Cavarelli - structures super-secondaires et motifs structuraux Flashcards
Définir motif structural
Association récurrente de quelques éléments de structure secondaires avec un arrangement géométrique donné.
Donner 5 motifs structuraux.
Hélice-Boucle-Hélice Beta Hairpin Motif BetaAlphaBeta Jelly roll Clé grecque
Quelles sont les deux catégories principales d’hélice-boucle-hélice ?
Moif de reconnaissance spécifique ADN. “EF main” : site de fixation de Ca (parvalbumine)
Sous quel autre nom est appelé les Hélice-bouclehélice ?
HTH ou helix turn helix.
de combien de résidus environ se compose un HTH ?
Environ 20 résidus.
Quels sont les résidus conservés au sein d’un HTH ?
Gly est en position 1 du tournant. Le coeur est composé de résidus hydrophobes faisant un empilement d’hélices.
Généralement combien d’hélices composent le HTH ? entre quelles hélices y a-t-il le turn ?
3 hélices, turn entre 2 et 3.
Que hélice du HTH est l’hélice de reconnaissance qui fait les interactions avec le grand sillon ?
L’hélice H3.
Qu’est-ce que EF main ?
C’est une boucle de 12 résidus, dont les résidus polaires et hydrophobes sont conservés et impliqués dans la fixation d’ions Ca2+. La glycine est aussi invariante en position 6.
Qu’est-ce qu’une beta hairpin ?
Boucle reliant 2 brins antiparallèles, d’une longueur variant de 2 à 7 résidus en général.
BetaAlphaBeta = ?
En gros c’est quand une hélice se retrouve entre deux brins beta (ex des diagrammes topologiques)
Qu’appelle-t-on les méandres Beta ?
C’est les brins beta adjacents, antiparallèles (sans boucles croisées sur diagramme topologique donc)
Qu’est-ce que les clés Grecques ?
Qu’est-ce qu’un Jelly Roll ?
Tonneau à 8 brins parallèles.
Qu’appelle-t-on les coiled coil ?
En particulier dans les protéines fibreuses, c’est 2 ou 3 hélices enroulées entre elles en super-hélice. Osef si les hélices sont parallèles ou anti-parallèles. Peuvent constituer des domaines d’interactions protéine-protéine.
