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Médecine podiatrique session 1 > Biochimie exam 3 > Flashcards

Biochimie exam 3 Flashcards

1
Q

Quels sont les 3 phases du cycle de krebs

A
  • entrée du pyruvate dans la mitochondrie
  • décarboxylation du pyruvate dans la mitochondrie
  • oxydation du citrate
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Q

Quel est le bilan énergétique du cycle de kreb

A
  • 6 NADH
  • 2 FADH ou QH2
  • 2 ATP
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3
Q

Où se produit le cycle de krebs

A

Matrice mitochondriale

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4
Q

Quel sont les déchet métabolique du cycle de krebs

A
  • H2O

- CO2

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Q

Comment s’apelle le transporteur qui permet de faire passer le pyruvate de l’espace intermembranaire de la mitochondrie à la matrice mitochondriale

A

Translocase du pyruvate

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6
Q

Comment est-ce-que le pyruvate entre-t-il dans l’espace intermembranaire de la mitochondrie

A

par une porine en transport passif

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7
Q

Vrai ou faux

L’espace intermembranaire est chargé négativement

A

Faux, positifement

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8
Q

Combien y-a-t’il de d’enzyme et de coenzyme dans le complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase

A
  • 3 enzymes

- 5 co-enzymes

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9
Q

Quel est l’avantage du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase

A

produit ne diffusent pas dans le millieu mais subissent la catalyse de l’enzyme suivant

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10
Q

Quel est le désavantage du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase

A

pas de diffusion des intermédiaire

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11
Q

Quel sont les 3 enzymes du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase

A
  • Pyruvate décarboxylase
  • Dihydrolipoyl transacetylase
  • Dihydrolipoyl dehydrogenase
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12
Q

Quels sont les 5 co-enzymes du complexe plurienzymatique de la pyruvate déshydrogénase

A
  • Thiamine pyrophosphate
  • Co-enzyme A
  • FAD
  • NAD
  • Acide lipoic
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13
Q

Comment d’ATP peut être créé grâce au cycle de krebs d’un acétyl-CoA

A

12 ATP

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14
Q

Vrai ou Faux

le cycle de krebs ne nécessite pas d’O2 pour fonctionner

A

Faux

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15
Q

Quels sont les étape pour passer du pyruvate à l’acétyl-CoA

A

pyruvate -> hydroxyéthyl TPP -> groupe hydroéthyl + acide lipoïque -> Acétyl-CoA

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16
Q

Quel enzyme fait la réaction pyruvate -> hydroxyéthyl TPP

A

Pyruvate décarboxylase

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17
Q

Quel enzyme fait la réaction hydroxyéthyl TPP -> groupe hydroéthyl + acide lipoïque

A

Dihydroliposyl transacétylase

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18
Q

Quel enzyme fait la réaction groupe hydroéthyl + acide lipoïque -> Acétyl-CoA

A

Dihydroliposyl déhydrogénase

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19
Q

Quel molécule inhibe la pyruvate déhydrogénase

A
  • NAD+

- CoA-SH

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20
Q

Quel molécule active la pyruvate déhydrogénase

A
  • Acétyl-CoA

- NADH

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21
Q

Quel enzyme fait la réaction pyruvate déhydrogénase -> PDH-P

A

PDH kinase

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22
Q

Quel molécule active la PDH kinase

A
  • NADH

- Acétyl-CoA

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23
Q

Quel molécule inhibe la PDH kinase

A

pyruvate

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24
Q

Quel enzyme fait la réaction PDH-P -> pyruvate déhydrogénase

A

PDH phosphatase

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25
Q

Quel molécule active la PDH phosphatase

A

Ca

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26
Q

Quels sont les 8 étapes du cycle de krebs

A

citrate -> isocitrate -> alpha-cétoglutarate -> succinul-CoA -> succinate -> fumarate -> Malate -> Oxaloacétate

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27
Q

Quel enzyme fait la réaction citrate -> isocitrate

A

aconitase

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28
Q

Quel enzyme fait la réaction isocitrate -> alpha-cétoglutarate

A

Isocitrate déshydrogénase

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29
Q

Quel enzyme fait la réaction succinul-CoA -> succinate

A

Succinyl CoA sunthetase

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30
Q

Quel enzyme fait la réaction alpha-cétoglutarate -> succinul-CoA

A

Complexe alpha-cétoglutarate déhydrogénase

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31
Q

Quel enzyme fait la réaction succinate -> fumarate

A

succinate déhydrogénase

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32
Q

Quel enzyme fait la réaction fumarate -> Malate

A

fumarase

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33
Q

Quel enzyme fait la réaction Malate -> Oxaloacétate

A

malate déshydrogénase

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34
Q

Quel enzyme fait la réaction oxaloacétate -> Citrate

A

citrate synthase

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35
Q

A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il réduction de NAD+ en NADH+H

