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Génétique moléculaire > Chapitre 4 > Flashcards

Chapitre 4 Flashcards

1
Q

Différence transcription et réplication ADN

A
  1. Transcription: brin constitué ribonucléotides
  2. ARN polymérase: ne requiert par d’amorce
  3. ARN ne reste pas apparié au brin matrice d’ADN: enzyme déplace chaine naissante
  4. Transcription moins fidèle que réplication
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Q

Pourquoi est-il logique que réplication est plus fiable que transcription

A

Doit assurer transmission fidèle du matériel génétique aux cellules filles
Toute erreur devient permanente dans génome = conséquences désastreuses

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Q 
Bactéries ont cbm de ARN polymérase
Nommer le(s)
A

1 seule

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4
Q 
Eucaryotes ont cbm de ARN polymérase
Nommer le(s)
A

Pol 1
Pol 2
Pol 3

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5
Q

Nommer ions du centre catalytique de polymérase procaryote et eucaryote

A

Mg2+

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6
Q

Différence entre amorce et promoteur

A

Amorce: petit bout ADN pour démarrer
Promoteur: séquence ADN qui fixe ARN pol + facteurs initiation requis (pas besoin d’amorce)

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7
Q

Nommer les 3 étapes de transcription

A
  1. Formation complexe fermé (ADN = double-brin, réaction réversible, peut se décrocher)
  2. Formation complexe ouvert (ADN = simple-brin)
  3. Polymérase démarre transcription: détache du promoteur
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8
Q

Nommer 5 sous-unités de base de ARN polymérase procaryote

A

alpha2, B, B’, oméga

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9
Q

Nommer facteur initiation que ARN polymérase procaryote a besoin (desfois) pour initier transcription

A

sigma

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10
Q

Nommer facteur sigma prédominant chez e.coli

A

sigma 70

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11
Q

Nommer sous-unités holoenzyme ARN polymérase

A

alpha2, B, B’, oméga, sigma

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12
Q

Nommer éléments (séquences) que les promoteurs reconnus par sigma partagent
(éléments de régulation)

A

-10 et -35

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13
Q

Nommer l’élément additionnel qui rend promoteur + puissant

A

Élément UP

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14
Q

Rôle élément UP

A

Augmente liaison polymérase: permet interaction spécifique supplémentaire enzyme/ADN (élément UP dans gène ARNr) (stabilise polymérase)

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15
Q

Certains promoteurs sigma70 n’ont pas élément -35
Solution:
Nommer exemple

A

Région -10 allongée

Ex: gènes gal

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16
Q

Nommer régions de sigma 70 (4)

A

1 à 4

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17
Q

Que reconnaissent les régions 2 et 4 de sigma70

A

2: -10
4: -35

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18
Q

Particularité région 4 de sigma 70

A

Porte 2 hélices formant motif hélice-coud-hélice

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19
Q

Élément UP est reconnu par qui

A

Domaine C-term de sous-unité alpha de polymérase (pas par hélice alpha)

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20
Q

Nommer domaine C-term de sous-unité alpha de polymérase qui est reconnu par élément UP

A

queue alphaCTD

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21
Q

Par quel structure queueCTD est relié à alphaNTD

A

Pont flexible

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22
Q

Pol 1 transcrit…

A

Précurseurs ARNr

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23
Q

Pol 2 transcrit…

A

Plupart gènes (tous gènes codant protéines)

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24
Q

Pol 3 transcrit…

A

ARNt et ARNr 5S

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25
Q

Nommer les 5 sous-unités de base de ARN polymérase eucaryote

A

RPB1, RPB2, RPB3, RPB11, RPB6

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26
Q

Est-ce que la synthèse initiale ARN est efficace? (au moment où ARN polymérase démarre transcription)
Nommer taille des nucléotides transcrits et le nom de la synthèse

A
  • Inefficace
  • 10 nucléotides (courts)
  • Synthèse abortive
    Fait des aller-retour sur ADN -> ne peut pas s’engager dans élongation
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27
Q

Étape - Initiation de la transcription - Formation complexe fermé

a) réversible
b) irréversible

A

a) réversible

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28
Q

Étape - Initiation de la transcription - Formation complexe ouvert

a) réversible
b) irréversible

A

b) irréversible

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29
Q

Nommer 2e phase du cycle de transcription (après l’initiation de la transcription)

A

Phase élongation

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30
Q

ARN polymérase synthétise des ARN d’environ combien de bases

A

10

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31
Q

Que se passe t’il y a synthétisation d’ARN + grand que 10 bases

A

Libération ARN polymérase du promoteur

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32
Q

Combien de nucléotides/sec sont synthétisé lors de la phase d’élongation par la polymérase bactérienne

A

52 nucléotides/seconde

Très rapide

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33
Q

Définir séquence consensus d’un promoteur

A

Alignement (regarde séquence des promoteurs) et on déduit séquence moyenne pour élément -10 et -35 obtenue à partir de 300 séquences

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34
Q

Les promoteurs forts ont une séquence qui se rapproche le plus/moins de la séquence consensus de -35 et -10

