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Salma- biologie moléculaire > Chapitre 2 : La réplication de l'ADN > Flashcards

Chapitre 2 : La réplication de l'ADN Flashcards

1
Q

De quel sens le nouveau brin est-il synthétisé? La lecture du vieux brin?

A

Le nouveau brin est synthétisé 5’ vers 3’,
la lecture du vieux brin se fait 3’ vers 5’.

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2
Q

Qu’est-ce qu’une origine de réplication?

A

. Les sites
spécifiques auxquels commence la réplication des deux
brins et la réplication (seq. riche en A:T).
souvent des séquences plus ou moins précises

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3
Q

Combien y a-t-il d’ori pour les procaryotes? Pour les eucaryotes?

A

Une seule
Plusieurs centaines

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4
Q

Qu’est-ce qu’un réplicateur? Est-ce que l’ORI en fait partie?

A

Ensemble complet des séquences suffisantes pour permettre
l’initiation de la réplication.(procaryotes): origine de réplication, sites-13-mères et sites 9-mère = 245pb chez E.coli

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5
Q

pourquoi la polymérisation est plus rapide (vitesse plus grande) chez les procaryotyes par rapport aux eucaryotes)?

A

car les ADN polymérases des humains sont plus attentives aux erreurs que celles des eucaryotes

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6
Q

Qu’est-ce que le site 9-mère?

A

liaison de la protéine initiatrice (nommée DnaA chez e.coli).
-c’est la Seule protéine spécifique (DnaA)de séquence dans l’initiation de la réplication.
-Socle pour l’assemblage du complexe d’initiation.

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7
Q

Qu’est-ce que le site 13-mère?

A

Sites « 13-mère » : lieu de la séparation initiale des brins. Séquences riches en paires
de nucléotides A:T.
il fait partie du réplicateur

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8
Q

Quelles sont les 3 fonctions des protéines initiatrices, soit DnaA chez les procaryotes?

A

 Trouver et lier l’ORI
 Recrutement des autres protéines
nécessaires à la réplication
(formation d’un complexe d’initiation
avec les hélicases)
 Chez certains organismes
(procaryotes) ouvrir
la double hélice à partir l’ORI GRACE AUX helicases

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9
Q

Comment fonctionne l’initiateur chez les eucaryotes? qu’Est-ce qu’ils vont reconniatre?

A

’initiateur est un complexe de six protéines, appelé le
complexe de reconnaissance de l’origine de réplication (ORC)

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10
Q

Quels sont les motifs structurels permettant la reconnaissance de l’origine de réplication chez les eucaryotes?

A

-Des séquences riches en AT ou en
ilots CpG,
- Une structure d’ADN particulière,
- Des régions libres de nucléosomes(moins condensés),
- Des régions impliquées dans
l’initiation de la transcription(promoteur…).

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11
Q

Qu’est-ce que la topoisomérase?

A

enzyme
qui lie l’ADNds devant la
fourche de réplication et
réduit la tension

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12
Q

Qu’est-ce que l’hélicase?utilise ATP? forme?

A

enzyme en forme
d’anneau qui entraîne la
séparation des brins en brisant
les liaisons H. Utilise l’ATP.

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13
Q

Que font les protéines fixatrices d’ADN
monocaténaire (protéines SSB)?

A

Stabilisent les 2 brins séparés de l’ADN
matrice jusqu’à la synthèse des
nouveaux brins complémentaires. Empêche formation liens H

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14
Q

Que se passerait-il sans les protéines fixatrices d’ADN?

A

la formation d’épingles
par appariement de nucléotides
complémentaires dans le même
brin d’ADN. La formation d’épingles
bloquerait la réplication.

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15
Q

Comment fonctionne hélicase?Énergie ?

A

 Hydrolyse ATP pour son déplacement.
 Entraîne la séparation des brins
 Haute processivité (elle sépare toute la longueur d’ADN dénaturé
avant de se détacher)

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16
Q

Qu’est-ce qui force la séparation des brins d’ADN lors de la réplication par l’hélicase?

A

Chaque sous-unité possède une boucle agrippant la
charpente d’un nucléotide (sucre-P). Oblige l’ADN à
passer dans le pore central de l’enzyme

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17
Q

Quels sont les 2 classes de topoisomérase?

A

Topoisomérase I et topoisomérase II

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18
Q

Que fait la topoisomérase I

A

coupe et ressoude un
des brins d’ADN

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19
Q

Que fait la topoisomérase II?

A

coupe et ressoude
les deux brins d’ADN

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20
Q

Qu’est-ce qu’un oeil de réplication et que possède-t-elle à chaque extrémités?

A

À chaque origine de réplication, il y a formation d’un œil de réplication par les
hélicases qui ouvrent la double hélice d’ADN. Une fourche de réplication à chaque
extrémité d’un œil de réplication est le siège de l’élongation des nouveaux brins d’ADN.

