Biochimie exam 3 Flashcards
Quels sont les 3 phases du cycle de krebs
- entrée du pyruvate dans la mitochondrie
- décarboxylation du pyruvate dans la mitochondrie
- oxydation du citrate
Quel est le bilan énergétique du cycle de kreb
- 6 NADH
- 2 FADH ou QH2
- 2 ATP
Où se produit le cycle de krebs
Matrice mitochondriale
Quel sont les déchet métabolique du cycle de krebs
- H2O
- CO2
Comment s’apelle le transporteur qui permet de faire passer le pyruvate de l’espace intermembranaire de la mitochondrie à la matrice mitochondriale
Translocase du pyruvate
Comment est-ce-que le pyruvate entre-t-il dans l’espace intermembranaire de la mitochondrie
par une porine en transport passif
Vrai ou faux
L’espace intermembranaire est chargé négativement
Faux, positifement
Combien y-a-t’il de d’enzyme et de coenzyme dans le complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase
- 3 enzymes
- 5 co-enzymes
Quel est l’avantage du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase
produit ne diffusent pas dans le millieu mais subissent la catalyse de l’enzyme suivant
Quel est le désavantage du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase
pas de diffusion des intermédiaire
Quel sont les 3 enzymes du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase
- Pyruvate décarboxylase
- Dihydrolipoyl transacetylase
- Dihydrolipoyl dehydrogenase
Quels sont les 5 co-enzymes du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase
- Thiamine pyrophosphate
- Co-enzyme A
- FAD
- NAD
- Acide lipoic
Comment d’ATP peut être créé grâce au cycle de krebs d’un acétyl-CoA
12 ATP
Vrai ou Faux
le cycle de krebs ne nécessite pas d’O2 pour fonctionner
Faux
Quels sont les étape pour passer du pyruvate à l’acétyl-CoA
pyruvate -> hydroxyéthyl TPP -> groupe hydroéthyl + acide lipoïque -> Acétyl-CoA
Quel enzyme fait la réaction pyruvate -> hydroxyéthyl TPP
Pyruvate décarboxylase
Quel enzyme fait la réaction hydroxyéthyl TPP -> groupe hydroéthyl + acide lipoïque
Dihydroliposyl transacétylase
Quel enzyme fait la réaction groupe hydroéthyl + acide lipoïque -> Acétyl-CoA
Dihydroliposyl déhydrogénase
Quel molécule inhibe la pyruvate déhydrogénase
- NAD+
- CoA-SH
Quel molécule active la pyruvate déhydrogénase
- Acétyl-CoA
- NADH
Quel enzyme fait la réaction pyruvate déhydrogénase -> PDH-P
PDH kinase
Quel molécule active la PDH kinase
- NADH
- Acétyl-CoA
Quel molécule inhibe la PDH kinase
pyruvate
Quel enzyme fait la réaction PDH-P -> pyruvate déhydrogénase
PDH phosphatase
Quel molécule active la PDH phosphatase
Ca
Quels sont les 8 étapes du cycle de krebs
citrate -> isocitrate -> alpha-cétoglutarate -> succinul-CoA -> succinate -> fumarate -> Malate -> Oxaloacétate
Quel enzyme fait la réaction citrate -> isocitrate
aconitase
Quel enzyme fait la réaction isocitrate -> alpha-cétoglutarate
Isocitrate déshydrogénase
Quel enzyme fait la réaction succinul-CoA -> succinate
Succinyl CoA sunthetase
Quel enzyme fait la réaction alpha-cétoglutarate -> succinul-CoA
Complexe alpha-cétoglutarate déhydrogénase
Quel enzyme fait la réaction succinate -> fumarate
succinate déhydrogénase
Quel enzyme fait la réaction fumarate -> Malate
fumarase
Quel enzyme fait la réaction Malate -> Oxaloacétate
malate déshydrogénase
Quel enzyme fait la réaction oxaloacétate -> Citrate
citrate synthase
A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il réduction de NAD+ en NADH+H
- isocitrate -> alpha-cétoglutarate
- alpha-cétoglutarate -> succinyl CoA
- Malate -> Oxaloacétate
A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il réduction de FAD en FADH2
