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biomol > chap 5 > Flashcards

chap 5 Flashcards

1
Q

de koi est former un ribonucleotide

A

UN RIBONUCLÉOTIDE : P + sucre (ribose) + base
(A-U-C-G)

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2
Q

v ou f
un ARN est une chaîne bicatenaire de ribonucléotides unis
par des liaisons phosphodiesters

A

f
c une chaine monocatenaire

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3
Q

siter les 3 difference entre l’ARN et L’ADN

A

L’ARN est simple brin et peut aussi former des
repliements par appariements de ses bases.
 Présence d’un groupement OH en C2’ du sucre.
 Remplacement de la base thymine (T) par l’uracile (U)

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4
Q

kel est la difference moleculaire entre la thymine et l’uracile

A

la thymine possede sur son carbonne 5’ un groupement H3C et l’uracil possede sur son 5’ un H

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5
Q

v ou f
l’uracile et la thymine on des difference moleculaire majeur ce qui leur donne une difference de stabilité

A

f il on des diff mineur mais sont different au niveau de la stabilité

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6
Q

v ou f
l’ARN n’est pas capable de fair des structure secondaire

A

f elle est capable
elle fait des boucles, noeuds, loops, épingles…

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6
Q

V ou F
lors de la formation de l’ARN il est normal d’avoir des appariement non standar ex G avec U

A

V cela augmente la diversité des structure secondaire

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6
Q

ke permet la formation de structure secondaire dans l’ADN

A

Augmentent la stabilité à l’ARN
 Permettent des activités enzymatiques (ribozymes).

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7
Q

v ou f
la structure secondaire de l’ARN est similaire au forme tertiaire des prot

A

v

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8
Q

v ou f
l’ADN a une activité catalytique plus forte que l’ARN

A

f c l’inverse

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9
Q

le groupement hydroxyle sur le carbone 2’ du ribose du nucleotide a diverse consequence. siter les

A

 Sur le plan chimique : cette fonction alcool rend l’ARN plus sensible à
l’hydrolyse alcaline.
 La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ rend
possible la cyclisation du phosphate sur les positions 2’ et 3‘. Cette
cyclisation du nucléotide provoque une coupure de la chaîne ribose-phosphate. Instabilité chimique

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10
Q

v ou f
 La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ rend la mol d’ARN plus sensible a l’hydrolyse alcaline

A

f
 La présence des deux oxygènes en cis sur les positions 2’ et 3’ permet la cyclisation ce qui provoque une coupure de la chaine ribose phosphate et donc une instabilité chimique

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11
Q

v ou f
la formation de thymine est moin couteuse pour la cellule que la formation d’uracil

A

f c l’inverse

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12
Q

pourquoi la cellule utilise l’uracil et pas la thymine pour faire de l’ARN

A

L’uracile est moins ‘‘coûteux’’ à produire pour les organismes vivants que la
thymine (un CH3 en moins)

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13
Q

kel est l’inconvenient de l’uracil ( point negatif)

A

l’uracil se converti lentement en cytosine se qui cree une instabilité chimique et il yaura des probleme de lecture lors de la traduction

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14
Q

pourquooi la cellule prend le risque de mettre des uracil dans l’ARN meme s’il vont se convertir en cytosine et cree un probleme de lecture, et pourquoi elle ne prend pas le risque de le mettre dans l’adn

A

car l’ARN a une durée de vie de qld min/heure donc la cellule peut prendre ce risque
elle ne le met pas dans l’ADN car il perdure dans le temps

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15
Q

v ou f
contraireent a la synthese d’ADN la syntehse du brin d’ARN se fait en 3’5’

A

f c 5’3’ toujour

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16
Q

kel sont les etape de la transduction

A
  1. Ouverture de l’ADNdb
  2. Appariement antiparallèle entre l’ADNsb - ARN,
  3. Complémentarité des bases C-G, G-C, T-A et A-U
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17
Q

siter les 3 principal classe d’ARN

A

ARN ribosomal
ARN de transfert
ARN messager

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18
Q

kel est le role de ARNr

A

Composante ARN du ribosome.

