Chap 1, 08 Flashcards
Quels sont les groupements à pont H ne formant pas de ponts H?
H-N ou C-O sans pont H prots-prots (3 premiers et 3 derniers)
sont non favorables
pour prots solubles dans l’eau (globulaire) ponts H possible avec eau mais non possible pour prots membranaire
Comment se comportent les amides à l’intérieur des prots membranaires?
Doivent tous former ponts H et les prots membranaires contiennent principalement hélices alpha
Parmi les protéines connues, quel est le pourcentage des prots eurcaryotes reliées aux membranes?
20-25%
dans pdb, moins de 2% total reliées a prots membranaires
Quels sont les différences retrouvées chez les prots membranaires?
Forces d’interactions entre hélices plus faibles que pour les prots globulaires
hélices amphipatiques (souvent présentes mais interactions inversées donc intérieur polaire?)
Possèdes un canal à potassium (extérieur hydrophobe, 4 SU identiques)
À quoi ressemble le canal à potassium?
Les entrées sont chargées négativement (cause une liaison avec la charge positive)
Ensuite il y a un vestibule rempli de molécules d’eau
Les hélices des pores sont orientées selon leur dipole (le bout négatif pointe vers le vestibule pour stabiliser les ions potassium)
Il y a un filtre de sélection (K beaucoup beaucoup plus réactif que Na 10^4) + déshydratation des ions
Il peut passer 10^8 ions par secondes
Pourquoi il n’y a que très peu de prots transmembranaires qui ont des feuillets beta?
car normalement les feuillets font pas de ponts H prots-prots aux extrémités, cela n’est donc pas favorable dans une membrane
Quel est le motif et comment se forme t-il dans les membranes ?
Les prots transmembranaires se referment sur elles meme ce qui cause des barils beta
-Il faut un nombre pairs de brins beta pour que la membrane puisse se refermer
Qu’est ce que christian anfinsen prononce en 1960?
La structure tertiaire native d’une prots est déterminée seulement par sa séquence primaire
cela implique que:
- devrions être capable de prédire la structure tertiare d’une prots avec sa séquence (présentement nous ne sommes pas encore là malgré des progrès avec Rosetta)
- La structure tertiaire native représente le minimum d’énergie glabale (état le plus stable)
- -Il y a 10^80 conformations natives
Réviser ses graphiques p.11
Comment décrire la conformation d’une prots?
Balance entre très grand nombre de forces faibles mais pouvant être perturbée (pH, T, liaison ligand)
Modification de facteurs environnementaux
-Modification entonnoir énergie et conformation
Exemple d’une prots formant une structure metastable?
Hémagglutinine
Comment fonctionne l’hemagglutinine? voir p.17
The conformational change in hemagglutinin at low pH.
Hemagglutinin is part of the viral coat and is adjacent to the ochre region that makes the initial binding interaction with the target cell. At low pH, an extended chain (B) becomes helical and forms a continuous helix with C and A, thereby projecting upward and pushing the fusion peptide into the cell membrane, where it inserts to bind the hemagglutinin (and therefore the virus) and prevent it from dissociating. At the same time, part of helix D (D′) unwinds to pull the C-terminal region upward, closer to the cell membrane. This C-terminal region is linked to the virus coat membrane, and the combined effect is to bring the viral membrane close to the cell membrane and (by an as yet unknown mechanism) stimulate membrane fusion.
Lequel parmi la structure et la séquence est la plus conservée? et pourquoi
Structure
Mutation d’ADN se font a fréquence relativement constante
Mutation de prots aussi a fréquence relativement constante mais prots a une sélection plus stricte en raison de la fonction, stabilité, activité, surface exposée, coeur hydrophobe ainsi qu’une conservation de la structure
Comment L’homologie de structure peut être utilisée pour identifier la fonction?
Il y a des Contrainte au niveau de l’évolution des protéines :
Certains a.a importants pour structure ou fonction vont changer plus lentement que d’autres.
‣ Séquences de protéines homologues peuvent être alignées rapidement et facilement
portions les plus conservées sont probablement importantes pour la fonction ou la structure.
parfois possible d’identifier les résidus catalytiques à partir d’alignement de séquences
Permet l’identification de motifs de séquence fonctionnels.
exemple : le repliement de type Rossmann se retrouve souvent dans des protéines liant les nucléotides, et possède le motif de séquence suivant pour une boucle qui entoure le nucléotide : GXGXXG (G = glycine, X = n’importe quel acide aminé).
Beaucoup de motifs de séquence sont connus → banques de données
L’alignement de séquence permet d’identifier des homologues (origine évolutive commune), ayant probablement des fonctions et des structures similaires (BLAST : http://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
Peut on dire que 2 gênes sont 50% homologues?
Non, le pourcentage d’homologie sert à prédire si les espèces ont un ancetre commun, ils sont soit homologues ou non, ils ne peuvent l’être à moitier
Pourquoi est -il parfois difficile d’identifier des homologues à partir de la séquence seulement?
Structure est plus conservée que la séquence
Plus les séquences sont différentes plus il est difficile d’identifier des prots homologues
Cependant, les structures
d’homologues sont conservées. Parfois seulement 5% d’identité des séquences, mais les structures sont similaires
Il y a aussi presque toujours des insertions et des délétions
