Caractérisation et classification des microorganismes Flashcards
Vrai ou faux. La taxonomie est une hiérarchie non chevauchante.
Vrai. Un organisme fait partie d’un seul taxon, à un niveau donné de la hiérarchie.
Qu’est-ce qui caractérise la hiérarchie des taxons?
La proportion des caractères communs.
Nomme, en ordre décroissant, les catégories de la hiérarchie des taxons (du plus général au plus précis). (7)
- Espèce
- Genre
- Famille
- Ordre
- Classe
- Embranchement
- Domaine
Quel est le taxon de base?
L’espèce.
Vrai ou faux. L’espèce est le groupe le plus hétérogène. Il contient peu de caractéristiques communes.
Faux. Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques. Groupe homogène différent des autres groupes adjacents.
Quelle catégorie de la hiérarchie des taxons regroupe les espèces apparentées?
Le genre.
Quels sont les 3 volets de la taxonomie?
- L’identification (description et caractérisation)
- La nomenclature (noms)
- La classification (systématique) (arrangements des groupes et relations inter-groupes (ancêtres communs))
Qu’est-ce qu’une culture pure?
Culture de microorganismes dont tous les individus ont les mêmes caractéristiques.
Qu’est-ce que des souches (isolats)?
Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture pure.
Qu’est-ce qu’une espèce?
Groupes de souches dont les caractéristiques sont presqu’identiques (environ 10% sont des caractéristiques propres).
Qu’est-ce qu’une souche-type?
Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce.
Vrai ou faux. La souche-type est souvent la première référence pour identifier un microorganisme.
Vrai.
Vrai ou faux. Une espèce est un groupe de souches.
Vrai.
Quels sont les deux centres de références pour la taxonomie?
- ATCC (américan type and culture collection)
- NTCC (national type and culture collection)
Quel est le préalable à l’identification dans la hiérarchie des taxons?
Une culture pure.
Quels sont les 8 types de caractère pour permettre l’identification?
- Morphologique (taille, forme, arrangements, structures cellulaires / endospores, réaction aux colorants)
- La composition biochimique (membrane, paroi cellulaire)
- Physiologique (exigences nutritionnelles, conditions d’incubation)
- Métabolique (produit finaux de la fermentation, enzymes extracellulaires)
- Génétique (composition CG, nombre de chromosomes, plasmide (taille, nombres, gènes plasmidiques))
- Les interactions avec l’hôte (pathogénicité/virulence, provoquer une maladie, symbiose)
- Écologique (habitats, niche écologique, rôle dans les cycles de la matière)
- Moléculaire (comparaison de séquences, hybridations ADN-ADN)
Comment étudier les types de caractères morphologique?
Grâce à un microscope.
Comment l’étude de la composition biologique peut nous aider à identifier un organisme?
La composition des membranes ou des parois cellulaires permettent de différencier les organismes apparentés.
Comment peut-on différencier les différentes membranes (identification)?
Selon la composition en lipides et alcools.
Comment peut-on différencier les différentes parois cellulaires (identification)?
Selon la composition en polysaccharides et protéines.
Quelle est la composition de la paroi des eubactéries?
La paroi est composée de peptidoglycanes.
Quelle est la composition de la paroi des archaebactéries?
La paroi est composée de pseudomuréine.
Quelle est la composition de la paroi des mycètes ou des algues?
La paroi est composée de cellulose.
Quelles sont les exigences nutritionnelles?
- Source de carbone (autotrophe ou hétérotrophe)
- Facteurs de croissances (vitamines, acides aminés, purines et pyrimidines)
Quelles sont les différentes conditions d’incubation?
- La température
- La présence ou l’absence d’O2
- La source de lumière
Quelles sont les différentes enzymes extracellulaires?
- Les protéases
- Les exotoxines
- Les hémolysines
Comment l’étude des caractères génétiques peut nous aider à identifier un certain organisme? (4)
- La composition en % G+C nous indique s’il faut fournir plus de chaleur pour pouvoir dissocier les deux brins d’ADN bicaténaire (plus le % est élevé, plus il faut de chaleur), reflète indirectement la séquence de bases.
- Densité optique obtenue à l’aide d’un spectrophotomètre nous permet de mesurer la dissociation.
- Tableaux % G+C : valeurs typiques de l’espèce, mais pas exclusive, valeurs intra-genres = très similaires.
- Nombre de chromosomes (eucaryotes) et plasmides.
Comment peut-on comparer les séquences (identification)? (5)
En observant:
- Les gènes conservés
- Les protéines conservées
- Les séquences signatures (analyses bio-informatiques)
- L’homologie des séquences (savoir si deux organismes sont apparentés)
- L’hybridation ADN-ADN (Permet de voir les complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques, déterminer des parentés génétiques.)
Quelles sont les étapes de l’hybridation ADN-ADN?
- Marquage radioactif de l’ADN d’une des deux espèces
- Chauffage des deux ADN (séparation des brins)
- Refroidissement (permet l’hybridation)
Comment peut-on identifier une espèce?
En faisant une compilation des caractères et en les comparant avec des espèces connues (manuels d’identification, sites internet…).
Dans quelles conditions peut-on attribuer un nom à une espèce?
