Alineamientos de secuencia* Flashcards
¿Qué es un alineamiento de secuencias?
Es una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o Proteínas,
–> Una de “consulta” (query) frente a una de referencia
¿Para qué sirve un alineamiento de secuencias?
Para identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.
¿Qué utilidad tiene el alineamiento de secuencias?
1.- Para identificar regiones de similitud.
2.- Estas similitudes pueden ser indicadores de funciones biológicas, relaciones evolutivas o estructuras comunes.
Los desajustes pueden interpretarse como:
mutaciones puntuales
Las brechas GAP se identifican como:
Indeles.
Es decir: mutaciones de inserción o eliminación
El procedimiento de alineación comparando dos secuencias biológicas ( podría ser ADN, ARN o proteína) se denomina:
Alineación de secuencias por pares.
El procedimiento de alineación que compara tres o más secuencias biológicas se denomina:
Alineación de secuencias múltiples
En el alineamiento de pares de secuencias se usan las siguientes herramientas:
BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water.
Esto es un ejemplo de alineación:
Local
Esto es un ejemplo de alineación:
Global
¿Qué método se usa para la exploración general de tu secuencia?
Dot Plot
¿Qué arroja Dot Plot?
1.- descubrimiento de repeticiones
2.- hallazgos de grandes Indels
3.- Identificación de regiones para un alineamiento múltiple posterior
¿Qué método se usa para una comparación de secuencias con homología parcial?
Alineamientos locales
¿Qué arroja alineamientos locales?
1.- alineamientos de alta calidad
2.- análisis de residuo por residuo
¿Qué método se usa para comparación de secuencias sobre su longitud total?
Alineamientos globales
Qué arroja alineamientos globales?
1.- hallazgos de grandes indels
2.- revisión de calidad de los datos
3.- identificación del total de mutaciones en loa secuencia.
¿Cuál es el método más simple para identificar similitudes entre dos secuencias?
Dot Plot –> gráfico de puntos
1.- Ideal para buscar características que pueden aparecer en diferentes órdenes
2.- Revela patrones complejos
Dot Plot –> gráfico de puntos
Aqui observamos…
Secuencias divergentes donde solo un segmento es homólogo
Aqui observamos…
Inserciones y deleciones largas
Aqui observamos…
Repeticiones en tándem: la forma cuadrada del patrón es característica de estas repeticiones
Por qué el algoritmo de Needleman-Wunsch es de orden global?
1.- alinea las secuencias desde el principio hasta el final,
2.- en lugar de enfocarse solo en regiones locales de similitud.
¿Cuáles son las 3 condiciones que se asigna a cada celda en el algoritmo Needleman-Wunsch?
1.- Match
2.- Mismatch
3.- Gap
El Algoritmo Smith and Waterman se usa para alineamientos:
Locales
Cuales son loas ventajas de un alineamiento local?
–> puede iniciar en cualquier punto.
Encuentra las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias
–> el score minimo es 0.
¿Qué es el alineamiento de secuencias múltiples?
Técnica utilizada para comparar y alinear tres o más secuencias biológicas (ADN, ARN o proteínas) simultáneamente
Qué características tiene el alineamiento de secuencia múltiples?
1.- Detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
Las palabras clave para alineamiento de secuencias múltiples son:
1.- Análisis filogenético.
2.- familia de genes
3.- homología en familias
Los programas que utiliza alineación de secuencias múltiples son:
1.- CLUSTAL W/X Alineamiento progresivo
2.- T-COFFEE Árbol y alineamiento
3.- 3DCOFFEE Alineamiento en estructura
3.- MUSCLE Puntaje de expectativa
1.- Comparar secuencias de diferentes especies
2.- Ancestro común
3.- Árboles filogenéticos y estudios evolutivos.
Establecer relaciones evolutivas:
1.- Identificar genes similares en diferentes organismos.
2.- Comprensión de la conservación funcional de genes importantes a lo largo de la evolución.
Identificación de genes homólogos
1.- útil para detectar mutaciones, inserciones o deleciones
2.- diagnóstico de enfermedades genéticas
3.- análisis de variaciones dentro de una especie.
Análisis de variaciones genéticas
1.- Comparar secuencias de proteínas crucial para entender su función biológica.
Predicción de estructuras proteicas
1.- Identificar dominios funcionales
–> como sitios activos en proteínas
–> regiones reguladoras en secuencias genómicas,
2.- importantes para la actividad celular.
Detección de regiones funcionales
1.- En el caso del ARN comparar patrones de expresión génica entre diferentes condiciones o tejidos,
2.- Facilita el estudio de la regulación génica.
Análisis de expresiones génicas
