Caractérisation et classification des microorganismes

Question 1

Vrai ou faux. La taxonomie est une hiérarchie non chevauchante.

Answer 1

Vrai. Un organisme fait partie d’un seul taxon, à un niveau donné de la hiérarchie.

Question 2

Qu’est-ce qui caractérise la hiérarchie des taxons?

Answer 2

La proportion des caractères communs.

Question 3

Nomme, en ordre décroissant, les catégories de la hiérarchie des taxons (du plus général au plus précis). (7)

Answer 3

• Espèce
• Genre
• Famille
• Ordre
• Classe
• Embranchement
• Domaine

Question 4

Quel est le taxon de base?

Answer 4

L’espèce.

Question 5

Vrai ou faux. L’espèce est le groupe le plus hétérogène. Il contient peu de caractéristiques communes.

Answer 5

Faux. Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques. Groupe homogène différent des autres groupes adjacents.

Question 6

Quelle catégorie de la hiérarchie des taxons regroupe les espèces apparentées?

Answer 6

Le genre.

Question 7

Quels sont les 3 volets de la taxonomie?

Answer 7

• L’identification (description et caractérisation)
• La nomenclature (noms)
• La classification (systématique) (arrangements des groupes et relations inter-groupes (ancêtres communs))

Question 8

Qu’est-ce qu’une culture pure?

Answer 8

Culture de microorganismes dont tous les individus ont les mêmes caractéristiques.

Question 9

Qu’est-ce que des souches (isolats)?

Answer 9

Tous les descendants (sous-cultures) d’une culture pure.

Question 10

Qu’est-ce qu’une espèce?

Answer 10

Groupes de souches dont les caractéristiques sont presqu’identiques (environ 10% sont des caractéristiques propres).

Question 11

Qu’est-ce qu’une souche-type?

Answer 11

Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce.

Question 12

Vrai ou faux. La souche-type est souvent la première référence pour identifier un microorganisme.

Answer 12

Vrai.

Question 13

Vrai ou faux. Une espèce est un groupe de souches.

Answer 13

Vrai.

Question 14

Quels sont les deux centres de références pour la taxonomie?

Answer 14

• ATCC (américan type and culture collection)

- NTCC (national type and culture collection)

Question 15

Quel est le préalable à l’identification dans la hiérarchie des taxons?

Answer 15

Une culture pure.

Question 16

Quels sont les 8 types de caractère pour permettre l’identification?

Answer 16

• Morphologique (taille, forme, arrangements, structures cellulaires / endospores, réaction aux colorants)
• La composition biochimique (membrane, paroi cellulaire)
• Physiologique (exigences nutritionnelles, conditions d’incubation)
• Métabolique (produit finaux de la fermentation, enzymes extracellulaires)
• Génétique (composition CG, nombre de chromosomes, plasmide (taille, nombres, gènes plasmidiques))
• Les interactions avec l’hôte (pathogénicité/virulence, provoquer une maladie, symbiose)
• Écologique (habitats, niche écologique, rôle dans les cycles de la matière)
• Moléculaire (comparaison de séquences, hybridations ADN-ADN)

Question 17

Comment étudier les types de caractères morphologique?

Answer 17

Grâce à un microscope.

Question 18

Comment l’étude de la composition biologique peut nous aider à identifier un organisme?

Answer 18

La composition des membranes ou des parois cellulaires permettent de différencier les organismes apparentés.

Question 19

Comment peut-on différencier les différentes membranes (identification)?

Answer 19

Selon la composition en lipides et alcools.

Question 20

Comment peut-on différencier les différentes parois cellulaires (identification)?

Answer 20

Selon la composition en polysaccharides et protéines.

Question 21

Quelle est la composition de la paroi des eubactéries?

Answer 21

La paroi est composée de peptidoglycanes.

Question 22

Quelle est la composition de la paroi des archaebactéries?

Answer 22

La paroi est composée de pseudomuréine.

Question 23

Quelle est la composition de la paroi des mycètes ou des algues?

Answer 23

La paroi est composée de cellulose.

Question 24

Quelles sont les exigences nutritionnelles?