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19
Q

kel est le role de ARNt

A

Adaptateur entre l’ARNm et les acides aminés

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20
Q

kel est le role de ARNm

A

ARN codant pour la traduction en protéines

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21
Q

kel est le role de l’ARN pol

A

l’ARN
polymérase catalyse la synthèse d’une
chaîne de nucléotides complémentaires
aux nucléotides du brin matrice

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22
Q

de koi nesesite la synthese d,arn

A

La synthèse nécessite l’apport en rNTPs et
le groupement ‘OH’ disponible sur le 3’ de la
chaîne naissante

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23
Q

v ou f
le brin codant est le brin lu par l’ARN pol

A

f sa c le brin matrice
Brin codant : ce brin a la même séquence
que l’ARN produit.

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24
Q

donner la difference entre brin codant et matrice

A

Brin matrice : ce brin est “lu” par l’ARN pol.
Brin codant : ce brin a la même séquence
que l’ARN produit.

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25
Q

Si on choisi un brin ou l’autre dans un mol d’ADn pour etre le brin matrice pour faire la synthese de l’ARN on aura formation de la meme sequence d’ARN

A

f
le choix du brin matrice est tres important car chaque brin d’AND qui est choisi comme matrice va donner une sequence arn differente

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26
Q

la transcription comme la replication recopie tout le génome et une seule fois par cycle cellulaire

A

f la transduction recopie une région précise du génome, déterminée par les séquences d’ADN spécifiques signalant le début et la fin

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27
Q

v ou f
a chaque transcription peu importe le gene transcrit il yaura formation du meme nombre de copie d’ARN et ainsi meme nombre de proteine produite (traduction)

A

f Le nombre de copies
produites est
extrêmement variable. de meme pour les proteine

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28
Q

v ou f le site catalytique de l’arn pol est constitué de parties des deux
plus grandes sous-unités

A

v

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29
Q

ou se situe le site catalytique de l arn pol

A

se situe à la base de la pince,
dans une région appelée le
« centre catalytique »

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30
Q

v ou f
contrairement au autre pol l’arn pol n’utilise pas des ion metallique pour catalyse les nucleotide

A

fonctionne suivant le
mécanisme catalytique
d’addition de nucléotides
faisant intervenir deux ions
métalliques (comme toutes les
polymérases).

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31
Q

v ou f
La périphérie de l’enzyme
est très variable et reflète
les interactions avec les
protéines régulatrices propres
à chaque espèce.

A

v

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32
Q

v ou f
Les bactéries ont une seule
ARN polymérase composée
de 10 sous-unités. Les eucaryotes ont 3 ARN
polymérases et chacune est
composée aussi de plus de
10 sous-unités.

A

f Les bactéries ont une seule
ARN polymérase composée
de 5 sous-unités.
 Les eucaryotes ont 3 ARN
polymérases et chacune est
composée de plus de
10 sous-unités.

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33
Q

v ou f
la pol I II et III sont present chez les procaryote et les eucaryote

A

f il sont seuelemt chz les eucaryote

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34
Q

kel est role de l’arn pol II

A

transcrit les
séquences codant les
protéines

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35
Q

kel est le role de l’arn pol I et III

A

s’occupent des gènes
codant différents autres
ARN.

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36
Q

v ou f
les ARN I II et III sont tous present dans le nucleole

A

f lADN pol II et III sont dans le nucleoplasme

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37
Q

v ou f
toute les s.u des arn 1 2 et 3 sont conserver

A

f
il yen a qui sont conserver et une partie qui varie d’une espece a l’autre

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38
Q

v ou f
l’arn a besoin d’une amorce comme l,adn pol

A

f L’ARN polymérase n’a pas besoin d’amorce

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39
Q

es que l arn pol a une stabilité

A

oui Plus grande stabilité de l’enzyme au niveau du 1er nucléotide
lorsqu’elle ajoute le 2e sur le 3’OH (implique des liaisons très
spécifiques des nucleotides avec l’enzyme).

