Acides nucléiques et structures des chromosomes Flashcards
quels sont les constituants des nucléosides
- relier au pentose (glucide) à la position C 1’ par un lien covalent
- bases azotés (2 types)
quelles sont les deux types de base azotés
- base purique (anneau à 9 atomes) : Adénine et Guanine
- base pyrimidique (anneau à 6 anneaux) : Cytosine, Thymine et Uracile
quels sont les deux types de pentoses possibles présent dans un nucléoside
- ribose
- desoxyribose
quelles sont les familles de nucléosides contenant un ribose
adénosine (adénine), guanosine (guanine), cytidine (cytosine) et uridine (uracil)
quelles sont les familles de nucléosides contenant un désoxyribose
désoxyadénosine, désoxyguanosine, désoxycytidine et désoxythymidine (thymine)
Qu’est ce qu’un nucléotide
monomères des acides nucléiques sont un assemblage de trois composantes: une base azotée, un pentose et un acide phosphorique
Quels sont les ribonucleotides
AMP, ADP, ATP, CMP, CDP, CTP, UMP, UDP, UTP, GMP,GDP, GTP
Quels sont les désoxyribonucleotides
dAMP, dADP, dATP, dCMP, dCDP, dCTP, dTMP, dTDP, dTTP, dGMP, dGDP, dGTP
quels sont les positions des phosphates dans l’ATP
alpha, beta et gamma
Quels sont les acides aminés qui peuvent recevoir des phosphates?
Sérine (S), Tyrosine (Y), Thréonine (T)
combien de charges net negative l’ATP posède-t-il
4 charges negatives nettes
quel effet peuvent avoir les charges net negatives de l’ATP
elles peuvent modifier la conformation d’une proteine comme une enzyme, proteine du cytosquelette.
Quel est LE ROLE principale des nucleotides
Les nucleotides (ATP et GTP) sont des catalyseurs de changements de conformations des proteines.
Quels sont les types de liaisons
Liaison covalente, liaison ionique, pont hydrogène, interactions Van der Waals, effet hydrophobe
A quoi servent les changements de conformations des protéines
Permet de métaboliser et de répondre à son environnement
Quels sont les trois rôles des nucleotides
- utilisation des nucleotides par les protéines
- utilisation des nucleotides pour la synthèse de seconds messagers et du coenzymeA
- utilisation des nucleotides pour l’encodage génétique
role principale: Les nucleotides (ATP et GTP) sont des catalyseurs de changements de conformations des proteines.
pour quelles réactions les proteines utilisent-elles les nucléotides
- l’hydrolyse de l’ATP
- échange GTP/GDP
- la phosphorylation des protéines (utilisation de l’ATP)
expliquer l’utilisation des nucléotides par les protéines lors de l’hydrolyse de l’ATP
- Certaines protéines ont un repliement dans l’espace d’une chaîne polypeptidique (structure tertiaire) leur permettant de créer un site d’attachement aux nucléotides, site appelé: « nucleotide binding pocket ou nucleotide binding site ».
- Plus spécifiquement, ce site contient une loupe « P » d’activation (”P loop; phosphate binding loop ou Walker A motif) liant les nucléosides phosphorylés.
- On retrouve ces sites sur plusieurs types de protéines: motrices, kinases, phosphatases, hydrolase).
comment l’énergie fournit par l’ATP peut etre utiliser a la suite de l’hydrolyse
- Energie cinétique pour le transport des organites de sorte qu’elles peuvent se déplacer de façon précise dans la cellule
- Energie cinétique pour l’action des protéines contractiles
Quel est le processus de l’hydrolyse de l’ATP (ATPase)?
Certaines protéines ont un repliement dans l’espace d’une chaîne polypeptidique créant un site d’attachement aux nucléotides. Ce site est appelé Nucléotide binding pocket. Ce site contient une loupe P d’activation liant les nucléosides phophorylés. (on part d’un ATP, hydrolyse-> ADP + phosphate inorganique au site d’attachement, donc ADP a 2 charges nettes
expliquer l’utilisation des nucléotides par les protéines lors d’échange GTP/GDP
- D’autres protéines avec un site de liaison aux nucléotides vont lier préférentiellement de GDP. Elles sont appelées « Guanine Nucleotide Binding Protein (GNBP) ».