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21
Q

Que fait la primase?

A

en formant un complexe avec l’ADN pol alpha (eucaryotes)ARN polymérase consacrée à la
fabrication de courtes amorces ARN (5 à 10
nucléotides) en face d’une matrice d’ADN
monocaténaire.

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22
Q

Pourquoi faut-il une primase pour faire la synthèse de l’ADN?

A

Toutefois, toutes les ADN polymérases ont
besoin d’une amorce présentant un 3’-OH libre.
Elles ne peuvent pas commencer la synthèse
d’un brin de novo.

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23
Q

Que font les poseurs d’anneaux coulissants?

A

Il reconnaissant l’amaorce ARN et installe un anneau coulissant et une ADN polymérase

24
Q

Comment fonctionne le poseur d’anneaux coulissant

A

Se lie à l’ATP et peut ouvrir l’anneau coulissant en le liant. Le poseur d’anneau et
l’ADN polymérase
compétitionnent pour
le site de liaison.
Une fois lié à la
polymérase, l’anneau
ne peut pas être lié de
nouveau par le poseur
d’anneau.

25
Q

Que fait l’anneau coulissant?

A

Lie à l’ADN au niveau de l’amorce, s’associe
ensuite avec la polymérase et glisse avec elle.
 Permet de maintenir l’ADN polymérase sur le
brin matrice

26
Q

Quel est l’avantage de l’anneau coulissant? de quoi sont-ils composées?

A

-’empêche de s’éloigner.
Augmente la processivité
de la polymérase !

  • composé de sous-unités identiques
27
Q

Que fait l’adn polymérase?

A

Ajoute des
dNTP à l’extrémité 3’-OH d’un brin
déjà formé selon la
complémentarité des bases azotées.

28
Q

Quelles sont les ADN polymérase des procaryotes?

A

ADN polymérase I
(ADN Pol I)–>
Substitution des
amorces ARN,
réparation de
l’ADN. Fonction
exonucléase 5’

L’ADN polymérase III
(ADN Pol III)
Réplication du
chromosome circulaire

29
Q

Quelles sont les ADN polymérases des eucaryotes?

A
  1. ADN Pol δ –>Synthèse du brin discontinu de
    l’ADN
  2. l’ADN Pol ε –>Synthèse du brin continu de l’ADN
  3. l’ADN Pol α –>Synthèse des amorces pendant la
    réplication de l’ADN
30
Q

pourquoi l’appariement est impossible?on appelle la sélectivité ________

A

sélectivité cinétique

31
Q

À quoi est dû la distinction des rNTP et des dNTP de l’ADN polymérase?

A

Cette discrimination est due à
l’exclusion stérique des rNTPs du
site actif de l’ADN polymérase

32
Q

comment fournit l’énergie nécessaire à l’ajout des nucléotides par liaison phosphodiester?

A

la rupture du lien avec le premier P pour
former le lien phosphodiester avec la
chaîne naissante
 la rupture du lien du pyrophosphate libéré
par la pyrophosphatase (Pi + Pi
)

33
Q

Quels sont les 3 domaines de l’ADN polymérase?

A
  1. la paume: site catalytique (formé d’ions métalliques) et vérification de
    l’appariement via le sillon mineur
  2. les doigts: plient l’ADN matrice pour exposer un
    nucléotide à la fois et referment la main en cas
    du bon appariement dans le site catalytique
  3. le pouce: aide à maintenir le tout ensemble en
    s’attachant à la charpente sucre-phosphate.
    Joue un rôle dans la processivité de l’enzyme.
34
Q

Le site catalytique de la paume est formé de quoi?

A

SITE CATALYTIQUE formé d’ions métalliques qui permettent
de favoriser l’interaction entre l’amorce et le nouveau nt
(A) et stabiliser le pyrophosphate produit (B)

35
Q

Qu’est-ce que le réplisome?

A

Les ADN polymérases travaillant sur chacun des brins à polymériser sont
maintenues ensemble via le complexe de réplicatio

36
Q

Quelles sont les caractéristiques du brin continu?AMorce?

A

Brin qui peut être synthétisé en continu par l’ADN polymérase qui avance en même
temps et dans la même direction que la fourche de réplication. Une amorce.

37
Q

Quelles sont les caractéristiques du brin discontinu?

A

La synthèse du nouveau brin antiparallèle est plus complexe. La polymérase se
déplace sur le brin matrice 3’ → 5‘, s’éloigne de la fourche de réplication en
synthétisant un court fragment d’ADN (fragments d’Okazaki). Au fur et à mesure
que l’œil de réplication s’agrandit, la synthèse d’un nouveau fragment démarre.
Plusieurs amorces.

38
Q

Les fragments d’Okazaki sont-ils plus courts ou plus longs chez les eucaryotes ou les procaryotes?

