chap 5 Flashcards
de koi est former un ribonucleotide
UN RIBONUCLÉOTIDE : P + sucre (ribose) + base
(A-U-C-G)
v ou f
un ARN est une chaîne bicatenaire de ribonucléotides unis
par des liaisons phosphodiesters
f
c une chaine monocatenaire
siter les 3 difference entre l’ARN et L’ADN
L’ARN est simple brin et peut aussi former des
repliements par appariements de ses bases.
Présence d’un groupement OH en C2’ du sucre.
Remplacement de la base thymine (T) par l’uracile (U)
kel est la difference moleculaire entre la thymine et l’uracile
la thymine possede sur son carbonne 5’ un groupement H3C et l’uracil possede sur son 5’ un H
v ou f
l’uracile et la thymine on des difference moleculaire majeur ce qui leur donne une difference de stabilité
f il on des diff mineur mais sont different au niveau de la stabilité
v ou f
l’ARN n’est pas capable de fair des structure secondaire
f elle est capable
elle fait des boucles, noeuds, loops, épingles…
V ou F
lors de la formation de l’ARN il est normal d’avoir des appariement non standar ex G avec U
V cela augmente la diversité des structure secondaire
ke permet la formation de structure secondaire dans l’ADN
Augmentent la stabilité à l’ARN
Permettent des activités enzymatiques (ribozymes).
v ou f
la structure secondaire de l’ARN est similaire au forme tertiaire des prot
v
v ou f
l’ADN a une activité catalytique plus forte que l’ARN
f c l’inverse
le groupement hydroxyle sur le carbone 2’ du ribose du nucleotide a diverse consequence. siter les
Sur le plan chimique : cette fonction alcool rend l’ARN plus sensible à
l’hydrolyse alcaline.
La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ rend
possible la cyclisation du phosphate sur les positions 2’ et 3‘. Cette
cyclisation du nucléotide provoque une coupure de la chaîne ribose-phosphate. Instabilité chimique
v ou f
La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ rend la mol d’ARN plus sensible a l’hydrolyse alcaline
f
La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ permet la cyclisation ce qui provoque une coupure de la chaine ribose phosphate et donc une instabilité chimique
v ou f
la formation de thymine est moin couteuse pour la cellule que la formation d’uracil
f c l’inverse
pourquoi la cellule utilise l’uracil et pas la thymine pour faire de l’ARN
L’uracile est moins ‘‘coûteux’’ à produire pour les organismes vivants que la
thymine (un CH3 en moins)
kel est l’inconvenient de l’uracil ( point negatif)
l’uracil se converti lentement en cytosine se qui cree une instabilité chimique et il yaura des probleme de lecture lors de la traduction
pourquooi la cellule prend le risque de mettre des uracil dans l’ARN meme s’il vont se convertir en cytosine et cree un probleme de lecture, et pourquoi elle ne prend pas le risque de le mettre dans l’adn
car l’ARN a une durée de vie de qld min/heure donc la cellule peut prendre ce risque
elle ne le met pas dans l’ADN car il perdure dans le temps
v ou f
contraireent a la synthese d’ADN la syntehse du brin d’ARN se fait en 3’5’
f c 5’3’ toujour
kel sont les etape de la transduction
- Ouverture de l’ADNdb
- Appariement antiparallèle entre l’ADNsb - ARN,
- Complémentarité des bases C-G, G-C, T-A et A-U
siter les 3 principal classe d’ARN
ARN ribosomal
ARN de transfert
ARN messager
kel est le role de ARNr
Composante ARN du ribosome.
kel est le role de ARNt
Adaptateur entre l’ARNm et les acides aminés
kel est le role de ARNm
ARN codant pour la traduction en protéines
kel est le role de l’ARN pol
l’ARN
polymérase catalyse la synthèse d’une
chaîne de nucléotides complémentaires
aux nucléotides du brin matrice
de koi nesesite la synthese d,arn
La synthèse nécessite l’apport en rNTPs et
le groupement ‘OH’ disponible sur le 3’ de la
chaîne naissante
v ou f
le brin codant est le brin lu par l’ARN pol
f sa c le brin matrice
Brin codant : ce brin a la même séquence
que l’ARN produit.
donner la difference entre brin codant et matrice
Brin matrice : ce brin est “lu” par l’ARN pol.
Brin codant : ce brin a la même séquence
que l’ARN produit.