- Sous certaines conditions biologiques, un changement conformationnel de ces dernières induit une perte d’affinité pour le GDP, permettant au GTP (plus concentré dans le cytoplasme) de prendre place dans lapoche de liaison aux nucléotides.
- C’est ainsi que ces protéines échangent les nucléotides de type guanine. On passe alors de 2 charges négatives nettes à 4.
- Une fois liées au GTP, ces protéines vont également hydrolyser ce dernier enGDP, ce sont donc des GTPases.
expliquer l’utilisation des nucléotides par les protéines lors de la phosphorylation des proteines
- De part la présence d’un site de liaison aux nucléotides, les protéines kinases lient l’ATP et transfert de phosphate en position gamma sur un groupement hydroxyle.
quel est le role d’une enzyme kinase
- possède une activité phosphotransférase
- transfère des groupements phosphoryles(-PO ) entre un complexe Mg -ATP (premier substrat) et un métabolite(deuxième substrat).
- dans l’ADN, elle transfère des groupements phosphates sur le glucose.
qu’est ce qu’un acide nucléique
polymères composés de monomères (nucléotides)
quels sont les 2 types d’acides nucléiques
- acides désoxyribonucléiques (ADN)
- acides ribonucléiques (ARN)
qu’est ce qu’un polynucléotides
- plusieurs nucléotides joints ensemble par une liaison covalente 3’-5’ phosphodiester. Cette liaison joint le carbone 5’ d’un groupement pentose au carbone 3’ au groupement pentose suivant.
- Il n’y a pas de contrainte de longueur de polynucléotides
- Toutefois, il y a toujours un début et une fin.
Début: représenté par un 5’-phosphate exposé
Fin: représentée par un 3’-hydroxyl exposé
qu’est ce qu’est l’ADN ou acide désoxyribonucléique
c’est le support du code génétique.
ou se retrouve l’ADN chez l’eucaryote
il se retrouve de façon majoritaire dans le noyau. Il est présent également dans la mitochondrie
quel est le role de l’ADN dans la mitochondrie
encode pour des ARNt, des ARNr et des protéines mitochondriales.
quel est le sucre dans l’ADN
2’ désoxyribose
quelles sont les bases azotés de l’ADN
A pour adénine, G pour guanine, T pour thymine et C pour cytosine.
quelle est l’allure de l’ADN
- L’ADN double-brin (bicaténaire) est composée de 2 longues chaînes polynucléotidiques complémentaires et antiparallèles, aussi appelées brins d’ADN, formant une double hélice.
- Adénine toujours couplé avec thymine (A-T), et guanine avec cytosine (G-C)
- On remarque que les bases de l’ADN sont à l’intérieur de la double hélice
- le sucre phosphaté se situe à l’extérieur de la double hélice.
- la structure de l’ADN est de forme B
quelle es la différence entre un nucléoside et un nucléotide
nucléoside: une base lié avec un pentose
nucléotide: une base, un pentose et un groupement phosphate.
qu’est ce qu’est la forme Z de l’ADN
conformation alternative ou les bases (souvent G et C) forment un zigzag
que permet la conformation double-brin (complémentaire) de l’ADN
- permet la duplication en deux brins identiques lors du phénimène de réplication de l’ADN- produire une molécule d’ARN lors du phénomène de transcription
qu’est ce qui stabilise l’ADN
la double hélice est stabilisée par la présence de ponts hydrogène formé par les groupements phosphates chargés négativement se retrouvant à l’extérieur et par les bases se retrouvant à l’intérieure
dans quel sens se déroule la polymérisation d’un nouveau brin d’ADN lors de la réplication et pourquoi
du sens 5’ a 3’ a cause de l’attaque nucléophile du phosphate
qu’est ce que la transcription
création d’un brin d’ARN monocaténaire par la polymérisation de ribonucléotides