CHAPITRE 1 Flashcards
Qu’est ce qui différencie l’inerte du vivant ?
La présence de matériel génétique fonctionnel, la capacité à se répliquer et se transmettre (réplication de l’ADN, transcription, traduction), la capacité à produire et utiliser de l’énergie
Qu’est ce que le squelette sucre-phosphate ?
DES RÉSIDUS [SUCRE-PHOSPHATE]
FORMENT LE SQUELETTE EXTERNE DE CHACUN DES
DEUX BRINS ANTIPARALLÈLES
Sur quels carbones du pentose d’un désoxyribonucléotide se trouvent : le phosphate, la base, le groupe hydroxyle ?
C5, C1, C3
Si on parle du nucléoside, comment on se réfère à celui portant: la cytosine, la thymine, la guanine, l’adénosine ?
2’ désoxycitidine, désoxythymidine, désoxyadénosine, désoxythymidine
LES NUCLÉOTIDES SONT RELIÉS ENTRE EUX PAR:
1 ) LE PHOSPHATE ATTACHÉ AU GROUPEMENT HYDROXYLE EN C5 DU NUCLÉOTIDE TRIPHOSPHATE
2 ) LE GROUPEMENT HYDROXYLE EN C3 DU 2’-DESOXYRIBOSE
Quelle est la nature de la liaison phosphodiester ?
C’est une liaison covalente.
Comment se forme t-elle ?
ELLE SE FORME GRÂCE À UNE ATTAQUE NUCLÉOPHILE, précédée par la DÉPROTONATION DE L’HYDROXYLE EN 3’ DU
2’-DESOXYRIBOSE PAR OH-
Qu’est ce qu’une attaque nucléophile ?
LE DOUBLET LIBRE DU RÉACTIF NUCLÉOPHILE (O-)
CHERCHE À ENGAGER UNE LIAISON COVALENTE
AVEC L’ATOME ÉLECTROPHILE ATTAQUÉ (P
Quel type d’interactions ENTRE LES ANNEAUX ARÔMATIQUES DES BASES QUI SONT SUPERPOSÉS
EN PARALLÈLE ?
INTERACTIONS HYDROPHOBES
A quoi servent les interactions hydrophobes entre les anneaux arômatiques des bases superposés en parallèle ?
Stabilisent la molécule
Qu’est ce qu’une liaison Watson-Crick ?
LIAISONS HYDROGÈNES : ENTRE UN ATOME DONNEUR D’HYDROGÈNE CHARGÉ (+) ET UN ATOME ACCEPTEUR CHARGÉ (-)
Pourquoi LES LIAISONS HYDROGÈNES SONT DES
LIAISONS DITES « FAIBLES » ?
RÉFÉRENCE À L’ÉNERGIE NÉCESSAIRE À LEUR RUPTURE
Dans une interaction Thymine-adénine, comment s’organise les liaisons WC ?
1 ENTRE RADICAUX CARBONYLE (C=O)- ET AMINE (-NH2)+
1 ENTRE UN AZOTE (N)- ET UN RADICAL AMINE (N-H)+
Dans une interaction Guanine-Cytosine, comment s’organise les liaisons WC ?
2 ENTRE RADICAUX CARBONYLE (C=O)- ET AMINE (-NH2)+
1 ENTRE UN AZOTE (N)- ET UN RADICAL AMINE (N-H)+
Quelles sont les 2 règles de Chargaff ?
Que ce soit dans une molécule simple brin ou double brin, les quantités relatives des différentes bases azotées ne changent pas
VRAI ou FAUX: La liaison CYTOSINE-GUANINE est
MOINS ROBUSTE que la liaison THYMINE-ADÉNINE.
Faux
Qu’est ce qui permet la complémentarité des chaines nucléotidiques ?
LA COMPLÉMENTARITÉ DES BASES
Donne les caractéristiques de la double hélice (nombre de paire de bases par tour, périodicité des deux hélices distance entre les bases et diamètre de la double hélice)
1)LES PLANS DES BASES SONT PRESQUE PERPENDICULAIRES À L’AXE DE L’HÉLICE (~ 6°).
2)10 PAIRES DE BASES PAR TOUR
3)LE PAS (PÉRIODICITÉ) DE CHACUNE DES DEUX HÉLICES EST DE 3,4 nm
4)DISTANCE ENTRE DEUX BASES = 0,34 nm
5)DIAMÈTRE DE LA DOUBLE HÉLICE : 2 nm
Quels sont les deux facteurs qui font la forme de la double hélice ?
1)L’APPARIEMENT COMPLÉMENTAIRE DES BASES (LIAISON WC),
2)ANGLE FIXE DE LA LIAISON GLYCOSIDIQUE (SUCRE-BASE),
En plus de la liaison WC, quelle autre liaison relie les bases entre elles ?
