1 - microbiome humain Flashcards
def microbe
microorga de 100µm et moins, observé avec 1 microscope
caractéristiques microbes (3)
- unicelR (sauf mycètes) + sociaux (biofilms et symbiose)
- taille det rapport surface/volume
- petite cell = échanges + efficaces avec envt
5 règnes selon Whittaker (1969)
- monères
- protistes
- eumycètes (fungi)
- végétaux
- animaux
caractéristique arbre de la vie
essentiellement microbien
diversité du vivant actuel (6)
- virus
- bact
- archaea
- champis
- algues et cyanobact
- protozoaires
que sont les microbes dans l’histoire de la Terre (3)
- seule forme de vie pdt 2 milliards d’années
- grde biodiversité génétique et biochq
- grde portion biomasse + contrôle cycle éléments nécessaires à vie
que sont les microbes eucaryotes (2)
- protistes (unicelR comprenant algues + protozonaires)
- mycètes
caractéristiques procaryotes (2)
- pl. couches protectrices
- appendices -> motilité, adhésion, transfert génétique
def biome
région écologique qui contient des regroupements d’orgas similaires ou communautés
but Human Microbiome Projet (HMP)
cataloguer tous microorgas vivants à l’int/sur humains + analyse influence sur santé
caractéristiques microbiome humain (5)
- acquis au début de vie
- ≠ selon envt et pop
- capacité persistance pdt pl. années
- peut subir changements rapides
- diversité microbienne ≠ selon niches écologiques du corps
que possède chq être humain
1 (e) indL de souches microbiennes
ccl principales HMP phase 1 (4)
- diversité ++ ds intestin
- pas tjs bénef (peut mener à pb de santé ds système reproducteur F)
- compo taxonomique microbiome ≠ indicateur santé ou maladie
- meilleurs indicateurs : prévalence de fonctions molR + présence/absce souches spq
but de HMP2
exploration interactions microbiome-hôte ds temps, incluant immunité + métabolisme + act molR dynamique == max données -> modèle prédiction
que mesure HMP2
(e) données regroupant propT biologiques du microbiome + hôte lors de : naissance préma, maladies inflammatoires de intestin, pré-diabète
microbiome pdt grossesse et accouchement prématuré : faits (2)
- facteurs envtz influencent microbiome pdt grossesse
- passage microbien vagin -> utérus ==> accouchement prématuré
microbiome pdt grossesse et accouchement prématuré : méthode HMP2 (3)
- id° microorgas par gènes 16S ARNr
- séquençage métagénome + métatranscriptome
- établissement profils de cytokines + lipides (hormones stéroïdiens)
microbiome pdt grossesse et accouchement prématuré : résultats investigations multi-omiques (7)
- id° changements temporels microbiome pdt grossesse terme :
- début -> diversité + grde puis dim°
- fin -> microbiome homogène + dominépar Lactobacillus crispatus
- accouchement préma :
- lactobacillus c. - présent + ne domine pas
- aug° abondce de qques taxons assos à niv bas de vit. D
- corrélation entre microbiome vaginal-réponse à hôte-passage microbien vers utérus
microbiome pdt grossesse et accouchement prématuré : lactobacillus crispatus (3)
- gram +, prod° acide lactique, anaérobie
- souches similaires ds ind dominés ou non par Lactob. c. -> MAIS pas mêmes sucres sur surface bactérienne
- gène de glycotransférase -> dégradation glycogène
def hôte en dysbiose
déséquilibre microbien sur/à l’int du corps ou microbiome mal adapté
microbiome humain et maladie inflammatoire : faits (2)
- facteurs corrélés à maladie : urbanisation, régime alimentaire. exposition aux microbes => influence - sur homéostasie hôte-microbiome
- qques microorgas spq à maladie inflammatoire de intestin, mais pas modèle global
microbiome humain et maladie inflammatoire : méthode du HMP2
phases sévères VS phases calmes -> gén° profils molR des microorgas + métabolisme de hôte
def métagénome
(e) matL génétique présent ds 1 envt spq, incluant (e) des génomes de tous orgas qui y vivent
-> étude écoS, permet analyse diversité génétique et fonctionnelle des commus microbiennes ds envt donné
def métatranscriptome
analyse collective des transcrits d’ARN présents ds 1 envt complexe
def métaprotéome
(e) prots exprimées par 1 grpe de microorgas ds 1 envt spq
def métabolome
(e) métabolites présents ds 1 orga, tissu ou échantillon biologique à 1 moment donné
def virome
(e) virus présents ds 1 envt donné, ds 1 orga, écoS ou envt spq
def exome
(e) régions codantes génome
def transcriptome
(e) mol. ARN transcrites à partir de ADN ds 1 cell ou orga à 1 moment donné
def épigénome
(e) modifs chimiques et structurelles qui régulent exp° des gènes sans altérer la séq ADN elle même
def profil sérologique
(e) tests sanguins pr det présence anticorps spq ds sang d’1 orga
microbiome humain et maladie inflammatoire : résultats investigations multi-omiques (4)
- phases calmes -> compo microbiome ~ ind en santé
- score de dysbiose -> les + forts ont caractéristiques communes à rep inflammatoire générale = tolérance stress oxydatif
- caractérisation stabilité-dynamique des interactions hôte-microbiome : commu microbienne et rep immune = - stab;es (signalisation syst. immuno. - efficace) / changement abrupt = début/fin de dysbiose
- réseau de 2900 facteurs impliqués ds maladie
microbiome humain et maladie inflammatoire : début réseau de 2900 facteurs (4)
- SCFA (butyrate, proprionate et velarate) produit par fermentation organique => signalisation
- DUOX2 : enz produisant H2O2
- chemokines : cytokines qui attirent leucocytes (chemotaxie)
- dim°/aug° certaines bact ds phase active de maladie = cercle vicieux
microbiome humain et maladie inflammatoire : qd aug° act (4)
- blautia = microbe abondant ++ ds intestin et impt pr assimilation nutriments
- dégrad° sucres + prod° SCFA
- asso à accumulation gras ds viscères
- lachnoclostridium = nveau genre (peu infos)
microbiome humain et maladie inflammatoire : qd dim° abondance (4)
- faecalibacterium = 5% microbiome faecal ind en santé
- sensible ++ à O2 et supporte pas stress oxydatif
- dim° inflammation + réparation perméabilité intestinale
- stimule sécrétion IL-10 par cells dendritiques (suppression rép des muqueuses qui cause inflammation)
comment faecalibacterium diminue inflammation (2)
- act° prod° ++ IL-10
- act° cells pro inflammatoires -> recrutement neutrophiles + macrophages
actions possibles de faecalibacterium dans intestin (2)
- voie majR : prod° byturate (SCFA)
- voies alternatives : prod° formate + lactate
