Alineamiento De Secuencias Flashcards

1
Q

¿Que es el alineamiento de secuencias?

A

una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o proteinas.

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2
Q

Elementos del alineamiento de secuencias

A

1 secuencia de consulta (Query)
1 secuencia de referencia

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3
Q

Proposito del alineamiento de secuencias

A

Identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a:

  • relaciones evolutivas,
  • estructurales
  • funciones entre ellas
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4
Q

¿Como se interpretan las diferencias entre 2 secuencias con 1 ancestro en comun?

A

como:
- mutaciones puntuales
- Indeles (insercion o delecion)

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5
Q

Que cambios geneticos se pueden detectar en un alineamiento genetico?

A

Inserciones o Deleciones: que alteren o no el marco de lectura

Sustituciones: relacionadas a variantes, ejmplo: misense

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6
Q

Un ejemplo de la aplicacion del alineamiento de secuencias es:

A

La comparacion de secuencias en alguien enf. y alguien sano

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7
Q

Herramientas/metodos para el analisis de secuencias

A
  • Dot-plot
  • Alineaciones locales o globales para analisis de residuos
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8
Q

A que se refiere la Alineacion de secuencias por pares?

A

alineacion y comparacion de 2 secuencias biologicas (ADN,ARN o prot)

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9
Q

Categorias de la Alineacion de secuencias por pares?

A

alineamiento global
alineamiento local

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10
Q

herramientas para alineamiento de pares de secuencia

A

BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOSS Water

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11
Q

Que hace BlastP?

A

Alinea aminoacidos en secuencias de proteinas

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12
Q

que hace BlastN?

A

Alinea Nucleotidos

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13
Q

que hace Blastx?

A

busca bases de datos de proteínas mediante una consulta de nucleótidos traducida

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14
Q

que hace BlastN?

A

Alinea Nucleotidos

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15
Q

Como se hace el alineamiento Global?

A

Comparas todo el genoma con una base de datos de referencia

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16
Q

Como se hace el alineamiento Local?

A

Alineas pequeñas regiones del genoma y comparas con base de datos de referencia…. Busca genes particulares

17
Q

Caracteristicas del alineamiento local:

A

Se hace Comparacion de secuencias con homologia parcial

  • Alineamiento de alta calidad
  • analisis por residuo
18
Q

Caracteristicas del alineamiento Global:

A

**Se comparan secuencias en su longitud total

Propositos:
* Encontrar hallazgos de grandes indeles
* Revisar la calidad de los datos
* Identificar mutaciones

19
Q

El alineamiento global sirve para:

A

identificar a quien o a que pertenece dicho genoma….

(Ejemplo: bacterias, virus, etc)

20
Q

Para que sirve el alineamiento local?

A

Para buscar genes especificos

21
Q

¿Que es el Dotplot?

A

Es una representación grafica de la similitud por pares

Se hace una exploración general de la secuencia

22
Q

Que podemos identificar con el dotplot?

A
  • Similitudes entre 2 secuencias
  • Hallazgos de Grandes indeles
  • Características que pueden aparecer en distinto orden
  • Patrones Complejos
23
Q

Que tipo de algoritmo es el de Needleman-Wunch?

A

Algoritmo de programacion directa

24
Q

Caracteristicas del Algoritmo Needleman Wunch

A
  • Metodo de alineacion y busqueda continua
  • No es manual.
  • usa el Dot-plot

Poner imagen.

25
Q

Que es lo que se califica o evalua en el Alg. Needle W.?

A

Match
Mismatch
Gap

26
Q

Caracteristicas del Algoritmo Smith and Waterman (1981)

A
  • Optimo para alineamientos locales (encuentra las regiones de mayor incidencia)
  • La via del alineamiento puede iniciar desde cualquier parte
  • el valor minimo permitido es 0
27
Q

Que son los alineamientos de secuencias multiples(MSA)

A

A la alineacion y comparacion de tres o mas secuencias biologicas

28
Q

Para que sirve el MSA?

A
  • Para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.
  • Para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
  • Para hacer Análisis filogenético.
  • Detección de homología entre un gen recién secuenciado y una predicción de estructura de proteína de una familia de genes existente.

Ejmplo: bacterias, cebolla, etc

29
Q

Caracteristicas de alineamientos multiples de secuencia (MSA)

A
  • Algoritmo mas conplejo y sofisticado
  • utiliza la alineacion global
  • Se hace entre varias secuencias
  • Sirve para ver similitudes o diferencias entre genomas de distintas especies.
30
Q

Programas que realizan MSA

A
  • Clustal W/X
  • T-COFEEE
  • 3DCOFFEE
  • MUSCLE
31
Q

Que tipo de Algoritmo es el programa CLUSTAL?

A

De alineamiento progresivo

32
Q

Que tipo de Algoritmo es el programa T-COFFEE?

A

De arbol y alineamiento basado en consistencia

33
Q

Que tipo de Algoritmo es el programa 3DCOFFEE?

A

De un alineamiento basado en estructura

34
Q

Que tipo de Algoritmo es el programa MUSCLE?

A

progresivo basado en puntaje de expectativa de registro alineacion y refinamiento dependiente del arbol.