chap 6 Flashcards
v ou f
les gene des eucaryote sont monocistronque
v
v ou f
toute les cellule font la transcription de tous les gene
f
l’expression des gènes doit répondre
au programme du développement: « un
tel gène, dans une telle cellule et à un
tel moment »
RÉGULATION FINE DE LA
TRANSCRIPTION.
ke transcrivent les arn pol I
les ARNr 28S, 18S et 5,8S
ke transcrivent les arn pol III
: ARNt, ARNr 5S et ARN 7S (SRP)
les arn pol 1 et 3 n’ont pas un nombre de transcrit tres eleve de transcrit
f nbr de transcrit tres abondant
>100000 copies par cellule
ke necessite la transcription des eucaryote
reconnaissance de promoteurs + efficacité de transcription
variable d’un promoteur à l’autre.
kel est la diff entre l’arn pol II ecaryote et l,arn pol procaryote
l’ARN pol II eucaryote possède
plus de sous-unités en périphérie, ce qui
lui permet d’interagir avec différents facteurs
de transcription
commenet s,apple les sous unite en peripherie de l,arn pol II et combien il en existe
12 sous-unités (protomères) :
RPB1-2-3…12.
ke possede la s.u RPB1
a une extension
C-terminale (CTD) qui accomplit
plusieurs fonctions nouvelles
comparativement à l’ARN pol procaryote.
ou se retouve le domaine carboxy-terminal (CTD)
Structure spécialisée retrouvée sur le grand protomère (RPB I) de l’ARN pol II
V ou F
le promoteur comprend deux ou 3 des eleement suivant * BRE (TFIIB recognition element),
* TATA,
* Inr (initiator)
* DPE (downstream promoter element).
v
v ou f
la CTD se retrouve ds le grd protomere RPB1 de l’ARN pol I
f c dasn l arn pol II
kel sont les 2 fonction du CTD
Le CTD-P (Phosphorylé) est responsable du passage de l’étape
d’initiation à celle d’élongation en recrutant les facteurs d’élongation.
Impliqué dans le recrutement des facteurs de maturation des préARNm. Il pourrait donc être impliqué dans le couplage de la transcription
à la maturation
a koi sert la fonction de phosphorilation du CTD
cette phosphorilation au niveau de la queu de la pol II permet le recrutement des facteur qui sont important pour la transcription. et il ya d,autre motif autre que la phosphorilation
Il existe 4 séq. conservées dans les promoteurs utilisés par l’ARN pol II que sont til
- BRE (TFIIB recognition element),
- TATA,
- Inr (initiator)
- DPE (downstream promoter element).
kel facteur reconaisse reconaisse les sequence du promoteur
TFIIB, TBP/TFIID
ou se forme le complexe de pr initiation
sur la boite TATA si elle est presente
kel element est le plus frequent dans les promoteur
element Inr
ke contienne les gene activement transcrit et kel est sa fonction
Les gènes activement transcrits contiennent généralement un motif
conservé positionné à ≈ -25/-35 pb (TATA)
Il détermine le site d’initiation de la transcription.
v ou f
si on a une seul mutation a l’interieur de la boite TATA sela ne vas pas avoir de consequence sur la transcription de meme pour la sequence entre la boite TATA et le site d’initiation
Une seule mutation à l’intérieur de la boîte TATA diminue drastiquement la
transcription, mais la séquence entre la boîte TATA et le site d’initiation peut
varier sans conséquence
kel est le role des facteur de transcription generaux
Permettent l’association de l’ARN polymérase au promoteur et l’initiation
de la transcription ouverture de l’ADN + libération du promoteur.
kel est le premier facteur de transcription qui interagie avec le promoteur
TFIID
c koi le TBP
TATA binding proteine
kel est le role du TAF
Les TAF reconnaissent
d’autres éléments du
promoteur basal, mais
TBP-TATA est plus
forte
Ils régulent aussi
l’association TBP-TATA
en cachant le site sur le
TBP.
comment son nomme les facteur de transcription chz les eucaryote
Désignés TFIIA, TFIIB, TFIIC… (Transcription Factor + numéro de la polymérase +
une lettre spécifique à chaque facteur)
v ou f
le TBP est une s.u du TFIID
v
v ou f
In vitro, TBP suffit pour initier la transcription.
