4 : part1 - communautés Flashcards
compo structure d’une commu (3)
- liste d’orgas
- abondances
- relations phylogénétiques
but ultime de la commu
découverte liens entre structure et fonction
1ère étape de la structure d’une commu (3)
- identification des orgas
- utilisation d’1 gène (approche moderne)
- ARNr 16S pr proca et ARNr 18S pr euca
2e étape structure d’une commu (5)
- mesure de diversité (3 nivx)
- diversité beta
- diversité alpha
- grde divT alpha des commus microbiennes avec qques phylotypes dominants
- envts similaires -> peu variation divT beta
que donne l’échantillonnage pour plupart des commus
1 centaine de phylotypes dominent pl. commus qui représentent 80% des inds
diversité alpha
richesse en espèces + distribution des abondances (même nb inds de chq espèce = égalité; présence d’espèces dominantes) sans tenir compte de phylogénétique
diversité beta
comparaison des commus (degré de ≠° entre commus)
diversité gamma
comparaison des commus ds 1 zone + large
systèmes aquatiques VS terrestres (2)
- commus du sol + riches (2x + phylotypes)
- pl. micro-envts présents ds sol, eau + homogène
paradoxe du plancton (Hutchinson) (3)
- océan = envt + simple et peu structuré, compet des microbes pr ressources très limitées
- => peu phylotypes, MAIS 200,000 espèces de phyloplancton
- à base : principe d’exclusion compétitive amplifié par évolution
cmt commu stable évolue avec ressources limitées ? (4)
- possibilité A : retour à normale (état stable) après perturbation éco
- possibilité B : remplacement de lignée ancestrale (pas effet sur diversité)
- possibilité C : invasion d’une nvelle niche (aug° spéciation + diversité)
- possibilité D : 1 espèce supplante ttes autres (extinctions)
hypothèses du paradoxe du plancton (5)
- variation envt aquatique avec temps
- complexité possible à échelle du micron
- reminéralisation de mat orga par bact hétérotrophes
- présence de bact inactives, état de dormance
- prédation par herbivores + virus -> empêche gagnants de compet pr ressources à prendre trop d’expansion = kill the winner
exclusion compétitive et évolution (5)
- changement des commus écologiquement stables avec évolution
- => nb espèces < nb ressources dispos
- phylotypes dominants = 80% commu
- nb espèces maintenues par évolution est faible, même qd envt contient nvelles ressources
- intêret : avoir minimum d’espèces qui sont le mieux adapté
def biogéographie (3)
- étude de distribution géographique des orgas
- => 50-100 phylums ds bact ds nature, mais seulement qques uns abondants ds envt donné et certains sont partout
- ≠ classes de bact pr chq envt ≠
caractéristiques acidobact (6)
- abondantes +++ ds sols et rares ds envts aquatiques
- bas pH -> 50% de commu totale
- aug° pH -> 20% de commu totale
- hétérotrophes / photohétérotrophes / chimioautohétérotrophes
- aérobiques / microaérophiliques (pas besoin bcp % oxygène) / thermophiles
- découverte : aug° nb subdiv° au fil des années
acidobact : métabolisme des glucides (8)
- glucides = sources de C
- décomposeurs de MO, ds cycle du C
- capacité utilisation monosacc, oligosacc, polysacc
- 50% -> nutrition à partir d’amidon / laminarine (réserve NRJ algues brunes)
- utilisation chitine par 1 subdiv°
- prod° enz extracelR (dégradation biopolymères des plantes)
- gènes dégradation de cellulose -> infection plantes + biosynthèse cellulose bactN
- incapacité utilisation fucose + sorbose (rares ds sol)
acidobact : exopolysaccs (EPS) (7)
- mol. complexes formées de chaines de monosacc sécrétées par certaines bact ds leur envt
- rôles bio et éco :
- survie + longue
- résistance envts acides/pollués
- formation matrice du sol + adhésion au sol
- formation biofilms
- réservoir eau + nutriments
acidobact : transporteurs (6)
- 6-9% séqces codantes
- facilitation acquisition nutriments + élargissement spectre des ressources utilisables
- prod° sidérophores
- adaptation envt pauvres en nutriments (oligotrophe)
- avantage compétitif ds envts complexes
- potL génétique
def oligotrophe
orga incapable de vivre ou croître de façon optimale avec hautes C° en nutriments
acidobact : stratégies évolutives (3)
- statégie-r : taux croissce rapide -> gén° bcp inds, “pas coûteux), faible taux survie / efficace ds envts variables
- stratégie-K : taux croissce lent -> gén° peu inds, “coûteux”, utilisation ressources + efficaces avec - pertes) / efficace ds ents stables et/ou pauvres en nutriments
- utilisation statégie K par acidobact (possibilité que certaines soient oligotrophes)
acidobact : facteurs envtx (6)
- dispo C organique
- strates du sol : abondance ++ en profondeur
- présce pr rhizophère de certaines plantes
- perturbations drastiques : récupération des sols abusés
- tolérance à ≠ polluants
- adaptations aux pH acides
abondance bact ds océan (4)
- variation abondance de bact + Crenarchéas selon profondeur
- abondance des Euryarchéas faible de façon stable
- 3 types présents à ttes hauteurs de colonne d’eau
- propT ≠tes = occupation niches écos
au moins 1 microbe de chq type ds ts habitats (3)
- microbes nbreux + dispersion sans frontières
- reprod° clonale : 1 microbe -> 1 pop abondante si envt propice
- hypothèse de ubiquité globale : géographie n’a pas d’impce
intêret de comparer commus des 5 lacs d’arctique VS 5 lacs d’antarctique
séparation géographique extrême, tout en ayant mêmes types de pressions de sélection naturelle
expce de comparaison commus 5 lacs Arctique VS 5 lacs Antarctique (3)
- méthode : DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) des ARNr 16S isolés des lacs + séquençage bandes majTR et BLAST avec bases de données
- similitudes des phylotypes : sur totsl phylotypes trouvés, 12-36% pareils
- hypothèse pour ≠ces : inoculation + dispersion bactN se font qd lacs colonisés par oiseaux et mammifères / voyage de ≠ microbiomes par ≠tes espèces d’animaux
bact des autres lacs ? (2)
- bact des “clades d’eau douce” : ds lacs + rivières de ≠ continents
- moitié des phypolypes pareille entre les lacs, mais moitié spq à 1 lac particulier
envts marins aux 2 pôles ? (2)
- acides gras ds pl. bact
- (e) phénotypes obtenus regroupés en 8 clades : 5/8 = souches des 2 pôles + 3/8 = souches d’arctique
glace aux 2 pôles ?
> 97% phylotypes pareils entre arctique et antarctique
qu’explique l’envt local ?
explique 1 haute similarité entre commus bactN des habitats éloignés l’un de autre