Si une nouvelle espèce est identifiée. Il est nécessaire d’avoir un nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces connus.
Qui permet l’attribution des noms dans la nomenclature des organismes?
Comité international de systématique des procaryotes/microorganismes eucaryotes.
Qui a inventé la nomenclature linnéenne présente chez tous les organismes?
Carl Von Linné.
La nomenclature est _______, et on l’écrit en italique (ordinateur) ou on souligne à l’écrit.
Binomiale.
Quelles catégories nomme-t-on en premier lors de la nomenclature? Comment l’écrit-on?
Le genre et le descriptif de l’organisme. La première lettre du nom doit être en majuscule. Le nom doit être en latin ou en grecque.
Quelle catégorie nomme-t-on en deuxième lors de la nomenclature? Comment l’écrit-on?
L’espèce et le descriptif de l’organisme. La première lettre doit être en minuscule. Le nom doit être en latin ou en grecque.
Donner deux exemple de nom d’espèce.
- Mycobacterium tuberculosis
- Pyrococcus abyssi
Comment classifie-t-on les organismes? (2)
- Selon les caractères communs
- Selon les liens évolutifs
Quelles sont les types de classification? (5)
- Naturelle
- Phénétique
- Numérique
- Phylogénétique
- Polyphasique
Qu’est-ce que la classification naturelle?
La nature biologique des organismes (anatomie, morphologie).
Qu’est-ce que la classification phénétique?
Les similarités des caractères phénotypiques (morphologie, métabolisme, génétique).
Qu’est-ce que la classification numérique?
Comparaison de plusieurs organismes basée sur une quantification.
Comment est représentée la classification numérique?
À l’aide de dendrogrammes (arbre).
Quelle est la limite de la classification numérique?
La pondération des caractères : uniforme, on ne tient pas compte de la pertinence biologique.
Qu’est-ce que la phylogénétique? (2)
- Tenter d’établir les relations évolutives probables (ancêtres communs, comparaison d’espèces distantes, fossiles utiles rares).
- Comparaison de séquences de gènes/protéines conservés (ce qui est conserver est nécessaire à la fonction).
Vrai ou faux. Les mutations conservées au niveau des gènes sont des mutations ayant un effet neutre ou positif.
Vrai.
Vrai ou faux. Sur les régions qui varient entre les générations, les mutations altèrent la fonction et le nombre de différences n’est pas proportionnel aux temps depuis la divergence d’un ancêtre.
Faux. Les mutation n’altèrent pas la fonction et le nombre de différences est proportionnel au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun.
Sur un dendrogramme, qu’indique les nœuds (points de rencontre)?
Ils indiquent des événements de divergence (des mutations).
Sur un dendrogramme, qu’indique la longueurs des brances?
La longueur des branches indique la vitesse d’évolution.
Comment procède-t-on pour comparer en classification phylogénétique?
Par analyses bio-informatiques.
Qu’est-ce la classification polyphasique?
Une image plus globale de la classification. Utilisation des informations phénétiques et phylogénétiques.
Quelles sont les avantages de la classification polyphasique?
- Classification plus complète
- Remaniements continus
Quelle est le désavantage de la classification polyphasique?
-Ré-évaluation de la notion d’espèce : le pourcentage d’identité des séquences génomiques sont élevés (99% entre les bohobos, les chimpanzés et les humains).
Qui classifiait les organismes en 2 règnes ; animaux et plantes, selon l’anatomie?
Linnaeus.
Comment Haeckel classifiait les organismes?
En 3 règnes ; les animaux, les plantes et les protistes (bactéries, levures, protozoaires, algues).
Comment Whittaker classifiait les organismes?
En 5 règnes, selon la nutrition et l’organisation cellulaire (photosynthèse, absorption, ingestion, noyau vs pas de noyau, unicellulaires vs pluricellulaires) et une évolution originelle unidirectionnelle.
Qui classifiait les organismes en 3 domaines ; Eucarya, bactéria et archaea, avec une approche phylogénétique/ARNr, selon des voies évolutives divergentes?
Woese.
Quel est l’ancêtre commun des 3 domaines de la classification selon Woese?
LUCA.
Vrai ou faux. La classification selon Woese est celle d’aujourd’hui et a été vérifié par des études biochimiques.
Vrai.
Vrai ou faux. Les mitochondries et les chloroplastes ont leur propre matériel génétique.
Vrai.
Quelles sont les caractéristiques des mitochondries et des chloroplastes? (3)
- Organites autoréplicatives
- Chromosomes circulaires et uniques
- Gènes ARNr apparentés aux eubactéries
Quelle théorie découle des mitochondries et des chloroplastes?
La théorie de l’endosymbiose.
Qu’est-ce que la théorie de l’endosymbiose?
- La cellule ingère quelque chose
2. Digestion ou non de cette dite chose (si pas de digestion, établissement dans le cytoplasme)
Vrai ou faux. Les mitochondries sont des descendants des bactéries.
Vrai.
Quel est l’ancêtre commun des bactéries et des mitochondries?
Rickettsia.
Vrai ou faux. Les chloroplastes sont des descendants des cyanobactéries.
Vrai.
Quel est l’ancêtre commun des cyanobactéries et des chloroplastes?
Prochloron.
