Cavarelli - structures secondaires

Question 1

Comment s’organisent les hélices alpha ?

Answer 1

CO résidu i -HBOND-> NH résidu i+4.

Question 2

Combien de résidus par tour pour l’hélice alpha ?

Answer 2

3,6.

Question 3

Comment sont orientées les chaines latérales pour l’hélice alpha ?

Answer 3

Vers l’extéreur.

Question 4

Est-ce que tous les CO et NH sont occupés à faire des liaisons hydrogène dans l’hélice alpha ?

Answer 4

Non, tous sauf les premiers et derniers.

Question 5

Quelle est la longueur des hélices alpha? Longueur moyenne ?

Answer 5

de 5 à 40 résidus, de longueur moyenne 10 résidus.

Question 6

Pour les acides aminés L, l’hélice droite ou gauche est elle favorable ?

Answer 6

La droite est favorable : en effet, la gauche induit une proximité entre CO - R.

Question 7

Polarité des hélces alpha ?

Answer 7

Elles ont un moment dipolaire, du C au N terminal.

Question 8

Comment s’organise une Hélice 310 ?

Answer 8

CO du résidu i -HBOND-> NH résidu i+3.
3 résidus par tour.
Petites

Question 9

Quelles fréquences pour les hélices 310 ?

Answer 9

Beaucoup moins fréquentes que les alpha : de 15-20% des hlices dans les protéines.

Question 10

Ou sont souvent localisées les hélices 310 ?

Answer 10

A l’xtrémité C term des hélices alpha.

Question 11

Hélice pi : caractéristiques.

Answer 11

Rare
CO i -HBOND-> NH i+5.
4,4 résidus/tour

Question 12

Quelles caracs pour hélice Polyproline de type I ?

Answer 12

Droite, w=0.
3,3 résidus/our
Structure compacte
Pas de HBOND spécifiques entre atomes de la chaine principale.

Question 13

Quelles caracs pour hélice Polyproline de type II ?

Answer 13

Gauche, w=180.
3 résidus par tour
Conformation étendue
Pas de HBOND spécifiques entre atomes de la chaine principale.

Question 14

Dans quoi sont impliquées les Polyprolines I et II ?

Answer 14

Dans des mécanismes fondamentaux de reconnaissance protéine/protéine.

Question 15

Pour les brins Beta, comment qualifier la position des chaines latérales ?

Answer 15

Elles sont en alternances par rapport au plan moyen.

Question 16

Qu’est-ce qu’un feuillet beta ?

Answer 16

Association de brins beta, avec CO du brin A et NH du brin B.

Question 17

qu’es-ce qui différencie les feuillets beta parallèle et antiparallèe ?

Answer 17

Quand c’est parallèle, les brins beta sont de polarités similaires. Si c’est antiparallèle, les polarités sont opposées.

Question 18

Quelle est la torsion pour les feuillets beta ?

Answer 18

de 0 à 30 degrés par résidu, elle est maximale

Question 19

Comment qualifier la chiralité des feuillets beta ?

Answer 19

Chiralité droite.

Question 20

Ou trouve-t-on les boucles ? En quels résidus sont-elles riches ?

Answer 20

On trouve des boucles à la surface des protéines, exposées au solvant.
Elles sont riches en résidus chargés et polaires.

Question 21

Quel est le rôle des boucles ?

Answer 21

Fonction de liaison entre les structures répétitives (chaines et feuillets)
Impliquées dans formation des sites de fixation, catalytiques.

Question 22

Qu’appelle-t-on un tournant ?

Answer 22

Il s’agit d’une boucle comportant moins de 7 acides aminés.

Question 23

Ou se fait la liaison hydrogène dans un tournant de n acides aminés, numérotés de i à i+m avec m=n-1 ?

Answer 23

Elle se fait entre le CO du résidu i et le NH du résidu i+m.

Question 24

De combien de résidus sont composés les tournants y ? beta ?

Answer 24

y : 3 résidus

beta : 4 résidus

Question 25

Quelles sont les deux boucles reliant deux brins ?

Answer 25

Hairpin et croisée.

Question 26

Qu’est-ce qu’un Beta bulge ?

Answer 26

C’est une petite structure secondaire non répétitive. Irrégularité dans un feuillet beta, formée par deux brins reliés entre eux par des liaisons H.

Question 27

Quels effets ont les beta-bulges sur les feuillets ?

Answer 27

Casse l’alternance des chaines latérales.
Accentue la torsion du feuillet.
Modifie la direction des brins adjacents.

Question 28

Pour les beta bulges classiques, ou se forment-ils ?

Answer 28

Entre deux liaisons hydrogènes proches de part et d’autre du carbone alpha du résidu X.

Question 29

Quelle est l’importance des beta bulges ?

Answer 29

Accomodation insertions et délétions dans un bin

Affectation parfois de la position de certains aa cruciaux –> rôle biologique