2.1.Principales bases de données nucléotidique

Question 1

Que signifie que les données ont été obtenue par la recherche publique?

Answer 1

Recherche publique = données publiques
Partage international des données
Evite qu’une expérience soit refaite par différents laboratoires
Permet la comparaison des résultats

Question 2

Qu’est ce qu’une base de donnée?

Answer 2

Ensemble de données relatif à un domaine défini de connaissances et organisé pour être offert aux consultations d’utilisateurs et analyses

Question 3

Quels besoins génère le nombre important de données obtenues par l’expérimentation?

Answer 3

Besoin d’outils adaptés à de grands volumes de données
Besoin d’une gestion par des organismes spécialisés
Besoin d’interrogation via Internet (Accès fréquents à ces données)

Question 4

Quand sont créées les premières banques de séquences nucléiques?

Answer 4

Au début des années 80

Question 5

D’où viennent es données des banques de données nucléotidiques?

Answer 5

Séquençage de molécules d’ADN ou d’ARN

Question 6

Quels sont les différents types de données stockées?

Answer 6

Fragments de génomes (un ou plusieurs gènes, un bout de gène, séquence intergénique, etc).
Génomes complets,
ARNm, ARNt, ARNr, … (fragments ou entiers)

Question 7

Que représente une entrée?

Answer 7

1 séquence + ses annotations = 1 entrée

Question 8

Les séquences ADN et ARN Sont écrites avec T ou U?

Answer 8

T

Question 9

Quel brin est donné dans la banque?

Answer 9

Le brin + ou brin direct

Question 10

Quelles sont les bases de données principales? + régions

Answer 10

-NCBI US
-EMBL-EBI (devenu ENA) Europe
-DDBJ Asie

Question 11

Quels sont les inconvénients des bases de données généralisées?

Answer 11

Difficulté de mise à jour des données
Forte redondance
Annotations peu normalisées
Annotations peu précises
=> bases spécialisées évitent ces pb

Question 12

Donner des exemples de bases spécialisées

Answer 12

Human Microbiome Project
FlyBase Database
WormBase