LIAISON [π-π]
Entre quels groupes de forment les LIAISON [π-π] ?
Entre le groupe Amine et le groupe Carboxyle DE 2 BASES SUPERPOSÉES, UNE PURINE ET UNE PYRIMIDINE, SUR LE MÊME BRIN
Quels sont trois fonctions principales de l’ADN ?
Stocker, reproduire et donc exprimer l’information génétique
Comment appelle-t-on les régions identifiables de l’ADN ?
Les promoteurs
Quelle est la conséquence Majeur de la géométrie des paires de bases ?
2 sillons extérieurs disctincts sont présents
Quelles sont les valeurs des angles aigus et complémentaires formés par les liaisons glycosidiques ?
120° pour l’aigu et 240° pour le complémentaire
Que se passe-t-il sur le sillon majeur de
Il y a la liaison d’une facteur de Transcription en doigts de zinc qui reconnait par contact les séquences spécifiques
Quel est le code du sillon Majeur pour G-C et C-G
AADH et HDAA
Quelle est le code du sillon majeur pour A-T et T-A
ADAM et MADA
Quel est le code du sillon Mineur pour G-C et C-G
AHA pour les deux
Quel est le code du sillon Mineur pour A-T et T-A
ADA pour les deux
Qu’est ce qui fait que c’est le sillon Majeur qui est utilisé pour la transcription de l’ADN ?
LES PROTÉINES RECONNAISSENT SPÉCIFIQUEMENT LES SÉQUENCES D’ADN SANS OUVRIR LA DOUBLE HÉLICE.
LE SILLON MINEUR OFFRE TRÈS PEU D’INFORMATIONS CHIMIQUES.
Qu’est ce qui fait la fragilité de la structure de la double hélice ? Par quoi peut-elle être dénaturée ?
Elle est maintenue par des liaisons faibles, la température, le Ph, concentration ionique
Vrai ou Faux :LA Tf EST PLUS ÉLEVÉE POUR LES MOLÉCULES RICHES EN LIAISONS G-C
Vrai
Quelle est le rôle des Cations situés au niveau du squelette externe de l’ADN
LE SQUELETTE EXTERNE DE L’ADN CONTIENT LES GROUPES PHOSPHORYLES, CHARGÉS NÉGATIVEMENT.
LES CHARGES NÉGATIVES DES PAIRES DE NUCLÉOTIDES SONT SI PROCHES DANS L’ESPACE, QUE SI ELLES NE SONT PAS PROTÉGÉES PAR DES CATIONS, ELLES SE REPOUSSENT
Quels sont les deux façons de ne pas se faire dénaturer son ADN ?
1)Un super-enroulement négatif grâce à une enzyme, la topoisomérase
2) Protège ses ARNs grâce à une méthylation des riboses
des nucléosides et parfois de la base
VRAI ou FAUX: Les MOLÉCULES D’ADN CIRCULAIRES OU LINÉAIRES À EXTRÉMITÉS FIXE (ENTRE DEUX OCTAMÈRES D’HISTONES) NE PEUVENT PAS FAIRE DES TORSIONS LIBREMENT SANS ROMPRE L’UN DES DEUX BRINS DE LA DOUBLE HÉLICE
vrai
Pourquoi LE NOMBRE D’ENLACEMENTS DES 2 CHAINES (= TORSIONS) DE LA DOUBLE HÉLICE EST FIXE ?
1) CONTRAINTE TOPOLOGIQUE
2)PERMET DE CONSERVER DE L’ÉNERGIE POUR FACILITER
LA SÉPARATION DES DEUX BRINS
vrai ou faux: LES MOLÉCULES D’ADN DES BACTÉRIES (+Gyrase) ET DES EUCARYOTES (+histones)
SONT SUPERENROULÉES POSITIVEMENT
FAUX
Que permet le surenroulement négatif des molécules d’ADN
C’EST UNE CONFORMATION SPATIALE QUI RENFERME DE L’ÉNERGIE LIBRE (LIAISONS ÉLECTROSTATIQUES DES PONTS HYDROGÈNES)
Comment est utilisée la RÉSERVE D’ÉNERGIE LIBRE LORS DE LA TRANSCRIPTION OU DE LA RÉPLICATION
UTILISÉE POUR FACILITER LA SÉPARATION DES 2 BRINS DE LA DOUBLE HÉLICE
Pourquoi on peut dire que le surenroulement est une réserve d’énergie libre ?
LES SUPER-TOURS NÉGATIFS PEUVENT ÊTRE CONVERTIS EN
TORSIONS NÉGATIVES (T - - - ), CE QUI A POUR CONSÉQUENCE DE DISSOCIER PARTIELLEMENT LES 2 BRINS DE L’ADN
Que signifie E,T et S dans le formule E=T+S
E=nb de fois qu’un brin s’entrelace autour de l’autre sur une distance donnée -> Nombre d’entrelacements
T=E pour molécule circulaire plane->valeur réelle observée
S=nombre de supertours soit la configuration globale de la molécule
Qu’est ce qu’implique l’augmentation de torsions T dans un sens
Induction de supertours S dans l’autre sens
Que faut t-il faire pour diminuer E soit la tension exercée sur l’ADN ?
