Chapitre 5 Flashcards
Est ce que L’ADN polymérase n’a qu’un rôle de Correction des erreurs ?
Non elle est aussi répartrice grâce à une 3’ exonucléase
Où est le site exonucléase ?
Sur la paume
Quelle est l’erreur la plus fréquente quand au mésappariement des bases ?
L’INCORPORATION D’UNE MAUVAISE FORME TAUTOMÉRIQUE NE PERMET PLUS DE CONSTRUIRE DES LIAISONS WATSON-CRICK SANS PERTURBER LA TOPOLOGIE
DE LA DOUBLE HÉLICE
Qu’implique cette erreur ?
NE PERMET PLUS DE CONSTRUIRE DES LIAISONS WATSON-CRICK SANS PERTURBER LA TOPOLOGIEDE LA DOUBLE HÉLICE
Que donne les mauvaises formes pour les purines [AG] et les pyrimidines [CT]
Amino->imino
Céto->énol
L’exonucléase a t-elle une capacité de correction des erreurs ?
OUI
Comment agit la fonction exonucléase corrective chez ADN polymérase ?
LA FONCTION EXONUCLÉASE DÉGRADE L’ADN EN 3’-OH, EN SENS INVERSE DE LA SYNTHÈSE (= 3’-EXONUCLÉASE)
= DONNE À LA POLYMÉRASE UNE 2ÈME CHANCE
D’APPARIER LE BON NUCLÉOTIDE
Que se passe-t-il si il y a un mésappariement ?
LE NUCLÉOTIDE MÉSAPPARIÉ CHANGE L’ORIENTATION DU 3’-OH :
1) - INHIBE LES INTÉRACTIONS ÉLECTROSTATIQUES DE LA PAUME DE LA POLYMÉRASE, C.A.D. AU SITE CATALYTIQUE.
2) - DÉFAVORISE FORTEMENT L’AJOUT D’UN SECOND NUCLÉOTIDE
Vrai ou faux: lorsqu’il y a un mésappariement, LES 3-4 DERNIERS NUCLÉOTIDES AJOUTÉS SE RETROUVENT SIMPLE BRIN et les liaisons watson-crick sont brisées
Vrai
Vrai ou faux: LE SIMPLE BRIN A MOINS D’AFFINITÉ POUR LE SITE EXONUCLÉASE QUE POUR LE SITE POLYMÉRASE
Faux
Que se passe t-il après correction ?
APRÈS L’EXCISION DU NUCLÉOTIDE MÉSAPPARIÉ + LE PRÉCÉDENT, LA JONCTION MATRICE-AMORCE SE REFORME
= LA CONFORMATION DE L’EXTRÉMITÉ 3’-OH REDEVIENT ALORSTRÈS FAVORABLE À L’ACTIVITÉ POLYMÉRASE
= CONTACT AVEC SON SITE CATALYTIQUE
Quel est le problème avec le mouvement de l’ADN polymérase ?
L’ADN EST SYNTHÉTISÉ DE 5
’ VERS 3’
OR, LES BRINS COMPLÉMENTAIRES SONT
ANTI-PARALLÈLES…
LA FOURCHE DE RÉPLICATION SE DÉPLACE
DANS UN SEUL SENS
Pourquoi l’ADN matrice ne peut pas rester trop longtemps en simple brin
Cassure et mutations
Quel solution est trouvée pour que les deux nouveaux brins soient formés en même temps
Fragemnts d’Okazaki
En quoi consiste les fragments d’Okazaki ?