v
comment fonctionne le TBP
Le domaine C-terminal de TBP se replie comme une selle autour de l’ADN
dans la région de la boîte TATA. Il établit un contact direct avec le sillon
mineur de cette région et induit un repliement local de l’ADN
q koi sert la liaison TBP-TATA
L’association TBP-TATA est une
plateforme d’échafaudage
nécessaire pour recruter les autres
GTF
kel est le 2eme facteur de transcription qui se lie a l’adn
TFIIB lie l’ADN et la TBP.
ke fait le complexe TFIIB
Le domaine C-terminal de TFIIB établit un
contact à la fois avec TBP, l’élément BRE
et l’ADN situé après TATA.
Son domaine N-terminal s’étend vers le site
d’initiation et fait contact avec Pol II
lorsqu’elle arrive.
kel facteur de transcription vient apres le TFIIB et ke fait til
Un complexe formé de TFIIF et de la
Polymérase II peut ensuite se lier au
promoteur, positionnant la polymérase au
site d’initiation.
Cette liaison stabilise l’agrégat ADN-TBPTFIIB.
Deux autres facteurs de transcription généraux
doivent se lier avant que les 2 brins d’ADN ne
soient séparés pour permettre la transcription
ki sont til et kel est leur role
) Les facteurs TFIIE et TFIIH complètent le
complexe d’initiation.
TFIIH est un très gros facteur avec 3 activités
enzymatiques importantes :
hydrolyse de l’ATP (ATPase),
hélicase,
phosphorylation de CTD (kinase).
v ou f
Une des sous-unités de TFIID possède une activité hélicase qui lui permet
de dérouler l’ADN en utilisant l’énergie obtenue par hydrolyse de l’ATP
TFIIH
ke se forme apres que tous les TFII vienne
Le tout forme alors l’équivalent d’un complexe ouvert chez les bactéries et
l’ADN du brin matrice au site d’initiation se lie au site actif de la
polymérase. Si les nucléotides sont présents, la polymérase commence à
synthétiser l’ARN
ke se passe til qd la pol s’eloingne du site d’initiation
1) Une autre sous-unité de TFIIH
phosphoryle le CTD de la
polymérase
2) TBP demeure liée à la boîte
TATA, mais les autres facteurs
se dissocient
3) L’ARN polymérase échappe au
promoteur.
v ou f
lors que la transcription commence tous les facteur se dissosie de la boite TATA
f
tous se dissocie sauf TBP
kel complexe est requi pour permettre l’accès de l’ARN polymérase et des
facteurs de transcription généraux au génome
les complexe remodelant
de koi est compose le complexe mediateur
Le complexe médiateur est un énorme
complexe protéique qui contient des
modificateurs de nucléosomes et des
remodeleurs de la chromatine.
a quoi se lie le complexe mediateur
Il s’associe avec l’ARN polymérase II et
différents facteurs de transcription spécifiques
(activateurs et inhibiteurs) et généraux.
v ou f
Chaque sous-unité du complexe
médiateur assure l’interaction avec
un sous-groupe de facteurs de
transcription.
ke permet la phosphorilation du CTD
recrutement des facteur d’elongation
kel est le role des facteur d’elongation
Ces facteurs stimulent la polymérase et permettent une synthèse plus
rapide de l’ARN.
v ou f
les facteur d’elongation ne participe pas a la correction
f
certains d,entre eu aide
tous les facteur recruté par CTD-P(phosphorile) ahiron dans l,elongation de l’arn
f
certain peuvent agir lors de la maturation
pourkoi et par ki les nucleosome doivent etre modifier lors de l,elongation
Au cours de l’élongation, les nucléosomes sont modifiés par FACT (facilitates
chromatin transcription) pour permettre le passage de l’ARN polymérase à
travers l’ADN condensé.
v ou f
le complexe FACT retire les tetramere H3-H4 du coeur du nucleosome et les replace apres que la pol ce sait deplacer
f il retirr les dimere H2A et H2B
v ou F
la relation est dynamique entre les histone et l,adn
v
pourkoi le complexe FACT retire les dimere H2A et H2B
Ceci donne
suffisamment d’espace à l’enzyme pour transcrire l’ADN enroulé
c qd que la polymerisation de l’arn s’arrete
La polymérisation de l’ARN par
l’ARN Pol II se poursuit jusqu’à
ce que la séquence dictant le
clivage et la polyadénylation
(poly-A signal) du pré-ARNm
soit dépassée.
ke se passe til lors de la fin de l’elongation
Le complexe protéique responsable du clivage et de la polyadénylation
s’attache en avance au CTD phosphorylé. Lorsque le signal poly-A est
transcrit, le complexe se déplace sur le signal. Il coupe l’ARNm et ajoute
200 adénines sur son bout 3’ (poly-A polymérase).