succinate -> fumarate
A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il production d’ATP
succinyl CoA -> succinate
A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il production d’H2O
fumarate -> malate
Quel enzyme du cycle de krebs sont des stéréoenzyme
aconitase et fumarase
Pourquoi le cycle de kreb fonctionne comme un enzyme
- augmente la vitesse de réaction sans subir de tranformation réelle
- dégrade l’acétyl-CoA
- les intermédiaires du cycle sont régénéré
- une petite quantité d’intermédiaire siffit pour métaboliser un grand nombre d’acétyl-CoA
De quoi dépend la vitesse de la dégradation de l’acétyl-CoA
de la concentration des intermédiaires donc de la concentration des enzymes
Quel sont les réaction anaplérotique du cycle de kreb
- glutamate -> alpha-cétoglutarate (transamination)
- oxaloacétate -> aspartate (transamination)
- pyruvate -> oxaloacétate (pyruvate décarboxylase)
Quel sont les deux types de modulation du cycle de krebs
- effecteurs allostérique
- modification covalentes
Quel peut être le nombre de mitochondrie dans dans une cellule
1 à 500 000
Quel est la longueur et le diamètre de la mitochondrie
- longueur: 0,2 à 0,8 um
- Diamètre: 0,5 à 1,5 um
Quel est l’origine des protéines mitochondriales
- minorité de l’ADN mitochondriale
- majorité de l’ADN chromosomique
quel sont les structures de la mitochondrie
- 2 membranes
- 1 matrice
Décrire la membrane mitochondriale externe
- pauvre en protéine
- perméable grâce à la porine
- petite surface de contact
Décrire la membrane mitochondriale interne
- riche en protéine
- imperméable aux ions et substances polaires
- transport actif
- formation d’un gradient
- permet la génération d’énergie
- grande surface de contact grâce aux crête
Que contient la matrice mitochondriales
- complexe de la pyruvate déshydrogénase
- enzymes du cycle du citrate
- enzymes d’oxydation des acides gras
Où se fait l’oxydation de NADH et FADH
chaine de transport des e- dans le membrane mitochondriale interne
Quels sont les 2 parties de la phosphorylation oxydative
- formation d’un gradient de concentration en proton
- synthèse d’ATP par l’ATP synthase
Qu’est-ce-que un couple rédox
e- voyagent d’un élément très réducteur vers un agent très oxydant
Pourquoi le NADH créé 3 ATP
car il permet de pomper 3 électrons dans l’espace intermembranaire et chaque électron crée un ATP
Quels sont les 3 complexe de la chaine de transport d’e- du NADH
- complexe de NADH-ubiquinone réductase
- Complexe ubiquinol-cytochrome c réductase
- Complexe cytochrome c oxydase
Quel est l’intermédiaire entre le premier et le deuxième complexe de la chaine de transport d’e
ubiquinone
Quel est l’intermédiaire entre le deuxième et le troisième complexe de la chaine de transport d’e-
cytochrome C
Quel est l’accepteur final d’e- dans la phosphorilation oxydative
O2
Quel est le complexe qui permet l’oxydation de la FADH2
complexe succinate-ubiquinone réductase
Quels sont les deux type d’agent découplant de la respiration
- actificiel : 2,4-dinitrophénol
- naturel: la thermogénine de la graisse brune des animaux hibernant
Expliquer le fonctionnement de la 2,4-dinitrophénol
transport facilement les H+ d’un côté à l’autre de la membrane et donc réduction de la phosphorylation oxydative
Expliquer le fonctionnement de la thermogénine
- sa synthèse est stimulé par l’adrénaline
- le découplage provoqué par la thermogénine permet le dégagement de chaleur
Quel sont les 2 navette qui permette l’entré dans la mitochondrie du NADH
- navette du glycérol phosphate