Si on choisi un brin ou l’autre dans un mol d’ADn pour etre le brin matrice pour faire la synthese de l’ARN on aura formation de la meme sequence d’ARN
f
le choix du brin matrice est tres important car chaque brin d’AND qui est choisi comme matrice va donner une sequence arn differente
la transcription comme la replication recopie tout le génome et une seule fois par cycle cellulaire
f la transduction recopie une région précise du génome, déterminée par les séquences d’ADN spécifiques signalant le début et la fin
v ou f
a chaque transcription peu importe le gene transcrit il yaura formation du meme nombre de copie d’ARN et ainsi meme nombre de proteine produite (traduction)
f Le nombre de copies
produites est
extrêmement variable. de meme pour les proteine
v ou f le site catalytique de l’arn pol est constitué de parties des deux
plus grandes sous-unités
v
ou se situe le site catalytique de l arn pol
se situe à la base de la pince,
dans une région appelée le
« centre catalytique »
v ou f
contrairement au autre pol l’arn pol n’utilise pas des ion metallique pour catalyse les nucleotide
fonctionne suivant le
mécanisme catalytique
d’addition de nucléotides
faisant intervenir deux ions
métalliques (comme toutes les
polymérases).
v ou f
La périphérie de l’enzyme
est très variable et reflète
les interactions avec les
protéines régulatrices propres
à chaque espèce.
v
v ou f
Les bactéries ont une seule
ARN polymérase composée
de 10 sous-unités. Les eucaryotes ont 3 ARN
polymérases et chacune est
composée aussi de plus de
10 sous-unités.
f Les bactéries ont une seule
ARN polymérase composée
de 5 sous-unités.
Les eucaryotes ont 3 ARN
polymérases et chacune est
composée de plus de
10 sous-unités.
v ou f
la pol I II et III sont present chez les procaryote et les eucaryote
f il sont seuelemt chz les eucaryote
kel est role de l’arn pol II
transcrit les
séquences codant les
protéines
kel est le role de l’arn pol I et III
s’occupent des gènes
codant différents autres
ARN.
v ou f
les ARN I II et III sont tous present dans le nucleole
f lADN pol II et III sont dans le nucleoplasme
v ou f
toute les s.u des arn 1 2 et 3 sont conserver
f
il yen a qui sont conserver et une partie qui varie d’une espece a l’autre
v ou f
l’arn a besoin d’une amorce comme l,adn pol
f L’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce
es que l arn pol a une stabilité
oui Plus grande stabilité de l’enzyme au niveau du 1er nucléotide
lorsqu’elle ajoute le 2e sur le 3’OH (implique des liaisons très
spécifiques des nucleotides avec l’enzyme).
kel est le premier nucleotide que la pol va generaleme=nt mettre
une purine (generalement une adenine)
v ou f
chz les procaryote et les eucaryote le facteur sigma aide a l’initiation de la transcription
f ch=z les eucaryote c les facteur de transcription generaux (GTF)
kel est le role de sigma et les facteur de transcription
reconnaitre le promoteur qui est en avant du site de transcription et ainsi debute la transcriptionn
kel sont les etape de la transcription
Le début ➡ Initiation
Reconnaissance du promoteur
Ouverture du complexe : déroulement de
l’ADN et création d’une bulle de transcription
Début de la synthèse de l’ARN
Le milieu ➡ Élongation
Complex ternaire stable
La fin ➡ Terminaison
Dissociation de l’ADN
comment appel ton les nucleotide qui se trouve avant et apres le 1ere nucleotide transcrit
Ceux qui sont avant celui-ci sont nommés -1, -2, -3,
etc. Ceux qui sont après sont nommés +1, +2, etc
kel sont les 3 etape de l’initiation de la transcription
- Formation du complexe fermé
- Transition vers le complexe
ouvert
3.Début de la polymérisation de
l’ARN
kes kil ya lors de la formation du complexe fermer
Liaison initiale de l’ARN
polymérase au promoteur
L’adn est fermer a ce stade
comment il ya transition vers le complexe ouvert
Séparation des brins d’ADN
(fusion, anglais : melting)
Formation d’une bulle de
transcription d’environ 14pb
autour du site d’initiation
ke se passe til lors du debut de la polemerisation ( ds l’initiation)
ADN simple brin maintenant
accessible : les deux premiers
nucléotides sont placés dans
le site actif de la polymérase.
Polymérisation inefficace des
10 premiers nucléotides.