A

plus long chez Procaryotes.

39
Q

L’ADN Pol III (donc E.Coli) holoenzyme.

A

action coordonnée de
2 ou 3 polymérases
(selon les modèles) sur
le brin continu et
le brin discontinu)

40
Q

Comment la synthàse du brin discontinu s’effectue-t-elle?

A

Le brin discontinu va former une boucle d’ADN simple brin attachée avec des SSB pendant que la ADN polymérase polymérise en aval dans le prochain fragment d’okazaki

41
Q

vrai ou faux, la liaison entre l’hélicase et l’holoenzyme ,attaché aux ADN pol III, augmente la vitesse de séparations de brins

A

Vrai

42
Q

À quoi ressemble le réplisome chez les procaryote (E.coli)’

A

l’interaction entre deux/trois pol., le
poseur d’anneau et l’anneau coulissant, l’hélicase liée à ADN Pol II holoenzyme, intéraction entre hélicase et primase

43
Q

Qu’est-ce qui détermine la longueur des fragments d’Okazaki?

A

Interaction faible entre l’hélicase et la
primase; la force de ces interactions
détermine la longueur des fragments
d’Okazaki (plus interaction est forte,
plus les fragments seront petits).

44
Q

Comment remplace-t-on l’amorce ARN par des désoxyriobonucléotide?

A

RNase H (enlève ARN, SAUF LE DERNIER)

Exonucléase 5’ (enleve la derniere nucléotide rNt)
*non-présente chez procaryotes car ADN pol a fonctino de exonuc

ADN polymérase alpha (ADN, Sauf 1 seul=celui avec ancien dNt)
ADN ligase (le dernier dNt)

**Chez les procaryotes, l’ADN POL I possède une
fonction exonucléase 5’ (permet d’enlever rNt ou dNt
situé immédiatement en amont du site de synthèse).

45
Q

Que fait RNase H

A

La RNASE H dégrade les hybrides ARN/ADN.
Retire tous les nucléotides de l’amorce, excepté le
dernier (ne peut couper que le lien entre 2 rNt).

46
Q

Que fait exonucléase 5’

A

Une EXONUCLÉASE 5’ retire ce dernier nucléotide.

47
Q

Que fait ADN polymérase?

A

L’ADN polymérase comble la brèche

48
Q

Que fait l’ADN ligase?

A

L’ADN LIGASE attache ensemble deux fragments (niuveau ADN ayant été amorce avec ancien ADN
d’ADN en reformant une liaison phosphodiester
entre deux nucléotides adjacents

49
Q

Comment les polymérase ont un taux bas d’erreur (ralentie)?

A

un mauvais appariement est tout de suite dirigé vers l’exonucléase afin d’enlever le maivais nucléotide, mais si l’ADN pol ne s’en est pas rendue compte, ce sera trop tard , ce sera pas l’exonucléase, mais d’autres machineries en réparation d’ADN postréplicative

50
Q

Que se passe-t-il avec nucléosome?

A

Tasser et déplacer
Ensuite réassembler

  1. On maintient les H3 et H4 au réplisome
  2. recrutement par anneaux coulissant
  3. assemblage complet avec de nouveaux H2A- H2B
  4. Transfert des marquers post-traductionnel sur histones
51
Q

Que se passe-t-il si on laisse une brèche dû au retrait de la dernière amorce du brin discontinu?

A

ceci résulte un raccourcissement progressif du chromosome à
chaque génération cellulaire.

52
Q

Est-ce que l’extrémité 3’ d’un chromosome linéaire peut être répliqué sur brin discontinu?

A

non

53
Q

Qu’est-ce que la télomérase?

A

La télomérase est une ribonucléoprotéine
(RNP), permettant d’allonger l’extrémité 3’OH du brin matrice afin de pouvoir polymériser toute le brin discontini sans perte, la matrice gardera une extension télomère

54
Q

Que fait la télomérase?

A

Contient un long ARN
non-codant qui agit
comme matrice pour
allonger l’extrémité 3’ des
chromosomes.

crée séquences répétitives complémentaires à sa propre matrice à 3’ : télomères

55
Q

de quoi sont composés les télomères humains?

A

Les télomères humains sont composés
d’environ 10-15kb de la répétition
GGTTAG.

56
Q

Comment se sépare les chromosomes circulaire après la réplication?

A

Cette séparation est assurée par une ADN
topoisomérase de type II

–> Coupe et passe les molécules au travers de la coupure

57
Q

Quelles sont les fonctions des topoisomérases chez les eucaryotes?

A
  1. Les topoisomérases I et II sont
    utilisées pour réduire la tension
    formée par l’avancée des fourches
    de réplication.
  2. La convergence des fourches de
    réplication forme des caténanes (twist dans adn) qui
    doivent être résolues par Topo II.

Salma- biologie moléculaire (13 decks)

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