- navette malate-aspartate
Où est active la navette du glycérol phosphate
- cerveau
- tissu adipeux brun
- muscle du vol chez les insectes
Où est active la navette malate-aspartate
- foie
- coeur
Vrai ou Faux
les e- ne sont transféré à l’O2 que losque l’ADP est phosphorylé de façon concomitante en ATP
Vrai, en d’autre mot plus il y a d’ADP plus la phosphorylation oxydative fonctionne
Vrai ou Faux
Chez les euraryotes, il y a de multiples origine et terminaison
Vrai
Quel ADN polymérase est impliqué dans la réplication de l’ADN
- ADN polymérase I
- ADN polymérase III
Quel ADN polymérase est impliqué dans la réparation de l’ADN
- ADN polymérase I
- ADN polymérase II
Vrai ou Faux
L’ADN polymérase III est un dimère d’holoenzyme
Vrai
Fonctionnement des ADN polymérases
- appariement correct du dNTP
- attaque nucléophile du phosphore alpha du dNTP par l’hydroxyle 3’ libre
- formation d’un lien phosphodiester et élimination du groupe pyrophosphate
- l’enzyme saute au nucléotide suivant
Caractéristiques de l’ADN polymérase III
- nécessite une matrice et une amorce avec une extrémité OH en 3’
- est une enzyme processive
- a une activité polymérase 5’-3’
- a une activité exonucléase 3’-5’
Quel est l’avantage que l’ADN polymérase est une enzyme processive
- il suffit d’un petit nombre d’enzyme processive pour copier l’entièreté du génome
Description d’un génome
dépositaire de l’information génétique
Vrai ou Faux
Les acides nucléique sont des polymère de nucléotides
Vrai
De quoi est composé un nucléotide
- sucre à 5 carbone
- base azoté
- un groupe phosphoryle
Quels sont les 2 types de nucléotide
- ribonucléotide
- désoxyribonucléotide
Quels sont les 2 types de base azotée
- les pyramidines
- les purines
Quels base azoté fait partie des pyramidine
- uracile
- thymine
- cytosine
Quels base azoté fait partie des purines
- adénine
- guanine
Vrai ou Faux
la liaison phospho-anhydeidw fournie l’énergie nécessaire aux réaction énergétique
Vrai
Quel est la règle de Chargaff
A/T = G/C = 1
Combien y-a-t’il de lien hydrogène entre A et T
2 pont H
Combien y-a-t’il de lien hydrogène entre C et G
3 pont H
Vrai ou Faux
l’ADN est un polymère linéaire de désoxyribonucléotides unis par des liaisons phosphodiester 5’-3’
Faux, 3’-5’
Caractéristiques de la double hélice
- sens de la polymérisation 5’-3’
- extrémité 5’ = phosphate
- extrémité 3’ = OH
- à pH neutre, les polyanions sont complexés avec le Mg2+ ou les protéines cationiques
- association antiparallèle de l’ADN en double hélice
- brins sont complémentaires
- la torsion est engendré par les noyau hydrophobe
- présence d’un petit sillon et d’un grand sillon
Quels sont les force qui stabilise la double hélice
- les forces hydrophobes
- les forces de Van der Waals
- les liaisons hydrogène
- les interactions électrostatiques entre les groupes phosphate et Mg2+ ou les protéine cationiques
Vrai ou Faux
L’ADN monocaténaire est plus stable que lADN bicaténaire
Faux, c’est l’inverse
Quels sont les agents causals in vivo de la dénaturation de l’ADN
- la réplication
- la transcription
Quels sont les agents causals in vitro de la dénaturation de l’ADN
- augmentation de la température
- agents chaotropes
Quels sont les différentes conformations de l’ADN
- ADN-B: ADN classique
- ADN-A: ADN plus tordue, plus serré
- ADN-Z: ADN gauche (tiré)
Quels sont les différents types d’ADN
- ADN génomique
- ADN mitochondrial
- ADN chloroplaste
Quels sont les particularité de l’ARN
- Sucre = ribose
- T est remplacé par U
- Brin monocaténaire qui peut s’apparier et former des régions bicaténaires appelées duplex
