Chapitre 2 Flashcards
Qu’est-ce qu’une cellule ?
Un d’ensemble de molécules et macromolécules associes les unes aux autres dans un réseaux complexe et formant des interactions
De quoi dépend la cellule ?
D’un flux continuel d’énergie et de l’émission de chaleur
À quelles lois de thermodynamiques la cellule obéit-elle ?
Lors d’une transformation, l’énergie est toujours conservée
Pendant une transformation, l’énergie entropique (désordre) d’un système isolé ne peut que croître ou rester constante
Qu’est-ce que l’entropie ?
Le degré de désordre d’une molécule
Plus le temps passe, plus il est probable que l’entropie d’un système augmente (de plus en plus en désordre)
A-t-on besoin d’énergie pour combattre l’entropie ?
OUI, énergie nécessaire
Qui contrôle le sac de réactions chimiques d’une cellule ?
Les enzymes
Que doivent faire les cellules pour rester en vie ?
Se créer de l’ordre dans cet univers si désordonné
En effectuant un flux constant de réaction chimiques (métabolisme)
Demande bcp d’énergie
Quelle est la première règle de la thermodynamique?
L’énergie dégagée par le catabolisme (dégradation) est conservée, soit dans les molécules nouvellement synthétisées ou dans la chaleur créée par la cellule
Quelle est la deuxième loi de la thermodynamique ?
L’énergie dissipée par la cellule sous forme de chaleur augmente l’entropie totale du système, malgré l’ordre établi dans la cellule
Caractéristiques d’une réaction spontanée ?
Dans le sens des produits
Libère de l’énergie libre et possède un Delta G négatif (réaction exergonique, catabolisme, libère de chaleur)
Qu’est-ce qu’une réaction non-spontanée ?
Demande de l’énergie pour se faire dans le sens des produits
Se fait dans le sens des réactifs
Possède delta G positif (rx exergonqieu anabolisme)
Par quoi se produit une réaction non-spontanée?
Par couplage énergétique: rx non-spontanée utilise l’énergie générée par la réaction spontanée
De quoi dépend l’énergie libre d’une réaction (🔺G) ?
Énergie intrinsèque des molécule
Concentration des produits et réactifs à un moment précis de la rx
Que va-t-il se produire lorsque les produits s’accumuleront et le réactifs diminueront ?
Produits ayant énergie d’activation vont égaler les réactifs ayant l’énergie d’activation et la réaction inverse s’amorcera
Qu’est-ce qu’une macromolécule ?
Assemblage de monomère ou de sous unités plus simples solide dont la surface interagissent entre elles ou avec d’autres molécules en formant liaisons chimiques
Qu’est-ce qu’une liaison hydrogène et de quoi a-t-elle besoin pour se produire V
Liaison faible entre 2 molécules polaires (permet à l’eau d’être un solvant universel)
À besoin d’un hydrogène en ligne droite entre 2 atomes électronégatif (ex: oxygène et azote)
Les liaison hydrogène de l’eau lui procure :
Cohésion
Solvant pratiquement universel (sphère)
Pourquoi certaine molécules ne sont-elles pas polaires ?
Car ont déjà la stabilité/équilibre électronique donc pas besoin d’aller le chercher dans d’autres interactions ailleurs pour l’atteindre
Que sont les interactions hydrophobes ?
Des interaction Van Der Waals avec une composante d’exclusion d’eau
De quoi sont responsables les groupements hydrophobes ?
Du repliement des protéines
Sont séquestré à l’intérieur de la molécule par la delta G négative due à l’exclusion de l’eau ???
Avec quoi se forment les chaînes carbonées ?
Liaisons covalentes non polaires
Les atomes de carbones peuvent s’associer entre eux et finissent par former …
Des chaînes parfois longues, ramifiées, rectilignes ou cycliques
Ce sont les squelettes des macromolécules biologiques
De quoi dépendent les diverses propriétés d’une molécule organique ?
De la disposition des C et des autres atomes qui s’y lient
Que sont les groupements fonctionnels ?
Les groupements de molécules qui participent le plus aux réactions chimiques des molécules organiques
Quel est l’avantage des liens covalents polaires plutôt que non polaires ?
Solubilité dans l’eau
Capacité à former pont H
Plus de réactivité chimique
Par quoi est déterminé la forme d’une macromolécules (structure 3D) ?
Par la séquence. Les différents monomères sont liés les uns aux autres par liens covalents
Par quoi est stabilisée la structure 3D d’une macromolécule ?
Par liens covalents et non covalents
Par quel type de lien les molécules d’une cellule interagissent ils ensemble généralement ?
Liens non covalents
Plus 2 molécules s’assemblent bien, plus elles vont former des liens non covalents
Sont des liens de faible énergie mais peuvent être nombreuse
De quoi dépend la survie d’une cellule ?
Nombreuses interactions entre les molécules qui la composent
Comment est-ce qu’une réaction entre un anticorps et un antigène peut être forte ?
L’anticorps doit avoir une forme rapprochée de l’antigène pour que la réaction soit plus forte
Par quoi commence et par quoi se termine une protéine ?
Commence par groupement amine (N-terminal) et finit par un groupement carboxyle (C-terminal)
En quoi se replient les structures primaires ?
En structures secondaires, qui seront le module de construction des structures tertiaires
Qu’est-ce qui facilite la formation spontanée des structures secondaires dans l’eau ?
Les liens hydrogènes qui se créent facilement entre les aa
Vers où est situés les chaînes R des hélices alpha et des feuillets bêta ?
Hélice: vers l’extérieur
Feuillet: vers le haut et le bas
Qu’est-ce que la structure tertiaire d’une protéine ?
Agencement d’hélices et ou de feuillets
Possède des domaines fonctionnels (régions ayant des activités enzymatique et ou des site de liaisons pour d’autres molécules)
Qu’est-ce qui détermine la fonction d’une protéine ?
La séquence qui détermine la forme (repliement) qui détermine la fonction
Qu’est-ce qu’une structure quaternaire ?
Assemblement de plusieurs chaînes peptidiques pour former une protéine fonctionnelle
Où se conserve l’énergie dégagée par le catabolisme dans une cellule ?
Dans la chaleur créée par cellule
Dans molécules nouvellement synthétisée
Où se conserve l’énergie dégagée par le catabolisme dans une cellule ?
Dans la chaleur créée par cellule
Dans molécules nouvellement synthétisée
Plus le delta G est négatif, plus…
Plus il faut de produit pour atteindre l’équilibre car delta G négatif veut dire que É des produits est bcp plus basse que celle des réactifs
Donc faut plus de produit pour que ca s’équilibre
Principe du gel d’agarophorèse ?
Séparation des fragments de l’ADN en utilisant la charge négative des acides nucléiques et le faire migrer sur le gel
Principe du gel de polyacrylamide ?
Séparé les protéines selon leur taille (poids moléculaire) en les dénaturalisant et en les chargeant négativement donc migrent
Principe de purification de protein ?
Extraire et séparer une protéine d’un échantillon cellulaire par chromatographie sur colonne
Consiste à faire traverser protéine thru matrice solide poreuse. Chaque type de protéine traversera à sa vitesse selon ses interactions
De quoi dépend le passage d’une protéine à travers une colonne (purification) ?
Charge
Taille
Capacité à se fixer à d’autres molécules
Hydrophobicité
Comment se forment les structures secondaires dans l’eau ?
Spontanément grâce aux liens H qui se créent facilement entre les aa