La polymérase continue de transcrire, même si son ARN a été coupé.
L’arrêt de la transcription survient n’importe où sur une région de 0,5 à 2 kb
en aval (derrière) du site de poly-A.
Le second ARN ainsi produit n’a pas de coiffe, ni de queue poly-A.
→ dégradation rapide par les exonucléases.
lors de la terminaison de la transcription kel prot recrute l,exonuclease rat1
La protéine Rtt103 lie le CTD via les phosphorylations
kel est le role de l’exonuclease Rat 1
Une fois l’ARN prémessager clivé, Rat1 peut se lier au bout restant du transcrit
toujours attaché à la polymérase. L’activité exonucléique de Rat1 dégrade alors
l’ARN très rapidement. Lorsque Rat1 rattrape la polymérase, la
transcription se termine
kel sont les 3 processus ont lieu dans le
noyau, au fur et à mesure que le
transcrit primaire est produit par
l’ARN pol II
AJOUT DE LA COIFFE EN 5’ du
transcrit,
CLIVAGE ET POLYADÉNYLATION DE
L’EXTRÉMITÉ 3’,
ÉLIMINATION DES INTRONS ET
ÉPISSAGE DES EXONS
v ou f
la queu poly A est presente a l,extremite 5’ de l’arnm
f elle est sur le 3’
v ou f
l’eppisage se produit a la fin de la terminaison
f
L’épissage peut débuter dès que le
premier intron a complètement
émergé de la polymérase, et se
poursuit souvent après la fin de la
transcription.
a koi s’associe les facteur de maturation de maturation et c koi la consequence de cette liaison
Les facteurs de maturation de l’ARNm
s’associent au CTD de l’ARN
polymérase II.
L’association de ces facteurs au
domaine CTD stimule le taux de
transcription par l’ARN polymérase II.
de koi est former la coiffe en 5’
coiffe 7-
méthylguanosine triphosphate à
l’extrémité 5’ (lien 5’-5’ avec un
pont triphosphate).
La 7- méthylguanosine
triphosphate possède un groupe
méthyl (CH3
) sur l’azote #7 de la
guanine.
apres combien de nucleotiqde transcrit les la coiffe est ajouté
apres 25-30
kel sont les fonction de la coiffe coiffe 7-
méthylguanosine triphosphate à
l’extrémité 5’
Protection de l’ARNm contre les enzymes
hydrolytiques (nucléases).
Site d’attache pour la petite sous-unité
du ribosome lors de la traduction chez les
eucaryotes.
v ou f
La coiffe est
attachée à l’ARNm par le
OH du carbone 3’
f
La coiffe n’est pas
attachée à l’ARNm par le
OH du carbone 3’
comment la coiffe 5’ est mise
kel sont les 3 etape
- Une phosphatase retire le
phosphate γ du premier
nucléotide du transcrit. - Une guanyltransférase
ajoute un GMP en liaison
inverse (5’-5’). - Une méthylase ajoute un
groupement CH3 sur la
guanosine et parfois sur les
sucres des nucléotides
adjacents.
la coiffe 5’ sunit a un complexe qui est til et kel est sa fonction
Elle s’unit à un complexe protéique
particulier, le CBC (cap binding
complex), qui facilite la maturation
correcte de l’ARNm et son transport à
travers le pore nucléaire.
v ou f
La coiffe joue également un rôle
important dans la reconnaissance et
la traduction de l’ARNm par les
ribosomes dans le cytoplasme.
v
ou se trouve la queue poly a
extremité 3’
kel est la fonction de la queu poly a
Protège contre la dégradation par les exonucléases
Permet l’exportation de l’ARNm du noyau vers le cytoplasme.
