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Salma- biologie moléculaire > Chapitre 1 : La structure de l'ADN > Flashcards

Chapitre 1 : La structure de l'ADN Flashcards

1
Q

VrAi oU fAuX. L’ADN a une charge globale négative. quelle élément du nucléotide porte cette charge et à quelle ph?

A

VrAi. C’est la charge négative à pH neutre du groupement phosphate qui la lui donne.

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2
Q

Combien de liens s’établissent entre l’adénine et la thymine? entre la guanine et la cytosine?

A

A-T : 2
C-G : 3

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3
Q

VrAi oU fAuX. L’ARN est un beta-D-ribose.

A

VrAi! Il a un groupement OH sur son carbone 2’.

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4
Q

quelle force contribue à la stabilité globale de la double hélice

A

les forces d’empilement(force van der waals)

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5
Q

L’hélice alpha de l’ADN se forme de quelle façon? Quels sont les liens? Où sont-ils placés?

A

À chaque 4 acide aminé, l’hydrogène est placé en ligne droite entre 2 atomes très électronégatifs (O et N) et forme ainsi le lien donnant la forme hélicoïdale à l’hélice

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6
Q

Quel type de lien assure la formation de la structure secondaire bicaténaire de l’ADN?

A

Des ponts H.

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7
Q

Un tour de l’hélice de l’ADN correspond à combien de paires de bases? comprend quel sillon?

A

10 paires de bases

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8
Q

De quelle façon est-il possible de distinguer les paires de bases dans les sillons majeurs et mineurs?

A

Avec les types de liaisons possibles (donc les groupements chimiques exposés dans chaque sillon).
A : groupement Accepteur du lien H (charge partielle -)
D : groupement Donneur du lien H (charge partielle +)
H : groupement non polaire
M : groupement méthyle (non polaire)

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9
Q

VrAi oU fAuX. Il faut faire une hybridation sur membrane (électrophorèse) Northern pour l’ARN et Southern pour l’ADN.

A

VrAi!

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10
Q

Qu’est-ce que la dénaturation?

A

Lorsque l’on chauffe (ou applique un traitement alcalin pour changer le pH) une molécule d’ADN : on brise ses liens H, donc on obtient 2 chaînes monocaténaires, tout en laissant les liens phosphodiesters intacts (liens covalents).

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11
Q

VrAi oU fAuX. Lors d’une hybridation sur membrane (électrophorèse), l’ADN est chargé positivement et migre vers le pôle négatif.

A

fAuX. L’ADN a une charge globale négative, donc il doit migrer vers le pôle positif.

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12
Q

De quelle façon peut-on détecter la présence d’une séquence ou d’un gène spécifique dans un échantillon?

A

Avec le principe d’hybridation in situ(en tissu et en condion physiologique). On fabrique une sonde in vitro, c’est-à-dire une séquence d’ADN monocaténaire (ou d’ARN) complémentaire à un gène recherché dans un échantillon. On dénature l’ADN, puis on l’hybride avec cette sonde. Si la sonde s’attache à l’ADN (hybridation in situ), cela veut dire que la séquence recherchée est présente.

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13
Q

Quelle est la différence dans la préparation entre l’ADN et l’ARN lors d’une hybridation sur membrane (électrophorèse)?

A

L’ARN est déjà court et simple brin, donc pas besoin de préparation, mais l’ADN a besoin 1 - d’être dénaturé pour le rendre simple brin 2 - d’être coupés en petits morceaux par des nucléases

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14
Q

VrAi oU fAuX. La formation d’une liaison chimique entre 2 atomes nécessite de l’énergie.

A

fAuX. La formation d’une liaison chimique entre 2 atomes dégage de l’énergie (les 2 atomes bougent plus quand ils sont séparés, ils en perdent quand ils se lient)

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15
Q

Quelles sont les pyrimidines?

A

Cytosine et Thymine

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16
Q

Qu’est-ce que la méthode « nick translation »?

A

Pour faire un caryotype, on coupe des nucléotides au hasard, puis on répare l’ADN avec des nucléotides marqués au fluorochrome.

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17
Q

Quel est l’angle du sillon majeur? mineur?

A

Majeur : 240°
Mineur : 120°

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18
Q

Quelles sont les règles de Chargaff?