L’ARN Pol est « libérée » du
promoteur. le complexe ternaire devient stable et l’elongation peut commencer
dans kel eatpe de l’initiation le complexe ternaire devient stable
qd la pol est liberer du prmoteur
v ou f
lors de l’ajout des premier nucleotide la pol est ineficase
v
donner la def d’un promoteur
séquence d’ADN en amont du gène transcrit.
v ou f
le brin matrice est toujour le meme
f
les 2 brin peuvent etre matrice
v ou f
la transcription se fait aleatoiremenet a n’importe kel moment
f
elle se fait qd la cellule a besoin d’une proteine
v ou f
2 brin peuvent tous les deux etre matrice au meme endroit et leur transcription peut se faire au meme moment
f
il peut yavoir 2 brin matrice au meme endroit mais leur transcription ne se fait pas au meme moment car il ya une contrainte d’espace
par koi est determiner la force d,un promoteur
La « force » d’un promoteur est déterminée par le nombre de transcrits
générés à partir de ce promoteur dans un laps de temps donné.
c quoi les 3 facteur qui influence la force du promoteur
La capacité du promoteur à lier l’ARN polymérase : plus de points de
contact entre l’enzyme et la séquence d’ADN → promoteur plus fort.
Ces points doivent être reconnus et liés.
Une isomérisation efficace: le passage du complexe fermé au
complexe ouvert. La bulle de transcription apparait rapidement dans un
promoteur fort.
La facilité de l’ARN polymérase à se libérer du promoteur: le passage
du complexe de transcription initial vers le complexe ternaire stable
(début de la phase d’élongation après les 10 premiers nucléotides).
comment appele ton l’arn pol associe a sigma
holoenzyme
v ou f
l’arn pol avec ses s.u (sans sigma ) peut initier la transcription n’importe ou sur l adn
v
v ou f
dans la meme espece il ya une forme de s.u sigma
mais il ya une diff de la s.u sigma entre des espece differente
f
il peut yavoir plusieur s.u sigma dans la meme espece
kel facteur sigma est le plus repandu chx E.coli
facteur σ70
v ou f
tous les sigma reconaisse les meme poromoteur
f
de koi est composé le facteur sigma
Composé de deux sections conservées et d’une section centrale non
spécifique
ke reconait le facteur sigma
t des promoteurs formés
de 2 séquences conservées de 6
nucléotides (région -35 et
région -10), séparées par 17-19
nucléotides non conservés.
v ou f
plus le promoteur se raproche de sa sequence consensus moin il est fort
f
il est plus fort
c quoi la sequence consensus
sequence qui revient le plus souvent
si le promoteur s’eloingne trop de la sequence consensus sigma va telle le reconnaitre
non elle ne va pas le reconnaitre
que permet la sequence consensus
Liaison spécifique
plus forte
Facilité d’ouverture
Meilleure libération
Il peut y avoir des ajouts supplémentaires sur le promoteur σ70. nommez les
element UP
discriminateur
extension -10
ou est placer l’element UP et a koi il sert
devant l’élément -35 : site de contact additionnel avec
l’ARN pol
kel est le role de l,extension -10
remplace parfois l’élément -35
v ou f
le discriminateur est située avant la region -10 et son role est de stabiliser l,enzyme sur le promoteur
f
il est située apres la region - 10
v ou f
les region (element UP, disciminateur et l,extension -10 ) vont tous etre reconnu par des region specifique de la sous unite sigma 70
f
, à l’exception de l’élément UP (ARN pol directement).
v ou f
la pol peut reconnaitre toute seul le promoteur mais sigma facilite ceci
f
la pol n’est pas capable de reconaitre le promoteur sans le facteur sigma
par koi est reconnu l’element UP
sous unite alpha de la pol
de combien de region la sigma est composé
4 region 1,2,3,4
ke reconnait la region 2.3 de sigma et kel est son role
Reconnait l’élément -10
stabilise le brin codant
(similaire aux SSB)
kel region de sigma reconnait le discriminateur
1.2
v ou f
c uniquement la region 4.2 de sigma qui va reconnaitre l,element -35 via le motif helice-coude-helice
f c toute la region 4
donc 4.1 et 4.2
La région 4 du facteur σ70 lie la séquence -35 du promoteur via un motif
hélice-coude-hélice. kel est le role de chaque helice
- Une des hélices s’insère dans le sillon majeur et interagit avec les
bases d’ADN (spécifique à la séquence). - La deuxième hélice s’attache sur la charpente de l’ADN (phosphatesucre).
dasn le motif helice coude helice de la region 4 du sigma kel eleemnt reconnait la region -35
le crocher entre les 2 helice
une fois que l’adn et lie a l,arn pol que se passe t il
L’ARN polymérase holoenzyme associée à l’ADN encourt spontanément un
changement de conformation énergétiquement favorable –
l’isomérisation en complexe ouvert. L’ADN est ouvert entre -11 et +3.