Lorsque incorrectement polyadénylés, ils sont rapidement dégradés
dans le noyau.
v ou f
si une sequence est mute la polyadenylation est diminuer
v
kes kil ya avant et apres le site poly A de l arnm
en amont (avant) une séquence AAUAAA
en aval une region riche en GU ou U
ki permet le recrutement des enzyme de clivage polyadenylation
Un patron de phosphorylation
spécifique sur la queue CTD de la sousunité RBP1 de l’ARN polymérase permet
le recrutement des enzymes de clivage,
polyadénylation, dégradation de l’ARN
résiduel et l’arrêt de la polymérisation.
donner les etape du clivage de l,arn
CPSF lie le transcrit primaire
sur la séquence AAUAAA.
CStF se lie avec la région riche
en G/U ou en U. Il interagit
avec CPSF, ce qui induit la
formation d’une boucle dans le
transcrit.
Les protéines CFI et CFII se
lient au complexe et le
stabilisent.
RÉSULTAT: la structure est prête
à recevoir l’enzyme PAP et à
être clivée (bon positionnement
de l’ARN).
L’enzyme PAP (PolyA polymérase) se
joint au complexe. Elle stimule le
clivage du transcrit un peu en aval de
la première partie du signal de
polyadénylation.
Le fait que la PAP soit nécessaire pour
le clivage du transcrit assure qu’il sera
rapidement polyadénylé après le
clivage (et donc protégé).
Le clivage proprement dit est effectué
par le CF I et II (en vert).
Les facteurs de clivage (CStF, CFI et
II) et l’extrémité 3’ clivée du transcrit
sont relâchés. Le fragment résiduel
d’ARN est rapidement dégradé (Rat1).
L’enzyme PAP ajoute alors une
douzaine d’adénines à l’extrémité 3’
libre.
Ce fragment Poly (A) initial recrute la
protéine PABPII.
La présence de PABPII (une par chaque
tranche de 12 A) accélère la réaction
de polyadénylation par PAP.
Lorsque la queue poly (A) atteint 200-
250 nucléotides, PABPII signale l’arrêt
de la réaction.
v ou f
les intron sont les gene codant
f
ce sont les gene non codamt
les exon sont les gene codant
v ou f
toute la sequence des inton est conserver
f
les 2 extremite sont conserver et il ya un A au mileu toujour les autre partie peuvent varier et sela ne va pas affecter la traduction puisque les intron ne sont pas traduit
kel sont les Deux réactions de transestérification permettent l’épissage de l’ARNm
1ÈRE RÉACTION : 2’-OH de l’A du site
de branchement attaque le
groupement phosphoryle du G en
5’ de l’intron.
Libération de l’extrémité 5’ de l’intron
qui forme une liaison phosphodiester
avec l’2’-OH du site de branchement
2E RÉACTION : gr. 3’-OH de l’exon 1
devient nucléophile et attaque le gr.
Phosphoryle au site d’épissage 3’ de
l’intron.
Lie les deux exons et libère l’intron.
lv ou f
l’epissage est un phenomene spontane et se fait tout seul
f
Ces réactions de transestérifications
ne sont pas spontanées et
nécessitent l’implication d’une
machinerie protéique complexe :
comment s,apple les complexe proteique pour les reaction de transesterification
le
spliceosome.
de combien de proteine est compose le
spliceosome.
150
kel sont les 5 type de sn ARN
U1,
U2, U4, U5 et U6.
kel est le role des snARN
snARN riches en Uracile qui
participent directement à
l’épissage des pré-ARNm
comment se forme les snRNP
Chacun de ces snARN s’associe à
6-10 protéines nucléaires pour
former des particules
ribonucléoprotéiques (snRNP).
kel est le role des snRNP
- Reconnaître les sites s’épissage
- Rapprocher les sites
- Réactions de clivage et de ligation
v ou f
les snARN sans les proteine nucleaire peuvent quand meme participer a l,epissage
f
kel interaction possible on peut avoir dans le spliceosome
nteractions possibles :
*ARN/ARN (snARN/snARN; snARN/ARNm)
*ARN/protéine (SnRNP; prot. aux./ARNm)
*Prot/Prot (snRNP/snRNP; prot. aux./snRNP)
kel est la premier etape de l«,episage
Le site d’épissage 5’ est
reconnu par snARN U1.
+ la protéine aux. U2AF lie la
zone polypyrimidine près du
site d’épissage 3’.