ÉTAT TRANSITOIRE, JUSTE APRÈS LEUR SYNTHÈSE
ILS SONT TRÈS RAPIDEMENT RELIÉS PAR DES LIAISONS COVALENTES
Vrai ou faux :COMME L’ARN POLYMÉRASE, L ’ADN POLYMÉRASE PEUT AJOUTER SEULE DES NUCLÉOTIDES
Faux elle ne peut pas
ELLE A BESOIN D’UNE AMORCE (ADN OU ARN) EN 3’-OH
Quelle est LA POLYMÉRASE À ARN que la CELLULE UTILISE POUR LA SYNTHÈSE DE FRAGMENTS D’ARN COURTS [okazaki]
La primase
Comment fonctionnent les primases pour synthétiser les fragments d’okazaki
LES PRIMASES RECONNAISSENT DES TRIPLETS PARTICULIERS DE NUCLÉOTIDES
Où est ce que la primase est active ?
LA PRIMASE EST ACTIVE SUR UN ADN SIMPLE BRIN, RÉCEMMENT OUVERT À LA FOURCHE DE RÉPLICATION
(A) Lorsque L’HÉLICASE SÉPARE LES BRINS PARENTAUX :
L’ADN SIMPLE BRIN CONTENANT LE TRIPLET DU SITE D’AMORÇAGE EST EXTIRPÉ DE L’ANNEAU DE L’HÉLICASE ET PASSE À TRAVERS LE CENTRE CATALYTIQUE DE LA PRIMASE (ARN POLYMÉRASE), est ce qu’il y a reconnaissance spécifique du triplet par l’hélicase ?
NON
De quel élément est composé le domaine de liaison de la primase ?
De zinc
QUe se passe-il entre le domaine de liaison Zinc, SON DOMAINE (ARN)-POLYMÉRASE ET LE BRIN MATRICE
DE L’ADN ?
Il y a formation d’un complexe ternaire qui ACTIVE LA PRIMASE et qui lui permet la reconnaissance du triplet d’amorçage
L’ACTION DES PRIMASES EST BEAUCOUP PLUS FRÉQUENTE SUR LE BRIN TARDIF OU SUR LE BRIN MATRICE ?
Sur le brin tardif
Par qui est retiré les amorces d’ARN ?
Par la RNASE H
Quel sont les trois étapes de l’action de la RNAse H
(1) RECONNAÎT ET RETIRE CHAQUE AMORCE D’ARN.
(2) DÉGRADE SPÉCIFIQUEMENT L’ARN APPARIÉ AVEC DE L’ADN (H = HYBRIDE)
(3) COUPE LA LIAISON PHOSPHODIESTER ENTRE DEUX RIBONUCLÉOTIDES
Vrai ou Faux:LA RNASE H LAISSE 1 RIBONUCLÉOTIDE DIRECTEMENT LIÉ AU DERNIER DÉSOXYRIBONUCLÉOTIDE
VRAI
Qui retire le dernier nucléotide ?
UNE 5’-EXONUCLÉASE FEN 1 RETIRE LE DERNIER
RIBONUCLÉOTIDE
On sait qu’IL RESTE UNE COUPURE DANS LE SQUELETTE SUCRE-PHOSPHATE, qui rebouche la coupure ?
L’ADN LIGASE CRÉE UN PONT PHOSPHODIESTER (HYDROLYSE D’UNE ATP ) ENTRE LE 3’-OH
ET LE 5 ’-PHOSPHATE DU FRAGMENT RÉPARÉ
Énergétiquement, la ligase nécessite deux réactions: Quels sont elles et dire si elle coûtent ou produisent de l’énergie
Création d’une liaison phosphodiester->coute
Hydrolyse d’un ATP -> libère
Vrai ou faux :l’ADN POLYMÉRASE EST EFFICACE POUR SÉPARER LES DEUX BRINS
Faux
De quelle enzyme spécifique a-elle besoin pour les séparer ?
De l’hélicase
Quel est le rôle de l’hélicase ?
1)ENCERCLE L’ADN SIMPLE BRIN, PRÈS DE LA JONCTION
SIMPLE BRIN / DOUBLE BRIN DE LA FOURCHE DE RÉPLICATION
2)L’HÉLICASE CASSELES LIAISONS WATSON-CRICK
EN HYDROLYSANT DE L’ATP
Que permet l’hélicase ?