Answer 24

• Source de carbone (autotrophe ou hétérotrophe)

- Facteurs de croissances (vitamines, acides aminés, purines et pyrimidines)

Question 25

Quelles sont les différentes conditions d'incubation?

Answer 25

- La température - La présence ou l'absence d'O2 - La source de lumière

Question 26

Quelles sont les différentes enzymes extracellulaires?

Answer 26

- Les protéases - Les exotoxines - Les hémolysines

Question 27

Comment l'étude des caractères génétiques peut nous aider à identifier un certain organisme? (4)

Answer 27

- La composition en % G+C nous indique s'il faut fournir plus de chaleur pour pouvoir dissocier les deux brins d'ADN bicaténaire (plus le % est élevé, plus il faut de chaleur), reflète indirectement la séquence de bases. - Densité optique obtenue à l'aide d'un spectrophotomètre nous permet de mesurer la dissociation. - Tableaux % G+C : valeurs typiques de l'espèce, mais pas exclusive, valeurs intra-genres = très similaires. - Nombre de chromosomes (eucaryotes) et plasmides.

Question 28

Comment peut-on comparer les séquences (identification)? (5)

Answer 28

En observant: - Les gènes conservés - Les protéines conservées - Les séquences signatures (analyses bio-informatiques) - L'homologie des séquences (savoir si deux organismes sont apparentés) - L'hybridation ADN-ADN (Permet de voir les complémentarité des séquences d'ADN chromosomiques, déterminer des parentés génétiques.)

Question 29

Quelles sont les étapes de l'hybridation ADN-ADN?

Answer 29

1. Marquage radioactif de l'ADN d'une des deux espèces 2. Chauffage des deux ADN (séparation des brins) 3. Refroidissement (permet l'hybridation)

Question 30

Comment peut-on identifier une espèce?

Answer 30

En faisant une compilation des caractères et en les comparant avec des espèces connues (manuels d'identification, sites internet...).

Question 31

Dans quelles conditions peut-on attribuer un nom à une espèce?

Answer 31

Si une nouvelle espèce est identifiée. Il est nécessaire d'avoir un nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces connus.

Question 32

Qui permet l'attribution des noms dans la nomenclature des organismes?

Answer 32

Comité international de systématique des procaryotes/microorganismes eucaryotes.

Question 33

Qui a inventé la nomenclature linnéenne présente chez tous les organismes?

Answer 33

Carl Von Linné.

Question 34

La nomenclature est _______, et on l'écrit en italique (ordinateur) ou on souligne à l'écrit.

Answer 34

Binomiale.

Question 35

Quelles catégories nomme-t-on en premier lors de la nomenclature? Comment l'écrit-on?

Answer 35

Le genre et le descriptif de l'organisme. La première lettre du nom doit être en majuscule. Le nom doit être en latin ou en grecque.

Question 36

Quelle catégorie nomme-t-on en deuxième lors de la nomenclature? Comment l'écrit-on?

Answer 36

L'espèce et le descriptif de l'organisme. La première lettre doit être en minuscule. Le nom doit être en latin ou en grecque.

Question 37

Donner deux exemple de nom d'espèce.

Answer 37

- Mycobacterium tuberculosis | - Pyrococcus abyssi

Question 38

Comment classifie-t-on les organismes? (2)

Answer 38

- Selon les caractères communs | - Selon les liens évolutifs

Question 39

Quelles sont les types de classification? (5)

Answer 39

- Naturelle - Phénétique - Numérique - Phylogénétique - Polyphasique

Question 40

Qu'est-ce que la classification naturelle?

Answer 40

La nature biologique des organismes (anatomie, morphologie).

Question 41

Qu'est-ce que la classification phénétique?

Answer 41

Les similarités des caractères phénotypiques (morphologie, métabolisme, génétique).

Question 42

Qu'est-ce que la classification numérique?

Answer 42

Comparaison de plusieurs organismes basée sur une quantification.

Question 43

Comment est représentée la classification numérique?

Answer 43

À l'aide de dendrogrammes (arbre).

Question 44

Quelle est la limite de la classification numérique?

Answer 44

La pondération des caractères : uniforme, on ne tient pas compte de la pertinence biologique.