A
  • isocitrate -> alpha-cétoglutarate
  • alpha-cétoglutarate -> succinyl CoA
  • Malate -> Oxaloacétate
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36
Q

A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il réduction de FAD en FADH2

A

succinate -> fumarate

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37
Q

A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il production d’ATP

A

succinyl CoA -> succinate

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38
Q

A quel étape du cycle de kreb y-a-t-il production d’H2O

A

fumarate -> malate

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39
Q

Quel enzyme du cycle de krebs sont des stéréoenzyme

A

aconitase et fumarase

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40
Q

Pourquoi le cycle de kreb fonctionne comme un enzyme

A
  • augmente la vitesse de réaction sans subir de tranformation réelle
  • dégrade l’acétyl-CoA
  • les intermédiaires du cycle sont régénéré
  • une petite quantité d’intermédiaire siffit pour métaboliser un grand nombre d’acétyl-CoA
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41
Q

De quoi dépend la vitesse de la dégradation de l’acétyl-CoA

A

de la concentration des intermédiaires donc de la concentration des enzymes

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42
Q

Quel sont les réaction anaplérotique du cycle de kreb

A
  • glutamate -> alpha-cétoglutarate (transamination)
  • oxaloacétate -> aspartate (transamination)
  • pyruvate -> oxaloacétate (pyruvate décarboxylase)
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43
Q

Quel sont les deux types de modulation du cycle de krebs

A
  • effecteurs allostérique

- modification covalentes

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44
Q

Quel peut être le nombre de mitochondrie dans dans une cellule

A

1 à 500 000

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45
Q

Quel est la longueur et le diamètre de la mitochondrie

A
  • longueur: 0,2 à 0,8 um

- Diamètre: 0,5 à 1,5 um

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46
Q

Quel est l’origine des protéines mitochondriales

A
  • minorité de l’ADN mitochondriale

- majorité de l’ADN chromosomique

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47
Q

quel sont les structures de la mitochondrie

A
  • 2 membranes

- 1 matrice

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48
Q

Décrire la membrane mitochondriale externe

A
  • pauvre en protéine
  • perméable grâce à la porine
  • petite surface de contact
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49
Q

Décrire la membrane mitochondriale interne

A
  • riche en protéine
  • imperméable aux ions et substances polaires
  • transport actif
  • formation d’un gradient
  • permet la génération d’énergie
  • grande surface de contact grâce aux crête
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50
Q

Que contient la matrice mitochondriales

A
  • complexe de la pyruvate déshydrogénase
  • enzymes du cycle du citrate
  • enzymes d’oxydation des acides gras
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51
Q

Où se fait l’oxydation de NADH et FADH

A

chaine de transport des e- dans le membrane mitochondriale interne

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52
Q

Quels sont les 2 parties de la phosphorylation oxydative

A
  • formation d’un gradient de concentration en proton

- synthèse d’ATP par l’ATP synthase

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53
Q

Qu’est-ce-que un couple rédox

A

e- voyagent d’un élément très réducteur vers un agent très oxydant

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54
Q

Pourquoi le NADH créé 3 ATP

A

car il permet de pomper 3 électrons dans l’espace intermembranaire et chaque électron crée un ATP

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55
Q

Quels sont les 3 complexe de la chaine de transport d’e- du NADH

A
  • complexe de NADH-ubiquinone réductase
  • Complexe ubiquinol-cytochrome c réductase
  • Complexe cytochrome c oxydase
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56
Q

Quel est l’intermédiaire entre le premier et le deuxième complexe de la chaine de transport d’e

A

ubiquinone

57
Q

Quel est l’intermédiaire entre le deuxième et le troisième complexe de la chaine de transport d’e-

A

cytochrome C

58
Q

Quel est l’accepteur final d’e- dans la phosphorilation oxydative

A

O2

59
Q

Quel est le complexe qui permet l’oxydation de la FADH2

A

complexe succinate-ubiquinone réductase

60
Q

Quels sont les deux type d’agent découplant de la respiration

A
  • actificiel : 2,4-dinitrophénol

- naturel: la thermogénine de la graisse brune des animaux hibernant

61
Q

Expliquer le fonctionnement de la 2,4-dinitrophénol

A

transport facilement les H+ d’un côté à l’autre de la membrane et donc réduction de la phosphorylation oxydative

