5.Alignement multiple Flashcards
Pourquoi comparer des séquences ?
-Recherche de similitude (recherche des similarités) ou d’homologie(chercher à établir des liens de parentés) (à ne pas confondre)=>similitude syntaxique est un signe de proximité fonctionnelle
-Recherche de fonction commune
Les régions conservées=régions fonctionnellement importantes
-Prédiction de gènes/protéines
D’où sont issus les gènes des organismes actuels?
de remaniements de gènes ancestraux (mutations, insertions, délétions)
A quoi sont soumises les régions fonctionnelles des gènes?
à sélection
=>elles sont donc relativement préservées par l’évolution, car des mutations trop radicales sont désavantageuses.
Les régions non fonctionnelles subissent elles la sélection? Quelle est la conséquence?
Non, elles divergent rapidement.
C’est quoi un alignement de séquences ?
Mise en correspondance de deux séquences (ADN ou protéines), avec l’utilisation de TROIS événements mutationnels élémentaires
Il en découle un score d’alignement selon:
Substitution : score de similitude
In/del : pénalité !
Quels sont les trois événements mutationnels élémentaires?
La substitution (remplacement d’un caractère par un autre : A en T par exemple)
L’insertion
La délétion
Qu’est ce qu’un alignement global?+ schéma
alignement de la totalité des séquences analysées (et donc des extrémités aussi)
Qu’est ce qu’un alignement local?+ schéma
alignement qui optimise le score obtenu (pénalise fortement les insertions/délétions)
Quelles sont les règles d’un alignement de séquence?
REGLE1 : Modifications qui gardent la nature de la lettre sont les plus probables
REGLE2 : Plus il y a de lettres orphelines, moins la correspondance est probable
Comment choisir la mise en place d’un SCORE?
+ de matchs = score plus élevé
(exemple = +1/ match)
+ de modifications= score - élevé
modifications conservatrices (-0.5)
modifications non conservatrices (-1)
+ d’orphelins = score - élevé
(orphelin : -1)
Quel est le synonyme de matrices de similarité ?
matrices de substitution
Que sont des matrices de similarités?
des matrices permettant de donner un score de similarité ou de ressemblance entre deux acides aminés, pour réaliser des alignements de séquences biologiques.