Une fois accomplie, l’isomérisation est irréversible. Elle a toutefois autant de
chances de se produire que la dissociation d’holoenzyme de l’ADN
Le passage au complexe ouvert
implique 2 événements :
- les pinces (ββ’) se resserrent
sur l’ADN bicaténaire devant
l’enzyme - la région 1,1 de σ70 se
déplace du site actif, ce qui
permet au brin matrice
d’atteindre le site catalytique
v ou f
une fois l’and ouvert se phenomene peut etre reversible
f
ce phenomene est irreversible
lorsque le complexe est ouvert de kel canal sortiront le brin matrice et le brin complementaire
Le brin codant sortira par le canal NT (non template strand) et le brin
matrice traversera le canal T (template strand) dans lequel la transcription
en ARN aura lieu.
v ou f
c dans le canal NT que la transcription va se fairre
f ds le canal NT il ya la sortie du brin codant
c ds le canal T kil yaura transcription car c la ou se trouve lke brin matruce
a kel positition l’adn recommence a s,hybrider et ou elle le fait
- Finalement, l’ADN
s’hybride de nouveau en
position -11 (toujours à
l’intérieur de l’enzyme)
pour reformer de l’ADN
bicaténaire.
ki block le canal de sortie de l’ARN
la region 3.2 de sigma
pourquoi la synthese des 10 premier nucleotide est ineficase
Il y a polymérisation d’ARN, mais l’ARN polymérase ne se déplace pas :
elle reste prise au niveau du promoteur. et en plus il ya kelke chose qui block le canal de sortie
v ou f
l’expulsion de la region 3.2 de sigma pour libeer le canal de sortie de l,arn se fait des le premier essai
L’expulsion/déplacement de
cette région se fait
généralement en plusieurs
tentatives.
v ou f
Le déplacement de la région 3.2 augemnte la liaison générale du facteur
σ à la polymérase
f elle affaibli la liaison
que se passe til suite au deplacement de la region 2.3 de sigma
le canal de sortie est deblocké et le facteur sigma et l’arn pol se dissocie . l’enzyme passe alors a l’etape d,elongation
kel sont les 2 methode que la pol utilise pour corriger c erreur
- Correction pyrophospholytique:
“Ctrl-Z” – le dernier nucléotide ajouté
est retiré en lui remettant son
groupement PPi perdu (réaction
inverse de la polymérisation). - Correction hydrolytique : retour en
arrière (de quelques nt) et excision
de la séquence de quelques
nucléotides.
v ou f
l arn pol ne peut pas se corriger
f elle peu
a chaque foi kel ajout un nucleotide elle le verifie
v ou f
les rNTP arrive par canal propre a eu
v
v ou f
la dimension de la bule de transcription chx les procaryote varie d’une espece a l’autre
f elle est toujour stable
kel sont les facteur qui aide la pol dasn ces fonction correctrice
les facteur proteique
ke se passe til qd l arn pol et bloqué et arrete la transcription qd elle rencontre des dommage a l,adn ( mutation, bri …)
Lorsque ceci arrive, la cellule peut :
* Induire la réparation de l’ADN;
* Redémarrer la transcription;
* Dissocier l’ARN polymérase.
kel enzyme est capable d’enlever
l’ARN pol. et de recruter les enzymes de
réparation d’ADN Uvr A-B-C.
proteine TCRF
comment fonctionne TCRF
se lie à l’ADN en arrière de l’ARN pol et
glisse jusqu’à l’enzyme. La collision qui en
suit provoque soit une reprise des activités de
l’ARN pol, soit sa dissociation complète.
de koi es constituer la derniere sequence d’ADN transcrit dans la terminaison intrinseque
region riche en G et C et une region poly A
ke se passe til suite a la transcription des 2 sequence G et C complementaire (termianison intrinseque )
1) Détachement prématuré de la 2e
séquence G-C du duplex ARN/ADN
pour former la tige-boucle (les
appariements ARN/ARN sont plus
stables et donc favorisés).
2) Arrêt de la polymérisation.
3) L’ARN n’est donc retenu au brin
matrice que par les quelques U.
L’hybridation U-A étant facilement
dissociée (interaction faible à 2 liens
H), l’ARN peut être libéré du
complexe de transcription.
4) L’ARN pol se détache également.
comment se passe la terminaison Rho dependante
Le facteur de terminaison Rho est
un hexamère capable de lier l’ARN
sur une séquence spécifique (rut,
rho utilisation).
Rho se déplace ensuite le long de
l’ARN en hydrolysant de l’ATP.
Lorsqu’il rattrape la polymérase,
il cause la dissociation du
complexe d’élongation, et donc la
terminaison.
donner les 2 caracteristique des region rut
Ces régions sont d’une longueur d’environ
40 nt et ne forment pas de structures
secondaires
Elles se situent après les sites de
terminaison de la traduction, ce qui assure
qu’elles soient libres de ribosomes