62
Q

Expliquer le fonctionnement de la thermogénine

A
  • sa synthèse est stimulé par l’adrénaline

- le découplage provoqué par la thermogénine permet le dégagement de chaleur

63
Q

Quel sont les 2 navette qui permette l’entré dans la mitochondrie du NADH

A
  • navette du glycérol phosphate

- navette malate-aspartate

64
Q

Où est active la navette du glycérol phosphate

A
  • cerveau
  • tissu adipeux brun
  • muscle du vol chez les insectes
65
Q

Où est active la navette malate-aspartate

A
  • foie

- coeur

66
Q

Vrai ou Faux

les e- ne sont transféré à l’O2 que losque l’ADP est phosphorylé de façon concomitante en ATP

A

Vrai, en d’autre mot plus il y a d’ADP plus la phosphorylation oxydative fonctionne

67
Q

Vrai ou Faux

Chez les euraryotes, il y a de multiples origine et terminaison

A

Vrai

68
Q

Quel ADN polymérase est impliqué dans la réplication de l’ADN

A
  • ADN polymérase I

- ADN polymérase III

69
Q

Quel ADN polymérase est impliqué dans la réparation de l’ADN

A
  • ADN polymérase I

- ADN polymérase II

70
Q

Vrai ou Faux

L’ADN polymérase III est un dimère d’holoenzyme

A

Vrai

71
Q

Fonctionnement des ADN polymérases

A
  • appariement correct du dNTP
  • attaque nucléophile du phosphore alpha du dNTP par l’hydroxyle 3’ libre
  • formation d’un lien phosphodiester et élimination du groupe pyrophosphate
  • l’enzyme saute au nucléotide suivant
72
Q

Caractéristiques de l’ADN polymérase III

A
  • nécessite une matrice et une amorce avec une extrémité OH en 3’
  • est une enzyme processive
  • a une activité polymérase 5’-3’
  • a une activité exonucléase 3’-5’
73
Q

Quel est l’avantage que l’ADN polymérase est une enzyme processive

A
  • il suffit d’un petit nombre d’enzyme processive pour copier l’entièreté du génome
74
Q

Description d’un génome

A

dépositaire de l’information génétique

75
Q

Vrai ou Faux

Les acides nucléique sont des polymère de nucléotides

A

Vrai

76
Q

De quoi est composé un nucléotide

A
  • sucre à 5 carbone
  • base azoté
  • un groupe phosphoryle
77
Q

Quels sont les 2 types de nucléotide

A
  • ribonucléotide

- désoxyribonucléotide

78
Q

Quels sont les 2 types de base azotée

A
  • les pyramidines

- les purines

79
Q

Quels base azoté fait partie des pyramidine

A
  • uracile
  • thymine
  • cytosine
80
Q

Quels base azoté fait partie des purines

A
  • adénine

- guanine

81
Q

Vrai ou Faux

la liaison phospho-anhydeidw fournie l’énergie nécessaire aux réaction énergétique

A

Vrai

82
Q

Quel est la règle de Chargaff

A

A/T = G/C = 1

83
Q

Combien y-a-t’il de lien hydrogène entre A et T

A

2 pont H

84
Q

Combien y-a-t’il de lien hydrogène entre C et G

A

3 pont H

85
Q

Vrai ou Faux

l’ADN est un polymère linéaire de désoxyribonucléotides unis par des liaisons phosphodiester 5’-3’

A

Faux, 3’-5’

86
Q

Caractéristiques de la double hélice

A
  • sens de la polymérisation 5’-3’
  • extrémité 5’ = phosphate
  • extrémité 3’ = OH
  • à pH neutre, les polyanions sont complexés avec le Mg2+ ou les protéines cationiques
  • association antiparallèle de l’ADN en double hélice
  • brins sont complémentaires
  • la torsion est engendré par les noyau hydrophobe
  • présence d’un petit sillon et d’un grand sillon
87
Q

Quels sont les force qui stabilise la double hélice

A
  • les forces hydrophobes
  • les forces de Van der Waals
  • les liaisons hydrogène
  • les interactions électrostatiques entre les groupes phosphate et Mg2+ ou les protéine cationiques
88
Q

Vrai ou Faux

L’ADN monocaténaire est plus stable que lADN bicaténaire

A

Faux, c’est l’inverse

89
Q

Quels sont les agents causals in vivo de la dénaturation de l’ADN

A
  • la réplication

- la transcription

90
Q

Quels sont les agents causals in vitro de la dénaturation de l’ADN

A
  • augmentation de la température

- agents chaotropes

91
Q

Quels sont les différentes conformations de l’ADN

A
  • ADN-B: ADN classique
  • ADN-A: ADN plus tordue, plus serré
  • ADN-Z: ADN gauche (tiré)
92
Q