A

Plus

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35
Q

Nommer précisement région qui est responsable de l’interaction entre -10 et sigma70

A

2.4

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36
Q

Nommer précisement région qui est responsable de l’interaction entre -35 et sigma70

A

4.2

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37
Q

Le passage du complexe fermé au complexe ouvert implique des modifications structurales dans ARN pol et promoteur
Nommer les

A

Séparation brins ADN -> expose brin matrice et brin sens

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38
Q

Combien y’a t’il de canaux sur l’ARN pol

A

5 canaux

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39
Q

L’ADN se sépare à partir de quel position dans centre catalytique

A

+3

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40
Q

Nommer les 2 changements structuraux observés sur l’ARN pol lors transition complexe fermé -> ouvert

A
  • Fermeture des mâchoires (sur double hélice ADN)

- Déplacement région N-terminale sigma (sigma 1.1)

41
Q

Dans complexe fermé, où est sigma 1.1

A

Dans foyer catalytique (il le bloque)

42
Q

Dans complexe ouvert, où est sigma 1.1

A

Il est déplacé pour que ADN accède au canal aval

43
Q

Double hélice se reforme à partir de quel position (à l’extérieur enzyme) (lors fermé -> ouvert)

A

-11

44
Q

Que se passe t’il avec le brin sens lors fermé->ouvert

A

Quitte le centre actif par canal NT

N’est pas transcrit

45
Q

Que se passe t’il avec le brin matrice lors fermé->ouvert

A

Suit parcours en passant par centre catalytique et canal brin matrice (T)

46
Q

Rôle de la région du linker 3/4 de l’ARN pol
Quand il n’y a pas d’élongation
Quand élongation

A

Imite ARN
Pas élongation: va boucher canal sortie ARN
Élongation: éjection région 3/4 du canal sortie pour que ARN naissant puisse sortir

47
Q

Cause du blocage de l’ARN pol

A

Brin ADN endommagé

48
Q

Pourquoi le blocage de l’ARN pol est catastrophique

A

Obstruction pour autres polymérases essayant de transcrire gène

49
Q

Solution pour débloquer la polymérase

A
  • > TRCF (transcription repair coupling factor): débloque la polymérase
  • > TRCF recrute enzymes de réparation: endonucléase Uvr[A]BC
50
Q

Mode d’action de la TRCF (transcription repair coupling factor)

A
  • Lie ADN db en amont polymérase
  • Utilise moteur ATPase pour se déplacer sur ADN et rencontrer ARN pol bloquée
  • Collision pousse polymérase vers avant
51
Q

Que se passe t’il après la collision de TRCF et de l’ARN pol bloquée

A
  • Reprend élongation

- Dissociation complexe ternaire (ARN pol, ADN matrice, ARN transcrit)

52
Q

Terminaison de transcription dépend de quoi…

A

Signaux dans séquences ARN -> appelés terminateurs

53
Q

Rôle terminateurs

A

Amènent la polymérase en élongation à se dissocier ADN et à libérer ARN

54
Q

Nommer les 2 types terminateurs pour les bactéries

A
  • Rho-dépendant

- Rho-indépendant

55
Q

Terminateur Rho-dépendant est une protéine qui contient combien de copies de Rho
(quelle forme)

A

Anneau de 6 copies de Rho

56
Q

Mode d’action du terminateur Rho-dépendant

A

Se fixe à ARNsb dès qu’il sort ARNpol aux sites rut

57
Q

Vrai ou faux

Rho a besoin d’ATP pour fonctionner

A

Vrai

58
Q

À quoi sert l’ATP pour protéine Rho

A

Hydrolyse ATP pour terminaison (pour se déplacer)

59
Q

Qui se déplace + vite

a) ARN pol
b) Rho

A

a) ARN pol

60
Q

Pourquoi ARNpol doit faire une pause

Et où fait elle sa pause

A

Pour que Rho rattrape ARNpol et envoit signal pour qu’elle se décrocher
RSPS (rho sensitive pause site)

61
Q

Où est situé le RSPS (rho sensitive pause site) par rapport au site rut

A

100 nt en aval

62
Q

Nommer les 3 hypothèses du mode d’action de Rho

A
  • Rho pousserait polymérase en avant
  • Rho arracherait ARN de polymérase
  • Rho induit changement de conformation de polymérase
63
Q

Nom que l’on donne aux séquences d’un terminateur Rho-indépendant

A

Terminateurs intrinsèques

64
Q

Nommer 2 éléments qu’il faut pour que ça soit un terminateur Rho-indépendant (terminateurs intrinsèques)

A
  • Courte séquence répétée inversée (palindrome)

- Paire de bases A-T devant séquence répétée (environ 8)

65
Q

Les terminateurs Rho-indépendant fonctionnement sur

a) ADN
b) ARN
c) ADN et ARN

A

b) ARN

66
Q

Mode d’action des terminateurs Rho-indépendant

A

Forme structure tige-boucle (secondaire) sur ARN en transcription -> désorganisation complexe élongation -> terminaison

67
Q

Nommer les 3 hypothèses de la terminaison induite par terminateurs Rho-indépendant

