3 : part1 - concept d'espèce chez proca Flashcards
que génèrent les mutations
variabilité ds pop
génome proca : (e) gènes d’1 cell (3)
- 1 chr circulaire = 1 nucléoïde
- plasmide(s) -> maintenus si fournit 1 avantage
- orga gènes en opérons + transcription polycistronique
qu’utilise la phylogénétique (3)
- la clastidique
- clade = (e) espèces qui ont 1 ancêtre commun
- longueur branches = Qt changements génétique OU tps entre ancêtre et descendce
regroupement espèces selon quels critères (3)
- grpe monopghylétique : grpe naturel, 1 ancêtre commun pr pl. espèces
- grpe paraphylétique : 1 membre de lignée descendante est exclu (critère sélection manquant ou ≠)
- grpe polyphylétique : pl. origines évolutives distinctes -> critère classification commun
def taxon
élément de taxonomie, grpe d’orgas traité considéré comme 1 seule unité
caractérisation arbre phylogénétique (4)
- topologie + long branches
- noeud = ancêtre commun de certains éléments seulement
- spéciation
- racine = ancêtre commun de tous éléments de arbre
def espèce
grpes de pops naturelles réellement ou potentiellement capables de se croiser, isolés d’1 point de vue reproductif des autres grpes
espèces : unité d’étude de bio (2)
- évolution -> mutations + sélection + dérive ds 1 seule espèce
- écologie -> interactions entre espèces
inds de même espèce proca (2)
- similarités : classification phénotypique > cl. génétique + mesure niv d’hybridation ADN-ADN > cl. par contenus de gènes + comparaison gènes marqueurs (ARNr 16S)
- fréqce échange ADN par recombinaison
à quoi est corrélée la similarité des ARNr-16S (3)
- à similarité génétique
- pas orgas avec forte hybridation ADN-ADN + faible similarité ARNr-16S
- orgas avec ARNr-16S similaires -> génomes très ≠
concept d’espèce bio de Mayr (4)
- nécessité force cohésion pour maintien grpe = recombi génétique
- impce isolement reproducteur
- taux recombinaison ds bact trop faibles pr baser concept d’espèce sur isolement reproducteur
- bact très proches entre elles + possibilité échange de gènes entre ≠ espèces
modèle Écotype de Cohan (alternative concept de Mayr) (4)
- écotype -> impce spécificité de niche + adaptation
- sélection naturelle périodique -> mutation bénéf impte = purge de diversité
- purges ds 1 écotype, PAS entre écotypes = écotypes pas en compet
- origine des écotypes : 1 nvelle mutation -> occasion exploitation nvelle niche, peu recombinaison -> divergence nvel écotype
reprod° asexuée (3)
- asexuée : variation fréqce recombi
- conversion de gène (non- réciproque)
- transfert horizontal
reprod° sexuée (3)
- recombi à chq gén°
- crossing-over (réciproque)
- transfert vertical
2 types de barrières phylogénétiques
- barrières écologiques
- barrières de recombinaison
comment les bact répondent aux changements envtx (2)
- croissance rapide
- flexibilité matL génétique
croissance rapide des bact
+ gén° = + possibilités adaptation
flexibilité matL génétique des bact (5)
- mutations bénef
- incorporation ADN étranger par HR :
- conjugaison -> mécanisme encodé sur plasmide + pili nécessaire
- transformation -> intégration ADN (source nutriments) de envt de bact compétentes
- transduction -> infections par phages
méthodes transfert horizontal d’ADN (4)
- dégradation par nucléases
- stabilisation par circulation (plasmide)
- recombinaison homologue ds chr : 20pb identiques + recombinases OU mécanisme réparation ADN
- recombinaison non-homologue ds chr : enz intégrase pour reconnaissce séq d’insertion spq
forces de évolution et effet sur diversité génétique (5)
- mutation : aug° diversité génétique (DG), source diversité
- dérive : dim° DG, changement fréqce allèle au hasard
- recombinaison : aug° DG
- sélection - : dim° DG, conservation état ancestral
- sélection + : aug° DG, si “mi-sweep” (moitié pop avec état évolué et autre moitié avec état ancestral) / dim° DG, si “sweep” complet (tte pop change pr état évolué)
possibilités types de cycles des phages (2)
- cycle lytique
- cycle lysogénique (prophage)
6 phases de transduction
- abs°
- pénétration
- décapsidation
- réplication (génome + prot)
- maturation (assemblage + encapsidation)
- libération
écologie des bactériophages (2)
- phages lytiques = prédateurs de bact
- infections lysogéniques = relations parasitisme
rôles virus ds envt (4)
- contrôle pops bactériennes
- interaction avec chaines alimentaires
- interaction avec cycles biogéochimiques : remise en circulation biomasse bactérienne
- aug° diversité microbienne : favorisation transferts horizontaux gènes + Co-évolution
théorie : bact désactive récepteur ciblé par phage (3)
- désactiver/changer/enlever récepteur = perte compétitivité => phage gardé ds pop
- si récepteur essentiel à survie bact -> pas désactivation possible
- changement de cible par certains virus
dynamique évolutive : inverse gene-for-gene (IGFG) (2)
- structures de résistance gagnées par hôte + perte déclencheurs des défenses de hôte par pathogènes
- perte structures exploitées par pathogènes spq par hôte + évolution pathogènes pr exploitation structures alternatives
E. coli et phage λ (4)
- réd° exp° récepteur de mbrane ext par E.coli -> phage prend 1 autre récepteur
- infection à 2 étapes :
- 1) initiation à mbrane ext : attachement prot J virale à prot bactérienne LamB -> entrée virus ds périplasme
- 2) injection génome viral à travers prot bactériennes de mannose perméases ds mbrane ext
