Chapitre 4 Flashcards
Combien il y a de fourches de réplication chez les bactéries ? Combien il y a de fourches de réplication ?
1
2
Combien il y a d’origine de réplication chez les eucaryotes ?
Des milliers
Vrai ou faux: les ORs sont aux deux extrémités des chromosomes ?
Faux, elles sont toutes les 30-50 kilosbases
Quels sont les 3 facteurs influençant la dormance/activation des Ors ?
- L’ÉTAT DE COMPACTION DE LA CHROMATINE,
- DE LA DISTANCE DES AUTRES ORs EN ACTION,
- DU STADE DE DÉVELOPPEMENT DE L’EMBRYON
Pourquoi les Ors sont riches en AT ?
Parce qu’elles sont ^lis facile à ouvrir
Par quel carbone du désoxyribose vient s’attacher le dGTP, dATP, dCTP ET dTTP
VIA LE GROUPE HYDROXYLE EN 5’ DU DÉSOXYRIBOSE
Dans quel sens se forme le brin complémentaire ?
LA SYNTHÈSE DU BRIN COMPLÉMENTAIRE SE DÉROULE DE 5’ vers 3’
Vrai ou Faux: CONTRAIREMENT À L’ARN POLYMÉRASE, L’ADN POLYMÉRASE NE PEUT AJOUTER
SEULE DES NUCLÉOTIDES
Vrai
De quoi l’ADN polymérase a besoin pour fonctionner ?
Une amorce ARN ou ADN
Que nécessite L’ADDITION D’UN NUCLÉOTIDE (dNTP) À LA CHAINE EN VOIE DE SYNTHÈSE DE LONGUEUR n ?
1) RUPTURE DE LA LIAISON PYROPHOSPHATE α-
2) L’HYDROLYSE DU PYROPHOSPHATE (= rupture de la liaison PYROPHOSPHATE PAR UNE ENZYME, LA PYROPHOSPHATASE,
Vrai ou faux la synthèse de l’ADN est une réaction couplée et réversible
vrai
Quelle est une des spécificités de l’ADN polymérase ?
Le même site actif est présent pour 4 réactions différentes [adénine, guanine,cytosine,thymine]
Quelle est la majeur différence entre les rNTP et les dNTP ?
LES rNTPs (ARN) SONT 10X PLUS NOMBREUX QUE LES dNTPs (ADN). POURTANT, ILS SONT INCORPORÉS 1000X MOINS SOUVENT
Comment l’ARN polym”rase reconnait les rNTP/dNTP ?
Grâce au phénomène d’exclusion stérique au nveau de son site actif
Quels sont les trois modes d’action du site actif de l’ADN polymérase ?
1) LA CAVITÉ DE LIAISON AUX NUCLÉOTIDES EST TROP PETITE POUR ABRITER LES 2 GROUPEMENTS HYDROXYLES (-OH) DES RIBONUCLÉOTIDES.
(2) CETTE CAVITÉ EST DÉLIMITÉE PAR 2 ACIDES AMINÉS QUI FONT DES CONTACTS ÉLECTROSTATIQUES VAN DER VAALS AVEC L’ANNEAU DU SUCRE.
(3) SI CES 2 ACIDES AMINÉS (GLUTAMATES) SONT CHANGÉS
= PLUS AUCUNE DISTINCTION POSSIBLE ENTRE rNTPs ET dNTPs
A quoi on compare le site de liaison de l’ADN polymérase ?
A une main à trois domaine
Paume, doigts et pouce
Quels sont les deux fonctions de l’ADN polymérase ?
(1) POLYMÉRASE
(2) EXONUCLÉASE
À 2 SITES DISTINCTS
DE LA PAUME
Vrai ou faux: les 2 fonctions polymérase et exonucléase sont au même site dans la paume
Faux
Dans quel domaine est situé l’activité polymérase ?
Dans la paume
Dans quelle parie exact se passe l’activité catalytique ?
Dans le feuillet B
Comment fonctionne le feuillet B de la paume ?
BASE (-) + 3’-OH + Mg2+ -> 3’-O-
L’HYDROXYLE DÉPROTONNÉ 3’-O- ATTAQUE ALORS LE PHOSPHATE a DU dNTP.
LES IONS Mg2+ COORDONNENT LES CHARGES NÉGATIVES DES 2 AUTRES PHOSPHATES b ET g POUR :
(1) S’ASSURER QUE LE 3 ’-O- ATTAQUE BIEN LE PHOSPHATE
a DU dNTP.
(2) STABLISER LE PYROPHOSPHATE.
Que se passe t-il QUAND IL Y A MÉSAPPARIEMENT,soit des INTERFÉRENCEs AVEC LES CONTACTS
DU SILLON MINEUR
(1) CATALYSE RALENTIE,
(2) AFFINITÉ RÉDUITE,
(3) REJET DE L’AMORCE DU SITE CATALYTIQUE DE LA POLYMÉRASE
Quel site agit pour pallier à ce mésappariement ? où se trouve t-il ?
Le site exonucléase
dans la paume
Quelle est le rôle des doigts dans la catalyse ?