A

1 - Peu importe la source, la composition de l’ADN comporte une égalité entre les résidus adénine et les résidus thymine (%A = %T), et entre les résidus cytosine et les résidus guanine (%C = %G).
2 - Le rapport de purines sur pyrimidines est toujours d’environ 1, ressemble à régle 1
3 - Règle du % de G+C : le pourcentage de guanine et de cytosine sur le total des bases d’un génome dépend de l’espace, mais, dans un même génome, ce % demeure constant

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19
Q

La température de dénaturation est-elle la même pour toutes les molécules d’ADN?Explication (2)

A

Non, la température peut varier. (2 raisons)
1- La liaison C-G comporte 3 liens H, tandis que liaison A-T n’en comporte que 2. Ainsi, une molécule d’ADN comportant plus de liens C-G serait plus stable et donc aurait une température de dénaturation plus élevée.
2- Plus une molécule est grosse, plus il y a de ponts hydrogènes, ce qui augmente la force intramoléculaire de la molécule et donc augmente la température nécessaire pour dénaturer l’ADN.

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20
Q

Quels sont les éléments les plus importants pour les molécules organiques?

A

Hydrogène (H), Carbone (C), Azote (N), Oxygène (O), Phosphore (P), Soufre (S)

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21
Q

Qu’est-ce que la spécificité?

A

Le degré de complémentarité entre 2 molécules, lequel dépend de la complémentarité des formes et du nombre de liens chimiques formés (plus il y a de liens, plus la spécificité est grande).

Donc la spécificité de l’hybride est déterminé par la température d’hybridation (plus température élevée=proche de température de dénaturation) et plus l’hybride est spécifique

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22
Q

Qu’est-ce que le lien phosphoester?

A

Liaison covalente reliant le carbone 5’ du pentose au groupement phosphate. Formation de l’eau avec OH sur carbone 5’ et H sur groupement phosphate

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23
Q

Quelles sont les combinaisons de groupements chimiques selon sa paire de bases observées dans le sillon mineur?

A

AT : AHA
CG : ADA

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24
Q

Thymine : quel est son 1 - nucléoside 2- nucléotide 3 - abbréviation?

A

1 - désoxythymidine
2 - désoxyathymidine triphosphate
3 - dTTP

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25
Q

Qu’est-ce qui constitue la charpente de l’ADN?

A

Les sucres et phosphates assemblés par liens phosphodiesters.

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26
Q

Lors d’une hybridation sur membrane (électrophorèse), quel type de gel est utilisé?

A

Du gel d’agarose.

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27
Q

Le sillon majeur permet de distinguer quelles paires de bases?

A

Il permet de distinguer AT (ADAM), TA (MADA), GC (AADH)et CG(HDAA)

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28
Q

Quelles sont les deux méthodes d’analyse des résultats FISH?

A

La microscopie fluorescente et la flow cytometry (l’échantillon passe dans un tube et un rayon compte le nombre de « fluorescences »)

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29
Q

Quel est le principe de l’électrophorèse?

A

L’ADN (ou l’ARN) séparés dans différents puits migre vers un pôle positif. Les brins plus courts migrent plus vite, les plus longs migrent moins vite. On peut donc les identifier en comparant jusqu’où les segments on migré.

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30
Q

De quoi est constitué un nucléoside?

A

Un sucre et une base azotée.

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31
Q

Qu’est-ce qu’un lien glycosidique?

A

Lien covalent reliant le carbone 1’ du desoxyribose à la base azotée(N).

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32
Q

VrAi oU fAuX. Chaque nouveau nucléotide est ajouté sur le carbone 5’ du sucre du nucléotide précédant.

A

fAuX. C’est sur le carbone 3’.

33
Q

VrAi oU fAuX. On dit que les 2 brins d’ADN sont antiparallèles.

A

VrAi! Leur polarité est inversée.

34
Q

VrAi oU fAuX. L’extrémité 3’ de l’ADN comporte un groupement phosphate et l’extrémité 5’ comporte un groupe hydroxyle libre.

A

fAuX. C’est l’inverse.

35
Q

Qu’est-ce que le lien phosphodiester?

A

Lien covalent reliant 2 nucléotides voisins via le groupement phosphate et le sucre (phosphoester : sucre-phosphate, donc 2 liens sucre-phosphate).

36
Q

Les bases se trouvent vers l’intérieur ou vers l’extérieur de la molécule d’ADN?

A

Vers l’intérieur.

37
Q

VrAi oU fAuX. Le lien phosphoester et le lien glycosidique sont issus d’une réaction de condensation.

A

VrAi. Il en résulte un molécule d’eau.

38
Q

Cytosine : quel est son 1 - nucléoside 2- nucléotide 3 - abbréviation?

A

1 - désoxycytidine
2 - désoxyacytidine triphosphate
3 - dCTP

39
Q

Quel est l’avantage de posséder des liens covalents polaires pour une molécule? (vs des liens non polaires)

A

Les liens covalents polaires présentes des dipôles, ce qui est plus instable que des liaisons covalentes non polaires. Les liens étant plus instables, ils sont donc plus faciles à briser et permettent de meilleures interactions avec l’eau (molécule polaire), qui est le solvant physiologique principal.

