Chapitre 6 Flashcards
Transcription chez eucaryotes
Actions activateurs et répresseurs est complexifiées par 2 caractéristiques additionnelles
Nommer les
- Nucléosomes et leurs modifications
2. + régulateurs et + grandes séquences régulatrices
Définir enhancers
Plusieurs sites activateurs regroupés en une seule unité
Problème de l’activation à distance
Activateur lié à enhancer peut contrôler plusieurs gènes à sa portée plutôt qu’un seul
Solution du problème de l’activation à distance
Séquences régulatrices -> isolateurs
Entre quoi et quoi sont situés les isolateurs
Entre enhancers et promoteurs
Rôle isolateurs
Bloquent activation du promoteur induite par activateurs liés à enhancer -> garantissent que activateurs fonctionnement uniquement sur gènes que enhancer doivent régulés
Définir domaine de liaison à l’ADN (DLA)
Partie de protéine (activateur) qui sert uniquement à reconnaitre ADN et s’y accrocher
Gal4 se lie sous forme
a) monomère
b) dimère
c) tétramère
b) dimère
Nommer l’activateur eucaryote le + étudié
Gal4
Gal4 (activateur) active la transcription de quel gène
S.cerevisiae
Nommer le site initiation de transcription du gène GAL4
GAL1
Que se passe t’il avec Gal4 en présence de galactose
Gal4 se lie à SAAg et active transcription GAL1
Définir homéodomaine
Classe de DLA de type hélice-coude-hélice
Nommer les 4 DLA
Homéodomaine
Domaine en doigt de zinc
Fermeture à glissière de leucines lie l’ADN
Motif hélice-boucle-hélice
Nommer le plus commun des DLA
Domaine en doigt de zinc
Où le domaine en doigt de zinc a été initialement identifié
TFIIA
Domaine en doigts à zinc sont constitué d’environ 30 a.a parmi lesquels se retrouvent 2 résidus de … et 2 résidus de …
Cystéine
Histidine
Que se passe t’il s’il n’y a pas de zinc dans le domaine en doigt à zinc
Pas bonne structure pour s’insérer dans ADN
Présence de résidus acides/basiques et résidus hydrophiles/hydrophobes dans domaine en doigt à zinc
Basiques
Hydrophobes
Structure de 30 a.a du domaine en doigt à zinc se replie pour former quoi
2 barreaux B antiparallèle suivis d’une hélice alpha
Activateur Sp1 est quoi
domaine de liaison en doigt à zinc
3 structures en doigts de Zn consécutives
Rôle activateur Sp1
Permet reconnaitre 9 nucléotides (très GC riche)
1 chaine doigt permet de reconnaitre combien de nucléotides (domaine liaison doigt zinc)
3 nucléotides
Rôle activateur
Stimule transcription en liant ADN par une surface (DLA) et interagit avec ARN pol par une autre face
Activateur recrute ARN pol
a) directement
b) indirectement
À l’aide de qui?
b) indirectement
Grâce protéines régulatrices (médiateur avec composants (TFIID))
Les activateurs recrutent qui
- Modificateurs du nucléosome (aident à initiation)
- Facteurs nécessaires à initiation ou élongation par polymérase
Vrai ou faux
Plupart des caractéristiques régulation génique sont mêmes chez tous eucaryotes
Vrai
Plupart régulateurs bactériens lient ADN sous forme
a) monomère
b) dimère
c) tétramère
b) dimère
Quel motif a été le premier DLA a être caractérisé
HCH hélice coude hélice
Plusieurs régulateurs eucaryotes (ceux forme HCH) lient sous forme
a) monomère
b) dimère
c) hétérodimère
a) monomère
c) hétérodimère
DLA fermeture à glissière de leucines forment
a) homodimère
b) hétérodimère
a) homodimère
b) hétérodimère
Définir domaine d’activation
Recruteur de protéine (comme aimant) les amène près complexe initiation transcription
Qui a une structure définie entre DLA et régions activatrices (domaine activation)
DLA
Nommer structure que les régions activatrices (domaine activation) forment à l’occasion
Structures en hélice probablement induites par liaison ADN
Avantage du fait que les domaines d’activation n’ont pas de structure définie
Surfaces adhérentes -> capable d’interagir avec plusieurs surfaces protéiques
Comment appelle t’on région activatrice Gal4 et particularité (fortes)
Région activatrice acide en raison prépondance aa acides
Nommer activateur de la région activatrice riche en glutamine (faible)
Sp1
Nommer activateur de la région activatrice riche en proline (faible)
CTF1
Un des composants de TFII… contient bromodomaines
TFIID (TAF1/TAF250)
Nommer les 3 composants avec qui Gal4 interagit
Médiateur
SAGA
TFIID
Rôle SAGA
Activité acétylation et capable interagir machinerie transcriptionnelle
Comme TFIID, SAGA contient … qui sont nécessaire pour certains promoteurs en remplacement de TFIID -> permet SAGA de s’accrocher à …
TAFs
TATA
Par quoi est activé le gène HSP70 de drosophile
Choc thermique
Par quoi est contrôlé le gène HSP70 de drosophile (nom de 2 activateurs)
GAF-1
HSF
Est-ce qu’un isolateur agit comme un répresseur
Non, car pas recruteur de protéine
Enhancer agit
a) amont
b) aval
a) amont
b) aval
Nommer le mécanisme (chez bactéries) qui aide communication entre protéines liées à distance des promoteurs (les rapprochent)
Protéine architecturale IHF
Rôle IHF
Lie sites ADN en courbant l’ADN
Aide activateur lié à ADN à atteindre (rapproche) ARN pol sur promoteur
Nommer la protéine chez drosophiles qui aide la communication entre enhancer et gène (forme miniboucles pour rapprocher enhancer et promoteur)
Chip/Ldb1
Qui contrôlent les actions des activateurs
