Alineamientos de secuencia* Flashcards

1
Q

¿Qué es un alineamiento de secuencias?

A

Es una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o Proteínas,
–> Una de “consulta” (query) frente a una de referencia

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2
Q

¿Para qué sirve un alineamiento de secuencias?

A

Para identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.

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3
Q

¿Qué utilidad tiene el alineamiento de secuencias?

A

1.- Para identificar regiones de similitud.
2.- Estas similitudes pueden ser indicadores de funciones biológicas, relaciones evolutivas o estructuras comunes.

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4
Q

Los desajustes pueden interpretarse como:

A

mutaciones puntuales

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5
Q

Las brechas GAP se identifican como:

A

Indeles.
Es decir: mutaciones de inserción o eliminación

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6
Q

El procedimiento de alineación comparando dos secuencias biológicas ( podría ser ADN, ARN o proteína) se denomina:

A

Alineación de secuencias por pares.

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7
Q

El procedimiento de alineación que compara tres o más secuencias biológicas se denomina:

A

Alineación de secuencias múltiples

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8
Q

En el alineamiento de pares de secuencias se usan las siguientes herramientas:

A

BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water.

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9
Q

Esto es un ejemplo de alineación:

A

Local

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10
Q

Esto es un ejemplo de alineación:

A

Global

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11
Q

¿Qué método se usa para la exploración general de tu secuencia?

A

Dot Plot

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12
Q

¿Qué arroja Dot Plot?

A

1.- descubrimiento de repeticiones
2.- hallazgos de grandes Indels
3.- Identificación de regiones para un alineamiento múltiple posterior

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13
Q

¿Qué método se usa para una comparación de secuencias con homología parcial?

A

Alineamientos locales

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14
Q

¿Qué arroja alineamientos locales?

A

1.- alineamientos de alta calidad
2.- análisis de residuo por residuo

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15
Q

¿Qué método se usa para comparación de secuencias sobre su longitud total?

A

Alineamientos globales

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16
Q

Qué arroja alineamientos globales?

A

1.- hallazgos de grandes indels
2.- revisión de calidad de los datos
3.- identificación del total de mutaciones en loa secuencia.

17
Q

¿Cuál es el método más simple para identificar similitudes entre dos secuencias?

A

Dot Plot –> gráfico de puntos

18
Q

1.- Ideal para buscar características que pueden aparecer en diferentes órdenes
2.- Revela patrones complejos

A

Dot Plot –> gráfico de puntos

19
Q

Aqui observamos…

A

Secuencias divergentes donde solo un segmento es homólogo

20
Q

Aqui observamos…

A

Inserciones y deleciones largas

21
Q

Aqui observamos…

A

Repeticiones en tándem: la forma cuadrada del patrón es característica de estas repeticiones

22
Q

Por qué el algoritmo de Needleman-Wunsch es de orden global?

A

1.- alinea las secuencias desde el principio hasta el final,
2.- en lugar de enfocarse solo en regiones locales de similitud.

23
Q

¿Cuáles son las 3 condiciones que se asigna a cada celda en el algoritmo Needleman-Wunsch?

A

1.- Match
2.- Mismatch
3.- Gap

24
Q

El Algoritmo Smith and Waterman se usa para alineamientos:

25
Cuales son loas ventajas de un alineamiento local? --> puede iniciar en cualquier punto.
Encuentra las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias --> el score minimo es 0.
26
¿Qué es el alineamiento de secuencias múltiples?
Técnica utilizada para comparar y alinear tres o más secuencias biológicas (ADN, ARN o proteínas) simultáneamente
27
Qué características tiene el alineamiento de secuencia múltiples?
1.- Detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
28
Las palabras clave para alineamiento de secuencias múltiples son:
1.- Análisis filogenético. 2.- familia de genes 3.- homología en familias
29
Los programas que utiliza alineación de secuencias múltiples son:
1.- CLUSTAL W/X Alineamiento progresivo 2.- T-COFFEE Árbol y alineamiento 3.- 3DCOFFEE Alineamiento en estructura 3.- MUSCLE Puntaje de expectativa
30
1.- Comparar secuencias de diferentes especies 2.- Ancestro común 3.- Árboles filogenéticos y estudios evolutivos.
Establecer relaciones evolutivas:
31
1.- Identificar genes similares en diferentes organismos. 2.- Comprensión de la conservación funcional de genes importantes a lo largo de la evolución.
Identificación de genes homólogos
32
1.- útil para detectar mutaciones, inserciones o deleciones 2.- diagnóstico de enfermedades genéticas 3.- análisis de variaciones dentro de una especie.
Análisis de variaciones genéticas
33
1.- Comparar secuencias de proteínas crucial para entender su función biológica.
Predicción de estructuras proteicas
34
1.- Identificar dominios funcionales --> como sitios activos en proteínas --> regiones reguladoras en secuencias genómicas, 2.- importantes para la actividad celular.
Detección de regiones funcionales
35
1.- En el caso del ARN comparar patrones de expresión génica entre diferentes condiciones o tejidos, 2.- Facilita el estudio de la regulación génica.
Análisis de expresiones génicas