Quels sont les différents types d’ADN

A
  • ADN génomique
  • ADN mitochondrial
  • ADN chloroplaste
93
Q

Quels sont les particularité de l’ARN

A
  • Sucre = ribose
  • T est remplacé par U
  • Brin monocaténaire qui peut s’apparier et former des régions bicaténaires appelées duplex
94
Q

Quels sont les types d’ARN et leurs fonctions

A
  • ARNr: intégré aux ribosomes
  • ARNt: transporte l’aa jusqu’au ribosome
  • ARNm: résultat de la transcription de l’ADN codant pour une séquence d’aa
  • petits ARN: activité catalytique
95
Q

Quels sont les 3 stades de compression de l’ADN nucléaire

A
  • le collier de perles
  • le solénoïde
  • les boucles de chromatine associées à des protéines non-histoniques
96
Q

Quels sont les différents type d’histone

A
  • H1
  • H2A
  • H2B
  • H3
  • H4
97
Q

Fonctionnement de la synthèse des fragments Okazaki

A
  • synthèse d’une amorce d’ARN par la primase du complexe du primosome
  • synhèse d’un ADN par l’ADN polymérase III
98
Q

Quels sont les propriétés enzymatiques de l’ADN polymérase I

A
  • activité exonucléase 5’-3’ (élimination de l’amorce)
  • activité exonucléase 3’-5’ (lecture d’épreuve)
  • activité polymérase 5’-3’ (synthèse d’ADN)
99
Q

Condition de fonctionnement de l’ADN ligase

A
  • ADN avec une extrémité 3’OH
  • ADN avec une extrémité 5’P
  • de l’énergie ATP chez les eucaryotes et les bactériophages
100
Q

Quels sont les problème de la fourche de réplication

A
  • synthèse du brin retardé
  • déroulement de l’ADN entraîne des torsions en aval
  • évitement des boucles à épingle à cheveux
  • une fourche avec 2 ADN polymérase III qui vont dans le même sens
101
Q

Quels est la solution de la synthèse du brin retardé

A
  • Les fragment d’ Okazaki
  • L’élimination de l’amorce d’ADN par l’ADN polymérase I
  • L’éliminaiton des brèches par l’ADN ligase
102
Q

Quel est la solution au déroulement de l’ADN qui entraine des torsions en aval

A
  • détorsion par l’hélicase: la vitesse de distorsion est couplée à la vitesse de polymérisation
103
Q

Quel est la solution pour éviter la formation d’épingle à cheveux

A

SSBP se fixant sur les brin monocaténaire empêche l’ADN de se réapparier

104
Q

Propriété de SSBP

A
  • fixation coopérative

- est un tétramère

105
Q

Solution à la fourche avec 2 ADN polymérase III qui vont dans le même sens

A

-formation d’un bouche de la matrice du brin retardé

106
Q

Vrai ou Faux

Les histones sont responsable de la lenteur de la réplication, car ils reste fixés à l’ADN pendant la réplication

A

Vrai

107
Q

Conséquence d’une mutation chez une organisme unicellulaire

A
  • mort de l’organisme

- gêne se transmet à la descendance

108
Q

Conséquence d’une mutation chez une organisme pluricellulaire

A
  • croissance anarchique d’une cellule
  • perte de fonction avec une mort cellulaire
  • pas de transmisson à la descendance sauf si elle touche le génome d’une cellule germinale
109
Q

Quels sont les causes de modifications chimiques de l’ADN

A
  • rayons UV
  • radiation ionisantes
  • substances chimiques
110
Q

Quels sont les types de modification chimique

A
  • méthylation
  • désamination
  • dépurination
  • dépyrimidination
111
Q

Quels sont les mécanismes de réparation de l’ADN

A
  • réparation par mécanisme général d’excision-réparation
  • réparation des dimires de thymine
  • réparation d’une désamination d’une cytosine
112
Q

Par quels molécule est fait la réparation par mécanisme général d’excision-réparation

A
  • endo et exonucléase
  • DNA plymérase I
  • ADN ligase
113
Q

Par quels molécule est fait la réparation des dimires de thymine

A

-enzyme photoactivatrice

114
Q

Par quels molécule est fait la réparation d’une désamination d’une cytosine

A
  • uracile N-glycosylase
  • endonucléase
  • ADN polymérase I
  • ADN ligase
115
Q

définition d’un gène

A

séquence d’ADN transcrite

116
Q

Quels sont les gènes

A
  • gène d’entretien
  • gène qui ne s’expriment que dans des circonstances particulières
  • gène exprimés dans certaines cellule
117
Q