40
Q

Le sillon mineur permet de distinguer quelles paires de bases?

A

Il permet de distinguer AT de CG.

41
Q

Quelles sont les purines?

A

Adénine et Guanine

42
Q

VrAi oU fAuX. Les macromolécules interagissent ensemble en formant des liens covalents.

A

fAuX. Elles interagissent avec des liens non-covalents, parce que les liens covalents sont beaucoup trop fort pour permettre le caractère dynamique des macromolécules.

43
Q

Plus la température est élevée (proche de la température de dénaturation), plus l’hybride est spécifique. Pourquoi?

A

Les hybrides non spécifiques comportent moins de ponts H et la température à laquelle ils se dénaturent est nécessairement plus basse que celle d’un hybride spécifique (comportant plus de ponts H), donc plus la température monte, plus elle dénature les hybrides non spécifiques faibles. Si ils sont dénaturés, ils ne peuvent pas être retenus.

44
Q

Adénine : quel est son 1 - nucléoside 2- nucléotide 3 - abbréviation?

A

1 - désoxyadénosine
2 - désoxyadénosine triphosphate
3 - dATP

45
Q

Qu’est-ce que l’hybridation?

A

Après une dénaturation, lorsqu’on fait redescendre la température et que les brins se réassocient selon leur complémentarité.

46
Q

Quelles sont les autres fonctions des nucléotides?

A
  • Source d’énergie chimique via la liaison entre les groupements phosphates facilement hydrolysable (ex. ATP)
  • Association avec différents groupements chimiques pour former des coenzymes (ex. Coenzyme A (CoA))
  • Molécules de signalisation intracellulaire ou second messager (ex. AMP cyclique)
47
Q

L’hydrolyse d’une molécule d’ATP à pH physiologique est égal à…

A

-7,3 kcal/mol, donc la molécule perd/dégage 7,3 kcal/mol.

48
Q

VrAi oU fAuX. Les purines comportent 2 cycles et les pyrimidines, 1 seul.

A

VrAi!

49
Q

VrAi oU fAuX. L’ADN est un beta-D-désoxyribose parce qu’il n’a pas de groupement OH sur son carbone 1’.

A

fAuX. L’ADN est un beta-D-désoxyribose parce qu’il n’a pas de groupement OH sur son carbone 2’.

50
Q

Quelles sont les combinaisons de groupements chimiques selon sa paire de bases observées dans le sillon majeur?

A

AT : ADAM
TA : MADA
CG : HDAA
GC : AADH

51
Q

Quelle est la méthode pour faire un caryotype?

A

Environ la même méthode que pour les autres.
1 - On prend un gène A, auquel on enlève des nucléotides au hasard avec une DNAase, et on lui remet les nucléotides enlevés, mais conjugués à du fluorochrome
2 - Les chromosomes dont on veut faire le caryotype sont légèrement dénaturés (digérés)
3 - On fait l’hybridation des chromosomes avec la sonde, ce qui colore les chromosomes selon la couleur donnée à la sonde

52
Q

Pour faire une électrophorèse, quelle molécule utilise-t-on pour la fluorescence?

A

Le bromure d’éthidium.

53
Q

Guanine : quel est son 1 - nucléoside 2- nucléotide 3 - abbréviation?

A

1 - désoxyguanosine
2 - désoxyguanosine triphosphate
3 - dGTP

54
Q

Quelle est la façon directe de reconnaître les sondes suite à une hybridation (lors de la recherche d’un gène dans un échantillon)?

A

Par fluorophore : on les attache directement dans la séquence de la sonde (souvent dans la charpente) et on peut les voir lorsqu’on l’illumine avec un laser adapté.

55
Q

De quoi est constitué un nucléotide?

A

Un sucre, une base azotée et un groupement phosphate.

56
Q

VrAi oU fAuX. La polymérisation se fait du 5’ vers 3’.

A

VrAi!

57
Q

Le sucre composant un nucléotide est composé de combien de carbones?

A

5 (pentose). Même chose pour un nucléoside.

58
Q

Quel(s) type(s) de lien des chaînes carbonées peuvent-elles faire entre elles?

A

Des liaisons de Van der Waals, car des chaînes carbonées n’ont pas de dipôles pour interagir avec des molécules polaires

59
Q

Quelle est la méthode FISH, c’est-à-dire la méthode qui permet d’estimer la diversité bactérienne in situ (lorsqu’on veut savoir s’il y a des bactéries dans un échantillon).

