Chapitre 5 - La transcription Flashcards
Pourquoi est-ce la thymine est remplacée par l’uracile dans l’ARN?
parce que U est moins « coûteux » à produire (un CH3 en moins), il se convertit lentement en cytosine (instabilité chimique)
-Uracile se degrade plus facilement car est moins stable et temporaire.
Pourquoi l’uracile ne pourrait pas prendre la place de la thymine dans l’ADN?
parce que une des altérations spontanées fréquentes dans l’ADN est la désamination de la cytosine qui se transforme alors en uracile. Une enzyme de réparation, l’uracil DNA glycosylase, enlève le U (créant un site apurique). Si U devait se trouver « normalement » dans l’ADN, ça créerait un problème parce qu’il se ferait toujours enlevé.
V ou F. L’ARN est capable de produire des structures secondaires très variées (des
boucles, des nœud, etc.)
V
Quel niveau de structure (primaire, secondaire, tertiaire ou quaternaire) donne sa stabilité à l’ARN et peut lui conférer des activités enzymatiques?
tertiaire ( s assurer j pense c est secondaire) diapo 4
Quelles sont les incidences sur C2 (OH)
-rend l’ARN plus sensible a l’hydrolyse alcaline
-présence de 2 O-> cyclisation du phosphate->coupure de la chaine ribose phosphate: instabilité chimique.
formation de l’ARN
Ouverture de l’ADNdb
Appariement antiparallele entre ADNsb-ARN
Complémentarité des bases A(u) sur brin matrice
Classes d ARN
Peut prendre different formes car se replie sur lui meme. ARN ayant le plus de nucelotides: 23-28S rRNA
ARNr VS ARNt
ARNr: représente une grande partie de la masse totale de la cellule
ARNt:(nombre par cellule) c est arn de transfert qui gagne
la diff entre transcription et réplication
transcription:recopie une région précise du génome; le nombre de copie est extrement variable; le nombre de prot produit par ARN m est aussi tres variables.
réplication: recopie tout le genome
Quelle enzyme fait la transcription de l’ADN en ARN?
transcriptase (ARN polymérase ADN dépendante)
Les caracteristiques du site catalytiques de l’ARN pol
- constitué de parties des deux plus grandes sous unités
- centre catalytique
-addition de nucleotides avec deux ions metalloiques: Mg2+
-bacterial ARN pol: 2 sous unites alpha et 2 beta+ 1 sous unités omega
Sur quoi s’attache l’enzyme qui fait la transcription de l’ADN en ARN pour amorcer la transcription?
une séquence sur l’ADN appelée promoteur
Quel brin de l’ADN (matrice ou codant) est lu par la transcriptase?
matrice
Quel brin de l’ADN (matrice ou codant) a la même séquence que l’ARN produit par la transcriptase?
codant
matrice:est lu par ARN pol
la synthese de l’ARN se fait de quel coté:
DU 5 VERS 3
V ou F. La transcriptase se déplace de 3’ vers 5’ sur l’ADN.
V
V ou F. Pendant que la transcriptase se déplace sur l’ADN, il y a 2 tours d’ADN qui sont déroulés dans la transcriptase.
F, c’est seulement 1 tour
V ou F. La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase est similaire chez toutes les espèces.
V
Quelle forme a la transcriptase?
« pince de crabe »
Pourquoi la périphérie de la transcriptase est très variable entre les espèces, mais que son site catalytique comporte de similitudes?
Parce que c’est avec la périphérie de l’enzyme que les protéines régulatrices interagissent avec ARN pol, et les protéines régulatrices sont propres à chaque espèce.
Particularite de l’arn pol
-pas besoin d’amorce
-plus grande stabilité de l’enzyme au niveau du nucleotide 1 quand elle ajoute le 2 sur 3’OH;(aime se lier avec A en premier) facteur sigma aide a cette etape
-facteurs de transcription généraux (GTF) ont same role chez eucaryotes
L’ARN polymérase possède 4 endroits (canal) où quelque chose entre ou sort. Quels sont ces canaux et qu’est-ce qui entre ou sort?
- un canal d’entrée des ribonucléotides
- un canal d’entrée du double brin d’ADN
- un canal de sortie de l’ARN synthétisé
- un canal de sortie de l’ADN
L’ARN polymérase possède 4 endroits (canal) où quelque chose entre ou sort. Quels sont ces canaux et qu’est-ce qui entre ou sort?