Permet BBP de lier le site
d’embranchement (A)
a koi sert le BBP
recrute le snRNP/U2 qui lie le site d’embranchement
le A ressort du brin
ke li le complexe s snRNP/U4 et U6
t lient la
snRNP/U5.
* Elles créent ensuite un
complexe avec U1 et U2.
ke permet le complexe d’epissage
Le complexe d’épissage permet de
plier en lasso l’intron et le “A” du site de
branchement s’approche du “G” situé au
début de l’intron.
apres la formation du complexe d’episage kel snRNP est libere
snRNP U1 et U4.
ke fairt le snrnp U6 qd il est libere de U4
snRNP U6 libéré de U4 s’associe avec U2 et U5.
Le complexe devient ainsi catalytiquement
actif et induit la première réaction de
transestérification qui forme le lien 2’-5’ entre
le sucre du «A» de la séquence de branchement
et le phosphate du «G» en 5’ de l’intron
ki induit la 2eme reaction de transesterification
snRNP U5
par koi est degrader l’intron
enzyme de
“débranchement” et d’autres RNases qui forment un
complexe appelé exosome
a koi sert la prot SR
Les protéines SR interagissent avec les exons sur des séquences
amplificatrices d’épissage (ESE). De plus, les SR peuvent faire des
liaisons protéine-protéine. Leur présence sur les exons favorise la
formation du spliceosome via un réseau complexe d’interactions
protéiques sur tout l’exon.
a koi sert la proteine U2AF
La protéine U2AF est particulièrement importante lors de l’épissage de
longs introns puisqu’elle assure le processus en liant l’ARN et aidant la
liaison de U2 au point de branchement.
kel est le role de hnRNPS
Les ribonucléoprotéines hétérogènes nucléaires (hnRNPs) régulent
l’association du complexe d’épissage au pré-ARNm sans interagir directement
avec ce dernier.
Ils s’associent généralement à l’ARN au niveau de sites ESS (élément
répresseur exonique) et empêchent l’épissage en bloquant l’accès aux
protéines SR ou complexe d’épissage directement. Mais ils peuvent aussi
parfois promouvoir l’épissage…
v ou f
les SR et hnRNPs on des role oppose et sont en competition pour l’epissage alternatif
v
c koi l,epissage alternatif
c une variante de l’epissage ou on enleve des intron et aussi des exon
par koi l’epissage alternatif est regule
Le choix du transcrit à produire, l’alternative d’épissage, est régulé,
souvent selon le type cellulaire, mais aussi en fonction du développement.
un ARNm mature possede des exon et des intron
f
ke des exon
de koi est composé l’arnm mature
5’UTR
codant AUG
le cadre de lecture
le codon stop
le 3’UTR
la queu poly A
es ke les region 5’ et 3’ UTR sont traduit
non
v ou f
Chez les eucaryotes supérieurs, il est beaucoup plus rare et se limite à
des changements mineurs (une seule base)
v
kel sont les 2 mutation ki peuvent se fere de maniere controlé
Deux mécanismes contrôlés :
Désamination (A ou C)
Insertion/délétion d’Uridine
v ou f
tous les arn m peuvent sortir du noyau tou seul
f
il doive se lie a des facteur d’export qui emete des signau d’export
c signau sont capter par les recepteur d,export et L’arn peut aisni sortir
pourkoi les arnm sont non stable
pour etre degarder et arrete la production de proteine
kel sont les mecanisme de degardation
La dégradation de l’ARNm se fait à l’aide de 3 types d’enzymes :
* exonucléase à partir de 5’,
* exonucléase à partir de 3’
* endonucléase.
kel mecanisme de est le plus simple pour la degardation
exonuclease a partir de 3’
kel enzyme racoursi la queu poly A
Une enzyme spécifique, déadénylase,
raccourcit la queue polyA et les
exonucléases 3’ régulières
prennent la relève.
Ces dernières forment un
complexe nommé exosome.
comment se fait la degardation en 5’
La dégradation par 5’ : avant de passer aux exonucléases 5’ régulières, il
faut enlever le 7-méthylguanylate par une enzyme décoiffante (decapping).
comment se fait le clivage au milieu (endonuclease)
Le clivage au milieu : introduire une coupure au milieu de l’ARNm par une
endonucléase et par la suite, avoir recours aux exonucléases 3’ et 5’.
