BM16 2) Exemples de la régulation transcriptionnelle Flashcards
Comme dit tantôt, BM16 c’est juste bactéries
oui je sais
Que régule l’opéron lactose?
le métabolisme du lactose chez E.coli
Quand l’opéron lactose est-il fortement activé?
quand la concentration en lactose est +++ et la concentration glucose —
Quel est le nom de la protéine activatrice de l’opéron lactose?
CAP (aussi appelé CRP)
Quel est le nom du répresseur de l’opéron lactose?
REP-Lac
Le promoteur de l’opéron lac possède-t-il un élément up?
non
Est-ce que la séquence du promoteur de l’opéron lac est conservée?
non
Que peut-on conclure du fait que: le promoteur de l’opéron lac ne possède pas d’élément up et que la séquence du promoteur de l’opéron lac n’est pas conservée?
Même sans inhibiteur, l’ARN polymérase se lie mal à son promoteur. (Expression basale de l’opéron Lac)
Que fait CAP pour l’opéron lactose?
Recrute l’ARN polymérase à son promoteur car en plus de se lier à son site ADN, il se lie également à l’ARN polymérase
à quelle partie de l’ARN polymérase CAP peut se lier? (opéron lactose)
au domaine carboxy-terminal de l’hélice alpha (alphaCTD) bien sur!!!!
Comment REP-Lac empêche l’ARN polymérase de se lier à son promoteur de l’opéron lactose?
Son site de liaison, l’opérateur lac, recouvre partiellement le promoteur
Quel est le mécanisme de la liaison de CAP?
1) les homodimères se lient à des sites qui présentent des séquences répétées et inversées
2) Chacun des 2 monomères forme un motif «Hélice alpha -Coude - hélice alpha» qui se lie à un «1/2 site» symétriquement par rapport au centre du site de liaison
3) Chacun des deux hélices de reconnaissance se loge dans le sillon Majeur= taille d’une hélice alpha
4) Les contacts entre les hélices R de CAP et le sommet des bases de son site de liaison se font par liaison hydrogènes (Ponts H). L’Hélice S interagit avec l’exosquelette de l’ADN pour stabiliser l’hélice R.
Quel est le mécanisme de la liaison de REP-Lac?
Rep-Lac est un tétramère qui peut se lier à 2 opérateurs de l’opéron lac (il en existe 3)
chacune des 2 liaisons utilise 2 monomères.
D’où provient l’allolactose?
du lactose transformé par la beta-galactosidase
Comment la transformation du lactose transformée en allolactose est-elle possible en l’absence de CAP?
L’ARN polymérase gagne parfois la compétition contre REP-Lac ce qui permet une expression résiduelle de l’opéron lac et assure une synthèse minimale de beta-galactosidase
Comment REP-Lac est régulé par l’allolactose?
L’allolactose se lie à REP-Lac et change sa conformation
Que diminue le glucose?
la concentration de l’AMP cyclique
Quel effet à l’AMPC sur CAP?
un effet allostérique en l’absence de glucose, le permettant de se lier à son site ADN.
Quand il y a beaucoup de glucose, y a-t-il beaucoup d’AMPC? que se passe-t-il dans la régulation de REP-Lac et CAP?
Pas d’AMPc donc CAP ne peut pas se lier donc Rep-Lac gagne en majorité mais il y a tout de même une expression résiduelle de l’opéron lactose
Quand il y a beaucoup de glucose et beaucoup de lactose, kossé ki se posse?
L’ARN-pol se fixe mal. il y a donc expression basale.
De l’allolactose. Celui-ci inhibe Rep-Lac
Qu,arrive-t-il losrqu’il n’y a plus de glucose et bcp de lactose?
Beaucoup d’allolactose donc inactivation de Rep-Lac
Pas de glucose= beaucoup d’AMPc.
AMPc active CAP
CAP active ARN-pol
Forte expression de beta-galactosidase et autres shits
Qu’arrive-t-il lorsque la concentration cellulaire du facteur de choc thermique sigma-32 augmente (lorsque la bactérie est stressée)
Il remplace le facteur sigma 70 de nombreuses ARN-Pol.
Elles vont reconnaître les promoteurs de gènes de protection contre les chocs thermiques et activer leur transcription
Expliquez la cascade de régulation lors de l’infection par un phage.
Phage SPO1 infecte B. subtilis pour se multiplier jusqu’à lyser sa cellule hôte.
Oblige l’ARN-pol bactérienne à transcrire les gènes du phage dans un ordre précis= succession de différents facteurs sigma
Que sont NtrC et MerR?
Activent une polymérase déjà fixée à un promoteur mais inactive en provoquant un changement de conformation de l’ARN polymérase. Activent directement (NtrC) ou indirectement (MerR) l’isomérisation de l’ARN polymérase
Que fait NtrC au gène gIna (gina)?
Ntrc provoque l’isomérisation de l’ARN polymérase liée au promoteur de gInA -> transition du complexe fermé à ouvert
Quel est le mécanisme de Ntrc pour le gène gIna?
1) le dimère NtrC se lie à l’ADN 150 pb en amont du promoteur du gène gIna lorsque la concentration en azote est faible
2) NtrC a un site d’activation qui exerce son activité ATPase sur l’ARN polymérase
le changement conformationnel «complexe fermé-ouvert» est induit par 1-2
Que fait MerR?
active la transcription en tordant la sequence promotrice du gene merT
De combine de paires de bases sont séparées les sequences -35 et -10 suite à l’activité de MerR?
19 pb au lieu de 15-17
Quelle est la consequence de la torsion que fait MerR?
le facteur sigma70 de l’ARN-polymérase ne peut ni reconnaître ni se lier correctement au promoteur, mais ily a une rotation d’1/4 de tour entre les sequences -35 et -10
Que fait MerR en absence de mercure?
Il se lie au promoteur et bloque sa torsion. L’ARN polymerase est également liée symétriquement
Que fait MerR en presence de mercure?
MerR-Hg change de conformation et induit une torsion d’1/4 de tour pour permettre à sigma70 d’être en contact avec la sequence -10
Quand est active le promoteur de l’opéron araBAD?
En presence d’arabinose si absence de glucose
Par quoi est active araBAD?
AraC et CAP
Que fait le dimère AraC en presence d’arabinose?
se complexe avec l’arabinose, change de configuration et peut se lier à l’ADN aux sites ara I1 et ara I2 adjacent à la region promotrice
Où se lie CAP que fait-il ? (pour araBAD)
en amon des sites ara I1 et ara I2 et participe à l’activation de la transcription
Que fait araC en absence d’arabinose?
il adopte une autre configuration spatiale ayant plus d’affinité aux sites ara I1 et ara O2 (ici O indice 2 comme l’oxygene yo)
