Chap 1, 01

Question 1

Quelles sont les premières caractéristiques remarquées des protéines? et a quoi cela leur sert?

Answer 1

Leur irrégularité et leur complexité. Sert à la spécificité

Question 2

Quelle est la première structure de protéine observée?

Answer 2

myoglobine

Question 3

Combien des 225 millions de prots connues connaissons nous la structure 3D?

Answer 3

environ 54000

Question 4

Quels 2 groupes fonctionnels composent les acides aminés?

Answer 4

Groupe carboxyle (COOH) ainsi que groupe amine (NH2)

Question 5

Comment est appelée la chaine principale d’une protéine?

Answer 5

Squelette ou backbone

Question 6

Quels sont les acides aminés ne possédant pas une chaine latérale?

Answer 6

tous les acides aminés, sauf la glycine, possèdent une chaine latérale

Question 7

Quels sont les 10 acides aminés non polaire? Leur nom, leur code a trois lettre et 1 lettre Et a quoi ils ressemblent

Answer 7

Glycine (Gly/G), Alanine (Ala/A), valine (Val/V), Isoleucine (Ile/ L), Proline (Pro/ P), cysteine (Cys/ C), Leucine (Leu/L), Methionine (Met/M), tryptophan (Trp/ W), phenylalanine (Phe/F)

GAVIP CLMTP

Question 8

Quels sont les 5 A.a polaires? leur code a 3 lettres, 1 lettre et les dessiner

Answer 8

Serine (Ser/s), Threonine (Thr/T), Tyrosine (Tyr/Y), Asparagine (Asn/N), Glutamine (Gln/Q)

STTAG

Question 9

Quels sont les 3 acides aminés ayant une charge positive? Leur nom, leur code a trois lettre et 1 lettre Et a quoi ils ressemblent

Answer 9

Lysine (Lys/K), Arginine (Arg/R), Histidine (His/H)

LAH

Question 10

Quels sont les 2 acides aminés négatif? Leur nom, leur code a trois lettre et 1 lettre Et a quoi ils ressemblent

Answer 10

Acide Aspartique (Asp/D), Acide glutamique (Glu/E)

A.A

Question 11

Quels a.a sont des molécules chirales?

Answer 11

Tous sauf Glycine

Question 12

Les acides aminés sont tous retrouvés naturellement sous quelle forme de chiralité (L ou D) sauf une. Quel est la forme la plus retrouvée et cet acide aminé atypique?

Answer 12

L, la glycine car n’est pas chirale

Question 13

Les a.a sont t-ils tous retrouvés à la même occurence? Si non, quels facteurs influence?

Answer 13

Non, différent coût métabolique, nombre différent de codons, différentes protéines,
différence entre protéines intracellulaires et protéines membranaires

entre autres, pour les protéines membranaires :
D, E, K ↓ I, L, F, V ↑

Question 14

Qu’est ce qu’une liaison peptidique?

Answer 14

liaison covalente qui s’établit entre la fonction carboxyle d’un acide aminé et la fonction amine de l’acide aminé. correspond à une fonction amide dans le cas des protéines. Sa liaison produit une molécule d’eau. Après la formation de la liaison peptidique, une extrémité est porteuse d’un groupe amine libre - l’extrémité N-terminale (ou amino-terminale), et l’autre d’un groupe carboxyl - extrémité C-terminale (ou carboxyl-terminale).

Question 15

Pourquoi la liaison peptidique est plane? Quel conformation (l’angle) est favorisée

Answer 15

Car elle est stabilisée par délocalisation d’électrons (mésomérie) dont double liaison donc pas de rotation. Conformation trans (angle de 180 degrés), sauf quand liaison peptidique précède proline (angle = 0 dans ce cas)

Question 16

Comment On peut déterminer la conformation du squelette d’un acide aminé et a partir de quel principe on peut se baser?

Answer 16

à partir de deux angles dièdres, φ et ψ (phi et psi). La chaine principale contient trois liaisons covalentes par acide aminé .La liaison peptidique étant une liaison plane, il reste deux liaisons simples autour desquelles la rotation est possible

Question 17

Qu’est ce que le diagramme de Ramachandran?

Answer 17

Représentation permettant d’analyser la conformation du squelette des protéines. Pour chaque résidu de la protéine, on porte l’angle diédral φ en abscisse et l’angle diédral ψ en ordonnée.

Question 18

Où se trouve la région des feuillets beta, des hélices alpha sur le graphique? Quel est la troisieme région?

Answer 18

beta en haut a gauche, minimum d’énergie à (-121, 128)
alpha en bas a gauche, minimum d’énergie à (-64, -41)
En haut a droite, est une conformation en hélice gauche

Question 19

Quels sont les 2 acides aminés ne respectant pas le diagramme de ramachandran?

Answer 19

Glycine et proline

Question 20

18 aa ont une configuration S alors qu’une a une configuration R, laquelle?

Answer 20

Cystéine

Question 21

Pourquoi la proline est un cas spécial?

Answer 21

Pas de protons HN
Conformation pont H
Fonction imine et non amine