8. Proyecto ENCODE Flashcards
Generalidades
- creado en 2003
- cataloga elementos funcionales del gen
- regulacion de la expresion genica y salud
que regiones pretendio identificar
- genes codificantes para prot
- genes que no codifican para prot
- elemntos reguladores del la transc
- secuencias que median estructura y dinamica
Fase piloto
- estrategias para identificar regiones del genoma
- desarrollo tecnologico - caracterizar secuencias previamente identificadas y encontrar nuevas regiones
- 44 regiones para estudiar (30Mb)
- 1% del genoma
- regiones de ADN q transcribian a ARN
que analizaron
10 organismos vertebrados por posicion filogenética
q secuenciaron en esos organismos
regiones ortólogas
fin de analizar esos organismos
elementos conservados a nivel evolutivo
que desarrollaron
herramientas computacionales para utilizar secuencias comparativas para inferir funciones biologicas
Fase 1
- Fase piloto
- 1% de producción de datos (humanos)
- desarrollo tecnologia 1 y 2
- 2003 - 2007
Fase 2
- producción de datos humana
- DDC y DAC
- modENCODE - mosca y gusano
- ENCODE ratón
- desarrollo tecnologia 3
Fase 3
- producción datos - humanos y ratones
- DDC y DAC
- análisis computacional 1
- desarrollo tecnologia 4
Fase 4
- producción datos - humanos y ratón
- DDC y DAC
- análisis computacional 2
- caracterizacion funcional
que fue el ENCODE 2
coleecion de 13 articulos donde se abrodan diferentes acercamientos a la estructura y funcionamiento de la info genómica
cuando y quien publico el ENCODE 2
septiembre 2012 se cero y se publico por la revista nature enero 2019
Cuantas cosas buscaba el ENCODE 2
7
ENCODE 2 – 1
Motivos de los TF - fact transc
* mapearon 119 regiones donde se observaron union de proteina-ADN
* ARN pol en 72 tipos de cél – ChIP-Seq
* 87 secuencia especifica de TF
* 8.1% del genoma tiene regiones de ADN-prot
* FACTORBOOK
q es FACTORBOOK
catalogo de sitios de union a TF
ENCODE 2 – 2
Estudio en los patrones de sitios de unión de TF
* sitios de union TF ayudan a explorar las propiedades de la cromatina
* evaluan unión H3K27me3
que es H3K27me3 y donde se evalua su union
modificación epigenetica en la histona H3, trimetilacion de lisina 27
se evalua en el estudio de patrones de sitios de union de TF
ENCODE 2 – 3
caracterización de regiones intergénicas y definicion de un gen
ENCODE 2 – 4
ARNs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras
* modelos de predicción q exploraron la interacción entre las modificaciones de histonas y promotores
ENCODE 2 – 5
Regulación epigenética del procesamiento del ARN
* 2 promotores
* Islas CpG, menor cantidad caja TATA
* Caja TATA
ENCODE 2 – 6
Caracterización de ARNs no codificantes
* técnica CAGE-seq
* ARNs de menos de 200 nucleot asociados
q identifica la técnica CAGE-seq
sitios de inicio de la transcripción - TSSs
ENCODE 2 – 7
Metilación de ADN
ENCODE 2 – 8
Descubrimiento y caracterización de enhancers
ENCODE 2 – 9
Conexiones 3D a lo largo del genoma
ENCODE 2 – 10
Caracterización de la red tropológica
ENCODE 2 – 11
Machine learning in genomics
ENCODE 2 – 12
Entendimiento la variciaón con base en el impacto de la info funcional
ENCODE 2 – 13
Impacto de la selección evolutiva en regiones funcionales
metodología utilizada en el proyecto ENCODE
- hibridación ChIP-chip
- inmunoprecipitación de cromatina
- técnica para sitios de unión de prot-ADN
- TF, H, regulad cromatina
en donde se realizo su metodologia
en un chip por eso es hibridación ChIP-chip
