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Salma- biologie moléculaire > Chapitre 5 - La transcription > Flashcards

Chapitre 5 - La transcription Flashcards

1
Q

Pourquoi est-ce la thymine est remplacée par l’uracile dans l’ARN?

A

parce que U est moins « coûteux » à produire (un CH3 en moins), il se convertit lentement en cytosine (instabilité chimique)
-Uracile se degrade plus facilement car est moins stable et temporaire.

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Q

Pourquoi l’uracile ne pourrait pas prendre la place de la thymine dans l’ADN?

A

parce que une des altérations spontanées fréquentes dans l’ADN est la désamination de la cytosine qui se transforme alors en uracile. Une enzyme de réparation, l’uracil DNA glycosylase, enlève le U (créant un site apurique). Si U devait se trouver « normalement » dans l’ADN, ça créerait un problème parce qu’il se ferait toujours enlevé.

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3
Q

V ou F. L’ARN est capable de produire des structures secondaires très variées (des
boucles, des nœud, etc.)

A

V

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4
Q

Quel niveau de structure (primaire, secondaire, tertiaire ou quaternaire) donne sa stabilité à l’ARN et peut lui conférer des activités enzymatiques?

A

tertiaire ( s assurer j pense c est secondaire) diapo 4

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5
Q

Quelles sont les incidences sur C2 (OH)

A

-rend l’ARN plus sensible a l’hydrolyse alcaline
-présence de 2 O-> cyclisation du phosphate->coupure de la chaine ribose phosphate: instabilité chimique.

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6
Q

formation de l’ARN

A

Ouverture de l’ADNdb
Appariement antiparallele entre ADNsb-ARN
Complémentarité des bases A(u) sur brin matrice

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7
Q

Classes d ARN

A

Peut prendre different formes car se replie sur lui meme. ARN ayant le plus de nucelotides: 23-28S rRNA

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8
Q

ARNr VS ARNt

A

ARNr: représente une grande partie de la masse totale de la cellule
ARNt:(nombre par cellule) c est arn de transfert qui gagne

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9
Q

la diff entre transcription et réplication

A

transcription:recopie une région précise du génome; le nombre de copie est extrement variable; le nombre de prot produit par ARN m est aussi tres variables.
réplication: recopie tout le genome

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10
Q

Quelle enzyme fait la transcription de l’ADN en ARN?

A

transcriptase (ARN polymérase ADN dépendante)

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11
Q

Les caracteristiques du site catalytiques de l’ARN pol

A
  • constitué de parties des deux plus grandes sous unités
  • centre catalytique
    -addition de nucleotides avec deux ions metalloiques: Mg2+
    -bacterial ARN pol: 2 sous unites alpha et 2 beta+ 1 sous unités omega
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12
Q

Sur quoi s’attache l’enzyme qui fait la transcription de l’ADN en ARN pour amorcer la transcription?

A

une séquence sur l’ADN appelée promoteur

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13
Q

Quel brin de l’ADN (matrice ou codant) est lu par la transcriptase?

A

matrice

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14
Q

Quel brin de l’ADN (matrice ou codant) a la même séquence que l’ARN produit par la transcriptase?

A

codant
matrice:est lu par ARN pol

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15
Q

la synthese de l’ARN se fait de quel coté:

A

DU 5 VERS 3

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16
Q

V ou F. La transcriptase se déplace de 3’ vers 5’ sur l’ADN.

A

V

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17
Q

V ou F. Pendant que la transcriptase se déplace sur l’ADN, il y a 2 tours d’ADN qui sont déroulés dans la transcriptase.

A

F, c’est seulement 1 tour

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18
Q

V ou F. La forme et l’organisation générale de l’ARN
polymérase est similaire chez toutes les espèces.

A

V

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19
Q

Quelle forme a la transcriptase?

A

« pince de crabe »

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20
Q

Pourquoi la périphérie de la transcriptase est très variable entre les espèces, mais que son site catalytique comporte de similitudes?

A

Parce que c’est avec la périphérie de l’enzyme que les protéines régulatrices interagissent avec ARN pol, et les protéines régulatrices sont propres à chaque espèce.

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21
Q

Particularite de l’arn pol

A

-pas besoin d’amorce
-plus grande stabilité de l’enzyme au niveau du nucleotide 1 quand elle ajoute le 2 sur 3’OH;(aime se lier avec A en premier) facteur sigma aide a cette etape
-facteurs de transcription généraux (GTF) ont same role chez eucaryotes

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22
Q

L’ARN polymérase possède 4 endroits (canal) où quelque chose entre ou sort. Quels sont ces canaux et qu’est-ce qui entre ou sort?

A
  • un canal d’entrée des ribonucléotides
  • un canal d’entrée du double brin d’ADN
  • un canal de sortie de l’ARN synthétisé
  • un canal de sortie de l’ADN
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23
Q

L’ARN polymérase possède 4 endroits (canal) où quelque chose entre ou sort. Quels sont ces canaux et qu’est-ce qui entre ou sort?

