Exemple de coopérativité
Parler de SBF et Swi5

A

SBF (activateur) peut pas lier ses sites (compacté dans chromatine)
Swi5 peut se lier sans aide, mais trop éloigné pour activer HO -> va recruter modificateurs de nucléosomes -> dépacte chromatine localement
Permet SBF de se lier et activer transcription en recrutant médiateur

70
Q

Définir contrôle combinatoire

A

Action de plusieurs régulateurs transcriptionnels (activateurs ou répresseurs) qui sont requis pour transcrire gène en particulier (signal commun entre 2 gènes)

71
Q

Nommer 4 modes d’action des répresseurs eucaryotes

A
  • Chevauchement site liaison
  • Action directe répressive sur composantes transcription (médiateur, FTG)
  • Liaison répresseur bloque domaine d’activation via domaine répression
  • Recrute enzyme qui enlève acétyle des queues histones = recompaction chromatine
72
Q

Comment réprime t’on gène levure GAL1

GAL1 contient site auquel s’accroche la protéine… qui réprime transcription GAL1 en recrutant la protéine …

A

Mig1

Tup1

73
Q

Nommer les 2 modèles répression par Tup1

A
  • Recrute histone désacétylase qui désacétylent à proximité des nucléosomes = compaction
  • Interagit directement avec machinerie transcriptionne: inhibe initiation
74
Q

Expression d’un gène dépend de signaux environnementaux communiqués sous différentes formes
Chez bactéries:
Chez eucaryotes:

A

Petites molécules relarguées par une cellule et reçues par une autre
Plusieurs signaux communiqués via voies de transduction du signal

75
Q

Signaux contrôlent activités des régulateurs transcriptionnels de diverse façon
Chez bactéries:
Chez eucaryotes:

A

Changements allostériques qui contrôlent régulateurs transcriptionnels: affectent leur capacité à lier ADN
Régulateurs transcriptionnels en général pas contrôlés au niveau liaison ADN

76
Q

Comment les régulateurs transcriptionnels sont contrôlés (eucaryotes)

A
  • Région activatrice démasquée

- Transport dans noyau

77
Q

Comment la région activatrice masquée est-elle révèlée

A

Changement conformationnel de l’activateur lié à ADN

Relargage protéine liant et masquant région activatrice (ce qui révèle domaine liaison)

78
Q

Rôle ligand de signalisation

A

Induit migration dans noyau

79
Q

Nommer les différents (2) scénarios du transport dans le noyau

A

Régulateur maintenu dans cytoplasme par protéine inhibitrice ou membrane cellulaire
Régulateur dans conformation où signal nécessaire à son import nucléaire dissimulé

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