(1) LIAISON AVEC LE dNTP ENTRANT,
(2) BLOCAGE DE SON APPARIEMENT PRÈS DES IONS MÉTALLIQUES QUI FAVORISENT LA CATALYSE
Vrai ou faux: La paume et les doigts ne fonctionnent pas ensemble
FAUX: → La catalyse de l’ajout d’un nucléotide nécessite la présence de magnésium (Mg²⁺).
→ Deux résidus aspartate (Asp), qui sont très conservés dans le site actif de l’enzyme [PAUME], interagissent avec ces ions.
→ Ces interactions stabilisent le Mg²⁺, ce qui est essentiel pour activer le groupement phosphate du nucléotide entrant et faciliter l’attaque nucléophile sur l’extrémité 3’-OH du brin en croissance
SI on résume en deux phrases l’utilité de la paume et des doigts
->Les “doigts” stabilisent le substrat pour favoriser l’incorporation correcte des nucléotides.
->Le domaine de la “paume” contient des résidus Asp qui interagissent avec Mg²⁺ pour activer la réaction de polymérisation
Vrai ou faux: Lorsque les doigts S’ASSOCIENT AU BRIN MATRICE ET LE COUDENT À 90°, ENTRE LA 1ÈRE ET
LA 2IÈME BASE, EXPOSENT LES DEUX BASES
DE LA MATRICE AU SITE CATALYTIQUE.
FAUX, elle expose que la première base
Que se passe-t-ilÀ CHAQUE FOIS QUE L’ADN POLYMÉRASE AJOUTE UN NUCLÉOTIDE AU BRIN NÉOFORMÉ ?
(1) LE dNTP S’APPARIE AVEC LA PREMIÈRE BASE LIBRE DU BRIN MATRICE.
(2) LES DOIGTS EMPRISONNENT CET APPARIEMENT
Que permet CETTE CONFORMATION DE L’ENZYME ?
LES IONS MÉTALLIQUES Mg2+ OU Zn2+ DANS UNE POSITION IDÉALE POUR FAVORISER LA CATALYSE DE L’ATTAQUE NUCLEOPHILE PERMETTANT LA SYNTHÈSE DE LA LIAISON PHOSPHODIESTER
Que permet LA FIXATION DU NOUVEAU NUCLÉOTIDE APPARIÉ ?
1) liaison phosphodiester avec l’amorce
2) réouverture des doigts
Vrai ou faux: CONTRAIREMENT À LA PAUME ET AUX DOIGTS, LE POUCE N’EST PAS INTIMEMENT LIÉ À LA CATALYSE
Vrai
Quel est le rôle du pouce ?
(1) MAINTIENT L’AMORCE POUR GARANTIR UNE POSITION
VACANTE EN FACE DE LA PREMIÈRE BASE LIBRE DE
LA MATRICE ET DU SITE CATALYTIQUE.
(2) MAINTIENT LA POLYMÉRASE À SON SUBSTRAT
il augmente la processivité de lenzyme
Pourquoi on dit que L’ADN POLYMÉRASE EST UNE ENZYME DITE PROCESSIVE.
= CAPACITÉ DE CATALYSER
DE NOMBREUSES RÉACTIONS CONSÉCUTIVES
Quelle chose marrante est à savoir sur la différence entre la processivité et le temps d’appariement chez les différentes polymérases ?
LA PROCESSIVITÉ VARIE ENTRE DIFFÉRENTES POLYMÉRASES
= 1 À 10 000 nucléotides / seconde.
EN REVANCHE, LE TEMPS DE FIXATION EST TOUJOURS LENT = 1 SECONDE
Vrai ou faux :L’AFFINITÉ DE LA POLYMÉRASE POUR SON SUBSTRAT N’EST PAS SPÉCIFIQUE À LA NATURE DE LA SÉQUENCE
Vrai
Pourquoi cette non spécificité est cool ?
CE QUI FACILITE SON MOUVEMENT LE LONG DE L’ADN
Entres quels parties de l’ADN/ADN polymérase se passent des interactions électrostatiques permettant une glisse ?
->L’EXOSQUELETTE (PHOSPHATES) ET LE POUCE
->SILLON MINEUR ET LA PAUME
Vrai ou faux: APRÈS CHAQUE AJOUT D’UNE BASE, LES LIAISONS HYDROGÈNES SONT ROMPUES ENTRE LA POLYMÉRASE ET LE SILLON MINEUR
vrai
Que permet la PCNA ?
LORS DU GLISSEMENT DE LA POLYMÉRASE, LES INTÉRACTIONS AVEC LE POUCE SONT MAINTENUES : L’ADN SE LIE À NOUVEAU À LA POLYMÉRASE, À LA POSITION n+1, GRÂCE À SA PROPRIÉTÉ DE LIAISON NON SPÉCIFIQUE À LA SÉQUENCE.
LA PROCESSIVITÉ DE LA POLYMÉRASE EST MÊME ACCRUE PAR L’ACTION D’UNE PROTÉINE EN FORME DE PINCE COULISSANTE (= PCNA chez Eucaryotes).
LE POUCE EMPÊCHE LA POLYMÉRASE DE SE DÉCROCHER