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40
Q

kel est le premier nucleotide que la pol va generaleme=nt mettre

A

une purine (generalement une adenine)

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41
Q

v ou f
chz les procaryote et les eucaryote le facteur sigma aide a l’initiation de la transcription

A

f ch=z les eucaryote c les facteur de transcription generaux (GTF)

42
Q

kel est le role de sigma et les facteur de transcription

A

reconnaitre le promoteur qui est en avant du site de transcription et ainsi debute la transcriptionn

43
Q

kel sont les etape de la transcription

A

Le début ➡ Initiation
Reconnaissance du promoteur
Ouverture du complexe : déroulement de
l’ADN et création d’une bulle de transcription
Début de la synthèse de l’ARN
Le milieu ➡ Élongation
Complex ternaire stable
La fin ➡ Terminaison
Dissociation de l’ADN

44
Q

comment appel ton les nucleotide qui se trouve avant et apres le 1ere nucleotide transcrit

A

Ceux qui sont avant celui-ci sont nommés -1, -2, -3,
etc. Ceux qui sont après sont nommés +1, +2, etc

45
Q

kel sont les 3 etape de l’initiation de la transcription

A
  1. Formation du complexe fermé
  2. Transition vers le complexe
    ouvert
    3.Début de la polymérisation de
    l’ARN
46
Q

kes kil ya lors de la formation du complexe fermer

A

Liaison initiale de l’ARN
polymérase au promoteur
L’adn est fermer a ce stade

47
Q

comment il ya transition vers le complexe ouvert

A

Séparation des brins d’ADN
(fusion, anglais : melting)
Formation d’une bulle de
transcription d’environ 14pb
autour du site d’initiation

48
Q

ke se passe til lors du debut de la polemerisation ( ds l’initiation)

A

ADN simple brin maintenant
accessible : les deux premiers
nucléotides sont placés dans
le site actif de la polymérase.
 Polymérisation inefficace des
10 premiers nucléotides.
 L’ARN Pol est « libérée » du
promoteur. le complexe ternaire devient stable et l’elongation peut commencer

49
Q

dans kel eatpe de l’initiation le complexe ternaire devient stable

A

qd la pol est liberer du prmoteur

50
Q

v ou f
lors de l’ajout des premier nucleotide la pol est ineficase

A

v

51
Q

donner la def d’un promoteur

A

séquence d’ADN en amont du gène transcrit.

52
Q

v ou f
le brin matrice est toujour le meme

A

f
les 2 brin peuvent etre matrice

53
Q

v ou f
la transcription se fait aleatoiremenet a n’importe kel moment

A

f
elle se fait qd la cellule a besoin d’une proteine

54
Q

v ou f
2 brin peuvent tous les deux etre matrice au meme endroit et leur transcription peut se faire au meme moment

A

f
il peut yavoir 2 brin matrice au meme endroit mais leur transcription ne se fait pas au meme moment car il ya une contrainte d’espace

55
Q

par koi est determiner la force d,un promoteur

A

La « force » d’un promoteur est déterminée par le nombre de transcrits
générés à partir de ce promoteur dans un laps de temps donné.

56
Q

c quoi les 3 facteur qui influence la force du promoteur

A

La capacité du promoteur à lier l’ARN polymérase : plus de points de
contact entre l’enzyme et la séquence d’ADN → promoteur plus fort.

Ces points doivent être reconnus et liés.
 Une isomérisation efficace: le passage du complexe fermé au
complexe ouvert. La bulle de transcription apparait rapidement dans un
promoteur fort.

 La facilité de l’ARN polymérase à se libérer du promoteur: le passage
du complexe de transcription initial vers le complexe ternaire stable
(début de la phase d’élongation après les 10 premiers nucléotides).

57
Q

comment appele ton l’arn pol associe a sigma

A

holoenzyme

58
Q

v ou f
l’arn pol avec ses s.u (sans sigma ) peut initier la transcription n’importe ou sur l adn

A

v

59
Q

v ou f
dans la meme espece il ya une forme de s.u sigma
mais il ya une diff de la s.u sigma entre des espece differente

A

f
il peut yavoir plusieur s.u sigma dans la meme espece

60
Q

kel facteur sigma est le plus repandu chx E.coli

A

facteur σ70

61
Q

v ou f
tous les sigma reconaisse les meme poromoteur

A

f

62
Q

de koi est composé le facteur sigma

A

Composé de deux sections conservées et d’une section centrale non
spécifique

63
Q

ke reconait le facteur sigma

A

t des promoteurs formés
de 2 séquences conservées de 6
nucléotides (région -35 et
région -10), séparées par 17-19
nucléotides non conservés.

