CHAPITRE 3 Flashcards

1
Q

Quel est le rôle de l’histone H1

A

Il stimule la formation de fibres de 30 nm en :
1)liant les deux hélices d’ADN double brins
2) resserrant les nucléosomes adjacents
3) protège l’ADN internucléosomique

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2
Q

Quel rôle jouent les queues aminoterminales des H1 ?

A

Elles stabilisent les structures par leurs interactions avec l’ADN interchromosomiques et les 147 pb associées au nucléosome

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3
Q

Quels sont les deux sites d’Ancrages de H1 ? sur quels AXES sont ils ?

A

-> au milieu des 147 pb associés au nucléosomes [DYADE]
->Sur l’ADN interchromosomique à une extrémité du nucléosome

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4
Q

Avec quels ADN les queues N-Terminales font elles des liaisons H ?

A

Avec l’ADN de liaison et/ou l’ADN de la superhélice du nucléosome adjacent

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5
Q

Est ce que les queue N-terminales interagissent entre elles ?
De quoi cela dépend il ?

A

OUI et ça dépend de leur charge

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6
Q

Décris moi la fibre de 30nm [4 points importants]

A
  • 6 nucléosomes/tours
    -spirale hélicoîdale de 11nm de diamètre
    -les sufaces des disques des octamères se font faces
    -l’ADN de liaison est A L’INTERIEUR de la fibre et ne traverse jamais l’Axe
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7
Q

On sait que la structure du nucléosome est une compaction de 2.5x, en passant à la fibre, on augmente de combien la compaction ?

A

On passe à 40x

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8
Q

Que se passet-il lorsque la fibre de 30 nm est empacté en termes de degré de compaction ?

A

On passe de 40 à 400

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9
Q

Qui sont les CONDENSEURS d’ADN ?

A

TOPO II
CHROMOKINESINES

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10
Q

Pourquoi peut-on affirmer que la conformation des nucléosomes est dynamique ?

A

LES INTERACTIONS ENTRE ADN ET HISTONES RÉSULTENT
DE LIAISONS FAIBLES [H]

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11
Q

Dans quelle fibre se passe ces changements de conformation et par qui sont ils effectué ?

A

CES CHANGEMENTS DE STRUCTURE S’OPÈRENT DANS LA FIBRE DE 10 nm
GRÂCE À L’ACTION D’UN COMPLEXE DE REMODELAGE DES NUCLÉOSOMES

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12
Q

Que permettent les changements de conformation de la fibre de 10 nm ?

A

CES CHANGEMENTS DE STRUCTURE PERMETTENT L’ACCÈS TRANSITOIRE
DE CERTAINES PROTÉINES DE RÉGULATION À L’ADN :
ACTIVATION / RÉPRESSION DE GÈNES

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13
Q

Quels sont les deux actions du complexe de remodelages des nucléosomes ?

A

1) GLISSEMENT DE l’ADN AUTOUR DE L’OCTAMÈRE [expression des gènes]
2) TRANSFERT DE L’OCTAMÈRE D’UNE DOUBLE HÉLICE À UNE AUTRE

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14
Q

Décris moi les COMPLEXES DE REMODELAGE DES
NUCLÉOSOMES (SWI/SNF ET ISWI)

A

->COMPLEXES MULTIPROTÉIQUES CONTENANT 1 SOUS-UNITÉ ENZYMATIQUE HYDROLYSANT L’ATP (DOMAINE ATPase)
->CAPABLES D’EFFECTUER UN DÉPLACEMENT DIRECTIONNEL (TRANSLOCATION) DE L’OCTAMÈRE D’HISTONES SUR L’ADN DOUBLE BRIN

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15
Q

Quelles sont les 3 sous domaines de SWI/SNF ET ISWI

A

1) PINCE DE POSITIONNEMENT SUR LES HISTONES AU SITE n
2) DOMAINE ATPase À LA POSITION 52/147 DE L’ADN
3) PINCE DE TORSION SUR LES HISTONES AU SITE n - 1

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16
Q

Vrai ou Faux: DOMAINE ATPase = 1 POLYPEPTIDE

A

Vrai

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17
Q

En termes de fonction et de composition, qu’est ce qui différencie SWI/SNF et ISWI

A

SWI/SNF : glissement+transfert
Queue acetylée responsable du transfert= bromodomaine
ISWI: Glissement
Queue non modifiée

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18
Q

Quels sont les 4 étapes du glissement ?