Isolateurs
Rôle isolateur
Inhibe activation du gène induite par activation, mais inhibe pas activation gène régulé par autre enhancer placé en aval ou amont du promoteur
Vrai ou faux
Les isolateurs répriment les promoteurs et les activateurs
Faux
Bloquent la communication
Où sont exprimés les gènes Apo
Foie et intestin
À quoi servent gènes Apo
Essentiels métabolisme + redistribution lipoprotéines et lipides
APOA1, APOA4 et APOA5 sont des constituants prédominants de…
HDL (high density lipoproteins)
Comment isolateur affecte seulement gènes précis et pas d’autres gènes collés
Protéine CTCF
Mode action protéine CTCF
CTCF + cohésine (Rad21/Scc1) se lie isolateurs AC2 et AC3
Forme boucles qui rapproche enhancer des promoteurs
Bloque fonction enhancer
Peut réprimer transcription
Définir loci LCR
Long segment ADN avec bcp site liaison
Région contrôle locus
Définir intégration du signal
Nombreux signaux nécessaires à expression gène
Signal transmis au gène par régulateur distinct (activateur/répresseur)
Effet de 2 activateurs agissant ensemble (synergie) est… que somme de chacun agissant seul
a) égale
b) plus grand
c) plus petit
b) plus grand
Synergie peut résulter de… (3)
- Multiples activateurs recrutant 1 composant machinerie transcriptionnelle
- Multiples activateurs recrutant chacun un composant différent
- Multiples activateurs s’entraidant pour lier sites à proximité du gène qu’ils contrôlent
Donner exemple de multiples activateurs recrutant 1 composant machinerie transcriptionnelle
Médiateur recruté par plusieurs activateurs différents en touchant différentes parties
Donner exemple multiples activateurs recrutant chacun un composant différent
1 activateur recrute FTIID et un autre recrute médiateur
Multiples activateurs s’entraidant pour lier sites à proximité du gène qu’ils contrôlent
La liaison de l’un dépend de la liaison de l’autre
On appelle cela un phénomène de…
Coopérativité
Donner un exemple de coopérativité (Multiples activateurs s’entraidant pour lier sites à proximité du gène qu’ils contrôlent)
Répresseur lambda
Liaison d’une protéine à son site ADN peut faciliter la liaison d’une autre protéine à proximité de 4 façons directes ou indirectes -> coopérative
Nommer les
Directe
1. Interaction directe entre 2 protéines (individuellement pas reconnu)
2. 2 protéines peuvent en recruter une 3e
Indirecte: liaison A aide B à se lier
3. Modificateur recruté par A rend accessible B
4. Liaison A permet décompaction pour donner accès à B
Gène HO (levure) est exprimé
a) cellules mères
b) cellules pères
c) les deux cellules
c) à tout moment
b) certains moments
a) cellules mères
b) certains moments
Les deux conditions de l’exprimation du gène HO (levure) sont communiqués par qui
(Nom des 2 activateurs)
Swi5 et SBF
Mode d’action de la transcription gène HO (levure)
Exemple de coopérativité
Parler de SBF et Swi5
SBF (activateur) peut pas lier ses sites (compacté dans chromatine)
Swi5 peut se lier sans aide, mais trop éloigné pour activer HO -> va recruter modificateurs de nucléosomes -> dépacte chromatine localement
Permet SBF de se lier et activer transcription en recrutant médiateur
Définir contrôle combinatoire
Action de plusieurs régulateurs transcriptionnels (activateurs ou répresseurs) qui sont requis pour transcrire gène en particulier (signal commun entre 2 gènes)
Nommer 4 modes d’action des répresseurs eucaryotes
- Chevauchement site liaison
- Action directe répressive sur composantes transcription (médiateur, FTG)
- Liaison répresseur bloque domaine d’activation via domaine répression
- Recrute enzyme qui enlève acétyle des queues histones = recompaction chromatine
Comment réprime t’on gène levure GAL1
GAL1 contient site auquel s’accroche la protéine… qui réprime transcription GAL1 en recrutant la protéine …
Mig1
Tup1
Nommer les 2 modèles répression par Tup1
- Recrute histone désacétylase qui désacétylent à proximité des nucléosomes = compaction
- Interagit directement avec machinerie transcriptionne: inhibe initiation
Expression d’un gène dépend de signaux environnementaux communiqués sous différentes formes
Chez bactéries:
Chez eucaryotes:
Petites molécules relarguées par une cellule et reçues par une autre
Plusieurs signaux communiqués via voies de transduction du signal
Signaux contrôlent activités des régulateurs transcriptionnels de diverse façon
Chez bactéries:
Chez eucaryotes:
Changements allostériques qui contrôlent régulateurs transcriptionnels: affectent leur capacité à lier ADN
Régulateurs transcriptionnels en général pas contrôlés au niveau liaison ADN
Comment les régulateurs transcriptionnels sont contrôlés (eucaryotes)
- Région activatrice démasquée
- Transport dans noyau
Comment la région activatrice masquée est-elle révèlée
Changement conformationnel de l’activateur lié à ADN
Relargage protéine liant et masquant région activatrice (ce qui révèle domaine liaison)
Rôle ligand de signalisation
Induit migration dans noyau
Nommer les différents (2) scénarios du transport dans le noyau
Régulateur maintenu dans cytoplasme par protéine inhibitrice ou membrane cellulaire
Régulateur dans conformation où signal nécessaire à son import nucléaire dissimulé