64
Q

v ou f
plus le promoteur se raproche de sa sequence consensus moin il est fort

A

f
il est plus fort

65
Q

c quoi la sequence consensus

A

sequence qui revient le plus souvent

66
Q

si le promoteur s’eloingne trop de la sequence consensus sigma va telle le reconnaitre

A

non elle ne va pas le reconnaitre

67
Q

que permet la sequence consensus

A

Liaison spécifique
plus forte
Facilité d’ouverture
Meilleure libération

68
Q

Il peut y avoir des ajouts supplémentaires sur le promoteur σ70. nommez les

A

element UP
discriminateur
extension -10

69
Q

ou est placer l’element UP et a koi il sert

A

devant l’élément -35 : site de contact additionnel avec
l’ARN pol

70
Q

kel est le role de l,extension -10

A

remplace parfois l’élément -35

71
Q

v ou f
le discriminateur est située avant la region -10 et son role est de stabiliser l,enzyme sur le promoteur

A

f
il est située apres la region - 10

72
Q

v ou f
les region (element UP, disciminateur et l,extension -10 ) vont tous etre reconnu par des region specifique de la sous unite sigma 70

A

f
, à l’exception de l’élément UP (ARN pol directement).

73
Q

v ou f
la pol peut reconnaitre toute seul le promoteur mais sigma facilite ceci

A

f
la pol n’est pas capable de reconaitre le promoteur sans le facteur sigma

74
Q

par koi est reconnu l’element UP

A

sous unite alpha de la pol

75
Q

de combien de region la sigma est composé

A

4 region 1,2,3,4

76
Q

ke reconnait la region 2.3 de sigma et kel est son role

A

Reconnait l’élément -10
stabilise le brin codant
(similaire aux SSB)

77
Q

kel region de sigma reconnait le discriminateur

A

1.2

78
Q

v ou f
c uniquement la region 4.2 de sigma qui va reconnaitre l,element -35 via le motif helice-coude-helice

A

f c toute la region 4
donc 4.1 et 4.2

79
Q

La région 4 du facteur σ70 lie la séquence -35 du promoteur via un motif
hélice-coude-hélice. kel est le role de chaque helice

A
  • Une des hélices s’insère dans le sillon majeur et interagit avec les
    bases d’ADN (spécifique à la séquence).
  • La deuxième hélice s’attache sur la charpente de l’ADN (phosphatesucre).
80
Q

dasn le motif helice coude helice de la region 4 du sigma kel eleemnt reconnait la region -35

A

le crocher entre les 2 helice

81
Q

une fois que l’adn et lie a l,arn pol que se passe t il

A

L’ARN polymérase holoenzyme associée à l’ADN encourt spontanément un
changement de conformation énergétiquement favorable –
l’isomérisation en complexe ouvert. L’ADN est ouvert entre -11 et +3.
Une fois accomplie, l’isomérisation est irréversible. Elle a toutefois autant de
chances de se produire que la dissociation d’holoenzyme de l’ADN

82
Q

Le passage au complexe ouvert
implique 2 événements :

A
  • les pinces (ββ’) se resserrent
    sur l’ADN bicaténaire devant
    l’enzyme
  • la région 1,1 de σ70 se
    déplace du site actif, ce qui
    permet au brin matrice
    d’atteindre le site catalytique
83
Q

v ou f
une fois l’and ouvert se phenomene peut etre reversible

A

f
ce phenomene est irreversible

84
Q

lorsque le complexe est ouvert de kel canal sortiront le brin matrice et le brin complementaire

A

Le brin codant sortira par le canal NT (non template strand) et le brin
matrice traversera le canal T (template strand) dans lequel la transcription
en ARN aura lieu.

