Cavarelli - éléments de structure primaire

Question 1

Quel genre de fonctions exercées par les AA ? 4 exemples.

Answer 1

Catalyse
Transport/stockage
Défense
Régulation

Question 2

Combien de familles de repliements dénombre-t-on ?

Answer 2

1208

Question 3

Est-ce que on a un repliement = une fonction unique ?

Answer 3

Non, un repliement peut assurer plusieurs fonctions biologiques.

Question 4

Comment qualifier le Carbone Alpha des protéines ?

Answer 4

Il est asymétrique !

Question 5

Pour les protéines naturelles, sous quelles configuration se trouvent les AA (L ou D), sauf exception ?

Answer 5

En L !

Question 6

Donner un exemple d’AA en configuration D.

Answer 6

Dans les peptidoglycanes des bactéries, pour se défendre contre les protéases.

Question 7

Sous quelle condiguration R ou S se trouvent les AA en général ?

Answer 7

Configurations S au niveau du Carbone alpha, sauf pour la cystéine (R).

Question 8

Quels sont les AA hydrophobes ?

Answer 8

GAVLIWMPF

Question 9

Quels sont les AA chargés ?

Answer 9

DEK(H)R

Question 10

Quels sont les AA polaires ?

Answer 10

CYNSTQ

Question 11

Pour l’histidine quelles formes tautomériques peut-on retrouver ?

Answer 11

Le H peut se trouver à deux endroits différents sur le petit drapeau (et donc la double liaison). Peut aussi y avoir des protonations dfiférentes.

Question 12

Qu’est-ce que les modifications post-traductionnelles ?

Answer 12

il s’agit de modifications covalentes des acides aminés, réversibles, qui jouent un rôle régulateur essentiel dans certains proessus biologiques.

Question 13

Différenciers les structures primaires, secondaires, tertiaire et quaternaire.

Answer 13

Primaire : séquence d’AA.
Secondaire : disposition spatiale de la chaine principale d’un segment polypeptidique
Tertiaire : arrangement dans l’espace de tous les atomes d’une protéine
Structure quaternaire : arrangement de sous unités entre elles (si il y en a)

Question 14

A quelle autre liaison ressemble une liaison peptidique ?

Answer 14

Liaison double.

Question 15

Est-ce que la rotation autour d’une liaison peptidique est izi ?

Answer 15

Non, assez galère.

Question 16

Quelles sont les deux conformations planes préférentielles des liaisons peptidiques, et laquelle est favorable énergiquement ?

Answer 16

Trans et Cis. La trans est favorable énergiquement d’un facteur 1000, sauf si le résidu i+1 est proline.

Question 17

Quel % de liaisons cis a-t-on ? Exception ?

Answer 17

0,3% de liaisons peptidiques cis, sauf pour proline ou on en a 6%.

Question 18

En parlant de polarité comment peut on qualifier la liaison peptidique ?

Answer 18

Elle possède un moment dipolaire !

Question 19

Comment reconnaître le signe d’un angle de torsion déjà formé ?

Answer 19

– Si l’atome de devant est tourné dans le sens des aiguilles d’une
montre, l’angle est positif
– Si l’atome de devant est tourné dans le sens inverse des
aiguilles d’une montre, l’angle est négatif

Question 20

Par quel deux facteurs est déterminée de manière unique la structure 3D d’une protéine ?

Answer 20

Par la chimie de ses AA ainsi que les angles de torsion pour chaque acide mainé.

Question 21

Quels sont les angles de torsion qu’on peut trouver dans une chaine polypeptidique ?

Answer 21

• Pour chaque acide aminé i
• 3 angles de torsion fi yi wi
• Chaînes latérales ci1 ci2 ci3 …

Question 22

Quelles sont les restrictions influencant la flexibilité d’unechaine peptidique ?

Answer 22

Restrictions angulaires, encombrements stériques.
Interdépendances
Indépendance.

Question 23

Le diagramme de Ramachandran indique..

Answer 23

Les zones autorisées et interdites de chaque acide aminé, d’après la nature physico-chimique de la chaîne latérale.

Question 24

Quels acides aminés ont des diagrammes de Ramachandran particuliers ?

Answer 24

Glycine
Proline
PreProline

Question 25

Dans les Ramachandran quelle portion de l’espace est autorisée, dans les cas généraux ?

Answer 25

8 à 22%:

Question 26

Dans les Ramachandran quelle portion de l’espace est autorisée, dans le cas de la glycine ?

Answer 26

Environ 50%

Question 27

Le diagramme de Ramachandran a deux caractères distincts : quels sont-ils ?

Answer 27

1) Outil de prédiciton sans connaître la structure 3D

2) outil de validation si on connaît la structure 3d.

Question 28

Peut-on prédire la conformation des chaines latérales ?

Answer 28

Non, elles sont spécifiques à chaque protéine.

Question 29

Qu’observe-t-on au niveau des angles de torsion des chaînes latérales ?

Answer 29

Elles ont des conformations préférentielles.