Quels sont les types d’ARN et leurs fonctions
- ARNr: intégré aux ribosomes
- ARNt: transporte l’aa jusqu’au ribosome
- ARNm: résultat de la transcription de l’ADN codant pour une séquence d’aa
- petits ARN: activité catalytique
Quels sont les 3 stades de compression de l’ADN nucléaire
- le collier de perles
- le solénoïde
- les boucles de chromatine associées à des protéines non-histoniques
Quels sont les différents type d’histone
- H1
- H2A
- H2B
- H3
- H4
Fonctionnement de la synthèse des fragments Okazaki
- synthèse d’une amorce d’ARN par la primase du complexe du primosome
- synhèse d’un ADN par l’ADN polymérase III
Quels sont les propriétés enzymatiques de l’ADN polymérase I
- activité exonucléase 5’-3’ (élimination de l’amorce)
- activité exonucléase 3’-5’ (lecture d’épreuve)
- activité polymérase 5’-3’ (synthèse d’ADN)
Condition de fonctionnement de l’ADN ligase
- ADN avec une extrémité 3’OH
- ADN avec une extrémité 5’P
- de l’énergie ATP chez les eucaryotes et les bactériophages
Quels sont les problème de la fourche de réplication
- synthèse du brin retardé
- déroulement de l’ADN entraîne des torsions en aval
- évitement des boucles à épingle à cheveux
- une fourche avec 2 ADN polymérase III qui vont dans le même sens
Quels est la solution de la synthèse du brin retardé
- Les fragment d’ Okazaki
- L’élimination de l’amorce d’ADN par l’ADN polymérase I
- L’éliminaiton des brèches par l’ADN ligase
Quel est la solution au déroulement de l’ADN qui entraine des torsions en aval
- détorsion par l’hélicase: la vitesse de distorsion est couplée à la vitesse de polymérisation
Quel est la solution pour éviter la formation d’épingle à cheveux
SSBP se fixant sur les brin monocaténaire empêche l’ADN de se réapparier
Propriété de SSBP
- fixation coopérative
- est un tétramère
Solution à la fourche avec 2 ADN polymérase III qui vont dans le même sens
-formation d’un bouche de la matrice du brin retardé
Vrai ou Faux
Les histones sont responsable de la lenteur de la réplication, car ils reste fixés à l’ADN pendant la réplication
Vrai
Conséquence d’une mutation chez une organisme unicellulaire
- mort de l’organisme
- gêne se transmet à la descendance
Conséquence d’une mutation chez une organisme pluricellulaire
- croissance anarchique d’une cellule
- perte de fonction avec une mort cellulaire
- pas de transmisson à la descendance sauf si elle touche le génome d’une cellule germinale
Quels sont les causes de modifications chimiques de l’ADN
- rayons UV
- radiation ionisantes
- substances chimiques
Quels sont les types de modification chimique
- méthylation
- désamination
- dépurination
- dépyrimidination
Quels sont les mécanismes de réparation de l’ADN
- réparation par mécanisme général d’excision-réparation
- réparation des dimires de thymine
- réparation d’une désamination d’une cytosine
Par quels molécule est fait la réparation par mécanisme général d’excision-réparation
- endo et exonucléase
- DNA plymérase I
- ADN ligase
Par quels molécule est fait la réparation des dimires de thymine
-enzyme photoactivatrice
Par quels molécule est fait la réparation d’une désamination d’une cytosine
- uracile N-glycosylase
- endonucléase
- ADN polymérase I
- ADN ligase
définition d’un gène
séquence d’ADN transcrite
Quels sont les gènes
- gène d’entretien
- gène qui ne s’expriment que dans des circonstances particulières
- gène exprimés dans certaines cellule
Quels sont les gènes d’entretine
- ARNr
- ARNt
- protéine via les ARNm
Qu’est-ce-que le transcripteur contient