Augmente la processivité
Que faut-il faire pour retirer l’hélicase ? Est ce que le phénomène est fréquent ?
Il faut COUPER l’anneau
Ça coûte bcp d’énergie donc non
Sur le brin matrice cette PROTÉINE HEXAMÉRIQUE ANNULAIRE, ELLE ENCERCLE L’ADN SIMPLE BRIN
À LA JONCTION SIMPLE / DOUBLE BRIN
DE LA FOURCHE DE RÉPLICATION, y a -il cette même selection de brin pour le tardif ?
Non, ELLE ENCERCLE INDIFFÉREMMENT L’UN OU L’AUTRE BRIN SUR LE BRIN TARDIF, SON DÉPLACEMENT SERA DE 5’VERS 3’
Que fait ensuite l’hélicase ?
2) ASPIRE L’ADN SIMPLE BRIN DANS SA CAVITÉ CENTRALE
Quel est le diamètre de l’hélicase ?
DIAMÈTRE = 1,3 nm > ADN SIMPLE BRIN < ADN DOUBLE BRIN (= 2 nm).
Quel est le le principe DES PROTÉINES DE STABILISATION DE L’ADN SIMPLE BRIN ?
MÉCANISME DE LIAISON COOPÉRATIVE : LIAISON ADN + LIAISON ENTRE SSB
Lorsque LES SSBs SE LIENT À L’EXOSQUELETTE PHOSPHATE DE L’ADN SIMPLE BRIN, est ce qu’il y a une SPÉCIFICITÉ DE SÉQUENCE ?
NOPE
Qui permet une non spécificité de séquence ? 2 éléments de réponse attendus
(1) INTERACTIONS ÉLECTROSTATIQUES ¹ LIAISONS HYDROGÈNES.
(2) INTERACTIONS D’EMPILEMENT HYDROPHOBES AVEC LES BASES
Vrai ou FAux : LES PROTÉINES SSB SE LIENT PRÉFÉRENTIELLEMENT AUX AUTRES SSBs
DÉJÀ LIÉES À L’ADN SIMPLE BRIN
Vrai
Si on résume tout ça :
À LA FOURCHE DE RÉPLICATION, LES PROTÉINES INTERAGISSENT DE FAÇON NON SPÉCIFIQUE VIS-À-VIS DE LA SÉQUENCE D’ADN.
CES INTERACTIONS ADN-PROTÉINES TIRENT PARTI DES PROPRIÉTÉS DE L’ADN QUI NE SONT PAS SENSIBLES À LA SPÉCIFICITÉ DE LA SÉQUENCE :
- SQUELETTE SUCRE-PHOSPHATE CHARGÉ NÉGATIVEMENT (POUCE)
- LES RÉSIDUS DE LIAISONS HYDROGÈNES DU SILLON MINEUR (PAUME)
- LES INTERACTIONS HYDROPHOBES GÉNÉRÉES PAR L’EMPILEMENT DES BASES (SSBs)
ENFIN, L’HÉLICASE ET LA POLYMÉRASE SONT DES ENZYMES PROCESSIVES QUI TIRENT PARTIE DE LA STRUCTURE EN POLYMÈRE DE L’ADN
Vrai ou Faux: LES DIFFÉRENTES ADN POLYMÉRASES SONT
SPÉCIALISÉES
Vrai
Pol α / PRIMASE [HUMAIN]
synthèse d’amorces ARN (2x s.u. PRIMASE) puis élongation d’ADN (2x s.u. ADN-Pol α)
Pol bêta [HUMAIN]Nombre de sous unités
Nombre de sous unités+fonction
1/ réparation par excision de base
Pol gamma min [HUMAIN]
Nombre de sous unités+fonction
réplication et réparation de l’ADN mitochondrial
Pol gamma maj [HUMAIN]
Nombre de sous unités+fonction
2-3 /synthèse du brin tardif
Pol e [HUMAIN]
Nombre de sous unités+fonction
4 /synthèse du brin précoce ;
réparation par excision de nucléotide
Pol I [e.coli]
Nombre de sous unités+fonction
1/ retrait de l’amorce d ’ARN, remplacement avec de l’ADN
Pol III (holoenzyme) [e.coli]
Nombre de sous unités+fonction
9/réplication chromosomique
(2 BRINS)
Chez e.coli, que réplique LE COMPLEXE HOLOENZYMATIQUE ADN POL III, est-il processif ?
