Chapitre 1 et 2 Flashcards
Comment peut-on accéder aux bases azotées
Petit et grand sillon
Base + sucre =
Nucléoside
Base + sucre + phosphate =
Nucléotide
Comment sont formés les nucléotides
Condensation
Lien entre les BA (entre le N d’un et le O d’un autre)
Ponts H
BA -> Purine
GA
BA -> pyrimidine
CUT
Forme prédominante
a) amino
b) imino
c) céto
d) enoi
a) amino
c) céto
Ponts H entre BA assurent … et …
Stabilité thermodynamique de l’hélice
Spécificité d’appariement des pb
3 mécanismes qui assurent stabilité double hélice
- Entropie
- Empilement des bases
- Influence hydrophiles/hydrophobes
Expliquer phénomène entropie dans ADN
Ponts H engagées avec molécules H2O très mobiles
donc, chaque liaison entre 2 bases provient disparition d’une liaison H pré-existante avec molécule H2O
Séparation brins: molécule H2O alignées le long bases de chaine
Brins s’apparient pour reformer double hélice = molécule H2O associées bases sont chassées = création entropie
Expliquer phénomène influence hydrophile/hydrophobe
Forces hydrostatiques créent forte pression qui colle les 2 brins d’ADN
Partie hydrophile de l’ADN
sucre-phosphate -> polaire
Partie hydrophobe de l’ADN
BA -> non-polaire
Pourquoi y’a t’il incompatibilité entre A et C
Amine -> donneur H+
Sucre -> accepteurs H+
DONC impossible ajout H2O
Qu’est-ce qu’un pivotement de base
BA peuvent ressortir de double hélice
À quoi servent les bases retournées
Ligand de certaines enzymes (méthylation, recombinaison homologue, réparation ADN)
Pourquoi y’a t’il pivotement de base
Qui crée ce phénomène
Protéines balaient ADN pour chercher homologie ou lésions en retournant bases unes après autres
Nommer protéines (2) qui pivote les bases
Enzyme de restriction Hae3 liées à ADN
Méthyltransférase liée à ADN
Mécanisme enzyme de restriction Haell liées à ADN
Glisse le long double hélice et retourne BA jusqu’à ce qu’elle rencontre séquence spécifique
Mécanisme méthyltransférase liée à ADN
Glisse le long double hélice et retourne BA jusqu’à ce qu’elle rencontre séquence spécifique
Pas double hélice est habituellement à droite ou gauche
Droite
Définir périodicité
nb pb/tours
Quel sillon est riche en info (petit ou grand)
Grand
Particularité grand sillon
Fait distinction entre ordre BA, car code différent
À quoi sert le vrillage des pb (2)
Permet de modifier localement nb pb/tours
Permet que grands et petits sillons ont des largeurs différentes
Configuration lien glycolyse quand hélice pas droite
Anti
ADN est constitué de chaines…
polynucléopeptidiques
Quelle est la configuration (résidus) de l’ADN qui permet d’adopter pas gauche aussi bien que pas droite
Répétition résidus purine et pyrimidines
Pourquoi c’est l’ADN avec répétition résidus purine et pyrimidines qui peut s’enrouler aussi bien gauche qu’à droite
Liaison glycolyse qui relie la base au C1 du sucre peut adopter configuration syn ou anti
Pourquoi c’est l’ADN avec répétition résidus purine et pyrimidines qui peut s’enrouler aussi bien gauche qu’à droite
Liaison glycolyse qui relie la base au C1 du sucre (désoxyribose) peut adopter configuration syn ou anti
Décrire configuration hélice pas de gauche
Lien glycolyse est anti/syn pour pyrimidine
Lien glycolyse est anti/syn pour purine
Doublet purine-pyrimidine
Lien glycolyse: anti pour pyrimidine
syn pour purine
Allure générale hélice gauche
Zigzag
Où est-il possible de former structure hélice gauche dans ADN (ADN Z)
Région activement transcrite du génome (sépare 2 brins)
Y’a t’il beaucoup d’ADN Z
Non
En solution: Hélice ADN avec unités Pur-Pyr répétées n’est gauche qu’en présence de….
[ions+] élevés (ex: Na+)
Comment peut-on dénaturer et hybrider ADN
Température et pH élevé
Nommer techniques (3) pour dénaturer et hybrider ADN
PCR, southern et biopuces
Qtité énergie pour séparer brins ADN (dénaturation) dépend de … (2)
% GC et force ionique solution
Expliquer phénomène de force ionique ADN
Squelette contient groupement phosphate chargé négativement
Les charges négatives d’un brin sont près de celles du brin complémentaires
Sans contre-ions elles se repousseraient
Utilité des contre-ions dans ADN
Neutralise phosphate -
Réduit répulsion -> + stable
Longueur onde que l’ADN absorbe
260 nm
C’est quoi l’hyperchromicité
augmentation absorbance 260nm
C’est quoi l’hyperchromicité
augmentation absorbance 260nm quand la température augmente
Comment appelle-t’on la température de fusion ADN
Tm
ADN bactérien et plasmique est …
a) linéaire
b) circulaire
c) linéaire et circulaire
b)
Chromosome humain est
a) linéaire
b) circulaire
c) linéaire et circulaire
a) linéaire
MAIS surenroulés
Caractériser le nb de tours d’un brin d’ADN linéaire à 2 extrémités
Variable
Caractériser le nb de tours d’un brin d’ADN circulaire
Limité
Peut-on séparer brin ADN circulaire
Conséquence?