A

1) TIRE L’ADN INTERNUCLÉOSOMIQUE DEPUIS LE SITE DE LIAISON HYDROGÈNE (H) LE + PROCHE VERS L’OCTAMÈRE D’HISTONES EN UTILISANT L’ÉNERGIE DE l’ATP
2) ROMPT LES 5 SITES DE LIAISONS H (NOIRS) ENTRE : LES HISTONES ET L’ADN POSITIONNÉS ENTRE LE SITE DE L’ATPase ET L’ADN INTERNUCLÉOSOMIQUE
3) LES 5 CONTACTS (LIAISONS H) SE REFORMENT
AVEC L’ADN TRANSLOQUÉ : PLIS= EXCÈS D’ADN ASSOCIÉ À L’OCTAMÈRE D’HISTONES, PRÈS DU DOMAINE ATPase
4) LE PLIS EST TRANSMIS EN ROMPANT ET « RECOLLANT » UN À UN LES AUTRES SITES DE LIAISONS : VAGUE. LORSQUE TOUS LES SITES DE LIAISONS H SONT REFORMÉS, LE NUCLÉOSOME A CHANGÉ DE POSITION SUR L’ADN.

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19
Q

Vrai ou faux: EN SE LIANT À DES SÉQUENCES D’ADN SPÉCIFIQUES, DES PROTÉINES DE LIAISON PEUVENT RENDRE UN SITE DE LIAISON ACCESSIBLE À UNE PROTÉINE DE RÉGULATION

A

Vrai
EN LE LOCALISANT À L’EXTÉRIEUR DE L’OCTAMÈRE : SUR L’ADN INTERNUCLÉOSOMIQUE

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20
Q

A partir de combien de paire de base l’association protéine de liaison- ADN empêchent la formation de nucléosome

A

L’ASSOCIATION DE PROTÉINES DE LIAISON AVEC L’ADN EMPÊCHENT LA FORMATION DE NUCLÉOSOMES SI LE FRAGMENT MESURE PLUS DE 150 pb

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21
Q

Vrai ou faux CERTAINS NUCLÉOSOMES SONT POSITIONNÉS SPÉCIFIQUEMENT, SOUVENT SUR DES SITES D’INITIATION DE TRANSCRIPTION, GRÂCE AU GUIDAGE D’UNE PROTÉINE DE LIAISON

A

vrai

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22
Q

Qu’est ce que le code des histones ?

A

Le code des histones est un mécanisme épigénétique qui joue un rôle crucial dans la régulation de l’expression des gènes et la structure de la chromatine dans les cellules eucaryotes

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23
Q

Que provoque la modification des charges +/0 des queues N-terminales ?

A

ALTÈRE L’ACCESSIBILITÉ À LA CHROMATINE (-)

24
Q

Quelle réaction a lieu sur les lysines/les sérines

A

LES LYSINES SONT ACÉTYLÉES OU MÉTHYLÉES
Les sérines sont phosphorylées [0]