RÉPLIQUE LES 4,6-Mb DU GÉNOME D’E. coli
= DOIT ÊTRE EXTRÈMEMENT PROCESSIF.
Vrai ou faux : LES 2 COEURS ADN POL III FONT PARTIE DU COMPLEXE HOLOENZYMATIQUE
Vrai
Par qui sont-il recrutés sur le complexe matrice amorce ?
Par la pince coulissante
CHEZ Escherichia coli, qu’est ce que pol I fait ?
3 éléments de réponses attendus
1)RETIRE LES AMORCES ARN POUR INITIER LA SYNTHÈSE DE L’ADN = FONCTION 5’-EXONUCLÉASE EN AMONT DU SITE DE SYNTHÈSE D’ADN.
2)ADN POL I RETIRE LES PONTS PHOSPHODIESTERS ENTRE RIBONUCLÉOTIDES (rNMP), ET ENTRE RIBONUCLÉOTIDES ET DESOXYRIBONUCLÉOTIDES,(rNMP) (dNMP)
… CE QUE NE PEUT (PAS) FAIRE LA RNASE-H (Eucaryotes).
3)REMPLACE L’AMORCE ARN PAR DES DÉSOXYRIBONUCLÉOTIDES
Est ce que la RNASE-H des eucaryotes peut RETIRER LES PONTS PHOSPHODIESTERS ENTRE RIBONUCLÉOTIDES (rNMP), ET ENTRE RIBONUCLÉOTIDES ET DESOXYRIBONUCLÉOTIDES,(rNMP) (dNMP)
NON
CHEZ E. COLI, POL I ET POL III DOIVENT ÊTRE TRÈS PRÉCISES, VRAI ou FAUX :ELLES ONT CHACUNE UNE FONCTION DE CORRECTION PAR EXONUCLÉASE.
5’- POUR POL I
ET 3’- POUR POL III
Vrai: 5’- POUR POL I
ET 3’- POUR POL III
Deux différences majeures entre poly I et poly III
1) Poly I est beaucoup moins processive
2) Poly I n’est pas recruté par la pince coulissante
Parmis les 15 ADN poly des eucaryotes, quelles sont les trois les plus importantes ?
3 SONT ESSENTIELLES À LA RÉPLICATION DE L’ADN:
Pol Gamma MAJ, Pol epsilom ET Pol α/PRIMASE
De quelles sous unités est composée Pol α/PRIMASE ?
Que permet la PCNA ?
LA PINCE COULISSANTE SE LIE À L’ADN POLYMÉRASE ET FAVORISE SA PROGRESSION. ELLE EMPÊCHE L’ADN POLYMÉRASE DE « LÂCHER LA RAMPE »
APRÈS LA SYNTHÈSE DE 20 À 100 PB = PROCESSIVITÉ
Chez E.coli.
Où et grâce à qui LA PINCE COULISSANTE EST MISE EN PLACE ?
AUTOUR DU DUPLEXE MATRICE- AMORCE DE L’ADN
GRÂCE À UN COMPLEXE PROTÉIQUE D’INSTALLATION, LE COMPLEXE gamma Y
Comment agit le complexe Y ?