- l’ARN polymérase responsable de la synthèse de l’ARN
- des facteurs de transcription
- des protéines qui détordent partiellement l’ADN
Quels sont les 3 types d’ARN polymérase
- ARN polymérase I transcrit les grands ARNr
- ARN polymérase II transcrit les ARMm
- ARN polymérase III trancrit les ARNt et les petits ARNr
Vrai ou Faux
Tous les ARN polymérase dérivent donc d’un ancêtre commun
Quels sont les différences entre les ADN polymérase et les ARN polymérase
- ADN pol à une amorce
- les nucléotide sont différents
Quels sont les 3 étapes de la transcription
- initiation de la transcription
- étape de l’élongation de la transcription
- terminaison de la transcription
Qu’est-ce-qu’il est nécessaire à l’initiation de la transcription
- facteurs de transcription
- séquences promotrices
Quel est la différence entre un promoteur puissant et un promoteur faible
- promoteur puissant: séquences consensus conservées
- promoteur faibles: séquences consensus dégénérées
Vrai ou Faux
Si la cellule se divise, il y a une diminution du taux de transcription des gènes ribosomaux
- faux, augmentation
Comment fonctionne l’initiation de la transcription
- recherche des séquences promotrices par l’ARN polymérase
- fixation de l’ARN polymérase sur la séquence promontrice
- ouverture de la double hélice
- arrivée du ribonucléotide 3P par diffusion
- catalyse de la liaison phosphodiester
Fonctionnement de l,élongation de la transcription
- l’ADN polymérase reste verrouillé à l’ADN
- sigma quitte l’ARN polymérase
- arrivée de Nus A
Quels sont les sites de terminaison de la transcription
- richesse en G ou C
- site palindromique
- Enroulement de l’ARN transcrit autour de la protéine Rho
décrire un promonteur puissant
- permet la synthèse de protéine demandées en grande quantité
Propriété des répresseurs de promoteur puissants
- s’attachent à des séquences particulières
- n’interagissent par nécessairement directement avec l’ARN polymérase
- sont souvent des protéines allostérique qui peuvent être activées par de petite molécules
Comment est-ce-que les répresseurs inhibe-t-il l’ARN pol
- empêche l’ARN polymérase de se fixer sur le promoteur
- inhibent l’étape de l’initiation
- bloquent l’avancement de l’ARN polymérase
Propriétés des activateurs de promoteurs faibles
- s’attachent aux séquences consensus particulières situées près du promoteur
- interagissent directement avec l’ARN polymérase
- sont souvent des protéines allostérique qui peuvent être activées par de petites molécules
3 types de remaniements
- soustraction de nucléotides
- addition de nucléotides non codés par le gène
- modification covalente de certaines bases
But du remaniements des transcrits primaires
- rendre les ARN plus stables, les protéger contre les nucléases
- rendre les ARN plus aptes à remplir leur rôle biologique
Par quoi est fait la maturation des précurseurs commun de l’ARNt et ARNr des ARNt
- par la ribonucléase P
- par la ribonucléase D
- par l’ARNt nucléotidyl transférase
- par des modification covalente des bases
Vrai ou Faux
La maturation de l’ARNr est toujours couplée à l’assemblage des ribosomes dans le nucléole
Vrai
Par quoi est fait la maturation des précurseurs commun de l’ARNt et ARNr des ARNr
- ribonucléase III
Quels sont les étapes de la maturation de l’ARNm chez les eucaryotes
- capping en 5’
- polyadénylation en 3’
- épissasge des introns dans le noyau
Expliquer la polyadénylation en 3’
- séquence de polyadénylation à l’extrémité 3’
- coupure par une endonucléase en aval de la séquence de polyadénylation
- ajout d’une queue de poly A
