Alineamientos de secuencia*

Question 1

¿Qué es un alineamiento de secuencias?

Answer 1

Es una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o Proteínas,
–> Una de “consulta” (query) frente a una de referencia

Question 2

¿Para qué sirve un alineamiento de secuencias?

Answer 2

Para identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.

Question 3

¿Qué utilidad tiene el alineamiento de secuencias?

Answer 3

1.- Para identificar regiones de similitud.
2.- Estas similitudes pueden ser indicadores de funciones biológicas, relaciones evolutivas o estructuras comunes.

Question 4

Los desajustes pueden interpretarse como:

Answer 4

mutaciones puntuales

Question 5

Las brechas GAP se identifican como:

Answer 5

Indeles.
Es decir: mutaciones de inserción o eliminación

Question 6

El procedimiento de alineación comparando dos secuencias biológicas ( podría ser ADN, ARN o proteína) se denomina:

Answer 6

Alineación de secuencias por pares.

Question 7

El procedimiento de alineación que compara tres o más secuencias biológicas se denomina:

Answer 7

Alineación de secuencias múltiples

Question 8

En el alineamiento de pares de secuencias se usan las siguientes herramientas:

Answer 8

BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water.

Question 9

Esto es un ejemplo de alineación:

Answer 9

Local

Question 10

Esto es un ejemplo de alineación:

Answer 10

Global

Question 11

¿Qué método se usa para la exploración general de tu secuencia?

Answer 11

Dot Plot

Question 12

¿Qué arroja Dot Plot?

Answer 12

1.- descubrimiento de repeticiones
2.- hallazgos de grandes Indels
3.- Identificación de regiones para un alineamiento múltiple posterior

Question 13

¿Qué método se usa para una comparación de secuencias con homología parcial?

Answer 13

Alineamientos locales

Question 14

¿Qué arroja alineamientos locales?

Answer 14

1.- alineamientos de alta calidad
2.- análisis de residuo por residuo

Question 15

¿Qué método se usa para comparación de secuencias sobre su longitud total?

Answer 15

Alineamientos globales

Question 16

Qué arroja alineamientos globales?

Answer 16

1.- hallazgos de grandes indels
2.- revisión de calidad de los datos
3.- identificación del total de mutaciones en loa secuencia.

Question 17

¿Cuál es el método más simple para identificar similitudes entre dos secuencias?

Answer 17

Dot Plot –> gráfico de puntos

Question 18

1.- Ideal para buscar características que pueden aparecer en diferentes órdenes
2.- Revela patrones complejos

Answer 18

Dot Plot –> gráfico de puntos

Question 19

Aqui observamos…

Answer 19

Secuencias divergentes donde solo un segmento es homólogo

Question 20

Aqui observamos…

Answer 20

Inserciones y deleciones largas

Question 21

Aqui observamos…

Answer 21

Repeticiones en tándem: la forma cuadrada del patrón es característica de estas repeticiones

Question 22

Por qué el algoritmo de Needleman-Wunsch es de orden global?

Answer 22

1.- alinea las secuencias desde el principio hasta el final,
2.- en lugar de enfocarse solo en regiones locales de similitud.

Question 23

¿Cuáles son las 3 condiciones que se asigna a cada celda en el algoritmo Needleman-Wunsch?

Answer 23

1.- Match
2.- Mismatch
3.- Gap

Question 24

El Algoritmo Smith and Waterman se usa para alineamientos:

Answer 24

Locales

Question 25

Cuales son loas ventajas de un alineamiento local?
–> puede iniciar en cualquier punto.

Answer 25

Encuentra las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias
–> el score minimo es 0.

Question 26

¿Qué es el alineamiento de secuencias múltiples?

Answer 26

Técnica utilizada para comparar y alinear tres o más secuencias biológicas (ADN, ARN o proteínas) simultáneamente

Question 27

Qué características tiene el alineamiento de secuencia múltiples?

Answer 27

1.- Detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.

Question 28

Las palabras clave para alineamiento de secuencias múltiples son:

Answer 28

1.- Análisis filogenético.
2.- familia de genes
3.- homología en familias

Question 29

Los programas que utiliza alineación de secuencias múltiples son:

Answer 29

1.- CLUSTAL W/X Alineamiento progresivo
2.- T-COFFEE Árbol y alineamiento
3.- 3DCOFFEE Alineamiento en estructura
3.- MUSCLE Puntaje de expectativa

Question 30

1.- Comparar secuencias de diferentes especies
2.- Ancestro común
3.- Árboles filogenéticos y estudios evolutivos.

Answer 30

Establecer relaciones evolutivas:

Question 31

1.- Identificar genes similares en diferentes organismos.
2.- Comprensión de la conservación funcional de genes importantes a lo largo de la evolución.

Answer 31

Identificación de genes homólogos

Question 32

1.- útil para detectar mutaciones, inserciones o deleciones
2.- diagnóstico de enfermedades genéticas
3.- análisis de variaciones dentro de una especie.

Answer 32

Análisis de variaciones genéticas

Question 33

1.- Comparar secuencias de proteínas crucial para entender su función biológica.

Answer 33

Predicción de estructuras proteicas

Question 34

1.- Identificar dominios funcionales
–> como sitios activos en proteínas
–> regiones reguladoras en secuencias genómicas,
2.- importantes para la actividad celular.

Answer 34

Detección de regiones funcionales

Question 35

1.- En el caso del ARN comparar patrones de expresión génica entre diferentes condiciones o tejidos,
2.- Facilita el estudio de la regulación génica.

Answer 35

Análisis de expresiones génicas