1.Introduction Flashcards
C’est quoi la bio-informatique ?
-Discipline récente (quelques dizaines d’années).
-qui utilise tout le potentiel de traitement de l’informatique : modèles théoriques, algorithmes et programmes, bases de données, ordinateurs, réseau Internet, protocoles de communication, langages,…
-hybride : elle est fondée sur des concepts et des formalismes issus de la biologie, de l’informatique, des mathématiques et de la physique, de la chimie (techniques de séquençage, …).
C’est quoi la bio-analyse?
à l’opposé de la bio-informatique, un grand nombre de biologistes complètent leurs travaux en laboratoire par des analyses sur ordinateur. Ces bio-informaticiens-là ne créent pas de programmes, mais utilisent ceux qui sont écrits par d’autres
Quelles sont les 3 activités principales de la bio-informatique?
-Acquisition des données biologiques (production de données),
-Organisation et stockage des données pour y accéder efficacement,
-Conception de logiciels pour l’analyse, la comparaison et la modélisation des données, analyse des résultats produits par les logiciels.
Qu’y a t-il entre les deux extrêmes que sont la bio-info et la bio analyse?
Des coopérations entre biologistes et informaticiens pour créer de nouveaux programmes informatiques destinés à la biologie. Cela va de l’analyse du génome à la modélisation de l’évolution d’une population dans un environnement donné, en passant par la modélisation moléculaire, l’analyse d’image, le séquençage du génome, la reconstruction d’arbres phylogénétiques (phylogénie), etc.
Pourquoi la bio-info est à l’opposé de la bio-analyse?
branche de la biologie capable de prédire, par des moyens informatiques, les lois ou les comportements biologiques
La bio-info est aux croisement de 3 domaines, lesquels?
-Informatique
-Biologie
-Statistiques
Faire le schéma des 3 activités principales de la bio-info
Production de données
Analyse de données
Stockage et organisation de données
Comment y a t’il eu une explosion des donnés et quand ?
-2003= automatisation
-2007=séquençage nouvelle génération
Quand est ce que le génome humain brut a été publié?
2001, nature et science
Qui a séquencé le génome humain?
2 équipes s’affrontaient:
-consortium public international, HGP, Francis Collins et James Watson
-société privée, Celera genomic, Craig Venter
Combien y a t’il de génération de séquenceurs? + dates
3
1075(southern blot)-2000(séquençage à haut débit)-2012(N-NGS)-…
Quelle technique est utilisée pour séquencer l’ADN?
Le séquençage de Sanger
Que permet le séquençage de l’ADN?
de déterminer l’ordre desnucléotidesdans un brin d’ADN
Donner les noms de 4 nucléotides
Les quatre nucléotides de base sont l’adénine (A), la guanine (G), la cytosine (C) et la thymine (T)
Que sont les nucléotides et quelle est leur utilitée?
Ces nucléotides sont les éléments chimiques constitutifs de l’ADN.
L’ordre ou la séquence de ces éléments indique à vos cellules comment se comporter.
Comment se passe le séquençage par nanopore?
Courant électrique à travers le nanopore
Passage de l’analyte dans le nanopore identification par la modification du courant électrique ou son arrêt
Qu’est ce qu’un nanopore?
Nanopore = ‘très petit pore’