25
Sur quelles lysines les méthylation provoque une RÉPRESSION TRANSCRIPTIONNELLE ?
MÉTHYLATION DES LYSINES (K) 9 ET 27 DE L’HISTONE H3
26
Sur quelles lysines les méthylation provoque une ACTIVATION TRANSCRIPTIONNELLE ?
MÉTHYLATION DES LYSINES (K) 4, 36 ET 79 DE L’HISTONE H3
27
Vrai ou faux: l'acétylation et/ou la méthylation des lysines sont des processus réversible sans contraintes
LORSQU’UNE LYSINE EST ACÉTYLÉE, ELLE NE PEUT PLUS ÊTRE MÉTHYLÉE et vice versa NÉCESSITE UNE DÉSACÉTYLASE (HDA) (OU UNE DÉMÉTHYLASE)
28
Quel est le nom de l'enzyme qui acétyle les histones ? Quel est l'objectif d'une acétylation ?
l'enzyme hat neutraliser une charge + LA QUEUE N-TERMINALE DE L’HISTONE PERD SON AFFINITÉ POUR LE SQUELETTE SUCRE-PHOSPHATE DE L’ADN, CHARGÉ NÉGATIVEMENT
29
Quelles sont les deux étapes de l'acétylation des histones ?
(1) ATTAQUE NUCLÉOPHILE DU CARBOXYLE IONISÉ DE HAT SUR LE GROUPE AMINE PROTONNÉ (NH3+) DE LA LYSINE. = LE GROUPE AMINE DE LA LYSINE DEVIENT ÉLECTRONÉGATIF = DOUBLET LIBRE (2) ATTAQUE NUCLÉOPHILE DU GROUPE AMINE SUR LE GROUPE CARBONYLE (C=O) de la coenzyme A( lié à un méthyle.)
30
Vrai ou Faux:LES MODIFICATIONS DES QUEUES N- TERMINALES SONT GRADUELLES
vrai Les modifications post-traductionnelles (PTM) des protéines, y compris celles affectant les queues N-terminales, se produisent souvent de manière progressive et contrôlée. Ces modifications peuvent inclure l'acétylation, la méthylation, la phosphorylation, etc., et elles se produisent généralement en réponse à des signaux spécifiques ou à des étapes particulières du cycle cellulaire
31
Pourquoi estime t-on que L’ACÉTYLATION ET LA MÉTHYLATION D’UNE LYSINE CRÉENT DES SITES DE LIAISON POUR LES PROTÉINES NON-ENZYMATIQUES DE MODIFICATION DE LA CHROMATINE
Les protéines non enzymatiques RECONNAISSENT SPÉCIFIQUEMENT LES FORMES MODIFIÉES DES QUEUES N-TERMINALES LES PROTÉINES NON-ENZYMATIQUES RECONNAISSENT ET INTERAGISSENT SPÉCIFIQUEMENT AVEC LES FORMES MODIFIÉES DES QUEUES N-TERMINALES
32
Quelles sont les protéines non-enzymatiques réagissant avec les queues acétylées ? les queues méthylées ?
BROMODOMAINES= activation CHROMODOMAINES ET PHD= repression
33
Donne trois exemples de complexes ENZYMATIQUES
HAT HDAC HMT
34
Exemple de coopération entre HAT, kinase d’histone et protéines à bromodomaine pour activer la transcription
a)Une KINASE de l’histone H3 est recrutée sur le promoteur par l’ACTIVATEUR transcriptionnel pour PHOSPHORYLER la SÉRINE 10 sur H3 b) Le complexe de HAT de H4 est recruté sur le promoteur pour ACÉTYLER le résidu de la LYSINE sur H4 c)Le complexe co-activateur Gcn5-HAT à BROMODOMAINE est recruté sur le promoteur pour ACÉTYLER la LYSINE 14 de H3 d) La modification post-traductionnelle des ces histones a pour effet de recruter l ’ARN polymérase II et activer la transcription.
35
A quel moment du cycle cellulaire a lieu l'assemblage des nucléosomes ?
A LIEU IMMÉDIATEMENT APRÈS LA RÉPLICATION DE L’ADN
36
Quel problème découle de la temporalité de la réplication de L'ADN ?
LES OCTAMÈRES D’HISTONES PARENTAUX (= PROTÉINES) NE SONT PAS RÉPLIQUÉS EN MÊME TEMPS QUE L’ADN OR, IL EST NÉCESSAIRE DE DOUBLER LE NOMBRE D’OCTAMÈRES D’HISTONES
37
Quelles solution est trouvée pour solutionner ce problème ?
IL Y A DONC TRANSCRIPTION DE GÈNES CODANTS POUR DE NOUVELLES HISTONES (= ARNm) DÈS LA TRANSITION G1 / S CES ARNm SONT TRADUITS À LA PHASE S