Oui on peut les séparer, mais bris liaison covalente
Définir le nb d’enlacements (définition)
Nb fois qu’un brin ADNccc doit passer à travers l’autre pour que les 2 brins soient séparés
Le nb d’enlacements (linking number LK) est-il
a) nombre entier
b) nombre à virgule
a) nombre entier
Le nb d’enlacements (linking number LK) est la somme de quelles composantes
- Nb torsions (twist)
- Nb super tours (writhe)
Que se passe-t’il avec ADNccc qui est traité avec l’enzyme Dnasel en condition douce
Élimine surenroulement et relâche ADN donc les 2 brins peuvent tourner l’un de l’autre
À quoi sert le surenroulement négatif
Emmagasiner énergie libre disponible pour faciliter processus biologiques que nécessite la séparation des 2 brins de la double hélice -> réplication, transcription
Quel sorte d’ADN fait de le surenroulement négatif
ADN cellulaire
Pourquoi le surenroulement négatif fait en sorte que la séparation des 2 brins est + facile que régions relâchées
Tendance à se désenrouler partiellement
Qui induit surenroulement négatif
Nucléosome
Qui peut relâcher l’ADN surenroulé
Topoisomérase
Rôle topoisomérase en général
Rôle réplication, séparation chromatide soeur, transcription, relâche ADN surenroulé
Rôle topoisomérase 1
Besoin ou pas d’ATP?
+1 ou -1
Passe 1 brin non coupé à travers brèche et referme
Pas besoin ATP
Rôle topoisomérase 2
Besoin ou pas d’ATP?
+2 ou -2
Passe partie intacte ADN à travers brèche et referme coupure derrière en reformant 2 liens phosphodiesters
Besoin ATP
Nommer 3 différences entre ADN/ARN
- T -> U
- Sucre différent: ribose au lieu 2’-désoxyribose, fonction OH en 2’ est conservée
- Monocaténaire (généralement)
Nommer 4 types ARN
- ARNm
- ARNt
- ARNr
- miARN
Rôle ARNm
Intermédiaire entre gène et machinerie cellulaire de synthèse protéine
Rôle ARNt
Adaptateurs entre codons des ARNm et aa correspondant
Rôle ARNr
Rôle structural
Rôle miARN
Rôle régulation
Est-ce que l’ADN flotte dans noyau
Non, associé à protéines (50% masse des chromosomes)
Chromosome = … + …
ADN + protéine
Fonctions (4) de l’empaquetage de l’ADN en chromosome
- forme compacte ADN
- protège altération
- transmission efficace aux 2 cellules filles quand mitose
- gouverne expression gènes et recombinaison
Nom protéine qui forme chromatine avec ADN
Acide ou basique?
Chargé + ou -?
Petite ou grande?
Histone
Basique petit chargé +
Fonction histone
Compaction ADN
Première compaction ADN
Association histones régulièrement disposées le long ADN pour former nucléosomes
Combien de fois va t’on réduire longueur ADN avec première étape
10 000
Point négatif avec compaction ADN
Limite accessibilité
Définir remaniement local nucléosomes
Permet régions spécifiques de l’ADN d’interagir avec d’autre protéines
Protéines s’accrocher à ADN
Que se passe t’il si ADN trop compacte
Pas transcription
Qui effectue remaniement local nucléosomes
Enzymes qui modifient et remodèlent nucléosomes
Chromosomes sont
a) linéaire
b) circulaire
c) linéaire et circulaire
c) linéaire et circulaire
Cellules procaryotes ont chromosomes
a) circulaires
b) linéaires
c) linéaires et circulaires
c) linéaires et circulaires
Nombre de chromosomes varie entre … et …
Nommer exception: plusieurs milliers ->
2 et 50
Macronoyau protozoaire Tetrahymena
Chaque cellule a un nombre … de chromosomes
a) variable
b) constant
c) ça dépend de la cellule
b) constant
Cellules procaryotes ont généralement … copie(s) complète(s) de leur(s) chromosome(s)
1
Où sont chromosomes dans cellules procaryotes
Empaquetés dans nucléoïde
Majorité cellules eucaryotes sont
a) haploïdes
b) diploïdes
b) diploïdes
Différence entre nucléoïde (procaryote) et noyau (eucaryote)
Noyau est + organisé
Définir mégacaryocyte
Cellule polyploïde (plus 2 copies de chaque chromosome) environ 28
Cellule géante de moelle hématopoïétique
Rôle mégacaryocyte
Responsable production plaquettes sanguines dépourvues chromosomes