Chap 1, 03-04

Question 1

Quels sont les forces les plus fortes dans les prots?

Answer 1

liaisons covalentes
200 kj/mol
dure la durée de la vie de la prots sauf le pont disulfure

Question 2

Quels sont les caract des forces non covalentes

Answer 2

Faibles mais nombreuses

Question 3

Quel est la stabilité stucturale dune prots?

Answer 3

20-60 kj/mol

Question 4

Les forces entre les molécules sont quel types de forces principalement?

Answer 4

charge-charge

Question 5

Caract de la force électrostatique (entre 2 ions)

Answer 5

contribue sur de longues distances
proportionnelles a r a la moins 2 (plus les charges sont éloignées, plus les forces vont etre faibles)
r= distance entre les charges
Les forces sont atténues dans l’eau

Question 6

Quels atomes ont des charges partielles negative et positive

Answer 6

électronégatif : N et O

positifs: H de l’amide, c du carbonyle

Question 7

Comment sont les forces électrostatiques et pourquoi sont elles de même?

Answer 7

Plus faible car charges plus petites mais plus nombreuses

Question 8

Que peut faire les forces électrostatiques sur un ion au coeur de la prots?

Answer 8

plusieurs charges partielles peuvent stabiliser un ion chargé enfoui dans le cœur hydrophobe d’une protéine

Question 9

Qu’est ce qu’un pont H?

Answer 9

liaison chimique non covalente (un peu), de type dipôle-dipôle.
Implique 2 atome électronégatifs, un donneur et un accepteur du pont H
L’hydrogène est entre les 2 atomes électronégatifs (liaison covalente)

Question 10

Quel est l’É d’un pont H peptide-peptide?

Answer 10

15-20 kj/mol

Question 11

Pourquoi l’É totale reliée a formation pont H peptide-peptide est très petite?

Answer 11

car les groupements d’un peptide sont normalement solvatés.

Question 12

L’absence de pont H pour groupement peptide-peptide est il favorable ou défavorable?

Answer 12

Défavorable

Question 13

Qu’est ce que la force de van der waals?

Answer 13

la somme des forces d’attraction et de répulsion entre deux entités autre que les forces de liaison covalentes, les forces électrostatiques et les forces de pont hydrogène.
Une interaction électrique de faible intensité entre atomes
atome :
noyau + (position fixe)
électrons – (mobiles, nuage électronique est malléable)
lorsque deux atomes sont proximaux, il se produit une redistribution de
la densité électronique
cause une faible attraction entre les atomes
plus faibles que les forces électrostatiques, mais impliquent tous les atomes
contribution totale est très importante
varient en fonction des atomes

Question 14

Les forces de VDW sont répulsives ou attractives a de faibles distances?

Answer 14

Répulsives

Les forces d’attractions vont être prop à : r exposant -6
Les forces de Répulsion vont être prop à: r^-12

Question 15

Par quelle forces les geckos peuvent rester collé aux surfaces?

Answer 15

Van der Waals

Question 16

Les interractions hydrophobes sont ils une forces?

Answer 16

non

Question 17

Pourquoi les groupement hydrophobes (les a.a hydrophobes (GAVIP CLMTP)) s’assemblent à l’intérieur prots?

Answer 17

éviter eau

Question 18

Comment les interractions hydrophobes sont différentes des forces

Answer 18

pas de nature enthalpique, mais plutôt de nature entropique.

Question 19

Pourquoi les interractions hydrophobes sont dites entropiques et non enthalpique?

Answer 19

Un groupement hydrophile forme des ponts hydrogènes avec l’eau
interaction enthalpique favorable

‣ un groupement hydrophobe ne peut pas former de ponts hydrogènes
réduction du nombre de ponts hydrogènes pour l’eau environnante.
énergétiquement non favorable

pour compenser, les molécules d’eau deviennent plus ordonnées et forment de meilleurs ponts hydrogènes
cause une légère augmentation de l’enthalpie (non favorable)
cause une importante diminution de l’entropie (non favorable)

Question 20

Pourquoi le système fait des interactions hydrophobes?

Answer 20

minimise les pertes d’énergie
deltaG=deltaH-TdeltaS

les groupements hydrophobes s’assemblent cela vient minimiser l’exposition à l’eau
-augmentation des ponts hydrogènes pour l’eau (favorable)
-augmentation de la mobilité des molécules d’eau et de l’entropie (favorable)
Les interactions hydrophobes sont proportionnelles à l’aire de la surface hydrophobe

Question 21

Les forces sont telles toutes directionnelles?

Answer 21

Oui, van der Waals et électrostatiques :
dépendent seulement de la distance (r)
donc une très petites variations de distance cause peu d’effet.

ponts hydrogènes
force dépend de la distance et de l’orientation des groupements impliqués

Question 22

De quel façon peut on influencer la coopérativité des prots?

Answer 22

Périodicité structure secondaire
Structure tertiaire
D’autres, très vaste

Question 23

De quel façon le processus de repliement lors de la formation d’une épingle beta est coopérative

Answer 23

Pas totalement compris mais
-Implique des clusters de grp hydrophobes qui stabilisent forme partiellement repliée
-Puis stabilisation par ponts H
-Après chaque ajout de pont H, la conformation épingle a cheveux beta devient favorable et plus stable car chaque pont hydrogène facilite la formation d’un pont hydrogène voisin.
-Force pont H dépend géométrie (si molé flexible, pont H plus faible)
-Plus de ponts H, plus rigide, meilleure géométrie
Donc tous les ponts H sont affectés par la présence de chacun

Question 24

Comment interragit l’eau avec les prots?

Answer 24

Est essentielle pour la fonction des prots mais besoin de très peu d’eau (certaines 50 molécules d’eau pour fonction de base)
(enzymes déshydratées peuvent être partiellement fonctionnelles)
Fontions totales (native) de prots atteint a environ 100 molé d’eau (une couche à la surface de la prots, le reste d’eau = libre a la surface de prots)

Question 25

Dans la mitochondrie, quel est le pourcentage de masse qui représente de l’eau?

Answer 25

40%

Question 26

Quels sont les effets de la couche de solvatation d’eau des prots?

Answer 26

Maintient structure et polarité d’un site actif
moins mobile que l’eau en vrac et plus dense
partie intégrante de la prots
Molécules d’eau peuvent être enfouies dans prots
eau souvent impliqué dans la fonction

Question 27

Enthalpie (deltaH) et l’entropie (deltaS) sont larges mais opposés, qu’est ce que cela fait?

Answer 27

changement d’énergie libre (deltaG) faible

Question 28

Comment un pont H peut a la fois favoriser soit l’enthalpie ou l’entropie?

Answer 28

Si le ligand est fixer fortement, il peut former des ponts H fort et directionnel (favorise enthalpie). Mais très peu de degré de liberté donc perte d’entropie

Si le ligand est fixé faiblement, ponts H moins fort mais moins rigide donc moins grande perte d’entropie.