38
Que se passerait-il si les octamères disparaissaient ?
Il y aurait une perte des facultés de compaction ADN->chromosomes + PERTE DE LA MÉMOIRE ÉPIGÉNÉTIQUE
39
Que se passerait-il si les octamères se retrouvaient SUR L’UNE DES DEUX CHROMATIDES SOEURS ?
2 JEUX DE CHROMOSOMES DIFFÉRENTS
40
Vrai ou faux : Les vieilles histones sont partagées entre les brins filles
vrai
41
Qu'arrive t-il DES TÉTRAMÈRES H3-H4 PARENTAUX À MESURE QUE LA FOURCHE DE RÉPLICATION AVANCE et que LES NUCLÉOSOMES SONT CLIVÉS ?
Ils RETROUVENT RAPIDEMENT LEUR POSITION D’ORIGINE SUR L ’UNE OU L’AUTRE DES DOUBLES HÉLICES SŒURS
42
Quel transporteur permet le déplacement des tétramères H-H4 ?
Asf-1
43
Que se passe t-il avec les LES DIMÈRES H2A-H2B PARENTAUX ?
Ils SONT RELÂCHÉS, AU VOISINAGE DE LA FOURCHE DE RÉPLICATION, POUR ÊTRE REPOSITIONNÉS SUR L’UNE OU L’AUTRE DES DOUBLES HÉLICES SŒURS
44
Quel transporteur permet cela ?
FACT-1
45
A quoi servent LES CHAPERONS D’HISTONES ? Quelle est leur charge ?
LES CHAPERONS D’HISTONES SONT NÉCESSAIRES À L’ASSEMBLAGE DES NUCLÉOSOMES AVEC LES HISTONES NOUVELLEMENT SYNTHÉTISÉES ILS SONT CHARGÉS (-)
46
Quel chaperon pour les tetramères H3/H4 ? Pour les dimères H2A-H2B ?
CAF-1 NAP-1
47
Quel chemin font les NAVETTES NUCLÉO-CYTOPLASMIQUES CAF-1 et NAP-1
ILS TRANSPORTENT RESPECTIVEMENT LES TÉTRAMÈRES H3-H4 ET LES DIMÈRES H2A-H2B DU CYTOPLASME À LA MACHINERIE D’ASSEMBLAGE DE LA CHROMATINE DANS LE NOYAU
48
Décris moi CAF-1 [composition, utilité 2 choses attendues]
1) CAF-1 : COMPLEXE DE 3 SOUS-UNITÉS POLYPEPTIDIQUES (P150, P60, RBAP48) CHEZ LES VERTÉBRÉS. 2) CAF-1 PERMET LA 1IÈRE ÉTAPE DE L’ASSEMBLAGE DU NUCLÉOSOME EN DÉPOSANT LES TÉTRAMÈRES D’HISTONES H3-H4 NOUVELLEMENT SYNTHÉTISÉS SUR L’ADN. 3) CAF-1 OPÈRE À LA FOURCHE DE RÉPLICATION DE L’ADN EN SE LIANT AVEC PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen), APPELÉE ÉGALEMENT « PINCE COULISSANTE »
49
De quoi est composé l'unité de polypeptides P-150 ?
LA SOUS-UNITÉ POLYPEPTIDIQUE P150 DE CAF-1, POSSÈDE 2 MOTIFS DE LIAISON À PCNA : PIP1 ET PIP2
50
Utilité de PiP1
PIP1 CONTRIBUE À LA LIAISON DE P150 À PCNA À LA FOURCHE DE RÉPLICATION
51
Utilité de PiP2 ?
(1) LA LIAISON DE P150 À PCNA, À LA FOURCHE DE RÉPLICATION (VIA DES INTERACTIONS HYDROPHOBES), (2) L’ASSEMBLAGE DES NUCLÉOSOMES, LORS DE LA REPLICATION DE L’ADN
52
Quelles sont les utilités des NAP-1 ?
1) RESPONSABLES DE L’INCORPORATION DES 2 DIMÈRES H2A-H2B NOUVELLEMENT SYNTHÉTISÉS POUR COMPLÉTER LE NUCLÉOSOME. 2) NAP-1 EMPÊCHE L’INCORPORATION DES 2 DIMÈRES H2A-H2B EN DEHORS DU TÉTRAMÈRE H3-H4. 3) NAP-1 AGIT COMME UNE NAVETTE NUCLÉO CYTOPLASMIQUE QUI TRANSPORTE LES DIMÈRES H2A-H2B DU CYTOPLASME À LA MACHINERIE D’ASSEMBLAGE DE LA CHROMATINE DANS LE NOYAU
53
Donne les 3 composantes principales de NAP-1 ?
-1 DOMAINE NAP (FEUILLETS ß1 À 6 ) EX: CHEZ LA LEVURE, LE DOMAINE NAP EST CONSTITUÉ DE 24% D’ACIDES AMINÉS CHARGÉS NÉGATIVEMENT : ACIDES ASPARTIQUE ET GLUTAMIQUE. - 1 QUEUE N-TERMINALE DE SÉQUENCE VARIABLE, - 1 QUEUE C-TERMINALE TRÈS ACIDE : CHARGÉE NÉGATIVEMENT
54
A quoi sert le domaine NAP-1 ?
- C’EST LE DOMAINE NAP (-) QUI EST IMPLIQUÉ DANS LA LIAISON À L’HISTONE (CHARGÉE +). - LA QUEUE C-TERMINALE CHARGÉE NÉGATIVEMENT POURRAIT AMÉLIORER L’AFFINITÉ DE NAP POUR L’HISTONE (CHARGÉE +)
55