3. Secuenciación Genomas Flashcards
1
Q
Secuenciación
A
determinación del orden de las bases nitrogenadas en la cadena de ADN
2
Q
SANGER
A
- publicado en 1977
- Adición de ddNTPS
3
Q
Fundamento de Sanger
A
- replica el ADN con ayuda de la ADN polimerasa
- Adición ddNTPS
- no cuenta con OH en 3’
- Terminadores
- inicio radioactivamente
4
Q
Metodología Sanger
A
- cadena ADN sencilla
- ADN polimerasa amplifica fragmento
- Lee fragmentos de 50-300 nucleotidos
- nucleótidos específicos
5
Q
Secuenciación automatizada (actual)
A
- modificación de Sanger
- automatización
- utiliza fluorocromos
- amplifica hasta 96 muestras de corrido
- fragmentos de 30-60k
6
Q
Pasos de la secuenciación automatizada
A
- PCR con ddNTPS fluorescente de terminación de cadena
- Separación por tamaño mediante electroforesis capilar en gel
- Excitación y detección de láser mediante máquina secuenciadora
7
Q
Next generation sequencing (NGS)
A
- posterior a Sanger
- secuencia de manera masiva
- paralela diferentes fragmentos de ADN
8
Q
Tipos de NGS
A
Hibridación
* pirosecuenciación (roche)
* solexa (illumina)
* Termofisher - Ion Torrent
9
Q
Pirosecuenciación
A
- no utiliza gel de acrilamida
- secuencia fragmentos de 200-400pb
- libera pirofosfato (Ppi)
- emulsión (esfera)
10
Q
Solexa
A
- amplificación “en puente”
- hebra reverse y hebra forward
- placa con positos con adaptadores de cadena de ADN
11
Q
Ion Torrent
A
- amplificación - liberación H - cambio pH
- emulsión
12
Q
NGS que permite
A
- secuenciación de múltiples sitios a escala masiva
- millones a billones de fragmentos de ADN secuenciados en una sola reacción
13
Q
Cobertura
A
promedio de # de lecturas que se alinean una secuencia de referencia
14
Q
Profundidad
A
el # de veces que ha sido secuenciado una base del genoma
15
Q
Fragmentación
A
- corte de ADN en pequeños segmentos (100-300bp)
- métodos mecánicos y enzimático
- ligadura con un adaptador personalizado