Quels sont les gènes d’entretine

A
  • ARNr
  • ARNt
  • protéine via les ARNm
118
Q

Qu’est-ce-que le transcripteur contient

A
  • l’ARN polymérase responsable de la synthèse de l’ARN
  • des facteurs de transcription
  • des protéines qui détordent partiellement l’ADN
119
Q

Quels sont les 3 types d’ARN polymérase

A
  • ARN polymérase I transcrit les grands ARNr
  • ARN polymérase II transcrit les ARMm
  • ARN polymérase III trancrit les ARNt et les petits ARNr
120
Q

Vrai ou Faux

A

Tous les ARN polymérase dérivent donc d’un ancêtre commun

121
Q

Quels sont les différences entre les ADN polymérase et les ARN polymérase

A
  • ADN pol à une amorce

- les nucléotide sont différents

122
Q

Quels sont les 3 étapes de la transcription

A
  • initiation de la transcription
  • étape de l’élongation de la transcription
  • terminaison de la transcription
123
Q

Qu’est-ce-qu’il est nécessaire à l’initiation de la transcription

A
  • facteurs de transcription

- séquences promotrices

124
Q

Quel est la différence entre un promoteur puissant et un promoteur faible

A
  • promoteur puissant: séquences consensus conservées

- promoteur faibles: séquences consensus dégénérées

125
Q

Vrai ou Faux

Si la cellule se divise, il y a une diminution du taux de transcription des gènes ribosomaux

A
  • faux, augmentation
126
Q

Comment fonctionne l’initiation de la transcription

A
  • recherche des séquences promotrices par l’ARN polymérase
  • fixation de l’ARN polymérase sur la séquence promontrice
  • ouverture de la double hélice
  • arrivée du ribonucléotide 3P par diffusion
  • catalyse de la liaison phosphodiester
127
Q

Fonctionnement de l,élongation de la transcription

A
  • l’ADN polymérase reste verrouillé à l’ADN
  • sigma quitte l’ARN polymérase
  • arrivée de Nus A
128
Q

Quels sont les sites de terminaison de la transcription

A
  • richesse en G ou C
  • site palindromique
  • Enroulement de l’ARN transcrit autour de la protéine Rho
129
Q

décrire un promonteur puissant

A
  • permet la synthèse de protéine demandées en grande quantité
130
Q

Propriété des répresseurs de promoteur puissants

A
  • s’attachent à des séquences particulières
  • n’interagissent par nécessairement directement avec l’ARN polymérase
  • sont souvent des protéines allostérique qui peuvent être activées par de petite molécules
131
Q

Comment est-ce-que les répresseurs inhibe-t-il l’ARN pol

A
  • empêche l’ARN polymérase de se fixer sur le promoteur
  • inhibent l’étape de l’initiation
  • bloquent l’avancement de l’ARN polymérase
132
Q

Propriétés des activateurs de promoteurs faibles

A
  • s’attachent aux séquences consensus particulières situées près du promoteur
  • interagissent directement avec l’ARN polymérase
  • sont souvent des protéines allostérique qui peuvent être activées par de petites molécules
133
Q

3 types de remaniements

A
  • soustraction de nucléotides
  • addition de nucléotides non codés par le gène
  • modification covalente de certaines bases
134
Q

But du remaniements des transcrits primaires

A
  • rendre les ARN plus stables, les protéger contre les nucléases
  • rendre les ARN plus aptes à remplir leur rôle biologique
135
Q

Par quoi est fait la maturation des précurseurs commun de l’ARNt et ARNr des ARNt

A
  • par la ribonucléase P
  • par la ribonucléase D
  • par l’ARNt nucléotidyl transférase
  • par des modification covalente des bases
136
Q

Vrai ou Faux

La maturation de l’ARNr est toujours couplée à l’assemblage des ribosomes dans le nucléole

A

Vrai

137
Q

Par quoi est fait la maturation des précurseurs commun de l’ARNt et ARNr des ARNr

A
  • ribonucléase III
138
Q

Quels sont les étapes de la maturation de l’ARNm chez les eucaryotes

A
  • capping en 5’
  • polyadénylation en 3’
  • épissasge des introns dans le noyau
139
Q

Expliquer la polyadénylation en 3’

A
  • séquence de polyadénylation à l’extrémité 3’
  • coupure par une endonucléase en aval de la séquence de polyadénylation
  • ajout d’une queue de poly A

Médecine podiatrique session 1 (13 decks)

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