05_vizualizing

Question 1

list de forskellige typer af plots

Answer 1

1) bar plot
2) log/ratio scatter plot
3) Ternary diagram
4) ILR

Question 2

Log ratio scatter plot

Answer 2

for tre-parts kompositioner. Man behøver kun at plotte 2 og så er den 3. til at læse fordi:

log(x/y) = log(z/y) - log(z/x).

Det betyder at når du plotter z/y vs z/x så kan man læse x/y som projektion af punkterne på en linje med -1 hældning.

Question 3

Ternary diagram:

Answer 3

Direkte repræsentation af simplexen. Vi kan tegne linjer i et ternary diagram ved at bruge pertubation og powering:

y = (a * x) + x0

Hvis vi vælger en serie af alpha og x0 med lige store afstande (i aitchison metric) kan vi tegne et gitter.

Question 4

Hvad gør pertubation ved punkter i et ternary diagram?

Answer 4

Shifter dem så de ligger et andet sted.

Question 5

Hvad gør powering ved punkter i et ternary diagram?

Answer 5

Skalerer dem. Meget lig det ville i et almindeligt scatter plot.

Question 6

Hvordan centrerer man data på simplexen?

Answer 6

Vi skal pertuberer med en sample med dens inverse. I aitchison geometri er dette (1/D, 1/D, …, 1/D) - dette er midten. Hvis vi gerne vil flytte et punkt til midten ganger vi det med dens inverse. Hvis vi gerne vil have alle punkter fordelt om midten ganger vi dem alle med den inverse geometriske middelværdi.