Cavarelli - protéines globulaires - grandes classes de repliements récurrents

Question 1

Quelles sont les trois grandes classes structurales de protéines ?

Answer 1

Globulaires
Fibreuses
Intrinsèquement désordonnées.

Question 2

Comment s’organisent les protéines globulaires ?

Answer 2

Ont un coeur hydrophobe et une surface hydrophile.

Question 3

Quelles fonctions ont généralement ces protéines globulaires ?

Answer 3

C’est généralement des agents dynamiques et mobiles (enzymes, messagers, etc)

Question 4

Est-ce que les protéines fibreuses sont solubles ou insolubles dans l’eau ?

Answer 4

Généralement insolubles.

Question 5

Quels rôles habituels pour les fibreuses ?

Answer 5

Rôle structurel et constitutif (résistance mécanique)

Question 6

Donner 3 protéines fibreuses connues.

Answer 6

Kératines, Collagènes et élastines.

Question 7

Quelles manières principales pour former un coeur hydrophobe?

Answer 7

Formation de sandwichs de structures secondaires

Formation de tonneaux de structures secondaires.

Question 8

Pourquoi est-ce que certaines protéines ont ce coeur hydrophobe ?

Answer 8

En gros, le regroupement des acides aminés hydrophobes dans le coeur de la protéine permet de minimiser la perte d’entropie globale du système lors de la solvatation.

Question 9

Quels sont les trois états principaux structurels qu’on peut observer ?

Answer 9

Structuré et ordonné
Désordonné - Random Coil
Partiellement structuré - Molten Globule

Question 10

Par quoi se caractérise l’état ordonné ? (structure 3d, conformations, désordres ?)

Answer 10

• Structure 3D bien définie, avec les secondaires bien identifiées, et interactions tertiaires, flexible et dynamique.
• Différentes conformations possibles avec de variations majeures.
• Possibilité de désordres locaux

Question 11

De quoi est capable l’état ordonné qui permet de faciliter les réactions biologiques ?

Answer 11

Il peut s’adapter et générer de complémentarités de forme, volume, surface et charge. (ex : clé et serrure)

Question 12

Environ combien de protéines dénombre-on dans la PDB ?

Answer 12

Environ 100 000.

Question 13

Définir domaine protéique

Answer 13

Région structuralement indépendante et compacte.

Question 14

Quel pourcentage représentent les protéines multi-domaines ?

Answer 14

Environ de 40 à 65% des protéines des protéomes procaryotes et de 40 à 80% des eucaryotes.

Question 15

Qu’est-ce qu’un repliement ?

Answer 15

Association de structures secondaires de même type avec un même arangement.

Question 16

Qu’est-ce qu’un super-repliement ?

Answer 16

Repliement commun à au moins trois familles de protéines non homologue : on en trouve 10 principaux.

Question 17

Comment se constitue un repliement de type globine ?

Answer 17

8 hélices de longueurs variables enroulées avec des directions différentes autour du coeur.

Question 18

Qu’est-ce qui est très conservé au niveau structurel chez les protéines ?

Answer 18

Il s’agit de la structure 3D : même avec des homologies faibles, la structure et fonction sont conservées.

Question 19

Que cause les substi/inser/dél en séquences avec conservation d’une même fonction par un même repliements ?

Answer 19

Conservation des éléments de structure secondaires principaux
Variation en longueur des éléments de structures secondaires.
Variation en longueur et conformation des boucles

Question 20

Donner un exemple d’une maladie causée par une mutation ponctuelle ?

Answer 20

Drépanocytose : mutation ponctuelle d’une SU beta.

Question 21

La classe alpha : combien de repliements, quels sont les domaines récurrents ?

Answer 21

286 repliements (23,7%)
Les domaines récurrents sont les 4-helix-bundle et les repliements globines.

Question 22

La classe beta: combien de repliements, quels sont les structure s récurrentes ? Quels feuillets majoritaires (para ou anti) ?

Answer 22

176 repliements (14,6%)
Sandwichs et tonneaux récurrents. Les feuillets sont en majorités antiparallèles.

Question 23

Quels repliements caractéristiques appartiennent à la classe beta ?

Answer 23

Tonneau haut et bas
Jelly Roll
Clé grecque
Hélices beta
IG fold

Question 24

Quelles sont les 2 catégories d’hélices en brins beta ?

Answer 24

3 brins beta/tour et 2 brins beta/tour

Question 25

Quelles sont les caracs (résidus/brins, tournants angle, boucles) des hélices beta ?

Answer 25

3 à 5 résidus par brins
Tournant à 120°
2 boucles de longueur et conf variables.

Question 26

Quels sont les domaines des repliements Ig ?

Answer 26

4 domaines : les deux chaines lourdes et les deux légères.

Question 27

Comment sont associés les domaines variables des Ig ?

Answer 27

Par une association en tonneau.

Question 28

La classe alpha/beta : combien de repliements ? Structure principale ? Sous classes ?

Answer 28

148 repliements (12,3%)
Feuillet beta central parallèle ou mixte, entouré d'hélices est caractéristique de la classe.
2 sous classes : tonneaux et feuillet central parallèle entouré d'hélice.

Question 29

De quels acides aminés sont riches les coeurs hydrophobes ?

Answer 29

Des acides aminés Val, Ile et Leu.

Question 30

Quelles sont les fonctions exercées par un TIM barrel topology ?

Answer 30

Isomération des petits sucres
transfert de phosphate
Dégradations de sucres.

Question 31

De quel type d’évolution sont issus les TIM barrel ?

Answer 31

D’une évolution convergente : pas d’ancêtre commun trouvé.

Question 32

Quel type de récepteurs abrite des structures en tonneau ouvert ?

Answer 32

Les toll-like récepteurs

Question 33

Est-ce que on observe des tonneaux fermés ?

Answer 33

Non, ça nécessite un nombre trop important de brins.

Question 34

Quelle particularité (vis à vis des ligands) structurales ont les feuillets central parallèle ouverts, entourés d’hélices ?

Answer 34

Formation d’une crevasse constituant un site de fixation des ligands.

Question 35

Classe alpha+beta : combien de repliements, quelles structures particulières ?

Answer 35

381 repliements, soit 31,5%.

Structures avec surtout feuillet beta antiparallèle, accompagnée d’une région alpha.

Question 36

Quelles sont les deux grandes sous-classes de la classe alpha+beta ?

Answer 36

Sandwich alpha-beta

Roll alpha-beta.

Question 37

Quelles caracs du sandwich alpha beta ?

Answer 37

Hélices alpha avec feuillets beta formant une ou plusieurs couches avec des motifs de construction récurrents.

Question 38

Quelles caracs du roll alpha beta ?

Answer 38

1 ou + hélices alpha bercées dan sun feuillet bêta arborant une grosse courbure.