A

Apres l ouverture de la double hélice:
- canal NT : brin codant
- canal T : sortie du brin matrice
- canal de sortie de l’ARN synthétisé

Le doubre brin se reforme en position -11 à l’interieur de l enzyme (a chaque fois que l ADN se deforme a l avant, elle se reforme a l arriere)

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24
Q

C est quoi l hypothese de la compression

A

L’arn pol tire sur ADN en aval pour pouvoir synthétisé le plus possible en liberant de courts fragments (10 nucleotides et moins) mais a un moment donné lache le promoteur, la polymerisation n est pas efficace.

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25
Q

y a t il polymerisation d arn pendant que le complexe est ouvert: complexe initial de la tramscription

A

il y a polymerisation d arn mais l arn pol ne se deplace pas , elle reste prise au niveau du promoteur. Mais a un moment donne elle lache le promoteur car elle doit aller vers la fin du gene pour poursuivre la transcription.

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26
Q

Le site catalytique de l’ARN polymérase fait intervenir quoi pour l’addition des nucléotides?

A

2 ions métalliques

27
Q

nombre: ARN pol pro et ARN pol eucaryote

A

Procaryote: 1 seule ARN POL
Eucaryote: 3 ARN POL

28
Q

Quelle ARN polymérase transcrit les séquences codant les protéines?

A

ARN pol II (2)

29
Q

Quelle ARN polymérase transcrit les séquences codant l’ARNr?

A

ARN pol I (1)

30
Q

Quelle ARN polymérase transcrit les séquences codant l’ARNt?

A

ARN pol III (3)

31
Q

V ou F. Il y a des transcriptase spécialisée pour différentes tâches autant chez les bactéries que chez les euca.

A

F. Les bactéries ont une seule transcriptase, mais les euca en ont 3 et elles sont spécialisées

32
Q

V ou F. L’ARN pol a besoin d’une amorce. Pourquoi?

A

F. Elle tient très bien le premier nucléotide (beaucoup de stabilité implique liaison très spécifique)

33
Q

V ou F. La majorité de transcrits procaryotes débutent avec le même nucléotide.

A

V

34
Q

Qu’est-ce qui détermine quel brin sera la matrice lors de la transcription?

A

le promoteur

35
Q

Qu’est-ce qui détermine dans quel sens se fera la transcription?

A

le promoteur

36
Q

Brin + et brin - de la bactérie:

A

les genes peuvent etre codé a des endroit differents ou au meme endroit sur la meme portion de l’adn

37
Q

Reconnaissance du promoteur

A

-sequence d adn en amont du gene transcrit; sequences promotrices qui determinent les regions du genome a transcrire
-determine l orientation du gene: chacun des brins peut etre le brin matrice

38
Q

Quels sont les 3 facteurs déterminants d’un promoteur fort?

A
  • la capacité du promoteur de lier l’ARN pol : + de points de contact = promoteur plus fort
  • isomérisation complexe fermé à ouvert efficace; bulle de transcription apparait rapidement dans un promoteur plus fort ( + rapide= + gene sera transcrit rapidement)
  • la facilité qu’a l’ARN pol à se liberer du promoteur (temps essaie erreur est rapide; sera plus rapide pour se libérer)
39
Q

V ou F. Quand un promoteur est « fort », c’est parce qu’il reste plus fortement attaché à l’ARN pol.

A

F. C’est parce que l’ARN pol se lie + souvent au promoteur, donc fait davantage de transcrits

40
Q

[Procaryotes] V ou F. La transcriptase ne peut se lier qu’aux promoteurs .

A

F. Elle peut se lier partout sur l’ADN techniquement, mais lorsque la sous-unité σ s’ajoute, elle force la transcriptase à ne se lier qu’aux promoteurs.

41
Q

a quoi sert l’ajout de la sous-unité sigma dans l’ARN pol

A

positionne l’ARN pol car reconnait les sequences regulatrices sur ADN (promoteur) et permet l’initiation de la transcription au sites des promoteurs seulement.

42
Q

si sigma est absente, l adn pol peut elle tout de meme initier la transcription

A

oui n importe ou sur l’ADN

43
Q

deux boites sont reconnus par le sigma 70: la boite -35 et -10, une va s ouvrir pour permettre la transcription (ouvertue de la bulle), laquelle

A

celle qui est la plus proche du site d initiation, celle a -10 et contient bcp de a ET t qui s ouvrent bcp plus facilement, la boite -35 permet l accroche du sigma 70 a l adn sur la boite -35.

44
Q

[Procaryotes] Qu’est-ce que l’holoenzyme lors de la transcription?

A

c’est l ARN POL associé à la sous-unité σ

45
Q

qu est ce qu un consensus

A

le nombre de fois que le nucleotide arrive a cette position quand on compare les sequences.

