Alineamientos de secuencia* Flashcards
¿Qué es un alineamiento de secuencias?
Es una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o Proteínas,
–> Una de “consulta” (query) frente a una de referencia
¿Para qué sirve un alineamiento de secuencias?
Para identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.
¿Qué utilidad tiene el alineamiento de secuencias?
1.- Para identificar regiones de similitud.
2.- Estas similitudes pueden ser indicadores de funciones biológicas, relaciones evolutivas o estructuras comunes.
Los desajustes pueden interpretarse como:
mutaciones puntuales
Las brechas GAP se identifican como:
Indeles.
Es decir: mutaciones de inserción o eliminación
El procedimiento de alineación comparando dos secuencias biológicas ( podría ser ADN, ARN o proteína) se denomina:
Alineación de secuencias por pares.
El procedimiento de alineación que compara tres o más secuencias biológicas se denomina:
Alineación de secuencias múltiples
En el alineamiento de pares de secuencias se usan las siguientes herramientas:
BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water.
Esto es un ejemplo de alineación:
Local
Esto es un ejemplo de alineación:
Global
¿Qué método se usa para la exploración general de tu secuencia?
Dot Plot
¿Qué arroja Dot Plot?
1.- descubrimiento de repeticiones
2.- hallazgos de grandes Indels
3.- Identificación de regiones para un alineamiento múltiple posterior
¿Qué método se usa para una comparación de secuencias con homología parcial?
Alineamientos locales
¿Qué arroja alineamientos locales?
1.- alineamientos de alta calidad
2.- análisis de residuo por residuo
¿Qué método se usa para comparación de secuencias sobre su longitud total?
Alineamientos globales
Qué arroja alineamientos globales?
1.- hallazgos de grandes indels
2.- revisión de calidad de los datos
3.- identificación del total de mutaciones en loa secuencia.
¿Cuál es el método más simple para identificar similitudes entre dos secuencias?
Dot Plot –> gráfico de puntos
1.- Ideal para buscar características que pueden aparecer en diferentes órdenes
2.- Revela patrones complejos
Dot Plot –> gráfico de puntos
Aqui observamos…
Secuencias divergentes donde solo un segmento es homólogo
Aqui observamos…
Inserciones y deleciones largas
Aqui observamos…
Repeticiones en tándem: la forma cuadrada del patrón es característica de estas repeticiones
Por qué el algoritmo de Needleman-Wunsch es de orden global?
1.- alinea las secuencias desde el principio hasta el final,
2.- en lugar de enfocarse solo en regiones locales de similitud.
¿Cuáles son las 3 condiciones que se asigna a cada celda en el algoritmo Needleman-Wunsch?
1.- Match
2.- Mismatch
3.- Gap
El Algoritmo Smith and Waterman se usa para alineamientos:
Locales