Apres l ouverture de la double hélice:
- canal NT : brin codant
- canal T : sortie du brin matrice
- canal de sortie de l’ARN synthétisé
Le doubre brin se reforme en position -11 à l’interieur de l enzyme (a chaque fois que l ADN se deforme a l avant, elle se reforme a l arriere)
C est quoi l hypothese de la compression
L’arn pol tire sur ADN en aval pour pouvoir synthétisé le plus possible en liberant de courts fragments (10 nucleotides et moins) mais a un moment donné lache le promoteur, la polymerisation n est pas efficace.
y a t il polymerisation d arn pendant que le complexe est ouvert: complexe initial de la tramscription
il y a polymerisation d arn mais l arn pol ne se deplace pas , elle reste prise au niveau du promoteur. Mais a un moment donne elle lache le promoteur car elle doit aller vers la fin du gene pour poursuivre la transcription.
Le site catalytique de l’ARN polymérase fait intervenir quoi pour l’addition des nucléotides?
2 ions métalliques
nombre: ARN pol pro et ARN pol eucaryote
Procaryote: 1 seule ARN POL
Eucaryote: 3 ARN POL
Quelle ARN polymérase transcrit les séquences codant les protéines?
ARN pol II (2)
Quelle ARN polymérase transcrit les séquences codant l’ARNr?
ARN pol I (1)
Quelle ARN polymérase transcrit les séquences codant l’ARNt?
ARN pol III (3)
V ou F. Il y a des transcriptase spécialisée pour différentes tâches autant chez les bactéries que chez les euca.
F. Les bactéries ont une seule transcriptase, mais les euca en ont 3 et elles sont spécialisées
V ou F. L’ARN pol a besoin d’une amorce. Pourquoi?
F. Elle tient très bien le premier nucléotide (beaucoup de stabilité implique liaison très spécifique)
V ou F. La majorité de transcrits procaryotes débutent avec le même nucléotide.
V
Qu’est-ce qui détermine quel brin sera la matrice lors de la transcription?
le promoteur
Qu’est-ce qui détermine dans quel sens se fera la transcription?
le promoteur
Brin + et brin - de la bactérie:
les genes peuvent etre codé a des endroit differents ou au meme endroit sur la meme portion de l’adn
Reconnaissance du promoteur
-sequence d adn en amont du gene transcrit; sequences promotrices qui determinent les regions du genome a transcrire
-determine l orientation du gene: chacun des brins peut etre le brin matrice
Quels sont les 3 facteurs déterminants d’un promoteur fort?
- la capacité du promoteur de lier l’ARN pol : + de points de contact = promoteur plus fort
- isomérisation complexe fermé à ouvert efficace; bulle de transcription apparait rapidement dans un promoteur plus fort ( + rapide= + gene sera transcrit rapidement)
- la facilité qu’a l’ARN pol à se liberer du promoteur (temps essaie erreur est rapide; sera plus rapide pour se libérer)
V ou F. Quand un promoteur est « fort », c’est parce qu’il reste plus fortement attaché à l’ARN pol.
F. C’est parce que l’ARN pol se lie + souvent au promoteur, donc fait davantage de transcrits
[Procaryotes] V ou F. La transcriptase ne peut se lier qu’aux promoteurs .
F. Elle peut se lier partout sur l’ADN techniquement, mais lorsque la sous-unité σ s’ajoute, elle force la transcriptase à ne se lier qu’aux promoteurs.
a quoi sert l’ajout de la sous-unité sigma dans l’ARN pol
positionne l’ARN pol car reconnait les sequences regulatrices sur ADN (promoteur) et permet l’initiation de la transcription au sites des promoteurs seulement.
si sigma est absente, l adn pol peut elle tout de meme initier la transcription
oui n importe ou sur l’ADN
deux boites sont reconnus par le sigma 70: la boite -35 et -10, une va s ouvrir pour permettre la transcription (ouvertue de la bulle), laquelle
celle qui est la plus proche du site d initiation, celle a -10 et contient bcp de a ET t qui s ouvrent bcp plus facilement, la boite -35 permet l accroche du sigma 70 a l adn sur la boite -35.