A

Étapes :
1 - Fixer (tuer) la population mixte à analyser pour rendre les cellules perméable.
2 - Préparer une sonde fluorescente qui correspond à l’ARNr 16s de la bactérie (toutes les bactéries l’ont, mais avec de légères variations pour les différencier)
3 - Hybrider l’échantillon avec la sonde fluorescente, laquelle pourra entrer dans le cytoplasme des bactéries (parce qu’elles sont maintenant perméables) et s’attacher aux ribosomes qui leur sont spécifiques pour s’hybrider avec la séquence de la bactérie, si présente
4 - Laver, donc toutes les sondes non hybridées vont partir

60
Q

Quelle est la façon indirecte de reconnaître les sondes suite à une hybridation (lors de la recherche d’un gène dans un échantillon)?

A

Avec un hapten : c’est un très petit morceau peptidique qui est reconnu par un anticorps, lequel est marqué (soit par fluorophore ou par une enzyme, qui va émettre une couleur en présence du substrat).

61
Q

Les sillons majeurs et mineurs sont formés à cause de quoi?

A

À cause de l’angle entre 2 liens glycosidique et un couple de nucléotides.

62
Q

Classez les liaisons chimiques de la plus forte à la plus faible.

A

Covalente (polaire et non polaire)
Ionique
Lien hydrogène
Van der Waals/interactions hydrophobes

63
Q

De quelle façon se fait le lien phosphodiester?

A

Avec une polymérase et un apport en nucléotides triphosphates. Une molécule de pyrophosphate est libérée.

64
Q

Que signifie dNTP?

A

désoxyribonucléotide (sans information sur la base azotée)

65
Q

Donnez 2 test qui tient compte de la technique hybridation in situ, lequel est directe/indirecte

A

(FISH): visualiser DIRECTEMENT des gènes/séquences sur les chromosomes condensés /génome

Immunocytochimie: même chose mais indirecte car font intervenir anti-corps

66
Q

La polymérisation de l’ADN nécessite quoi

A

Un nucléotide triphosphate
-ce qui va libérer un pyrophosphate.
-hydrolyse des grupments phosphates libere de l’énergie nécessaire a la polymérisation.

67
Q

quelles sont les deux particularités du groupement phosphate

A
  • donne une charge négative a l’ADN et un aspect acide.f
68
Q

Pour pouvoir travailler un gene précis, il faut avoir acces aux bases mais comment

A
  • On peut ouvrir l adn par dénaturation: réplication, transcription. Ouvrir la molécules en détachant les liens H.
  • Sans ouvrir l’ ADN : régulation de la campaction de l’ADN, réparation. Les proteines ne peuvent reconnaitre la séquence qu’à travers les sillons.
69
Q

De quelle facon les le silllon majeur donne plus d’info aux prot que sillon mineur

A

1) par leurs profils d’atomes (donneurs ou receveurs de H)
2) Par la forme atomiques exposées (ex. méthyl)

70
Q

Quelle est la différence entre les trois formes de l’ADN

A

Forme A :
-vers droite et plus compacte(centre large)
-Hélices ARN ARN
Forme B: la normale: 1 tour complet a toutes les 10 paires de bases
-Forme Z:
-Hélices vers la gauche
-Concentration elevé de sel
-CpG: quand il y a bcp de CCGGG

71
Q

Les brins de l’ADN peuvent-ils se réassocier apres la dénaturation

A

oui, c,est ce qu’on appelle l’hybridation

72
Q

La température de dénaturation est elle la meme pour toutes les molécules

A

Non, le lien entre le C et le G prend plus d’énergie car il ya plus de pont H.
2) la taille et la longueur de la séquence. 15 nucelotides sont + faciles a deshybrider que 60 nucleotides.

73
Q

Pourquoi dit-on que la spécifité de l’hybride est régie par la température d’hybridation:

A

plus la temp est proche de la temp de denaturation, plus la sonde qui va se lier va etre specifique.

74
Q

les sondes fluorescentes pour servir a quoi dans les techniques de visualisation

A

Trisomie et monosomie qu’on voit le plus

75
Q

Comment se produisent les petits fragements pendant l electrophorese

A

L’adn est digéré par des nucléases qui produisent des ptit fragements.

76
Q

Si je veux travailler avec le gel d agarose plusieurs jours, comment je fais pour l’adn qui a migré

A

je peux transferer l ADN sur une membrane ou un filtre capillarité.

77
Q

Expliquer les techniques d’hybridation sur membrane

A

1) digestion de l’ADN par des enzymes de restricitons
2)Migration electrophoretique
3)transfert sur membrane
4)hybridation avec une sonde radioactive: on hybride a une temp specifique: plus la sonde est similaire a celle de l adn plus la sonde sera specifique.
5) visualisatoin par radiogramme

78
Q

la techniques southern avec ARN utilise t elle une sonde d’ADN

A

non, l’utilisation de l’adn ou arn requiert une sonde d ADN

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