A
  • Provoque déplacement vers avant de polymérase
  • Extirpe transcrit de polymérase
  • Induit changement conformation dans polymérase
68
Q

Procaryote: 1 seule ARNpol -> ne requiert qu’un seul facteur d’initiation additionnel … (le nommer)
Eucaryote: … polymérases différentes
Requiert plusieurs facteurs d’initiation -> … (nommer le terme général)

A

sigma70
Pol1, Pol2, Pol3
Facteurs généraux de transcription (FGT)

69
Q

FTG dans eucaryotes sont l’équivalent de … dans procaryotes

A

Sigma

70
Q

Rôle FTG

A
  • Aident Pol2 à se fixer au promoteur + séparer brins ADN

- Aident Pol2 à se détacher du promoteur et engager élongation

71
Q

Nommer 3 facteurs (autre que FTG) que la Pol2 a besoin

A
  • Protéines régulatrices liant ADN (facteurs transcription/régulateurs)
  • Complexe “médiateur”
  • Enzymes modifiant chromatine
72
Q

Définir promoteur minimal

A

Plus petit ensemble d’éléments de séquence nécessaire pour assurer initiation transcription machinerie Pol2 in vitro

73
Q

Nommer les 4 éléments du promoteur minimal de Pol2

A
  • Élément reconnu par TFIIB (BRE)
  • TATA
  • Inr (élément initiateur)
  • Éléments aval promoteur (DPE, DCE, MTE)
74
Q

À quel moment l’élément initiateur (Inr) est nécessaire

A

Quand BRE et TATA absent

75
Q

Comment nomme t’on les éléments en amont du promoteur minimal qui sont requis pour transcription efficace in vivo

A

Séquences régulatrices

76
Q

Nommer 4 catégories différentes de séquences régulatrices (selon localisation, organisme concerné et fonction)

A
  • Éléments proximaux du promoteurs
  • Séquences activatrices amont (UAS)
  • Enhancers ou amplificateurs
  • Autres (silencers, éléments fontière et isolateur)
77
Q

Rôle enhancers (amplificateurs)

A

Augmenter transcription gène

78
Q

Rôle isolateurs

A

Empêche diffusion signal au delà gène à réguler

Inverse enhancers

79
Q

Est-ce que la Pol2 peut s’accrocher sans FGT

A

Non

80
Q

Le complexe de préinitiation (PIC) est composé de quoi (2)

A

FGT + Pol2 lié au promoteur

81
Q

Nommer les 2 étapes absentes chez bactéries de la libération promoteur

A
  • Hydrolyse ATP

- Phosphorylation Pol2

82
Q

Comment appelle t’on TBP + 10 TAF

A

TFIID (FGT)

83
Q

2 rôles TFIIA

A

Interagit TBP/TFIID et stabilise complexe (élimine action répresseurs avec TBP qui empêchent formation complexe initiation)
Agit comme coactivateur pour certains activateurs

84
Q

Rôle queue CTD

A

Lier plusieurs composants machinerie élongation + maturation

85
Q

Où se situe CTD

A

Canal sortie ARN pol II

86
Q

Proximité CTD avec canal sortie facilite transfert protéines liés CTD
Nommer en une

A

Kinase P-TEFb

87
Q

Kinase P-TEFb est importante pour…

A

Stimulation élongation

88
Q

Kinase P-TEFb recrute qui

A

TAT-SF1

89
Q

Rôle ELL

A

Suppriment arrêts temporaires Pol II

Améliore processivité Pol II

90
Q

Rôle TFIIS

A

Stimule taux élongation en diminuant temps pause Pol II
Contribue vérification séquence par Pol II
Stimule activité RNase Pol II

91
Q

À quoi sert l’activité RNase Pol II qui est stimulé par TFIIS

A

Stratégie alternative pour éliminer bases incorrectes par hydrolyse limitée ARN
Comparable à correction hydrolytique (bactérienne) stimulée par Gre

92
Q

Nommer les 2 protéines qui composent facteur FACT

A

Spt16 et SSRP1

93
Q

Nommer les modifications post-traductionnel que subit ARN eucaryote avant exportation du noyau + traduction

A
  1. Formation coiffe extrémité 5’
  2. Épissage ARN
  3. Polyadénylation extrémité 3’
94
Q

Nommer 3 étapes enzymatiques pour l’ajout coiffe

A
  1. Groupe phosphate enlevé extrémité 5’ ARN
  2. Ajout nucléotide GMP
  3. Méthylation GMP
95
Q

Définir l’ajout d’une coiffe

A

Ajout guanine (G) méthylée à l’extrémité 5’ ARN via liaison particulière 5’-5’ impliquant 3 phosphates

96
Q

À quel moment fait-on addition coiffe

A

Dès ARN émerge canal sortie Pol II

97
Q

Nommer 2 étapes qui se passent après ajout coiffe

A

Déphosphorylation Ser5 du CTD

Phosphorylation Ser2

98
Q

Nommer 3 rôles coiffe

A

Stabilise ARNm (protège ribonucléase)
Export ARNm dans cytoplasme
Recrutement ribosomes

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