Alineamiento De Secuencias

Question 1

¿Que es el alineamiento de secuencias?

Answer 1

una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o proteinas.

Question 2

Elementos del alineamiento de secuencias

Answer 2

1 secuencia de consulta (Query)
1 secuencia de referencia

Question 3

Proposito del alineamiento de secuencias

Answer 3

Identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a:

• relaciones evolutivas,
• estructurales
• funciones entre ellas

Question 4

¿Como se interpretan las diferencias entre 2 secuencias con 1 ancestro en comun?

Answer 4

como:
- mutaciones puntuales
- Indeles (insercion o delecion)

Question 5

Que cambios geneticos se pueden detectar en un alineamiento genetico?

Answer 5

Inserciones o Deleciones: que alteren o no el marco de lectura

Sustituciones: relacionadas a variantes, ejmplo: misense

Question 6

Un ejemplo de la aplicacion del alineamiento de secuencias es:

Answer 6

La comparacion de secuencias en alguien enf. y alguien sano

Question 7

Herramientas/metodos para el analisis de secuencias

Answer 7

• Dot-plot
• Alineaciones locales o globales para analisis de residuos

Question 8

A que se refiere la Alineacion de secuencias por pares?

Answer 8

alineacion y comparacion de 2 secuencias biologicas (ADN,ARN o prot)

Question 9

Categorias de la Alineacion de secuencias por pares?

Answer 9

alineamiento global
alineamiento local

Question 10

herramientas para alineamiento de pares de secuencia

Answer 10

BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOSS Water

Question 11

Que hace BlastP?

Answer 11

Alinea aminoacidos en secuencias de proteinas

Question 12

que hace BlastN?

Answer 12

Alinea Nucleotidos

Question 13

que hace Blastx?

Answer 13

busca bases de datos de proteínas mediante una consulta de nucleótidos traducida

Question 14

que hace BlastN?

Answer 14

Alinea Nucleotidos

Question 15

Como se hace el alineamiento Global?

Answer 15

Comparas todo el genoma con una base de datos de referencia

Question 16

Como se hace el alineamiento Local?

Answer 16

Alineas pequeñas regiones del genoma y comparas con base de datos de referencia…. Busca genes particulares

Question 17

Caracteristicas del alineamiento local:

Answer 17

Se hace Comparacion de secuencias con homologia parcial

• Alineamiento de alta calidad
• analisis por residuo

Question 18

Caracteristicas del alineamiento Global:

Answer 18

**Se comparan secuencias en su longitud total

Propositos:
* Encontrar hallazgos de grandes indeles
* Revisar la calidad de los datos
* Identificar mutaciones

Question 19

El alineamiento global sirve para:

Answer 19

identificar a quien o a que pertenece dicho genoma….

(Ejemplo: bacterias, virus, etc)

Question 20

Para que sirve el alineamiento local?

Answer 20

Para buscar genes especificos

Question 21

¿Que es el Dotplot?

Answer 21

Es una representación grafica de la similitud por pares

Se hace una exploración general de la secuencia

Question 22

Que podemos identificar con el dotplot?

Answer 22

• Similitudes entre 2 secuencias
• Hallazgos de Grandes indeles
• Características que pueden aparecer en distinto orden
• Patrones Complejos

Question 23

Que tipo de algoritmo es el de Needleman-Wunch?

Answer 23

Algoritmo de programacion directa

Question 24

Caracteristicas del Algoritmo Needleman Wunch

Answer 24

• Metodo de alineacion y busqueda continua
• No es manual.
• usa el Dot-plot

Poner imagen.

Question 25

Que es lo que se califica o evalua en el Alg. Needle W.?

Answer 25

Match
Mismatch
Gap

Question 26

Caracteristicas del Algoritmo Smith and Waterman (1981)

Answer 26

• Optimo para alineamientos locales (encuentra las regiones de mayor incidencia)
• La via del alineamiento puede iniciar desde cualquier parte
• el valor minimo permitido es 0

Question 27

Que son los alineamientos de secuencias multiples(MSA)

Answer 27

A la alineacion y comparacion de tres o mas secuencias biologicas

Question 28

Para que sirve el MSA?

Answer 28

• Para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.
• Para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
• Para hacer Análisis filogenético.
• Detección de homología entre un gen recién secuenciado y una predicción de estructura de proteína de una familia de genes existente.

Ejmplo: bacterias, cebolla, etc

Question 29

Caracteristicas de alineamientos multiples de secuencia (MSA)

Answer 29

• Algoritmo mas conplejo y sofisticado
• utiliza la alineacion global
• Se hace entre varias secuencias
• Sirve para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.

Question 30

Programas que realizan MSA

Answer 30

• Clustal W/X
• T-COFEEE
• 3DCOFFEE
• MUSCLE

Question 31

Que tipo de Algoritmo es el programa CLUSTAL?

Answer 31

De alineamiento progresivo

Question 32

Que tipo de Algoritmo es el programa T-COFFEE?

Answer 32

De arbol y alineamiento basado en consistencia

Question 33

Que tipo de Algoritmo es el programa 3DCOFFEE?

Answer 33

De un alineamiento basado en estructura

Question 34

Que tipo de Algoritmo es el programa MUSCLE?

Answer 34

progresivo basado en puntaje de expectativa de registro alineacion y refinamiento dependiente del arbol.