46
Q

qu est ce tu conclu du concensus:

A

plus on se rapproche du consensus, plus le promoteur est fort. Plus la liaison de sigma avec ces regions est forte, la polymerase va passe du complexe ferme a ouvert et se libere plus facilement. plus facilement

47
Q

qu est ce qu un promoteur sigma 70

A

le promoteur qui permet la liaison a sigma 70

48
Q

ou se situe l element UP

A

il se situe devant -35, environ -60 dans le promoteur sigma 70

49
Q

quelles sont les ajouts supp sur le promoteur

A

UP(-60), boite -35, extension -10, boite -10, discriminateur (permet de stabiliser pol)
info:normalement on a extension quand on n a pas de -35. ils sont pas necessairement tous la en meme temps

50
Q

toutes ces regions sont elles-liés par une region specifiques de la sous unités sigma 70

A

Oui sauf l élément UP qui est directement lié a l ARN pol directement

51
Q

qu est ce qui lie l element UP: alpha 1 et 2

A

alpha 1 et alpha 2; en plus que l élement UP est la sa signifie que le promoteur est tres fort

52
Q

quelle partie du facteur sigma reconnait les secteurs du promoteur

A

élément UP: alpha 1 et 2
-35: reconnu par sigma 4 via motif helice-coude-hélice (comme crochet)
-10: reconnu par sigma 2 (2.3 reconnait -10 et stabilise le brin codant (similaire aux SSB))
Discriminateur: 1.2 reconnait le discriminateur

53
Q

de quelle maniere la région 4 du facteur sigma 70 lie la séquence -35

A

via un motif hélice-coude-hélice

54
Q

explquez ce motif

A

Formation du complexe FERMÉ:
-une des hélice s insere dans sillon majeur et interagit avec bases de l’adn (specifique a la sequence )
-La deuxieme hélice s attache sur la charpente de l’ADN (PHOSPHATE-SUCRE)

55
Q

Qu est ce qui encourt spontanément un changement de conformation energetiquement favorable ( isomérisation en complexe ouverte)

A

1)l’arn pol holoenzyme associé a l’ADN
2) ADN est ouvert entre -11 et +3 pour faire transcription (bulle de transcription est de 14 nct)
3) si on ouvre ADN on doit transcrire, on ne peut revenir en arriere c irreversible.
4) Soit l’ADN pol vient et ouvre l’ADN
5)Soit l’ADN pol vient et part (reste fermé) (dissociation de l’holoenzyme)

56
Q

Le passage au complexe ouvert implique deux événements:

A

1)Les pinces BB’ se resserent sur l’ADN bicaténaire devant l’enzyme pour permettre a l ADN de venir au site actif un NCT a la fois
2) La région 1,1 de sigma 70 se déplace du site actif pour permettre au brin matrice d’atteindre le site catalytique

57
Q

[Procaryotes] À quelle étape de l’initiation la transcriptase commence à se déplacer?

A

Pendant les 3 étapes de l’initiation, la transcriptase ne peut pas se déplacer : elle est prise sur le promoteur. C’est seulement à la transition du complexe ternaire stable vers l’élongation que l’ARN pol peut commencer à avancer

58
Q

[Procaryotes] À quelle étape de l’initiation la transcriptase commence à polymériser?

A

Elle commence à la 3e étape de l’initiation : le complexe initial de transcription. Mais attention : à cette étape ce n’est pas le début de la polymérisation de l’ARN, ce ne sont que de courts transcrits de 10 nt et moins qui sont synthétisés, puis relâchés.

59
Q

Transition vers le complexe ternaire stable:
qui est responsable des difficultes de l’arn pol a passer a la phase d elongation

A

sigma

60
Q

Transition vers le complexe ternaire:
ou est situe la region 3.2 de sigma 70

A

-elle est positionne au coeur du canal de sortie de l arn
-elle doit etre deplace pour permettre la sortie de l’arn ayant plus ou egal de 10 nucleotides de sortir
- l expulasion de cette region se fait generalement apres plusieurs tentatives
-le deplacement de celle ci permet d affaiblir la liaison du facteur sigma avec la pol. Cela permet de se liberer du promoteur en rompeant les interactions avec sigma et le promoteur.
ARN pol passe a l etape de l elongation

61
Q

etape :elongation
8-9 ribonucleotides forme l hybride arn-adn

A

vrai, un lien h se fait en avant et un lien h se defait en arriere

62
Q

la bulle de transcription est elle stable

A

oui la dimension est stable (14nct) mais elle bouge avec l’enzyme

63
Q

Lors de la transcription, les « positions » (-10, -35, +1, +10, etc.) correspondent à quoi? 3 choix :
- au brin d’ADN codant
- à l’ARN nouvellement transcrit
- au brin d’ADN matrice
- à la position de la transcriptase

A

à l’ARN nouvellement transcrit, où +1 est le 1er nucléotide de la chaîne

Salma- biologie moléculaire (13 decks)

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