Il faut rompre le squelette externe sucre phosphate de la double hélice
Quelle enzyme se charge de détendre l’ADN pour qu’il soit biiiiiieeeng ?
LA Topoisomérase
VRAI ou FAUX : La topoisomérase de type I doit forcément fonctionner avec une protéine/cofacteurs ?
FAUX
Quelles sont les trois actions de la Topoisomérase de type I
1) coupe un simple brin
2) passe un brin non coupé
3)colle le brin coupé
VRAI ou FAUX: il y a hydrolyse d’ATP lorsque la topoisomérase de type I est en action ?
Faux
Est ce que la réaction mettant en jeu la Topoisomérase de type I est une réaction réversible ?
Ui
Quelle sous unité de la Topo I et quel résidu attaque le pont phosphodiester en 5’ ? (étape 1)
La sous unité numéro III et son résidu tyrosyle
Que provoque la liaison covalente phosphotyrosine ? (Étape 2)
1) une réserve d’énergie libre
2)Une extrémité 3’-OH libre crée
En quoi consiste l’étape trois lors de l’action de la Topo I ?
Elle implique un changement de conformation de l’enzyme et le passage du brin non coupé, soit une deuxième attaque nucléophile
En quoi consiste les deux dernières étapes lors de l’action de la Topo I ?
Recollage du brin coupé et libération du duplex d’ADN
A quoi est égal delta E lorsqu’on évoque la Topo II ?
2
Y a t-il hydrolyse d’ATP avec TOPO II ?
Oui
Explique les 5 étapes de l’action de TOPO II ?
1) Ouverture de TOPO II qui accueille un premier segment d’ADN double brin
2) Accueille d’un second fragment double brin de la même molécule
3) quand les deux segments sont en place, TOPO II accroche deux molécules d’ATP et coupe G pour laisser passer T au trvaers de la brèche
4) TOPO II recolle G et relâche les deux segments
5) Hydrolyse de l’ATP pour changer la conformation de l’enzyme [pas pour couper le double brin]
Vrai ou Faux: TOUTES LES TOPOISOMERASES DE TYPE I ET II UTILISENT COMME SITE ACTIF DES RÉSIDUS TYROSYLES
= PERMET CLIVAGE ET LIGATION SUBSÉQUENTE DE L’ADN
Vrai
Que permet l’utilisation des résidus tyrosiles ?
PERMET CLIVAGE ET LIGATION SUBSÉQUENTE DE L’ADN
Combien de résidus tyrosiles contiennent la TOPO II ?
COMME LES ENZYMES DE TYPE II COUPENT LES DEUX BRINS DE LA DOUBLE HÉLICE, CHACUNE DES DEUX SOUS-UNITÉS CONTIENT UN RÉSIDU TYROSILE
Quelles sont les 3 fonctions principales des TOPO ?
Décatéiner, relâcher, démêler
Fonctions particulières de TOPO I et TOPO II
TOPO I: supprime supertours
TOPO II: Catalyse la formation de supertours négatifs
Cite la majeur différence entre ribose et désoxyribose
ribose a 2 groupes hydroxyles 3’ 2’
A quelle réaction l’ARN est particulièrement sensible ?
Que se passe-t-il quand elle a lieu ?
A l’hydrolyse alcaline.
LORSQU’UNE BASE VIENT ARRACHER LE PROTON DU 2’-OH, L’OXYGÈNE ATTAQUE LE PHOSPHATE (ATTAQUE NUCLÉOPHILE), ENTRAÎNANT LA CYCLISATION DU NUCLÉOTIDE = COUPURE DE LA CHAÎNE RIBOSE-PHOSPHATE
VRAI ou FAUX: L’ARN peut adopter les mêmes conformations que l’ADN ? C’est à dire Mono ou Bicaténaire, Linéaire ou circulaire
Vrai
Sur quels types d’ARN les repliements 3D sont le plus importants ?
- les ARN de transferts
-les molécules d’ARN ribosomiques
Quel est le rôle du ribosome (donne trois exemples)
ARN ayant une activité catalytique spéciale
(1-BM13-14 assemble les acides aminés lors de la traduction
2-Introns de groupes I et II: BM12, introns auto-epissage
3-BM12, machinerie d’épissage des ARN pm)
Décrire le ribozyme selon 3 paramètres
1 site actif
1 site de liaison avec le substrat
1 site de liaison avec un co-facteur
Cite un rôle du ribosyme
l’hydrolyse autocatalytique