Question 45

Qu'est-ce que la phylogénétique? (2)

Answer 45

- Tenter d'établir les relations évolutives probables (ancêtres communs, comparaison d'espèces distantes, fossiles utiles rares). - Comparaison de séquences de gènes/protéines conservés (ce qui est conserver est nécessaire à la fonction).

Question 46

Vrai ou faux. Les mutations conservées au niveau des gènes sont des mutations ayant un effet neutre ou positif.

Answer 46

Vrai.

Question 47

Vrai ou faux. Sur les régions qui varient entre les générations, les mutations altèrent la fonction et le nombre de différences n'est pas proportionnel aux temps depuis la divergence d'un ancêtre.

Answer 47

Faux. Les mutation n'altèrent pas la fonction et le nombre de différences est proportionnel au temps depuis la divergence d'un ancêtre commun.

Question 48

Sur un dendrogramme, qu'indique les nœuds (points de rencontre)?

Answer 48

Ils indiquent des événements de divergence (des mutations).

Question 49

Sur un dendrogramme, qu'indique la longueurs des brances?

Answer 49

La longueur des branches indique la vitesse d'évolution.

Question 50

Comment procède-t-on pour comparer en classification phylogénétique?

Answer 50

Par analyses bio-informatiques.

Question 51

Qu'est-ce la classification polyphasique?

Answer 51

Une image plus globale de la classification. Utilisation des informations phénétiques et phylogénétiques.

Question 52

Quelles sont les avantages de la classification polyphasique?

Answer 52

- Classification plus complète | - Remaniements continus

Question 53

Quelle est le désavantage de la classification polyphasique?

Answer 53

-Ré-évaluation de la notion d'espèce : le pourcentage d'identité des séquences génomiques sont élevés (99% entre les bohobos, les chimpanzés et les humains).

Question 54

Qui classifiait les organismes en 2 règnes ; animaux et plantes, selon l'anatomie?

Answer 54

Linnaeus.

Question 55

Comment Haeckel classifiait les organismes?

Answer 55

En 3 règnes ; les animaux, les plantes et les protistes (bactéries, levures, protozoaires, algues).

Question 56

Comment Whittaker classifiait les organismes?

Answer 56

En 5 règnes, selon la nutrition et l'organisation cellulaire (photosynthèse, absorption, ingestion, noyau vs pas de noyau, unicellulaires vs pluricellulaires) et une évolution originelle unidirectionnelle.

Question 57

Qui classifiait les organismes en 3 domaines ; Eucarya, bactéria et archaea, avec une approche phylogénétique/ARNr, selon des voies évolutives divergentes?

Answer 57

Woese.

Question 58

Quel est l'ancêtre commun des 3 domaines de la classification selon Woese?

Answer 58

LUCA.

Question 59

Vrai ou faux. La classification selon Woese est celle d'aujourd'hui et a été vérifié par des études biochimiques.

Answer 59

Vrai.

Question 60

Vrai ou faux. Les mitochondries et les chloroplastes ont leur propre matériel génétique.

Answer 60

Vrai.

Question 61

Quelles sont les caractéristiques des mitochondries et des chloroplastes? (3)

Answer 61

- Organites autoréplicatives - Chromosomes circulaires et uniques - Gènes ARNr apparentés aux eubactéries

Question 62

Quelle théorie découle des mitochondries et des chloroplastes?

Answer 62

La théorie de l'endosymbiose.

Question 63

Qu'est-ce que la théorie de l'endosymbiose?

Answer 63

1. La cellule ingère quelque chose | 2. Digestion ou non de cette dite chose (si pas de digestion, établissement dans le cytoplasme)

Question 64

Vrai ou faux. Les mitochondries sont des descendants des bactéries.

Answer 64

Vrai.

Question 65

Quel est l'ancêtre commun des bactéries et des mitochondries?

Answer 65

Rickettsia.

Question 66

Vrai ou faux. Les chloroplastes sont des descendants des cyanobactéries.

Answer 66

Vrai.

Question 67

Quel est l'ancêtre commun des cyanobactéries et des chloroplastes?

Answer 67

Prochloron.