Cavarelli - classification structurale et évolutive des protéines Flashcards
Qu’est-ce que les gènes orthologues ? Paralogues ?
Ortho : conservent la même fonction
Para : nouvelles fonctions généralement liées à l’ancienne
En quoi est-ce que c’est difficile de détecter les similarités de structure 3D ?
Il faut détecter un même arrangement de structures secondaires mais il y a des déformations : variabilité de taille, rotations, translations, modifications des boucles…
Quelles sont les relations étudiées pour fair ela comparaison des structures 3D de protéins homologues ?
La relation entre la divergence en séquence et la divergence en structure 3D.
A part l’humain, donner deux moyens de trouver des similarités entre les séquences.
SSM et VAST (logiciels).
Quel est le but de faire une classification structurale et évolutive des protéines ?
Rechercher, comprendre et expliquer en termes biologiques des similarités de structures 3D. Fonction prédictive.
Quelles sont les deux classifications principales ?
SCOPe “Structural Classification of Proteins”
CATH.
Quels sont les six “niveaux” de classification sur Scope ?
Niveau 0 : Fichiers PDB Niveau 1 : Domaines Niveau 2 : Familles Niveau 3 : Super-Familles Niveau 4 : Repliements Niveau 5 : Classes
Quelles sont les deux possibilités pour construire des familles ?
Domaines avec homologie de séquence significative (sup à 30%) et similarités de structures et fonction évidentes.
Domaines avec faible homologie de séquence mais forte similarité structurelle/fonctionelle.
Comment forme-t-on des super-familles ?
Familles avec faible homologie de séquence mais caracs structurales et fonctionnelles permetant de supposer un ancêtre commun.
Quels sont les 6 niveaux de classification de CATH ?
1 : Domaines
2 : Familles de séquences (similarité +35%)
3 : Superfamilles homologues
4 :Topologies (repliements)
5 : Architectures (arrangements de structures secondaires)
6 : Classes