(1) CATALYSE OUVERTURE de PCNA (= ENZYME)
(2) LA POSITIONNE SUR LE DUPLEXE MATRICE- AMORCE
Chez e.coli, Pourquoi il y a NÉCESSITÉ D’OUVRIR les pinces coulissantes : LIAISON D’UNE MOLÉCULE D’ATP
LES PINCES COULISSANTES SONT FERMÉES EN MILIEU ACQUEUX
Vrai ou faux :COMME LES HÉLICASES ET LES TOPOISOMÉRASES, LES PORTEURS DE PINCE COULISSANTE (INCLUANT LE COMPLEXE g) ALTÈRENT LA CONFORMATION SPATIALE DE LEURS CIBLES (MAIS PAS LA COMPOSITION CHIMIQUE)
Vrai
Dans LE RÉPLISOME d’Escherichia coli:
Pourquoi À LA FOURCHE DE RÉPLICATION, IL Y A NÉCESSITÉ DE SYNTHÉTISER LES BRINS PRÉCOCES ET TARDIFS SIMULTANÉMENT ?
CAR IL FAUT LIMITER LE TEMPS D’EXPOSITION DES MOLÉCULES SIMPLE BRIN = RISQUE DE CASSURE COMPLÈTE DU CHROMOSOME, LAQUELLE EST PLUS DIFFICILE À RÉPARER QUE CHEZ UNE MOLÉCULE DOUBLE BRIN (LE
BRIN INTACT SERT DE MATRICE)… = PEUT ENGENDRER DES MUTATIONS
Vrai ou Faux : POUR COORDONNER CORRECTEMENT
LA RÉPLICATION DES DEUX BRINS, PLUSIEURS POLYMÉRASES SONT NÉCESSAIRES
Vrai
Par quoi est FACILITÉE LA COORDINATION DES DIFFÉRENTES POLYMÉRASES?
LES LIAISONS PHYSIQUES DU COMPLEXE MULTIPROTÉIQUE AUQUEL ELLES APPARTIENNENT
Quel est le nom de ce complexe ?
L’HOLOENZYME ADN POL III
De quoi est composé L’HOLOENZYME ADN POL III ?
->2 COEURS D’ADN POLYMÉRASES III
->1 COMPLEXE PROTÉIQUE
g (5 PROTÉINES) = COMPLEXE D’INSTALLATION
DE LA PINCE COULISSANTE
Pourquoi le complexe Y est INDISPENSABLE À LA
FORMATION DE L’HOLOENZYME POL III ?
1)RELIÉ AUX 2 COEURS D’ADN POL III
2)IL INTERAGIT ÉGALEMENT, PLUS FAIBLEMENT, AVEC L’HÉLICASE
Décris le fonctionnement de poly III dans le réplisome d’e.coli ?
DÈS SÉPARATION DES DEUX BRINS DE
LA MOLÉCULE MÈRE D’ADN À LA FOURCHE
DE RÉPLICATION -> MATRICE DU BRIN PRÉCOCE EST
IMMÉDIATEMENT PRISE EN CHARGE PAR L’ADN POL III « PRÉCOCE » QUI SYNTHÉTISE UN BRIN COMPLÉMENTAIRE CONTINU. SENS DE LA FOURCHE = SENS DE LA SYNTHÈSE
Vrai ou faux: AU CONTRAIRE, LA MATRICE DU BRIN TARDIF
N’EST PAS PRISE EN CHARGE DE SUITE PAR
L’AUTRE ADN POL III
Vrai
Qu’arrive t’il à la matrice du brin tardif ? Par qui elle est prise en charge ?
LA MATRICE DU BRIN TARDIF EST DÉBOBINÉE
À L’EXTÉRIEUR DE L’HOLOENZYME POL III, EST
PRISE EN CHARGE RAPIDEMENT PAR DES SSBs
Quels rôles jouent la primase et l’hélicase dans le réplisome d’e.coli ?
PENDANT CE TEMPS, LA PRIMASE INTERAGIT AVEC L’HÉLICASE POUR SYNTHÉTISER UNE NOUVELLE AMORCE D’ARN COMPLÉMENTAIRE DE LA MATRICE DU BRIN TARDIF