85
Q

v ou f
c dans le canal NT que la transcription va se fairre

A

f ds le canal NT il ya la sortie du brin codant
c ds le canal T kil yaura transcription car c la ou se trouve lke brin matruce

86
Q

a kel positition l’adn recommence a s,hybrider et ou elle le fait

A
  • Finalement, l’ADN
    s’hybride de nouveau en
    position -11 (toujours à
    l’intérieur de l’enzyme)
    pour reformer de l’ADN
    bicaténaire.
87
Q

ki block le canal de sortie de l’ARN

A

la region 3.2 de sigma

88
Q

pourquoi la synthese des 10 premier nucleotide est ineficase

A

Il y a polymérisation d’ARN, mais l’ARN polymérase ne se déplace pas :
elle reste prise au niveau du promoteur. et en plus il ya kelke chose qui block le canal de sortie

89
Q

v ou f
l’expulsion de la region 3.2 de sigma pour libeer le canal de sortie de l,arn se fait des le premier essai

A

L’expulsion/déplacement de
cette région se fait
généralement en plusieurs
tentatives.

90
Q

v ou f
Le déplacement de la région 3.2 augemnte la liaison générale du facteur
σ à la polymérase

A

f elle affaibli la liaison

91
Q

que se passe til suite au deplacement de la region 2.3 de sigma

A

le canal de sortie est deblocké et le facteur sigma et l’arn pol se dissocie . l’enzyme passe alors a l’etape d,elongation

92
Q

kel sont les 2 methode que la pol utilise pour corriger c erreur

A
  • Correction pyrophospholytique:
    “Ctrl-Z” – le dernier nucléotide ajouté
    est retiré en lui remettant son
    groupement PPi perdu (réaction
    inverse de la polymérisation).
  • Correction hydrolytique : retour en
    arrière (de quelques nt) et excision
    de la séquence de quelques
    nucléotides.
92
Q

v ou f
l arn pol ne peut pas se corriger

A

f elle peu
a chaque foi kel ajout un nucleotide elle le verifie

93
Q

v ou f
les rNTP arrive par canal propre a eu

A

v

93
Q

v ou f
la dimension de la bule de transcription chx les procaryote varie d’une espece a l’autre

A

f elle est toujour stable

94
Q

kel sont les facteur qui aide la pol dasn ces fonction correctrice

A

les facteur proteique

95
Q

ke se passe til qd l arn pol et bloqué et arrete la transcription qd elle rencontre des dommage a l,adn ( mutation, bri …)

A

Lorsque ceci arrive, la cellule peut :
* Induire la réparation de l’ADN;
* Redémarrer la transcription;
* Dissocier l’ARN polymérase.

96
Q

kel enzyme est capable d’enlever
l’ARN pol. et de recruter les enzymes de
réparation d’ADN Uvr A-B-C.

A

proteine TCRF

97
Q

comment fonctionne TCRF

A

se lie à l’ADN en arrière de l’ARN pol et
glisse jusqu’à l’enzyme. La collision qui en
suit provoque soit une reprise des activités de
l’ARN pol, soit sa dissociation complète.

98
Q

de koi es constituer la derniere sequence d’ADN transcrit dans la terminaison intrinseque

A

region riche en G et C et une region poly A

99
Q

ke se passe til suite a la transcription des 2 sequence G et C complementaire (termianison intrinseque )

A

1) Détachement prématuré de la 2e
séquence G-C du duplex ARN/ADN
pour former la tige-boucle (les
appariements ARN/ARN sont plus
stables et donc favorisés).

2) Arrêt de la polymérisation.

3) L’ARN n’est donc retenu au brin
matrice que par les quelques U.
L’hybridation U-A étant facilement
dissociée (interaction faible à 2 liens
H), l’ARN peut être libéré du
complexe de transcription.

4) L’ARN pol se détache également.

100
Q

comment se passe la terminaison Rho dependante

A

Le facteur de terminaison Rho est
un hexamère capable de lier l’ARN
sur une séquence spécifique (rut,
rho utilisation).
Rho se déplace ensuite le long de
l’ARN en hydrolysant de l’ATP.
Lorsqu’il rattrape la polymérase,
il cause la dissociation du
complexe d’élongation, et donc la
terminaison.

101
Q

donner les 2 caracteristique des region rut

A

Ces régions sont d’une longueur d’environ
40 nt et ne forment pas de structures
secondaires
Elles se situent après les sites de
terminaison de la traduction, ce qui assure
qu’elles soient libres de ribosomes

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