[Procaryotes] Qu’est-ce que l’holoenzyme lors de la transcription?
c’est l ARN POL associé à la sous-unité σ
qu est ce qu un consensus
le nombre de fois que le nucleotide arrive a cette position quand on compare les sequences.
qu est ce tu conclu du concensus:
plus on se rapproche du consensus, plus le promoteur est fort. Plus la liaison de sigma avec ces regions est forte, la polymerase va passe du complexe ferme a ouvert et se libere plus facilement. plus facilement
qu est ce qu un promoteur sigma 70
le promoteur qui permet la liaison a sigma 70
ou se situe l element UP
il se situe devant -35, environ -60 dans le promoteur sigma 70
quelles sont les ajouts supp sur le promoteur
UP(-60), boite -35, extension -10, boite -10, discriminateur (permet de stabiliser pol)
info:normalement on a extension quand on n a pas de -35. ils sont pas necessairement tous la en meme temps
toutes ces regions sont elles-liés par une region specifiques de la sous unités sigma 70
Oui sauf l élément UP qui est directement lié a l ARN pol directement
qu est ce qui lie l element UP: alpha 1 et 2
alpha 1 et alpha 2; en plus que l élement UP est la sa signifie que le promoteur est tres fort
quelle partie du facteur sigma reconnait les secteurs du promoteur
élément UP: alpha 1 et 2
-35: reconnu par sigma 4 via motif helice-coude-hélice (comme crochet)
-10: reconnu par sigma 2 (2.3 reconnait -10 et stabilise le brin codant (similaire aux SSB))
Discriminateur: 1.2 reconnait le discriminateur
de quelle maniere la région 4 du facteur sigma 70 lie la séquence -35
via un motif hélice-coude-hélice
explquez ce motif
Formation du complexe FERMÉ:
-une des hélice s insere dans sillon majeur et interagit avec bases de l’adn (specifique a la sequence )
-La deuxieme hélice s attache sur la charpente de l’ADN (PHOSPHATE-SUCRE)
Qu est ce qui encourt spontanément un changement de conformation energetiquement favorable ( isomérisation en complexe ouverte)
1)l’arn pol holoenzyme associé a l’ADN
2) ADN est ouvert entre -11 et +3 pour faire transcription (bulle de transcription est de 14 nct)
3) si on ouvre ADN on doit transcrire, on ne peut revenir en arriere c irreversible.
4) Soit l’ADN pol vient et ouvre l’ADN
5)Soit l’ADN pol vient et part (reste fermé) (dissociation de l’holoenzyme)
Le passage au complexe ouvert implique deux événements:
1)Les pinces BB’ se resserent sur l’ADN bicaténaire devant l’enzyme pour permettre a l ADN de venir au site actif un NCT a la fois
2) La région 1,1 de sigma 70 se déplace du site actif pour permettre au brin matrice d’atteindre le site catalytique
[Procaryotes] À quelle étape de l’initiation la transcriptase commence à se déplacer?
Pendant les 3 étapes de l’initiation, la transcriptase ne peut pas se déplacer : elle est prise sur le promoteur. C’est seulement à la transition du complexe ternaire stable vers l’élongation que l’ARN pol peut commencer à avancer
[Procaryotes] À quelle étape de l’initiation la transcriptase commence à polymériser?
Elle commence à la 3e étape de l’initiation : le complexe initial de transcription. Mais attention : à cette étape ce n’est pas le début de la polymérisation de l’ARN, ce ne sont que de courts transcrits de 10 nt et moins qui sont synthétisés, puis relâchés.
Transition vers le complexe ternaire stable:
qui est responsable des difficultes de l’arn pol a passer a la phase d elongation
sigma
Transition vers le complexe ternaire:
ou est situe la region 3.2 de sigma 70
-elle est positionne au coeur du canal de sortie de l arn
-elle doit etre deplace pour permettre la sortie de l’arn ayant plus ou egal de 10 nucleotides de sortir
- l expulasion de cette region se fait generalement apres plusieurs tentatives
-le deplacement de celle ci permet d affaiblir la liaison du facteur sigma avec la pol. Cela permet de se liberer du promoteur en rompeant les interactions avec sigma et le promoteur.
ARN pol passe a l etape de l elongation
etape :elongation
8-9 ribonucleotides forme l hybride arn-adn
vrai, un lien h se fait en avant et un lien h se defait en arriere
la bulle de transcription est elle stable
oui la dimension est stable (14nct) mais elle bouge avec l’enzyme
Lors de la transcription, les « positions » (-10, -35, +1, +10, etc.) correspondent à quoi? 3 choix :
- au brin d’ADN codant
- à l’ARN nouvellement transcrit
- au brin d’ADN matrice
- à la position de la transcriptase
à l’ARN nouvellement transcrit, où +1 est le 1er nucléotide de la chaîne
